RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00427

RNA: ASE_00427
Rfam family: RNaseP_nuc

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(........(((((........))))).........)...............((((.....((((....(((((.....)))))(((((((.....)))))))(((((((...........(((..................................................................................))).......)))))))))))....................((((((((.((.......)))))))))).......))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....((((((((...)))).(((((.(((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).))))))))))........((((((.(((.(((.....))).))).))))))((..((.....))..)).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))......))))..(((.((((....(((((((((....)))..)))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................((((.(((((......((((........))))....)))))(((((((.....)))))))......)))).........((.((...((.(((.......((((......((((..((.(((.(((....)))..))))).))))...)))))))..))..)).)).................((...............))....(((((.(((.......)))))))).............
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((....((.((((((..(((...((((.......))))..(((((((....((((........))))..((((.......((((((((((((((......))))))..))))))))...)))).....))))))))))...))))))....)).((((......))))..(((..((((....)))))))))))..(((.((((....(((((((((....))..))))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................((((..................)))).....................(((((((..............)))))))...........
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........)))))..................................((((....(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((..........................................................................................................)))))))))))....................(((((((..............)))))))...........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........)))))......................(((......((((((......))))))....))).((((((.......)))))).........................................(((.......)))..........................................................................................(((((((.(..........).)))))))...........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................((((((((((..((..((((........)))).)).))))))))))(((((((.((((........))))...)))))))....................................((.(((.(((....)))..)))))............(((((................(((((((((....))..)))))))...)))))((((((.(((.......)))))))))............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(.(((........))).).....................(((((......((((........))))....)))))(((((((.....)))))))....................(.((...........................(((..((.(((.............))))).))).................)).).........((((((..........))))))........(((((((.(((.......))))))))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((..(((((.(.(....((((((((((......((((........))))....))))))))))...).).))))).(((...((((((((....(((((((.(((......)))...))))))).........((......)).))))))))..))).(((((.((((((((((......((((((......(.....)....))))))........)))))..)))))..)))))...)))).................
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((........((((.(.(((((((((((((((..((..(((((....)..)))).)).))))))))))(((((((((((((......))))))..)))))))((.....))))))...).)))))...))))))((((((.(((.(((....)))..)))))..))))......(((((....(...........(((((((((....))..))))))))..)))))((((((.(((.......)))))))))............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........))))).........................................................((((((.......)))))).......................................................................................................................................................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........)))))..............((((((((((((.....((((((......))))))...)))))((((((.......)))))).....))))))).......................................((((.........................))))...................................(....(...............))..(((((((.((.........)))))))))...........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((...[[[[[....)))))....]]]]]...((((.....[[[[.))))...]]]]..(((.[[[[[[[))).......]]]]]]].........(((..[[[..))).....]]]..(((.[[[[[)))..(((.((((...(((.(((....)))..)))....)))))))....]]]]].....(((((.......[[[[[....[[[)))))..]]]..]]]]](((((((.(((.......))))))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.....)).(((((............)))))..(((((...((((((((((.((((........))))....(((...)))((((.((((((((((.(((.(((.....))).))).))))))).))).)))).(((((..((.(((.((((((.(((.(((....)))..)))))..)))))))))..)))))(((.....)))....)))))).))))..))))).(((((.......(((((((.(((.......)))))))))).....))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................((((((((((......((((........))))....))))))))))(((((((..(((((.....)))))...)))))))....................................((.(((.(((....)))..))))).........................((((.....[[[[[[......))))]]]]]]........(((((((.(((.......))))))))))...........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........(.((......................)))..............................((((.....)))).(((((((.....)))))))...........................................((......((((.((.(((.(........)..)))))))))...)).......................................................(((((((.((.........)))))))))........)).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.........((((.....).))...)..........................((...(((((......)))))........(((((((((...)))))))))...................((((((.(............(((((.....(((((.((.(((((((....))).)))))))))))..)))))......)))))))..((.....((((((.(....)...))))))........(((((((.((((.....)))))))))))...))..))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((...)))).((((.((((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((((((........)))))..)))))).((((.(.(......).)...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))...(((((.(((.....)))....(((((((((....)))..))))))...))))).(((((.(((.......)))))))).............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....((((((........((((...[[[[[[[[...((((((....((((........))))..((((.......((((((((((((((......))))))..))))))))...)))).....))))))))))...))))))((((.......((((((...))))))....))))))))..(((((......((((((.................))))))........)))))((((((......]]]]]]]]))))))............
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((...((.(((.(((..((((.(((((((((((((((((......((((........))))....)))))))))).(((((.(((((........)))))........))))).....))))...))))))).)))..))).)).))..........(((((.(((............))).)))))(((((.............)).)))......................(((((((.(((.......))))))))))...........
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((.....).)))))..............((((((((((((.....((((((......))))))...)))))(((((((.....))))))).....)))))))......(..(((.......((.....)).(((..(((..((((.........................))))(((....))).....................)))...)))........)))..)..((..(((((((.((.........)))))))))....)).....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((cccc.cccc(..gggggg[...c({{{{{{{{{{..{{{{{{{.{(...ddddd..))..cc(....aaaaaaa((.hhhhhhhhhhhhhhhh)}.bbbbbbbbb...aaaaaaa..))))CC]}}}}}}}AAAAAAA)CGGG....))A.......BBBBBBBBB(((...)GGGC)CHHHHHHHHHH...CC((((((....HHHHHHDDDDD..))))))AAAAAA.eeee(.fffCCCC.))).}}}}}}}}}})EEEE........FFF
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........))))).........................((((.....((((....(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((...............................................................................))).)))....)))))))))))..........((........((((((................)))))).)).)...)))
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....)..((((((.....).)))))....(....).....((((...(((...))).....((....))(((.....)))..((((((.......))))))(......)((((.........(.((......))...).))))((.......)).........(....(....)..)...........................................((...................))..(((((((.((.........)))))))))..)))).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........))))).........................((((.....((((....(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((...............................................................................))).)))....)))))))))))..........((........((((((................)))))).)).)...)))
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....)..((((((.....).)))))....(....).....((((...((((......((((((....))))))....)))..((((((.......))))))(......)((((.........(.((......))...).))))((.......)).........(....(....)..).......................................)...((...................))..(((((((.((.........)))))))))..)))).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....)..((((((.....).)))))....(....).....((((..((((...)))..((.........(((.....)))..((((((.......))))))(......)((.(.........(.((......))...).).))((.......))........(.....(....)..................................................((...............)).(((.....))).........)..)).)....)))).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((....(((((....(((((.....(((((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).)))...))))).)))))...(((((.((.(((.((.....))))).))...))))).))).)))))...((.{{{{.))...}}}}..(((((.(((((.((((((((((.((((...))))....(((((((((....)))..))))))...)))))..)))))..)))))...[[)))))......]]......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...)))))((((.((((..((((((((((((((((((((......((((........))))....))))))))))(((((((((((((......))))))..)))))))[[[[.[[[.)))..]]]...]]]].)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))...(((((.((((...))))....(((((((((....)))..))))))...)))))((((((.(((.......)))))))))............
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((........((((.......))))..(((((((....((((........))))..((((.......(((((((((.(((((.....)))))..)))))))))...)))).....)))))))......)))))).......((((......))))..(((((.(((((.((((((((((......((((((.................))))))........)))))..)))))..))))).....)))))..............
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((........)))............(((....))).....((((...((((........))))........((((((((.....))))))))....(((.....)))..................................((((...........................))))....................(((...)))..............................(((((((..............))))))).......))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................((((....(((((.....))))).(((((.......))))).........................................................................................................................))))...........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....)..(((((........)))))................(((..(...((((.((..........(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.((((.............................(((.......))).......((..((....))..))............................))))....))))))).............)))))).)...(((((((.(..........).)))))))..)))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((...)))).(((((.(((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((.(((......)))...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))......))))..(((.((((....(((((((((....)))..)))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((((...)))))(((((.(((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((.(((......)))...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))....((((.((((...))))....(((((((((....)))..))))))...))))))).(((.(((.......))))))...............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((...)))).(((.((((((((...((((..(((..((((((((((...((((...(((......((((((((.....))))))))(((((.(((.(((.....))).))).))))))))..)))).)))).(((.......))).))))))..)))....)))).)))...))))))))......))))..(((.((((....(((((((((....)))..)))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((..)...((((((((((((((((((.......))))((((((((..((.((((((...)).))))))))))))))...((((((((((((((......))))))..))))))))....((((..)..)))))))))))).)))))...(..)....((((((...)))))).))))))).(((..((((...(.(((((....(((......))).((((..))))))))))..))))(((((..((((......)))))))))..)..)).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(.((.(((......(((...(((.(((...((((...((...(.((.(...(.((.(.(......(.....(.((..((((((((.....)))))))).......))...)......)...........).)...)).).).))...).))..))))..........)))..((((.........))))..............)))....))).)))...)).)...))).).....(((.(((((((.((.........)))))))))........)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................((((((((((..((..((((........)))).)).))))))))))......................................................................((.(((.(((....)))..))))).............(((..(((.....)))....(((((((((....)))..))))))....))).((((((..............))))))............
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................(((..(((((......((((........))))....)))))..)))......((((((........)))))).............((((((((.......((((......((((..((.(((.(((....)))..))))).))))...)))))))).)).))...........(((((((..........))))))).......(((((((.(((.......))))))))))...........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((...)))).(((.(((((..(((((((...((((((((((..((..((((........)))).)).)))))))))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).((((.(((......)))...)))).)))))))....((.(((.(((....)))..))))).))))))))......))))..(((.((((....(((((((((....)))..)))))).......(((((((.(((.......))))))))))...))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.....))))..(((((.............)))))...((((.((.....))))))...((((..((((......)))).(((.((((((......)))))).....(((((((.((.....))..)).)))))...)))..........((((......)))).))))..((((....)))).....((((((.............)).)))).......(((((.(((......)))....((((......)))).)))))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..(((((...{{{{{....)))))....}}}}}.(((((aaa....))))).(((((((....((((......))))..ccccccccc)))...CCCCCCCCC..AAA.)))).....<<<<.......<<<.....)))))......>>>.(((((.....)))))...(((....))).>>>>.(((((([[[[[[.......)).))))...]]]]]]....((.bbbbbb.))....((((......))))BBBBBB...........

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