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CAUAGGGCAGGGUGGUGGCCAACAGCCACCCGGGGUGACCCGCGGGACAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCGGCUGCUUGCAGCCGGUAAGGGUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCGCUCCGGGCGACCGGAGCGGCUCGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGUCCAGACAGCGCAUGCACGACGCCUCGGCGUCAGGGAGACCGGCCCGGUCGAGUGCGCGGGUAGGACGCUGGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCCGAGAUGGAUGACCGUCACUGCACCAACGUCGGCAACGACGGUGCGGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((....(((((....)))))...((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((...((((....))))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.((((((...((((((.....))))))..((....))....((((..((((..............((((((((....))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).).))).))))...((((((.(((.((.((((((((((((.((....)))))...)))))).))))).))).).)))))(.((((((((....)))))))))..(((((....))))).)))).))..(((((....))))).....)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................((((((........................((.......))...))))))...............((((((((....))))))))..........................................)).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((((((((.....))))))((((....))))..((....((((..............(((((((((..)))))))))...........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...)).)))).......((((.......................................((((((........)))))).))))......((((((((....))))))))..........................................)).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((.......((((((.....))))))((((....))))........................((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).............)))......((((..................................((((.....)))).............))))....(.((((((((....)))))))))............................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((...((((((....))))).)...((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((..(((.....)))..))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((((.(....).)))))))(((((..(((())))....................((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))).)))..(((..((((.(.(.((((((...((((((....))))).....((((((.))))))).)))))).).).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((...(((((....))))))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..............)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................(((((........................................)))))...............((((((((....))))))))..............))..)).....................))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...)))))))((((....))))........((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))......))))..........................(..(((...((........((((.....))))..))))))...............((((((((....))))))))......................(((...............)))..).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.[[[((((((.....)))))).(((....))).........))))...........]]]((((((((....))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[.....))))......]]]]..((((.....((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..)))))).....))))(((...[[[[[[[)))...]]]]]]]...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((((((.....))))))((((....))))........((((...(((.....(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).))))..)))..(((..((((..((.((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((........)))))))(((....)))...........................((((((((....))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....................((..((((...<<((((([[[..(((((aaaa))))).(((..{{{..)))}}}AAAA)))))..]]]))))))>>..((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............(((((((((......)))))))..))........(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...)))))))........(((..((...((((.......................(((((...)))))..))))....)).)))..((.(.((((((((....))))))))).))................(((......)))...........).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((((((.....))))))((((....))))........((((...(((.....(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).))))..)))..(((..((((..((.((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((((.....)))))).(((((.[[[[[[[.....................((((((((((((..))))))))............((((((.......))))))..((((((((....))))))))...))))..))))))))).......))))...(((((....(((((((((..)))))).....(((((...)))))..)))]]]]]]]....)))))..((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((...(((((....))))))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((..((((((.....))))))((((....)))).......................(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))((((((..........)).))))..((((..((.((((((...((((....(((.(((.((....)))))))))))).))))))..)).))))......((((((((....))))))))............))))).((((((...(((((....))))))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((......(((((.....)))))..(((....)))..........)).....................................((((.....((((((.......)))))).((.((((((....))))))..)).......))))....................................((((((........((((.....))))..))))))...............((((((((....))))))))...........................................).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(.........((((((((((......)))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).)))..)))))))))....(..((((.....((((((......................(((((.....))))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..........(...)....(.(...)..).........)).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((((..)))))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((......))))))).)).)))..))))))))).......((((.....((((((.......................((((.....))))..)))))).....)))).((...((((((((....))))))))..)).........(....)....(.(...)..)....)....)).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((((..)))))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((......))))))).)).)))..)))))))))....(..((((.....((((((.......................((((.....))))..)))))).....)))))((...((((((((....))))))))..)).........(....)....(.(...)..)....)....)).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.[[[[[[[.)))....]]]]]]](((....)))...((((..(((...............((((((((....))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...))).))))...(((((..(((.((.((((((((((((.((....)))))...)))))).))))).)))...)))))..((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((((((.....))))))((((....))))........((((...(((.....(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).))))..)))..(((..((((.....((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....))))((((......................((((((((....))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..))))......((((.....((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((...(((((....))))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(.........(((((.....))))).((((....))))..............................................................................((....((....))....)).............).....................................................................................(((...((....))...)))..........................................)).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((............((.((((((((..))))))))...)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..))).))))...))..((((..................................((((.....))))...(((..)))..))))......((((((((....))))))))..........................................)).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((......((.(.((((....)))).))).....))))).(((.....(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..)))..(((..((((..((.((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))))..(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((........)))))))(((....))))).((((..(((..(............((((((((....))))))))..(((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).((....)).))))))..))).))))...((((((.(((.((.((((((((((((.((....)))))...)))))).))))).))).).)))))(.((((((((....)))))))))..(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((.((((.(.(.(((((((...))).))))))))))))))).((((((.((((((((((((..))))))))).))).))))))((((((((...))))))))...((((((((..(((..)))(((......).))...))))))))..(((..)))...((..))(.((((((..))))))...).(((((((((((((...............).))))).))))))).((((((((.((.(..........)))))))))))))))(((((((..))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(................................................................................(.(.).).......(..........)...............((..)).....(((......)))......(((.................................(((..)))....))).............(....((.........................))....)...........((.().)).............................).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..............................................................................(..((..((............))...................(((..........(.....(((.)))....(......)..(....(((..................(((..))).....)))...)..)..)))(............(((((......()..)))..)..).)............(.)....))..)........................).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((......((...((((....))))..)).....))))).(((........((((((((....))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..))).......((((.....(((((.....(((((....))))).((....))............))))).....))))....(.((((((((....)))))))))..(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((((((.....))))))((((....))))........((((...........(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))).))))..)))..(((..((((.....((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((......((...((((....))))..)).....))))).(((.....(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..)))..(((..((((..((.((((((....(((((....))))).....(((((...)))))..))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((...((((....))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((.....)))))).(((....))).........))))..............((((((((....))))))))...((((....((((((.......))))))...(((((((....))))))).((((((..........))).)))..((((.....((((((....(((((....))))).....((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...(((((....)))))....))))..(((((....)))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...((((((((.....))).((((((....)))..))).....)))))............((((((((....))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))){{{{{{...))))...}}.}}}}..))))......((((.(((.(((((....))))).....((((..[[[))))..(((...]]].....)))....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))).....(((((....))))).)))).. |
