|
|
|
UGGCCCGGGACGAGGGCGCGGUCGCGCCGAGGGCCGAACCCCUCGGGUGAGGAAAGUCCGGGCACCAUAGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGCGGGGUAACCCGACGGAAAGUGCCACAGAGAAGAGACCGCCAGCGGCCGGGGCUUCCCCCGGUGCGGGCAAGGGUGAAACGGCGGGGUAAGAGCCCACCGCCUGGCCUGGCAACAGGCCGGGGCACGGCAAACCCCACCCGGUGCAAGGCCCGGUAGGCAGGGAGGGCUUGCCCGGCCCGAGAGAACCUGCGGGAUGGGCCGCUUGAGGCCGGUGGCGACACCGGUCCCAGAGAGAUGACCGCGGAAAACAGAACCCGGCUUACGCCUCGUCCCGGAGGCGCCCGAGCGUUCGGGCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((.(((((((((......))))).))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((.(((((((....)))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)))..)))))))))))))...((((......(((((..(((((.}}}}))))).......)))))......))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........]]]]]]]].).))))))))))....(((((((....)))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((((((((.(((((((((((((.((((((..(((((((((((.((.....)).((((((.........))))))......)))))))).)))...((((...((......))..............(((.(((.((((((....))))))))).)))..))))....))))(((((....(((...(.(((((((((....))))))))))...)))..))))).))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))..(((.((((((((....)))))))).)))......)))))))............((.....))))))))))))).....((((......)))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................(((((.....))))).((((....))))..........................(((.....((((((....))))))....)))..(((((...(((.(((.......))).)))((.((((((....)))))).))....((....)).)))))...((..((((......(((((..(((((.....))))).......))))).....)).))))....((((((((....))))))))...................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((((((((...((((.((((((((((((.(((...))).((((((.........))))))......)))))))..))))).((((..(((....................)))...((.(((((((....)))))))))......))))....))))(((((....(((.....(((((((((....)))))))))....)))..)))))...))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).(((..((((((((....))))))))...)))....)))))))......((.......))....)))))))))))...(((((((....))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.((((((((....................................................................................................................(((((((....))))))).............................................................................................................................................................................)))))))).....................)))))))))))..................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.(((((((.(((((((((......))))).)))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.............)))))))))..)).......((((((.......)))))).((.((((((....)))))).)).............))))))))).............((((((......................))))))................((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))...................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.(((((((.(((((((((......))))).)))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((.............)))))))))...........((((((.......)))))).((.((((((....)))))).)).............)))))))))...((((......((((((.......((((.....))))..))))))......))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))...................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((...(((((((......)))))))...........((.((((((.........)))))).))...........((((....))))........................(((((.((.(((((((....))))))))).)))..))..........((((.....(((.....(((((((((....)))))))))....)))...))))...........((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))...((.((((((((....)))))))).)).......))))))).....................)))))))))))...(((((((....))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................(((.(((((.........((......((((((...)))))).((((....))))..........................(((.....((((........))))....)))...........((.(((.......))).)).(((((((((....))))))))).....................((..((((..............................................))))))....((((((((....))))))))..............))...........))))))))................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.((((........(((((((......))))))).......(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.(((.((((((....))))))))).)))..)).......((.(((.......))).))((((((((((....))))))))).)..)))..)))))))))))))...(((((.....(((((..(((((.....))))).......))))).....)))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).)))))))))))))....((((((....)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((.(((((((((.(((((((......)))))))))..((.....((.((((((.........)))))).))(...)))((((((((....))))........................(((((.((.(((((((....))))))))).)))..))..........(((((....(((....((((((((((....))))))))).)..)))..))))).))))......((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).((((.((((((((....)))))))).))).)....))))))).....................)))))))))))..)((((((((())))))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.......(((((((..(((((((......)))))))................((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................(((((..((((((..........)))).)))))..))((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........))..)))))))))...((((......((((((......((((((...))))))).)))))......))))......((((((((....)))))))).........)))))))((..(......)))....................)))...)))...)))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((((((((((((......)))))(((((......(((((((((((....((((...)))).)))...))))))))(((....))).........((((..............(((....(((((((....)))))))...)))....(((...(((..((((....)))).)))(((((((((....))))))))).))))))).....))))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).(((..((((((((....))))))))...)))....))))))).....................)))))))))))....((((((....)))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((.(((((((((......))))).)))).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.(((.((((((....))))))))).)))...)))....(((.(((.......))).)))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))....)))))))............((.....)))))))))))))...(((((((....))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((.(((((((...(((((((......)))))))..............((((((.........))))))...........((((((([[..)))).......(((((..............(((.((.(((((((....))))))))).)))............((({{......{{{...)))((((((((....)))))))))))))}}}..]]}}..))).......((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))...((.((((((((....)))))))).)).......))))))).....................)))))))))))..))((((((....)))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....(((((..(((((((((((((..(........))).))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((((.(............)))))))))..)).).....((((((.......)))))).((((.((((....)))).))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((.......(((((...)))))..))))))..)...))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))......................)))))..................))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......(((((((.((((((.((......)))..)))))............(((((...(((...(((.((((((...)))))).((((....)))).........(((...........((((((((..((((((......)))))))).)))..)).).....((((((.(...).)))))).((((.((((....)))).))))....)))..)))...))))))))...(((((.(..((((((..(((((...))))).......))))))...))))))..((((.((((((((....)))))))))..)))....)))))))..((.((...))))...................))...)))...))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((.(((((((((......))))))).)).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.((.(((((((....))))))))).)))...)))....(((.(((.......))).)))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).((((.((((((((....)))))))).).)))....)))))))............((.....)))))))))))))...(((((((....))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((((((((...((((.(((([[[[[[........((((((((((..............((((((...)))))).((((....)))).......)))))............((((..))))((((((....))))))..)))))..))))....))))(((((.........((((((((((((....)))))))))...)))...)))))...))))))..((((((....(((((..((((..))))..]]]]]]....)))))....))))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))))...((((((((..)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.((((.((((((..((((.(((((((......)))))))))))......((((((.........((.((((((((((.....))))).((((....)))).........(((...........((((((.(((.((((((....))))))))).)))...))).....((.(((.......))).)).(((((((((....)))))))))....)))......)))))...))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))......((((((((....))))))))...(((...((((((.((.........))))).)))...)))..)))))).))))))...))))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((........(((((((((.........................((.....)).(.((((.............(((((.....)))))...................................................................((...((((.....((.(((.......))).))..((...(((....)))...))..........))))..)).)))))..((((..((..((((..........................))))...)).))))))....((((((((....))))))))..........))))))).........................(.....)......)))....)))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((ccccccccccc.cccccccc.))))...((((.(((([[[[[[[[.[[...[(<<<<<((((.aaaa(..bbbb(gg.)))..ddddddddddddd(..)BB..(((....{{{{............{{{{((((iiiiiii)))jjjj))).eeeeee...)))).....)JJJJ(((..ffffff))).(((((((((hh..))))))))))E.))))..)EEE)BBAA(((.(((()EEDDDAA}}}}}}}}FFFFFF.IIIIIIIkk......DDDDDDGG.kkkkkkk)))).((((((((HH..))))))))DD.......CCCCCCCC.........)))KKKKKKKKKCCCCCCCCCCC...DD>>>>>]]]]]]]]]]] |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((.((((((((........)))).))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((.((((((....)))))).)).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((......(((((.....))))).))))))...)..)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))...................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((((............)).)))).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((((...............))))))))..))))(...(((((((.......)))))))((.((((((....)))))).)).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((......((((((...)))))).))))))......)))).)..(.((((((((....))))))))).........))))))).....(.......).....).))))))))))...................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((.((((((((........)))).))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((.((((((....)))))).)).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((......(((((.....))))).))))))...)..)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))...................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((((............)).)))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((((...............))))))))..))))(...(((((((.......)))))))((.((((((....)))))).)).)..)))..))))))))))))))..((((((....((((((......((((((...)))))).))))))...)).)))).)..(.((((((((....))))))))).........))))))).....(.......).....).))))))))))...................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((((............)).)))).(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((((...............))))))))..)))))....((((((.......)))))).((.((((((....)))))).)))).......)))))))))))))(..((((......((((((.......(((((...)))))..))))))......))))))..(.((((((((....))))))))).........))))))).....(.......).....).))))))))))...................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((((((((.((((((..(((((((((((.((.....)).((((((.........))))))......)))))))).)))...((((...((......))..............(((.((.(((((((....))))))))).)))..))))....))))(((((....(((.....(((((((((....)))))))))....)))..))))).))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))..(((.((((((((....)))))))).)))......)))))))............((.....)))))))))))))...((((((......)))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((((((((((((......))))))).)).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.((.(((((((....))))))))).)))...)))....(((.(((.(....)))).)))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).((((.((((((((....)))))))).).)))...)))))))).....................)))))))))))...(((((((....))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((......((((.(((((((......))))))))))).......(((((..((((...(((((...((((((...)))))).((((....)))).......(((((............((((.....(((((((....)))))))))))....(((((........((((....))))....(((((((((....))))))))).............))))))))))..((((.(((((((.......))))))).))))........)))))...)))).((((....((((((((....))))))))..............)))).........)))))......)))))))))))...(((((((....))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.....(((((((...........................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...........................................................(((......((...............)).((.....((....)).....))...........))).....)))...............................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........))))))))...................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((......((.((.((((((......))))).).)).)).(((.(((((............((((((((((.....)))))(((((....)))).)........................(((...(((.............)))...)))..((((.....((.(((.......))).)).((.((((((....)))))).)).........)))))))))...((..((((...................((((.....)))).....(...)....))))))....((((((((....))))))))...........................))))))))...))))))))))...................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((((((((.((((((..(((((((((((.((.....)).((((((.........))))))......)))))))).)))...((((...((......))..............(((.(((.((((((....))))))))).)))..))))....))))(((((....(((...(.(((((((((....))))))))))...)))..))))).))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))..(((.((((((((....)))))))).)))......)))))))............((.....)))))))))))))...((((((......)))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((....))))((.(((.....))).((((((........((((((((((.........)))))).(((...(((((((.(((((.((((...((......))..............(((.(((.((((((....))))))))).)))..))))....((((.((((....))))....(((((((((....))))))))))).))....))))).))))).))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))..(((.((((((((....)))))))).))).......))).)))).......))))))....)))))))))))))....))).((....))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((((((((((.(((((((((((((((((......)))))(((((.((...(((((((((((....(((.....))).)))...))))))))(((....))).........((((............(((((.((.(((((((....))))))))).)))..))(((...(((.(((.......))).)))(((((((((....))))))))).)))))))..)).))))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))..(((.((((((((....)))))))).)))......)))))))............((.....))))))))))))).).)(((((......))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.((..(((((.((((((((..)..)))))))))))...(((.((((((((((......).))))(((((((((((((((((((((...)))(((..)))).))).))).((((.(((((((...)).)))))))))((((((.......))))).).).))).(((((..)).)))..))))))).((((...(((((.(((((......).))))..((((.(((((.(((((........))))))))))))))..((..))).))))(((..(....((((((.((((((........)))).))))).)))...))))(..)..))))..))))))))))))))))))))))...((((((((..)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................((......((....................(....(........)..(......).....(..).........)............................)).................)...).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................((...(........(......).........(((...).))........(.((........)).........((...........................................)).....).........(.......................(.(((.......))).)...............)...................).........))..................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((..............................................................................................................(((.(((.((((((....))))))))).)))...............................(((((((((....))))))))).....................................................................................((((((((....))))))))..........))))))).............(.....).)))))))))))...((((((......)))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((.(((((((((......))))))).)).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.((.(((((((....))))))))).)))...)))....(((.(((.......))).)))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).(((..((((((((....))))))))...)))....)))))))............((.....)))))))))))))....(((((......))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.(((((((((((((.((((((..(((((((((((.((.....)).((((((.........))))))......)))))))).)))...((((...((......))..............(((.(((.((((((....))))))))).)))..))))....))))(((((....(((.....(((((((((....)))))))))....)))..))))).))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....))))))..(((.((((((((....)))))))).)))......)))))))............((.....)))))))))))))...((((((......)))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....(((((....)))))............((((....))))....)))))..(((.........))).(((((.....))))).((((....)))).........)))............((((.....(((((((....)))))))))))....((((.....(((((((.......)).))))).((((((....))))))((((.........))))..((((.(((((.(((............))))))))))))((((((.....)).))))...((((......)))).(((....))).((((..........))))............)))).......(((((......))))).((((......)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.dddd..)))).(((((..bbb...)))))....((((.BBB))))...((((.aaaaaa...))))..AAAAAA(((..{{{))).((((((....)))..........)))............(((..<<<.(((((((....))))))).(((((((.........(((((((.......)).))))).((((((....))))))((((ccccc....))))..CC.CCC....((((.[[[[[[.....))))))))))).((((((.....)).))))...((((]]]...)))).(((....))).((((..........)))).))).............]]]>>>(((((}}}D..)))))(((((..DDD.))))). |
