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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00431



RNA: ASE_00431
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((...............((((((.....((((...((.((((.(....).)))).))...))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....)))))...(((...((((....))))...)))..)))))))).)))))))..))))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((..(((.......)))....((((((.......((((((..(((((((.((((((..(((....(((..((((((....)))))).....)))...............((((((.....((((...(((..((((.......)))))))..))))..)))))))))...)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))..)).))))).(((.....((((....))))..)))..)))))))))))).))))..)))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(((((.((((((...((((....)))).............((((........((((((((((......))))).((((....))))..................(((((((....)))))..)).......((.........)).((((((....)))))..)..........)))))))))............((((((..............)))))).....................))))))................................)))))..)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((...........((((....))))((..((((((((........((((((((..((((((....))))))(((((....)))))....(((((........(((.((((((((((.(..(...................)..).)))))))..))).)))...))))).......................))))))))................(.((......(((....))).......)).)(((....))).........)))))))).)).))))..)))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..((((...........((((....))))....(((((((...................((((((....))))))(((((....))))).....................(((.((((((...........(((....)))........))))))...))).........((((......))))...((((....(((((((..............)))))))....))))...................((((....)))).........)))))))....))))..)))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((((.........((((....))))....(((.(((((((((........((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((............((((((((((.((.(......(((...)))....).)).)))))))..))).......))))).))))))))))...((((.....((((((..............)))))).....))))...................((((....))))........)))))))).)).))))..)))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(.........((((....))))((..((((((((..(((...((((((((((((((((....))))))(((((....)))))((..(((((........(((.((((((((((.((.(......(((...)))....).)).)))))))..))).)))...)))))))))(((.......)))......))))))))...)..(((....((((.((.(((..((((()))))....))))).))))....)).).....).))))))))).)))))))..)))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((...........((((....))))....((((((((.....(((((...(((((((((((....)))))((((((....))))))...(((((........(((.((((((((((....(((((..(((....)))...))))))))))))..))).)))...))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))...))))))))....))))..)))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((...((..((((....)))).)).((((((((((((.((((.((.((.....((((....)))))).)))))))))).........(((((.((((....(((..((((.....((......)).....))))..)))))))(((((.(((....)))...))))).((.(((.....((((....((((((((............))))))))....))))..))).)).....))))).((((....))))........)))))))).)))))))..)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((...........((((....))))....((((((((.............(((((((((((....)))))((((((....))))))....((((.........((.((((((((((...........(((....)))........)))))))..))).))....))))..)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))...................((((....))))........))))))))....))))..)))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((.......((.((........))............(((((......(((..((.(((((....))))))...(......)..........((.......((((((((....)))))..)).).......(((........)))(((.....)))........))......)))))))))...(((......((((...(..(((..))))).))....)..)))............)))))))................................))..))))).))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((...((..((((....)))).)).((((((((........(....((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((...............(((((((....(((((..(((......))).))))))))))))..((....))..))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))......)............((((....))))........)))))))).)))))))..)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((..((((((.(((((((......((((....[[[[[))))..))))...(((((((((((....)))))((((((....))))))...(((((............((((((((((.................]]]]].......)))))))..))).......))))).)))))).......))).....((((((((............)))))))).......((((..))))...))))))(((((..................))))).....))))..)))))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..((((((((((((...((((....))))((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((....)))))((...(((((.((....(((((((....)))))..)).))....((.........)).((((((....)))))..)..))).))))))))))))))..((((.(...((((((.....((....)).))))))...).))))...........)))))))...............((.(....).)..).).)))))..)))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..((((((((((((...((((....))))((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((....)))))((...(((((.((....(((((((....)))))..)).))....((.........)).((((((....)))))..)..))).))))))))))))))..(((((....((((((.....((....)).))))))...).))))...........)))))))...............((.(....).)..).).)))))..)))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((........(((.(((.((((((....(((((..(((....)))...)))))))))))...))).)))...))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))...)))))))).)))))))..)))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.............(((((((((((....)))))((((((....))))))...(((((...............(((((((....(((((..(((......))).)))))))))))).(((....))).))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))[[[[))))..............]]]].((((....))))........)))))))).)))))))..)))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((...........((((....))))....((((((((..(((((....((((...((((((....))))))))))...)))))........(((((.............((((((.....((((........(((((.....))))).....))))..))))))...((((.....))))...((((....((((((((............))))))))....)))).............))))).((((....))))........))))))))....))))..)))))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.........((((((................(((...)))...(((..............(((((......))))).((((....))))....................................(((......((.........)).(...((....)).....)........))).....)))...........................................................))))))........................((........))....))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((....(....).....((((((.....((((...((.((((.(....).)))).))...))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))...)))))))).)))))))..)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((..((..((((....)))).))...)))).((((..(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((........(((.((((((((((....(((((..(((....)))...))))))))))))..))).)))...))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))..)))).)))...((....)))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((..((....))..((((....)))).((((((.(((((.((.(((((.(((((((((((((....))))).(((((....)))))....(((((....(....).....((((((.....((((...((.((((.(....).)))).))...))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))..)).))))).((((....((((....)))).)))))).))))))))..))))))..)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((.(..(.((((((..)))).)).)(((.((((((.(((((((((.((((((((((((..))))))).(((((..)))))))).((((((((((((...((.((((((((((.(((..((..))(((......)))..))))))))))..))).))..((..(.((((....)).)))..)))))))))..)))))..))))))))..)))..(.......)((((.........))))..((((((..)))))).....).))))))))))))))))..)))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................(....................................................................(......)........)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.((........((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((....(....)......(((((.....((((...(..((((.(....).))))..)...))))..))))).))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).........((((....))))........))))))))..))))))..)))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((((.(((...((..((((....)))).)).((((((((.....(((((((.((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((...............((((((.....((((...(((..((..(.....)..))..)))))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))..)).)))))...(((...((((....))))...)))..)))))))).)))))))..)))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((..((((.(((....)))((((.........)))).))))....))))..(((((....))))).(((((....)))))......(((...........(((..((((....................))))..))).(((.((....))....))).))).(((.....)))............((((((((............)))))))).((((((.(((.........)))....((((....))))........((((.....))))......))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((..((((.......(((....))).(((.........)))(((....)))))))....(((....))).))))(((....))).((((.............))))......(((..........<<<<<<...)))..>>.>>>>.(((.....)))......(((..(((..{{{)))....((((....((((((((.......}}}..))))))))[[[.)))).....aaa...((((]]].((((....)))).))))...aaaa)))..AAAA...AAA........