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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGGCAGGGUGCCGGGUAACUCCCGGUGAAGGUGACUUCAAGGAAAGUGCAACAGAGAUAUACCGCGGGCUAGAGAACAGAGAACAGAAUAUUAAGUUUGCUGCAAAGGCAAUCGUAAUCUGGUCUCUGACAUCUGUUCUCUGUUCUCUGGAACGUAAGGGUGGAAAGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGCGGCAUGGCGACUUGCCGGUCUAUGUAAACCCCACUCGGAGCAACACCAUGGAGGGACAUAUGGGCUGCCCGCCCGUCCCAUGGAGGUGGCUUGAGCUGUACAGAAAUGUAUGGCCUAGAUAGAUGAUCGUCAAAUACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((..(((......((((((.....))))))((((....))))........((((...........(((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))..)).((((..((((((.......))))))..(((((........))))).))))))))..)))....))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....))))..(((.((((((((....))))))))...(((........))).....)))...)))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................((((((.......))))))..(((((........))))).............................................................................((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((..........................................................................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............))))))))).............((......................))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............(((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((..........................................................................)))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...................)))))..((((......((......................)).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((........((.((((((.....))))))((((....)))).......................(((((..(((((((((((((((((((..((((.(.(((((.....))))).).))))...((.....)).)))))))))))))))))))..)))..)).......((((((.......))))))..(((((.(....).)))))...........)).....))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....))))......((((((((....))))))))........(......)............)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((..(....((((((((((.....))))))((((....))))......................((((((..(((((((((((((((((((..((((.(.(((((.....))))).).))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))..)).).....((((((.......))))))..(((((.(....).)))))..........))))..).))))))..((((((...(((((....((((.....)))))))))))...))))......((((((((....)))))))).......((((()))))...........)))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...(((((((.((...........((.(.....).)).))..........(.....................(((((((((((...)))))).................((((.......))))...................(.((((......)..)))....)....((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))........(......(((((....((((.....)))))))))......)...((.(.((((((((....))))))))).))......)))))))...............))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((.....(((...........((((....(.((...(((............................................................)))...)).)....))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).....)))....)))))))))))............(((((....((((.....)))))))))..........((.(.((((((((....))))))))).)).......................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((.......((((.....(((..(((...(((((....))))).)))...))).(((.((((.(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((........))))))))).)))..))))....))))))......(((..[[[[)))..((((.....)))).]]]]..(((.(((..((((((((((((....))))))))...(((.....))).)))).)))....)))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((....((((.(((((.....))))).((((....))))........((((..(((....(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((........))))).))).)))).))))..))))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....)))).((...((((((((....))))))))..))...(((....)))...........))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.......((((((((((.....))))))((((....)))).......................(((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...((.....)).)))))))))))))))))))..)))...))......((((((.......))))))..(((((........)))))..........))))....))))))..((((((...(((((....((((.....)))))))))))))...))......((((((((....))))))))............................))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.((.................................(((((...)))))))(((......))).........(((..........((((((....................((((((...............................)))))))))..)).).....((((((.......))))))((.((((((....)))))))...).)))...................(((..((..((((......(((...)))..))).)..)).))).....(.(((((.((....)).))))))........))))))))................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((....((((.(((((.....))))).((((....))))............(((.(((..(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((........))))).))).)))..))))..))))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.......((((.(((((.....)))))(((((....)))))............((((((....[[[[...[[[[[[[[[[[[[[[[[[[.........(((((.....)))))...........))))))...]]]]]]]]]]]]]]]]]]].........]]]]...((((((.......))))))..(((((........)))))..........))))....))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....))))......((((((((....)))))))).......((((..))))...........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).((((((((((.....)))))(((((....)))))......................((((...((((((((((((((((..................................................)))))))))))))))).........))))...((((((.......))))))...(((.(((((...))))))))...........))))).......((((.((..(((((....((((.....))))))))).))..))))......((((((((....))))))))............................))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((..............................................................................)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((......))))))..)..)))..))))))))))))))..((((......((.....(((((.....)))))..)).....)))).)..(.((((((((....))))))))).....................(.(....).).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((..............................................................................)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((......))))))..)..)))..))))))))))))))..((((......((.....(((((.....)))))..)).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..(...........(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((..............................................................................)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((......))))))..)..)))..)))))))))))))(..((((......((.....(((((.....)))))..)).....))))))..(.((((((((....))))))))).....................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((....((((.(((((.....)))))(((((....)))))...........(((.((((.(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.(....)))))))..(((((........))))))))).)))..))))..))))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....))))......((((((((....)))))))).......(((....)))...........))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((.........(((((....)))))......................((((...(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...)))).............))))))))))))))))))).......((((((...((((((.......))))))..(((((........))))).............)))))).........((((((........((((((.....)))))).))))))..)))).....((((((((....))))))))..........................)))))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((............(((.......((((.....)))).(((........))).......(((....(((.............................((((.....))))(((.....))).........................................................((((((.......))))))....................................)))...))).((((.....(((((.................))))).....))))......((((((((....))))))))..............))).............))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).......................................................................................................................(((......((...............))..(....((....))....)............))).....)))......................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(((..((...(((((.....))))).((((....)))).......................))..............................................................................................((((.....((.(((.......))).))..(((((((....)))))))..........))))..)))))))...(((.......((......................))......))).((.(.((((((((....))))))))).)).......................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((....((((((((((.....))))))((((....))))............(((.(((..(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((.(....).))))).))).)))..))))..))))))))..((((.(.(.(((((....((((.....))))))))).).).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...(((....)))...........))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((....((((((((((.....))))))((((....))))............(((.((((.(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((.(....).))))))))).)))..))))..))))))))..((((.(.(.(((((....((((.....))))))))).).).))))..((((((((((((....))))))))...(((.....))).)))).........))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((...((.((((.(((((((...((.(((((((((.(...(.((.(..)..((...............))((((.(((((((((((((((((((.(.((((((((((((....).))))))))))).((.((...)))))))))))))))))))))))).)))).(((((((((((((((((..)).)))))))))((((........))))((((......))))))))))..))).)))))).)))).))((..))))).)))))))))).((..))((((.....))))((..))....(((((...(((..))).(........)))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((....))(..)........................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................(.(..).)..(..........(.........(.(.(..........).(..(....)..)......((..(..........((.(...(.......).)...))..)....((((((.......))))))((..(...(....)....)...))..)).......).).)...)..(((.......((.....(((((.....)))))..))......))).((...((....((....))...).)..))................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((....((((((((((.....))))))((((....))))............(((.(((..(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((.(....).))))).))).)))..))))..))))))))..((((.(.(.(((((....((((.....))))))))).).).))))......((((((((....))))))))............................))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((..((((.(((((.....))))).((((....))))......................((((((..(((((((((((((((((((...........(((.....)))......................)))))))))))))))))))..)))...))).....((((((.......))))))..(((((........)))))..........))))..))))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((....((((((((((.....))))))((((....))))............(((.((((.(((((((..(((((((((((((((((((..((((...(((((.....)))))...))))...(((...))).)))))))))))))))))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((........))))))))).)))..))))..))))))))..((((.....(((((....((((.....))))))))).....))))..((((((..((((....))))..))...(((.....))).)))).........))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.((((....))))..(((((((((.....))))))((((....))))......................))).)))))).(((((((((...((((..........((((.....)))).(((.....)))..))))...))))))))).((((....))))....((((((...((((((.......))))))..(((((........))))).............))))))..(((...........(((((....((((.....)))))))))..(((...(((....))).(((......))).(((..............)))..........))).))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((........(((..<<<)))(((..>>>)))..(((((....)))))......................)).)))))).(((((((((...((((..........((((.....)))).(((.....)))..))))...))))))))).((((....))))....((((((...((((((.......))))))..(((((........)))))[[[[[........)))))).((((......(((..{{{{{.)))((((.....))))}}}}}..(((...(((....)))..(((....))).((((.]]]]]........)))).........))).)))). |
