RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00438

RNA: ASE_00438
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.[[[[[[.(((((((((((....))))))(((((((((((....)))))))))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...(((......((((....((((.]]]]]]))))..((((((((....)))))))).....))))........)))...((((((.....))))))((((((((((....))))))))))...............((((((((((....))))))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((...(((..(((..((..(((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....))))).((((........))))..)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........)))))))))))..)).......((.((((...(((((......)))))..(..(((((....)))))..).....))))..)).......((.((((((.....)))))).)).((((((....)))))).))).)))............(((((((((....))))))))).......)))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((....(((((...((((((....))))))..((..((((((.....(((((....))))).((((........))))..))))))..)).))))).....)))))....(((..(((.....(((.(((((((..((....))..))).)).)).....((((....(((((..(((...((.((((...(((((......)))))..((((((((....)))))))).....))))..))....))))))))..((.....))))))(((.((((((....)))))).))).))).....)))))).(((((((((....))))))))).......)))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.............((((........((((((((((......))))).((((................))))........................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............(((.................................................................)))...............((((((((....))))))))................).......................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.....((((((..(((((((((((..................((....)).((((....))))...................(((((((((....)))))))..)).......((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).............)))))))))))..........(((.......)))))))))......((((((((....))))))))...............(((((((.((((((.....)))))).)).((((((....)))))))))))...............(((((((((....))))))))).......)))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(..........)...................................................(((((((((....)))))))..)).......((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).....................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((((((((....))))))(((((((.(((....))).)))))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..)).......((.(((.......))).))(((((..((....))..)))).)..)))..)))))))))))))...(((......((((...(((((......)))))..((((((((....)))))))).....))))........)))((.((((((.....)))))).)).((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))).......)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((....(((((((..(((((((((((........((((((((.(((....))).)))))(((.....)))..........(((.(((((((((....)))))))..)))))....((.(((.......))).))(((((..((....))..)))).)........))))))))))))))..........(((.......)))))))))).....((((((((....))))))))............(..(((((((.((((((.....)))))).)).((((((....)))))))))))...............(((((((((....)))))))))......))))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........(((((((.......)((((((((((...(...))))..)).(..(((....)))..)..............................(((............)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((........................................))))...................))..............((.((((((....)))))).))..........))).)......................(...)...).))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.[[[[[....))))......((((((....)))))).((((((.(((....))).)))))).......]]]]]..........(((((((((((....)))))))...[[[[[........)))).....]]]]].((((............))))(((.......[[[[......)))...........]]]]...(((((.[[[[.)))))..((((((((....)))))))).........]]]]......(((.[[[[)))......]]]](((.((((((....)))))).)))............(((.[[[[[[[[)))...]]]]]]]]................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((....))...(((((((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....))))).((((........))))..)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........))))))))))))))).(((((.((.((((...(((((......)))))..((((((((....)))))))).....))))..)).)).)))((.((((((.....)))))).)).((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))).......)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.....((((((..(((((((((((..........((((((.(((....))).))))))..........................(((((((....)))))))...........((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).............)))))))))))..........(((.....[[))))))))).]]...((((((((....))))))))....................((.((((((.....)))))).)).((((((....))))))....................(((((((((....))))))))).......)))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((......))........(((((.........((((((......))))).............(((...........((((((((((....)))))))..)).).....((((((.......)))))).(((((.((....)).)))))....))).......)...)))))....((...(..((((..((................(.......(((((...)))))....)...........)....)))))..)..)).....(..(.((((((....)))))).))........)))))))).......................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........(....(((((((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....))))).((((........))))..)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........))))))))))))))).(((...((.((((...(((((......)))))..((((((((....)))))))).....))))..))....)))((.((((((.....)))))).)).((((((....)))))).((.............))).(((((((((....))))))))).......)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((.....((((((..(((((((((((......((((((((.[[[[[...))))))))(((.(((....................)))((((((....))))))....(((((.................))))).((((............))))....)))......)))))))))))...........(((......)))))))))]]]]].((((((((....))))))))......)))))))...(((((..((((((.....))))))....((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))).........)))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((................)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....(((................................................(((((.....)))))..)))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)........................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((................)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....(((................................................(((((.....)))))..)))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)........................((.(....).)..).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....[[[[[..))))..(((..((..(((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....))))).((((........))))..)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........)))))))))))..))...((..((.((((...(((((......)))))..((((((((....)))))))).....))))..)).((((((((.((((((.....)))))).)).((((((....)))))))))))).....))...))).(((((((((....))))))))).......]]]]]....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.............(((((((((((...((((((..(((.(((((((....(((((....))))).((((........))))).)))))).)))..))))).)..((((........(((.......)))...(((((............)))).).......))))))))))))))).(((((....((((...(((((......)))))..((((((((....)))))))).....)))).....)).)))...((((((.....))))))....((((((....))))))....................(((((((((....))))))))).......)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........))))......((((((....)))))).((((((.((((...((((((..((((.....((((........))))...(((((((....)))))))....)))).............((((.....)))).............))))))........((((....................))))........))))))))))...((((((((....)))))))).......((((((....((((..((((((.....))))))....((((((....))))))...........)))).....(((((((((....)))))))))......))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...(((..............(((((......))))).((((................))))..............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))...................................................................................................(((...((....))...)))................).......................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........(((..((..(((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....))))).((((........))))..)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........)))))))))))..)).(((.((((.((((...(((((......)))))..(..(((((....)))))..).....))))..)).)).)))...((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).............))).(((((((((....))))))))).......)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((((....(((((((..((..(((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....))))).((((........))))..)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........)))))))))))..))...........(((......)))))))))).....((((((((....))))))))......)))))...((((((((.((((((.....)))))).)).((((((....))))))))))))...............))).((((....))))..((((..........)))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.....((((((..((..(((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....))))).((((........))))..)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).))(((((..((....))..)))).).......)))))))))))..))...........(((......)))))))))(((...(..(((((....)))))..)......((((.((.((((((((.((((((.....)))))).)).((((((....)))))))))))).....((.((((........)))))))).)))).)))......)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..(((..)))...(((((((((((((((((((((((.((((((....(((((((((..))))).))))(((((...(((((((..(((.((((.(((((((((((((((....((.(((((..)).))).))((((((..........))))).).(((((((((((((.(............))).))))))).)))))))))))))))))(((((((((..))))))))).))).)))))))))).)).....(((((((...)))))))(((.(((((((..)))))))))).)....)))))))))))))))).))))))))))..))))))))...)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................(.........)..(((........((.((......))))......(..((...(...)....................))...)...)))......(.............).....(....)........................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........(((..((..(((((((....(((((..(((.((((((.....(((((....)))))..(((........)))...)))))).)))..)))))....((((.....((.(((.......))).))(((((..((....))..)))).).......)))))))))))..))..........((((...(((((......)))))..(..(((((....)))))..).....))))...........((.((((((.....)))))).)).((((((....))))))................))).(((((((((....))))))))).......)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........(((..((..(((((((....(((((..((..((((((.....(((((....))))).((((........))))..))))))..))..)))))....((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........)))))))))))..)).......((.((((...(((((......)))))..(..(((((....)))))..).....))))..))....(((...((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))........))).))).((((..(((....)))..)))).......)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.....)).))))......((((((....))))))..(((.........))).((((....))))...((((..............(((((((....)))))))...(((((.................))))).((((............))))....))))..((((....................))))...(((((......))))).((((.((((....)))).((((.....)))).....))))....((((((.....))))))....((((((....)))))).(((.(((.............)))..(((....)))(((..........))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((.bbbbb....))))...BBBBB((((....))))...(((<<<<<<.....(((((((....))))..((((........))))...(((((((....)))))))...{{{{{...))).......((((}}}}})))).((((((....................((((....[[[[............))))...(((((.aaaa.)))))AAAA.(((((....))))).(((.....)))]]]].))))))...((((((.....))))))....((((((....)))))).)))..........>>>>>>))).(((((....))))).((((..........)))).

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