|
|
|
GAUGAGAAAGCACGAGGGCAACUGACGCCGUAAGGUGAGGAAAGUCCCCCCUCCUCGGCAGGGCCCAGUUGGCGCAAGCCAGUGUUCCGAGAGGAAUGGUAAAGGCAAAAGAAAUCAACGGUUCCCAGUAAAGGAUGAACUCGAAGGGGAGACGUUUCUGGGAGAUCCGAUGGGAAGCCUUCCUGGGUGGAGAAAGUCUAAAAUGGCCCUGUGAAGCUGCCGUUAGGGCCGGGUGAGACGACUAGUCGAAUGUUGCCAGCCCGAAAGGGUGAACAGAAGGGGGCUUACUCCGUGGAUUCUCAUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((((...((((....))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{.(((((((((((....))))))(((((....)))))((...((((............((((((((((.........(((((...))))).......)))))))..))).......)))).)))))))))))...((((.....(((((..(((..}}}}}})))))))).....))))............))))))(((((....))))).......]]]]]]]].)).)))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((...............((((((.....((((...((.((((.(....).)))).))...))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....)))))...(((...((((....))))...)))..)))))))).)))))))..))))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((..(((.......)))....((((((.......((((((..(((((((.((((((..(((....(((..((((((....)))))).....)))...............((((((.....((((...(((..((((.......)))))))..))))..)))))))))...)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))..)).))))).(((.....((((....))))..)))..)))))))))))).))))..)))))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(((((.((((((...((((....)))).............((((........((((((((((......))))).((((....))))..................(((((((....)))))..)).......((.........)).((((((....)))))..)..........)))))))))............((((((..............)))))).....................))))))................................)))))..))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((...........((((....))))((..((((((((........((((((((..((((((....))))))(((((....)))))....(((((........(((.((((((((((.(..(...................)..).)))))))..))).)))...))))).......................))))))))................(.((......(((....))).......)).)(((....))).........)))))))).)).))))..)))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..((((...........((((....))))....(((((((...................((((((....))))))(((((....))))).....................(((.((((((...........(((....)))........))))))...))).........((((......))))...((((....(((((((..............)))))))....))))...................((((....)))).........)))))))....))))..)))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((.........((((....))))....(((.(((((((((........((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((............((((((((((.((.(......(((...)))....).)).)))))))..))).......))))).))))))))))...((((.....((((((..............)))))).....))))...................((((....))))........)))))))).)).))))..)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(.........((((....))))((..((((((((..(((...((((((((((((((((....))))))(((((....)))))((..(((((........(((.((((((((((.((.(......(((...)))....).)).)))))))..))).)))...)))))))))(((.......)))......))))))))...)..(((....((((.((.(((..((((()))))....))))).))))....)).).....).))))))))).)))))))..)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((...........((((....))))....((((((((.....(((((...(((((((((((....)))))((((((....))))))...(((((........(((.((((((((((....(((((..(((....)))...))))))))))))..))).)))...))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))...))))))))....))))..)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((...((..((((....)))).)).((((((((((((.((((.((.((.....((((....)))))).)))))))))).........(((((.((((....(((..((((.....((......)).....))))..)))))))(((((.(((....)))...))))).((.(((.....((((....((((((((............))))))))....))))..))).)).....))))).((((....))))........)))))))).)))))))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((...........((((....))))....((((((((.............(((((((((((....)))))((((((....))))))....((((.........((.((((((((((...........(((....)))........)))))))..))).))....))))..)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))...................((((....))))........))))))))....))))..)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((.......((.((........))............(((((......(((..((.(((((....))))))...(......)..........((.......((((((((....)))))..)).).......(((........)))(((.....)))........))......)))))))))...(((......((((...(..(((..))))).))....)..)))............)))))))................................))..))))).)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((...((..((((....)))).)).((((((((........(....((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((...............(((((((....(((((..(((......))).))))))))))))..((....))..))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))......)............((((....))))........)))))))).)))))))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((..((((((.(((((((......((((....[[[[[))))..))))...(((((((((((....)))))((((((....))))))...(((((............((((((((((.................]]]]].......)))))))..))).......))))).)))))).......))).....((((((((............)))))))).......((((..))))...))))))(((((..................))))).....))))..)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((((((((...((((....))))((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((....)))))((...(((((.((....(((((((....)))))..)).))....((.........)).((((((....)))))..)..))).))))))))))))))..((((.(...((((((.....((....)).))))))...).))))...........)))))))...............((.(....).)..).).)))))..))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((((((((...((((....))))((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((....)))))((...(((((.((....(((((((....)))))..)).))....((.........)).((((((....)))))..)..))).))))))))))))))..(((((....((((((.....((....)).))))))...).))))...........)))))))...............((.(....).)..).).)))))..))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((........(((.(((.((((((....(((((..(((....)))...)))))))))))...))).)))...))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))...)))))))).)))))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.............(((((((((((....)))))((((((....))))))...(((((...............(((((((....(((((..(((......))).)))))))))))).(((....))).))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))[[[[))))..............]]]].((((....))))........)))))))).)))))))..)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((...........((((....))))....((((((((..(((((....((((...((((((....))))))))))...)))))........(((((.............((((((.....((((........(((((.....))))).....))))..))))))...((((.....))))...((((....((((((((............))))))))....)))).............))))).((((....))))........))))))))....))))..)))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........((((((................(((...)))...(((..............(((((......))))).((((....))))....................................(((......((.........)).(...((....)).....)........))).....)))...........................................................))))))........................((........))....)))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((.......((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((....(....).....((((((.....((((...((.((((.(....).)))).))...))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))...)))))))).)))))))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....((((..((..((((....)))).))...)))).((((..(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((........(((.((((((((((....(((((..(((....)))...))))))))))))..))).)))...))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).((((....((((....)))).))))..)))).)))...((....)))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((..((....))..((((....)))).((((((.(((((.((.(((((.(((((((((((((....))))).(((((....)))))....(((((....(....).....((((((.....((((...((.((((.(....).)))).))...))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))..)).))))).((((....((((....)))).)))))).))))))))..))))))..)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((.(..(.((((((..)))).)).)(((.((((((.(((((((((.((((((((((((..))))))).(((((..)))))))).((((((((((((...((.((((((((((.(((..((..))(((......)))..))))))))))..))).))..((..(.((((....)).)))..)))))))))..)))))..))))))))..)))..(.......)((((.........))))..((((((..)))))).....).))))))))))))))))..)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................(....................................................................(......)........).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.((........((((....))))....((((((((.....(((((...((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((....(....)......(((((.....((((...(..((((.(....).))))..)...))))..))))).))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....)))).....))))).........((((....))))........))))))))..))))))..)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((...((..((((....)))).)).((((((((.....(((((((.((((((.((((....))))..(((((....)))))....(((((...............((((((.....((((...(((..((..(.....)..))..)))))))..))))))))))).)))))).......((((....((((((((............))))))))....))))..)).)))))...(((...((((....))))...)))..)))))))).)))))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((..((((.(((....)))((((.........)))).))))....))))..(((((....))))).(((((....)))))......(((...........(((..((((....................))))..))).(((.((....))....))).))).(((.....)))............((((((((............)))))))).((((((.(((.........)))....((((....))))........((((.....))))......)))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..((((.......(((....))).(((.........)))(((....)))))))....(((....))).))))(((....))).((((.............))))......(((..........<<<<<<...)))..>>.>>>>.(((.....)))......(((..(((..{{{)))....((((....((((((((.......}}}..))))))))[[[.)))).....aaa...((((]]].((((....)))).))))...aaaa)))..AAAA...AAA........ |