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CACAGGGCAGGGUGGUGGCCAACAGCCACCCGGGGUGACCCGCGGGACAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCGGCUGCUCGGCAGCCGGUAAGGGUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCGCUCCAGGUGACUGGAGCGGCUCGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGUCCAGACAGCGUGUGCACGGCGCCUUCGGGCGUCGAGGAGACCGGCCCGGUCGAGCGCGCGGGUAGGACGCUAGAGCCGGCCAGCAAUGGUCGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCGCCGCGCCACCGGUAACGGGGGCGCGGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((((...(((((((....)))))))..((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((....))))))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((..(((((((........)))))))..((....))..(((....((((...(((.....((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))).)))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................(((((((((...)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................((((((........................................))))))...............((((((((....))))))))........................................).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))))((((....)))).........(((..............(((((((((...)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......)))).......((((....................................((((.....)))).............))))......((((((((....))))))))........................................).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((((........)))))))(((((..............................(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......))))).)))..(((..((((...(.((((((.(.(((((((....))))))).)..(((((...)))))..)))))).)...))))))).(.((((((((....)))))))).).(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((.((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))............))))......((((....................................((((.....)))).............))))......((((((((....))))))))......((....))........(....((....))....)..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....(((((....(((((((....)))))))....((((.....))))...))))).....))))......((((((((....))))))))...(((........))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((((.(....).)))))))(((((..(((())))...(............)...(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))).)))..(((..((((.(.(.((((((.(.(((((((....))))))).)..((((((.))))))..)))))).).).))))))).(.((((((((....)))))))).).(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(......(((((((((((...)))))))((((....))))........((((............(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))......)))))......((((.....((((((.........................((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...................((((((.((......)).)))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.[[[((((((.....))))))((((....))))........))))...........]]](((((((((...)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[.....))))......]]]]..((((......(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..)))))))....))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((((((.....))))))((((....))))........((((...(((.....((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).))))..)))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((([[......))))))((((....))))..........]]..............(((((((((...)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....................(((..((((.....((((((...(((((((....)))))))....(((((...)))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(((((.((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((.((((.......)))).))..)).)......(((((.......)))))..(.((.((((....)))).)))....))).......)...........(((......(((((((.......(.(................((...))).)..))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........).....))..................)))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........((((((((((((...)))))))))..)).)......(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...)))))))........(((..((..(.(((((.......................(((((...)))))..))))))..)).)))...(.(.((((((((....))))))))).)....................................)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((...((((((((((.....))))))((((....)))).((.....((((...(((.....((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...)).))))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....)))))))))).(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.....)))))).(((((.[[[[[[[.....................((((((((((((...))))))))............((((((.......))))))..((((((((....))))))))...))))..))))))))).......))))........))))..((((((((..))))))))....(((((...))))).((((]]]]]]]....))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((.....(((............(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))...))).))))...))..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).))))......((((((((....))))))))..................(((((((.(((....))).))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((..(((((((((.....))))))((((....))))..((......))..............)))....................(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...............................................((((.....)))).......................((((((((....))))))))............................(....).)))))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((.......)))))))..))))....(((((((.......)))))).)((((((((....))))))))....)))..)))))))))....(..((((.....((((((.........................(((((...)))))..)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))..........................(.(...).)....).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..(((((....((((((........................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......................((.(....).).).).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((.......)))))))..))))(...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..((((.....((((((.........................((((.....))))..)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..).........(.........)...(.(...).)....).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((.......)))))))..)))))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......)))))))))....(..((((.....((((((.........................(((((...)))))..)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))............((.......))...(.(...).)....).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.[[[[[[[.)))....]]]]]]](((....))).((((......................(((((((((...)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..)))).(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....))))........((((...(((.....((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))......))))..(((..((((......(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..)))))))....)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....))))((((......................(((((((((...)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..))))......((((.....((((((...(((((((....)))))))....(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((............))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............(((((.....))))).((((....)))).................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).......................................................................................(((...((....))...)))........................................).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(...)..((((((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))....)))))).......((((....................................((((.....))))..(((....))).))))......((((((((....))))))))........................................).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((......((.(.((((....)))).))).....))))).(((.....((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..)))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).))))))).(.((((((((....)))))))).).(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((..((((.(((((......((...((((....))))..)).....))))).(((.....((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..)))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....))))))))(((......)))..)).((.((.((.(((....)))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((......((.(.((((....)))).))).....))))).........((((((((((((...)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))))))..))))..)))(((((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....)))))))))).(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((((.(((...((..(.(((((((...))).)))))...)).(((..........(((((((((((...)))))))))..)))))....((((((((...))))))))(((((((((((..))))))))).)).....).))))))))..(....(((..)))...)))))..((((((((.(((((((((...))))..))))).(((.(((..(.......)))).)))((((((((....))))))))(((..)))).)).)))))((((((((((((..)))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................(.(((...........(......(....)........................((....))......)........................).)).).............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......................................................................................(...).(...............(.(.(.....)..)).(((....))).........(........(....).............).((....)).............)..............(.........................).....((.((((....)))).)).........................................).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((......((...((((....))))..)).....))))).(((........(((((((((...)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..)))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((..(((.((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))..)))..)))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....))))))))............))....(((((((.(((....))).))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((.(((((......((...((((....))))..)).....))))).(((.....((((((((((((...)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..)))..(((..((((..((..(((((((.(((((((....)))))))....(((((...)))))..))))))).)).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((.....)))))).(((....))).........))))..............((((((((.....))))))))...........((((((.......))))))...(((((((....))))))).((((((..........))).)))..((((.....((((((...(((((((....)))))))....((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.((.......))))))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...((((((((.....))).((((((....)))..))).....)))))............((((((((.....))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))){{{{{{...))))...}}.}}}}..))))..............(((((((....)))))))....((((..[[[)))).((((...]]].....))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((..((....))..))))))). |
