RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00434

RNA: ASE_00434
Rfam family: RNaseP_bact_b

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.((((((((..((((((......))))))..(((((((((((((............)))).)))))))))......(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........))))...))).......(((((....)))))....((...(((((((....(((.....(((((........)))))....)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))..))...)))))))).)))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..((.(((((((((....))))))))).))..)))(((((.((.......(((((.((((....((((((((((((((............))))).)))))))))..))))..((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........)))))..((((...(((((....))))).(((((...(((((((....(((.....(((((........)))))....)))..(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).........)))))))...)))))))))......)).)))))....)))))))))
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........(((((((((....)))))))))........(((((.....((((((......))))))...((((((((((((............)))).))))))))((........((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))......))................(((((....))))).......................................................(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......)))))....)))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((........)))))))................((((((((......)))))).)).......(((((............)))))..........................((((...................))))................................(((((....)))))........................................................((..........................))..............................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).((((((((((((((............))))).))))))))).....((.((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))......(((((.....((((....(((((....))))).........)))))))..)))).....)))))...(((...........)))....((((((((..............)))))))).(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......)))))))).)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((...(.((((((((((())))))))))).)...)))(((((.((((((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((...((((((()))))))..))))))))))))........)))......(((....(((((....))))).........))).((......))....))))(............)..........(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......)))))....)))))))))
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((....))))))))).(((...)))...(((((.....(((((..((((...((((((((((((((............)))).)))))))))).)))).((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))))))).(((((((.(((((....)))))..)))....))))..............)))))..(((....[[[[)))..]]]].(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................)))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.((..((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))).............(((((....))))).........(((((((....(((.....(((((........)))))....)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))....)).)))))))).)))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.......(((((((((....)))))))))........(((((.....((((((......)))))).((((((((((((((............))))).)))))))))........((((((((((((....(((......)))...))))))))))))........................(((((....))))).......................................................(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....)))))))))................(((((....))))).......))))))...)))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.((.(((((((((((((((......)))))))).......(((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((.......)...))))).(((((..)))))..((((((((..(((((...(((........)))..)))))..)))).).......))).......(..((((((((....))))))))..))))))................)))))))................)))..(((((((((((..........))))))))))).(((.............).))........))))))).((((........)))).))))...................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.((..((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))).............(((((....))))).........(((((((....(((.....(((((........)))))....)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))....)).)))))))).)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((..))))))))))........(((..(((((((((((......)))))).....((((((((((............))))).....(((((........((((((((((((...................))))))))))))......))))).....((((....(((((....))))).........))))(((..))).))))))))))............)))........(((((((((((..........)))))))))))((((((((((..)))))))))).......)))))))).(((((....)))))................)))))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((((ggggggggga......((ddddddddd((((((({{{(hh)))))).(((((((((c((ffffffff..ff..f(.<<))C))))))))).ee.)>nnnnnnnnnnn(>F..kkkkk))FFFFFFFF)NNNNNNNNNNN..)A)))))))HH}iiiii([[[KKKKK))...(((.jjjjjj....)]]]mm(..lllll.))))EEDD..)LLFF.LLLMMJDD..JJJ..(((((((((((..}}bbbb..)))))))))))((((((((((II)))))))))).III...)))))))).)GGGGGGGGGJJ...))....DDDDDBBBB)))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))((((((()))))).)((((((((..(((((...(((........)))..))))..).))))).....).(((((.(...)).((((((((....)))))))).)(...)...))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((............))))).......)))))))).(((((....))))).((.(....))...)...)))....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((....))))))))).......(((...(((((.....(((((..((((...((((((((((((((............))))).))))))))).))))...((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).((((.((.(((((....)))))......)).))))..............)))))..(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................)))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.....((((((......)))))).((((((((((((((............)))).)))))))))).....(((((((((((((((.(.(((((....))))).))))))))))))........)))).......(.(((.(((((....)))))..))))...(((((((....(((.....(((((........)))))....)))..(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....))))).......)))))))).)))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((....)))))))))..((((.......(((((.....(((((.(((((...((((((((((((((............))))).))))))))).)))))..((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).........(((((....)))))...........................))))).........))))..........(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................)))))))))
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((((((((((((((....))))))))).......(((...(((((.....(((((.(((((...((((((((((((((............)))).)))))))))).)))))..((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).((((.((.(((((....)))))......)).))))..............)))))..(((........)))...))).(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).......))))))))..)))).(((((.....)))))..................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.((((((((.......((((...((((...((((((((((((((............))))).))))))))).))))(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))))))))........)))))))).........(((((....)))))))).((...(((((((....(((...(.(((((........))))).)..)))..(((((((((((..........)))))))))))(((((((((....))))))))).........)))))))(((((....)))))..))...)))))))).)))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((((((((((..)))))))))))...(((.((((((.(((((((((......)))))).)))..(((((((((.((.......))))))).))))(((((.(..(.((((((((((((((((..(.......)...)).)))))))))))))))..))))))(((((......((((((((..)))))))).((...)))))))(((.((((((..))).((((((..))))))...(((.....(((((((((((........))))))))))).((((((((((..))))))))))..))))).).)))((.(((((....)))))).)..).)))))))).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................(.....(.((.(......).))...).......((...(......)..))..(................)....((......)).......(.......((...(.(...))..))...).................(...((..(......)..)).).......................................)....((..............)).......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((.((...(((((......)))))..(((((((((.((((............))))..)))))))))........((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))........................(((((....))))).........(((((((....(((...(.(((((........))))).)..)))...((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).........)))))))..................)).)))))))).)))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((....))))))))).......(((...(((((.....(((((..((((...(((..(((((((((............)))).)))))..))).))))...((((((((((((...(((((....)))))..))))))))))))..........))))).(((((((.(((((....)))))..)))....))))..............)))))..(((........)))...)))..((((((((((..........)))))))))).(((((((((....))))))))).......)))))))).(((((....)))))................)))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.(((((((((....))))))))).....((((.(((((.((((((.(((......))))))))).((((....))))........)))))..((((....))))..(((..((((.......))))..(((((((.....)))))))..(((....))).)))........)))).(((((....))))).(((.......((((.....................)))).((((.....)))).)))..((((.....((((....))))......(((((((((....)))))))))...)))).))))))).(((((....)))))...((((..........))))....
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