RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00426

RNA: ASE_00426
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))......(((((.(((((((.(..(((....((((((.....))))))((..((...(((.(((((((((......)))..))))))..(((.....))).(((((..((........((.....))..(((((((((((......((((...))))(((.((((((((((...((((...))))...)))))))).)).).)))))).))))))).))..)))))..)))..))..))..)))..))))).)).).))))).........)))))))).((.......)).........)))))))...).)
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))..............................((((((.....)))))).((((((.(.....).))))))...........(((((((((((.....)))))))).(((((((..............(((((((..(((((.....((((.......))))........))))).)))))))........))))))).)))...................(((((...(....)...)))))((((((((.....))))))))........)))))))).....................)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((.(((((((.....))))))).............(((.................................................................................................................................................)))........................(((.....))).......................................................................)))))))......................)))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((........(((((((.....)))))))....(((.(((((.(((.....((((((.(((((((.....))))))(((((((.........)))))).).((((.......((((((((.....))))))))...................(((((.....)))))........))))....).)))))).....((((....((((((.......(((.....)))..)))))).....)))))))(((((............)))))((((((((.....)))))))).........................)))))))).)).)))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))...............(..............((((((.....)))))).((((((.(.....).))))))....(((...((((((((((((.....)))))))).(((((((..............(((((((..(((((.(...((((.......))))....)...))))).)))))))..(....)))))))).)))).......)))......).(((((...(....)...)))))((((((((.....))))))))........)))))))).....................)))))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((.((((.....)))).)).........................((((.(((((((...)))))).(((....)).)...................(((....(((.............)))...))).........(()).((((.......)))).................)))))..................(((((..................................).))))...................(((((.........))))).........))))))).............(.....).))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((((((.(((((((....)))...(((...)))..[[[))))..]]]..(((.((((((.....)))))).[[[[[[..)))....]]]]]].........((((..(((((((.....)))))))..[[[[........))))......]]]]((((.[[[[......)))).....]]]]...((((((((.....[[[[[[......))))))))......]]]]]]............(((((....)))))..)))))))))))(((.....)))(((((.[[[.......))))).........]]].........)))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))........((((.(((.((..(((((.((.((((((.....))))))....(((...))))).)))))....)).))).))))((((((((.....)))))))).............((.....))..(((((((((((((....((((.......))))...))...(((.(.((((((.(((....))).)))))))))).)))).))))))).((.(((((....)))))...))...((((((((.....))))))))........)))))))).((.......)).........)))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))..............................((((((.....)))))).(((((....[[[..[[))))).............]](((((((.....)))))))...(((((.............]]].(((({{{{{{{......((((.......))))...............))))<<.........)))))......>>}}}}.}}}........(((((............)))))((((((((.....))))))))........)))))))).....................)))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((.........)))))............(((((........(((((((((((.....))))).))(((...).))....((.............(((....(.((.........)))....)).)........((.....))(((((....)))..))....))........)))))))))...(((...(..((((((....(((((...))))).).)))))..)...).)).......(.(((((.(((................)))))))))........)))))))).....................))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))........(((..(((.....(((((.(.(((((((.....)))))).)..(((...))).).))))).......)))..)))((((((((.....))))))))..............(.....)...(((((((((((......((((...)....)))........((..(.((((((.(((....))).))))))).)).)))).))))))).((.(((((....)))))...))...((((((((.....))))))))........)))))))).(.........).........)))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((((((((((.....)))))))......(((...((((((.....(((((((((((((.....)))))).((((((.........))))))..(((((..((((.((((((((.....)))))))).............))))....))))))))))))(((.....((((...))))))))))))).(((((((((((...))))....(((((((([[[[[[............)))))))).)))))))........)))((((((((.....)))))))).......))))))))).........]]]]]]......)))))))))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((((((((((.....)))))))........((((.(((.....(((((..((((((((.....)))))).)).(((...)))...))))).......))).))))((((((((.....))))))))........................(((((((((((.......(((...))).............(((.(.((((((.(((....))).)))))))))).)))).)))))))....(((((....)))))........((((((((.....)))))))).......))))))))).....................)))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((((((((((.....))))))).......((((..((((.....))))....((((((.....))))))....)))).........((((....((((...((((((((((((.....)))))))).(((((((......((((....(((((((..(((((.....((((.......))))........))))).)))))))..))))..)))))))........)))))))).......(((((....)))))..))))..((((((((.....)))))))).......))))))))).....................)))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((((.....................(((...)))...(((..............(((((.......))))).....(....).......................................................................................................)))..........................................................((....))........))))))).............................................((........))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))......(((((.(((((((...((((((..((((((.....)))))).((((((.(.....).))))))...((((..((((.((((((((.....)))))))).............))))..(((((.....)))))........))))......)))))).((..(((((...((((((.......(((.....)))..)))))).))).))..)).(((((...(....)...))))).....)))).)).).))))).........)))))))).((.......)).........)))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((((((.(((((((.....)))))))......(((((..((((((....((((...((((((.....)))))).((((((.........))))))..........((((((((((((.....)))))))).(((((((.....((.....))(((((((..(((((((...((((.......))))....))..))))).)))))))........))))))).))))..)))).(((((...((.(((((....)))))...))...))))))))).))...))))).........)))))))).........)))))..)).((....)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))......(((((.(((((((.(.(((((.((((((((.....)))))).((((((.(.....).)))))).)).)))...((((((((((((.....)))))))..(((((((.....((.....))(((((((..(((((((...((((.......))))....))..))))).)))))))........)))))))))))).)).)..(((((......(((((...(....)...))))))))))))))).).).))))).........)))))))).((.......)).........)))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((...))))))))).)))))))))(((((..(((.(.((((((((((((.(((.(((.(((..((.(((((((((((.((((..(..((((..((...))))))...)..)))))))...................)))))))))))))))).)))))))))))..)))))))))))).((((((((((.((((.......))))))))(((..)))((..))).)))))..(((((((........)))))))(((((((((..)).)))))))(((((((((.((......)))))..)))).))..).).))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((............................................................................................................................................................................................................................(.(((...............(.....(....(.........).)..............)..........................))..........((.......)).......).)))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))......(((((.((.((((...........((((((.....))))))....................................((((((((.....))))))))...........(((..........(((((((((((......((((.......))))............(.((((((..(......)..)))))))....)))).)))))))....(((((...(....)...))))).))).))))..).).))))).........)))))))).....................)))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((.(((((((.....)))))))......(((((..((((((....((((...((((((.....)))))).((((((.........))))))..........((((((((((((.....)))))))).(((((((......((((....(((((((..(((((((...((((.......))))....))..))))).)))))))..))))..))))))).))))..)))).(((((...((.(((((....)))))...))...))))))))).))...))))).........)))))))).((.......)).........)))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))....(((((.....))))).(((((...((((..((....))..))))...((((((.....)))))).((((((.........))))))...((((..((((.((((((((.....)))))))).............))))..(((((.....)))))........))))..))))).((((............))))(((.......))).((((.((.........))....)))).(((((....)))))...((((......(((.....))).((((...........))))...........(((((......)).)))..)))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.<<<<<.)))).((((((((.....))))).(((((....((((.((((.....))))....((((((.....)))))).((((((.........))))))..........)))).(((((((.....)))))))..((((........{{{...{{{.))))((((}}}........))))..)))))}}}>>.(((((((...((([[[[[)))...)))))))(((((..]]]]]..)).))).....(((((....)))))..)))........(((.....))).((((...........))))...........(((((......)).)))..>>>..

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