RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00420

RNA: ASE_00420
Rfam family: RNaseP_nuc

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((........(((((..........(((((....)))))..........))))).....................((((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((............(((((((((.....))))))).)).......)))))))...))))))...((((((((...))))).))).............)))))))(((((...)))).)..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..((((...(((((((.(((((((((.......))))))))).(((.(((((((...((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))..............(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..)))))))......((((...)))).))))..))))))..))))))))...((((...)))).).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((((((........(((((....)))))........)))))))...((((..(((((((((..(((((((.(((((((((.......))))))))).((.(((((((((((((.....((((.....((((((((....))))))))..))))...))))).......(((..(((((((((.....))))))))))))...))))))))))..)))))))......)))).)))))...)))).........)))))))))).((((...))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...........((((..........(((((....)))))..........))))........................((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((...........................................)))))))...))))........................................)))))((((.....))).)..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......(((((((((((...(((((....))))).......))))))))))).................(((((((.(((((((((.......))))))))).(.((((((....))))))..(((....)))((((((((....)))))))).......(((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....))))))))..)))))))....(((((.....))))).............)))))))))).((((...))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((((..........(((........)))..........)))))...........................................................................((....))....(((((....))))).......(.((((((((............(((((((((.....)))))))))........)))))))).)...........((((.......)))).............))))))))))(((........)))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((((((((((....((((....))))........))))))))))).............(((((((((((.(((((((((.......)))))))))....(((((....)))))...(((....)))((((((((....))))))))....(..(((((((............(((((((((.....)))))))))........)))))))..))))))))....(((((.....)))))........))))..))))))))..((((...))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(((.(((((((((((..((((((....))))).).....)))))))))))...)))(((.....)))(((((((.(((((((((.......))))))))).((((((((....))))))..(((....)))((((((((....))))))))....))((((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....))))))))..)))))))....((((((...)))))).............)))))))))).((((...))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...........................(((((....)))))............................................................(((((..)..........)))).................................................................................................................(((.............).)).................))................)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((((((........(((((....)))))........)))))))....................(((((((.(((((((((.......)))))))))...((((((....))))))..(((....)))((((((((....))))))))...(((.[[[[[))).......(((.(((((((((.....)))))))))..))).....]]]]]...)))))))....(((((.[[[[)))))......]]]]...)))))))))).((((...))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((((((........(((((....)))))........)))))))........(((((...)))))((((((.(((((((((.......)))))))))...((((((....))))))...(((((....((((((((....)))))))).))))).(((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....)))))))...))))))........(..((((.(((...))).))))..).))))))))).((((...))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......(((((((((((...(((((....))))).......))))))))))).................(((((((.(((((((((.......)))))))))...(((((([[..))))))..(((....)))((((((((....)))))))).......((((((.........((..(((((((((.....))))))))))).....]]))))))...)))))))....(((((.....))))).............)))))))))).((((...))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...((.......((((.........((((......)))).........)))).))........((((......................(((.....)))...................................................(((.....((((..(.((.((((.(......).)))))))))))..)..))............................................................................))))))...)).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((((((........(((((....)))))........)))))))........(((((...)))))((((((.(((((((((.......)))))))))...((((((....))))))..(((....)))((((((((....)))))))).......(((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....)))))))...)))))).......((..((((.((.....)).))))..))))))))))).((((...))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......(((((((((((...((((((..)))))).......))))))))))).....(((((...)))))((((((.(((((((((.......)))))))))...(((((((..)))))))...(((((....((((((((....)))))))).)))))((((((((............(((((((((.....)))))))))........))))))))..)))))).....((((((...)))))).............)))))))))).((((...))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((..........(((((....)))))..........))))).......................((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((.(((.......(((...................))).)))...)))))))...))))................................(............((((.....))).).)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((..........(((((....)))))..........))))).......................((((.............................................(((((....)))))((((((....)))))).........(((((((.(((.......(((...................))).)))...)))))))...))))................................(............((((.....))).).)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..((((...(((((((.(((((((((.......))))))))).((.((((((((...((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))..............(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..))))))).....(((((...)))))))))..))))))..)))))))))).((((...))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((((((........(((((....)))))........)))))))........(((((...)))))((((((.(((((((((.(....))))))))))...((((((....))))))..((([[[.)))((((((((....)))))))).]]].(((((((((.......(((..(((((((((.....)))))))))))).....)))))))).)))))))...........((((.(((...))).))))....)))))))))(((((...)))).)..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((((((........(((((....)))))........))))))).....((((((((((((..(((((((..(((((((((.......)))))))))...((((((....)))))).)))))))....((((((((....))))))))..........................(((((((((.....)))))))))(((((((......((((((...))))))......)))))))..))))))))))))..)))))))))).((((...))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((..................................))))........................((((.............................................(((((....))))).(((((....)))))......................................................................)))).............................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..((((...(((((((.(((((((((.......)))))))))..(.((((((((...((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))..............(((.(((((((((.....)))))))))..))).)))))))).)..)))))))......((((...)))).))))..))))))..)))))))))).((((...))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.((...((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))...))((((((.(((..((((((..(((((((((.......)))))))))...((((((....)))))).)))))).....((((((((....))))))))...)))))))))...(((.(((((..(((((((((.....)))))))))(((((((((..(((((.....)))))...))...)))))))..))))).))).....))))))))).(((........)))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..(((....(((((((.(((((((((.......))))))))).((.(((((((((((((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))...)))........(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..)))))))....((((((...)))))))))..))))))..)))))))))).((((...))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....((((((..............))))))....((((..(((((((((((..........)).))))(((((((((((((((((......).))))))))..(.............)(((.(((...).)))))((((((..))))))..((..))..(((((((..(..(((((..(((((.((.......)).))))))))))..)))))))).).)))))))...((((((.....))))))..))))))))).))))))))))(........)..(..)
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((..(((((((...(((((....))))).......)))))))..))..((((((..(((....(((((((.(((((((((.......)))))))))....(((((((((((((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))...))).........((.(((((((((.....)))))))))..))..))))))))....)))))))....((((((...)))))))))..))))))..)))))))))).((((...))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......(((..((((((...(((((....))))).......))))))..)))..(((((..(((((...(((((((.(((((((((.......))))))))).(((.((((((((((((((..(((....)))((((((((....))))))))....))))...)))........(((.(((((((((.....)))))))))..))).))))))))))..))))))).....(((((...))))))))))..)))))..)))))))))).((((...))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((....))).(((((....))))).((((.......)))).......((((.....)))).......(((((((((.......)))))))))...((((((....))))))..(((....)))((((((((....))))))))...((((..............)))).(((((((((.....)))))))))...(((.....(((((.....)))))...(((((.....)))))..((((.....))))...((((.....))))..)))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........((((.(((((...(((((....))))).[[[[..)))))]]]]........(((.....)))))))..(((((((((((.......))))))))....((((((....))))))..(((....)))((((((((....))))))))...((((..{{{{{.......)))).(((((((((.....)))))))))...)))..}}}}}.((((.....))))..(((((.....)))))...(((.....)))))))))))).(((.....)))....

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