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GGAGAGGAGCAGGCGGUCGCGGGGGCGCACACCUGCGCUUCCCGAGGAAAGUCCGGACUCUGGAGCGGGGUGCCGGGUAACGCCCGGGAGGGGUGACCCUCGGACAGGGCCAUAGAGAAGAAGACCGCCCGUUGAGGGCAAGGGUGGAACGGUGGGGUAAGAGCCCACCAGCGUCGGGGCAACCCGGCGGCUUGGCAACCCCCACCUGGAGCAAGGCCAAGCAGGGGGUUGGGUCGCUCCCCCUAUUCCCCCGGGUUGGCCGCUUGAGGUGUGCGGUAACGCACACCCCAGAUUGAUGACCGCCCACGACAGAAUCCGGCUUAUGCUCCUCUCCCGUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.(((((((((....)))))))))..............................((((((...))))))(((((....)))))......................................................................(((((((....)))))))...........................................................................................................))))))))...................))))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((......))))).)))).............((((......((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((...)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............((((....................))))...............((((((((....))))))))..........)))))))....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((......))))).))))............(((((......((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((...)))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))))..((((......((((..((((.....)))).....)))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......(.((((((((((....)))))).)))).)......(((((.((((..(..((((.((((((...))))))(((((....))))).......................((((((...........))))))...((((((.......)))))).((((((((....))))))).).................((((..((((((.(.(((((..(((.......)))....))))).).))))))))))(.((((((((....)))))))).)............)))).)..)))).)))))....))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((((((....)))))).))))....(((.(((((((((......((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((((............((((((.....))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).).))))..)))))))))))))...((((((...(((((.((((........))))..)))))...))))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....((.((((((((((....)))))).)))).))..((.(((((.((((..(..(((((((((((...))))))(((((....))))).......((..............((((((.(((....)))))))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))).))..)).........((.((((..((((((.(.(((((.((((.......))).)..))))).).))))))))))(.((((((((....)))))))).))).........))))).)..)))).)))))))..))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.((.((((..........))).).)).......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.......)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))................(((((..(...........)....)))))...............((((((((....))))))))..........)))))).....................)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((.(((((......)))))..))).............((((......(((((((((((...))))))(((((....))))).......................(((((().....)))..)).......((((((.......))))))(.(((.(((....))).))).)...........)))))))))(..((((.....((((((.((((.....)))).)..))))).....))))).....((((((((....))))))))..........))))))).......(.......)....)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.((((((((.[[[[[)))))))).........(((((...)))))...]]]]]((((((...))))))(((((....)))))......(((((..............((((.....))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))[[[[[[[.....))))))........]]]]]]].(((((..(((.......)))....)))))....)))))..(((.((((((((....)))))))).))).....))))))))...................))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((((((....))))).))))).(((...)))....(((((...(((((((((((....((((..(((((....))))).....))))..............((((((.(((....)))))))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))).)))))).))))).((((.((((..((((((...(((((.((((........))))..)))))...)))))))))).))))(((((....)))))...))))).....)))))))..((........))......)))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((....)))))))).)).....[[.[[[[[.(((((...((((.(((((((...((((..(((((....))))).....))))..............((((((.(((....)))))))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))))..))))...)))))((..((((((...(((((..(((.......)))....)))))...))))))))....((((((((....))))))))..........)))))))..........]]]]]]]..))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((((((((......))).)))))).............((((......(((((((((((...)))))))((((....))))........(((............((((((((...)))))..)).)......(((((.......)))))...(((((((....)))))))....))).......))))))))....(((...(.((((((.((((.....))))...))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((......)))).)))))............(((((......((((.((((((...)))))).((((....)))).((....((((.............(((((((...)))))..))........(((((.(...).))))).(((((((((....))))))).)).))))...)).)))))))))...(((((...((((((.(((((...)))))..).)))))...)))))..(.((.((((((((....)))))))).)))......)))))))....................)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((....)))))).)))).(((...)))....(((((...((((((((((((...((((..(((((....))))).....))))..............((((((.(((....)))))))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))).)))))..(((.((((..((((((...(((((..(((........)))...)))))...)))))))))).)))((((((....))))))..))))).....)))))))..((........)).....))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.(((((((((....))))))))).......((((..))))(((((((((.............(((((((.((((((((((.......((((..............((((((...........))))))...[[[[[[[.....))))(((..(((((((....)))))))(((((((...]]]]]]].........)))))))....))).)))))))))).........)))))))...)))))...((((((((....)))))))))))).....))))))))...................))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((((((....))))).))))).(((...)))...((((...........((((((...))))))(((((....)))))((.....((((...........(((((((.....))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...))))....)).....))))...((((.....(((((.((((........))))..))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..((........))......)))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((...............)).)).)).(((.(((((((((.......(((((((((.....))))).(((......))).........................)))).......((...(((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))..........)))..)).))))...(((.......((((....................))))......)))......((((((((....))))))))...........................))))))))..)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((........)))).))))((((...)))..(((((......((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((.((..........(((((((...)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((.(((((.....)))))....))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((............)).)))).(((...)))..(((((......(((((((((((...))))))(((((....)))))((...(((((((...........(((((((...)))))..))))(....((((((.......))))))..(((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((.(((((.....)))))....)))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........)))))))..(....(....)).....))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((............)).)))).(((...)))..(((((......(((((((((((...))))))(((((....)))))((...(((((((...........(((((((...)))))..)))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((.(((((.....)))))....)))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........)))))))..(....(....)).....))))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((............)).)))).(((...)))...((((......((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((((...........(((((((...)))))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((.((((.......))))....)))).....))))))..(.((((((((....))))))))).........))))))).....(.(....).)....))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((.((..(((((....)))))..)))))...(((.(((((.((((...((((((((((((.....)))))(((((....)))))...((.(((((..............((((.....))))..(((.((((.((.((((...((.((((((..(((((((....)))))))(((((((.....((....))......)))))))....))).)))))...)))))).)))))))....)))))..(((.((((((((....)))))))).))).....))..))))).)).)))).)))))))).))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((....)))))).)))).((([[[)))....(((((...((((((((((((...((((..(((((....))))).....))))..............((((((.(((....)))))))))...((((((.(....)))))))..(((((((....))))))))))))))).))))..(((.((((..((((((.(.(((((.((((........))))..)))))..))))))))))).)))((((((....))))))..)))))....))))))))...............]]].))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((...........................(((...)))...(((............(((((.....))))).((((....)))).........................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....)))........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((.......)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((......))))).).)).((....(((((.((((......((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((...)))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))))))))))).....))......((((....................)))))))............((((((((....))))))))))........))))))).......(....).......)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((.(((((((((....))))))))))))...(((.(((((.((((..(.((((((((((((...((((..(((((....))))).....))))..............((((((.(((....)))))))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))).))))))...(((.((..((((((.(.(((((..(((.......)))....))))).).))))))..(((.((((((((....)))))))).)))..........)))))...)))).)))))))).))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((.(((((....(((....)))....))))).)))))).(((((((.(((((.((((...((((((((((((.....)))))(((((....)))))...((.(((((..............((((.....))))..(((.((((.((.((((...((.((((((..(((((((....)))))))(((((((.....((....))......)))))))....)).))))))...)))))).)))))))....)))))..(((.((((((((....)))))))).))).....))..))))).)).)))).))))))))....))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((.((..(((((....)))))..)))))...(((.(((((.((((..(.((((((((((((..((((((((((((....)))))((......)).............))((((.....))))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))))).))))....(((.((..((((((.(.(((((..(((.......)))....))))).).))))))..(((.((((((((....)))))))).)))..........))))))..)))).)))))))).))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((.((((((((......)))))))))))...(((.(((((..(((..(((((((((((((((.((((((((.(((((..(((((.(((.(((.(...............))))))))))))..((((.(((.(((((((((..)).)))))).)...(((((..))))).(((((...((((((((.(((((.((..))))).).)))))))))))))).)))))))))))))))))))..).)))))).(((((((((..))))))))).((......))).))))).))))))..)))))))).))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..................................................................................................................................................................................................................................((...........................(.......)......(......)...........................................))...)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(.(..................................................................................................................................))........................(....)..............................................................................((...((((((((....))))))))..))......)))))))(..)................)))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((.((..(((((....)))))..)))))...(((.(((((.((((....((((.(((..(..........(((((....))))).......................((((((...........))))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))).)..)))..)))).....((.((..((((((.(.(((((...................))))).).))))))...((.((((((((....)))))))).))...........))))....)))).)))))))).))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((......)))).))))).(((...)))...((((((...((((..((((((...))))))(((((....))))).......((((...........(((((((.....))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...))))...))))..))))))...((((((...(((((..(((.......)))....)))))...))))))...((.((((((((....)))))))).)).......)))))))..((........))......)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((.((..(((((....)))))..)))))...(((.(((((.((((.....((((((((((.....)))))(((((....)))))......(((((..............((((.....))))..(((.((((..(.((((...((.((((((..(((((((....)))))))(((((((.....((....))......)))))))....)).))))))...)))))..)))))))....)))))..(((.((((((((....)))))))).))).........)))))....)))).)))))))).))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...((((.((((((((((....))))).)))))......(((((.(((((.....))))).(((((.....)))))..(((....))).)))))..))))...............((((.....))))..((((((...((((((.......))))))...((((((....)))))).(((((((..((.......))......))))))).(((((.((((........))))..))))).(((.....)))...(((((((......)))))))............))))))..................))))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...((((.((((((((((....))))).)))))......(((((.(((((.....))))).(((((.....)))))..(((....))).)))))..))))...............((((.....))))..(((((((..((((((.......))))))...((((((....)))))).((((((({{{{{{{....{{{{{...))))))).}}}}}}}(((..}}}}}.)))..)))..(((((.[[[[))))).((((((((....))))))))...((((.......]]]].......)))).))))..))))))))))).... |
