RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00443

RNA: ASE_00443
Rfam family: RNaseP_nuc

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.......((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........)))))))....................((((((...))))))..
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((.(((((((((..((((((((((...))))))))))..)))))))))......(((((....)))))....((((((....)))))).((((((((((..........(((((((((((...)))..))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).(((...)))...((((((...))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.......((((.........(((((...........)))))))))....((((......(((((....)))))....((((((....))))))..(((((((...............................................))))))).....)))).......................................)))))(((((.....)))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))....(((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...................((((((...))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....))))..(..((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........))))))))...................((((((...))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((.(((((((((...((((((((.....))))))))...)))))))))......(((((....)))))...(((((((....)))))))((((((((............((((((((...........))))))))........))))))))))))))...(((((((.........)))))))....))).............((((((...))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......((((((()))))))...(((((((....)))))))((((((((((..........(((((((((((...)))..))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).............((((((...))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...................(.((.....................)))...................(......).................................................................................................................((((..........))).....)................)))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))...(((((((....)))))))((((((((((..........(((((((((((...)))..))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))((((...))))..((((((...))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))).))))))..((((((((.........))))))))...))).))..........((((((...))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))....(((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...................((((((...))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.................(..(.....)....................)(............((..........)).............................(.....((((..(.((.((((.(......).)))))))))))..)..............................................................(...)).......))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))..((((((((....))))))))((((((((((.........((((((((.((...))...))))))))....).))))))))).))))))..((((((((.........))))))))...))).((.....))...((((((...))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......((((((..))))))...(((((((....)))))))((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))((((...))))..((((((...))))))..
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..)).)))))))))))))))..[[[[[[[[)))).....]]]]]]]]......(((.....)))..(((((.....)))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(.(((((....))))))..(((((((....)))))))(((((((((((.........(((((((((((...)))..))))))))....).))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))((((...))))..((((((...))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))...........((((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))).......((((((((...........))))))))..)))))).(((((..........((((((((.........))))))))....)))))..........((((((...))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((..............................))))....((((......(((((....))))).....(((((....))))).....................................................................)))).............................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).))..........(((((.....)))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..........(((((((((..((((((((((...))))))))))..)))))))))......(((.((..((..(((((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..)).))))))))))))))...((((((((.........))))))))))..)).)))......))).((((.....))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((.((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....))))....(((((((....)))))))((((((((((((....)...((((((((...........))))))))....)).)))))))))))))))..((((((((.........))))))))...))).))..........(((((.....)))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..)).((((((..((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))....(((.(((((..))))))))((((((((...).)))))))(((((((((((.(...)..(((((((((((...)))..))))))))..).))).))))))).))))))..(((((((((......).)))))))).(((..(...).....)))((((((...))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................((....)).............
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((.((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))..)..........((((((...))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((.((((((.(((((((((..((((((((((...))))))))))..))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........))))))))...)))..)..........(((((.....)))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((............((((((((.....)))))))).(((....))).......(((((....)))))..((((((((....)))))))).((((............)))).(((((...........)))))))))))))....(((((.((((.((.....))))))...(((((......))))).)))))..........(((((.....)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((((((.............((((((((.....)))))))).(((....))).......(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((..............(((((...{{{{{...)))))...}}}}}..)))))))))))))))..[[[[[[[[....)))).]]]]]]]]......(((.....)))..(((((.....)))))..

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