RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00447

RNA: ASE_00447
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((((((...(((((..(((.(((........((((.((((((((.....(((((.........(((((.((((.....))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))........((((((.....)))))).)))))))).(((((.....((....))......((((((((....))))))))..)))))....)))).....))).))).)))))..)))))))).....))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...(((((((((((((((......((.((.((((((((((...(((((.((............(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..))))).....)).)))))..))))..(((((.......)))))...)))))).(((((....)))))....))....((((((((....))))))))....)).......))))).)))))....)))))..)))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.....))))))))).............((((.........((((((((((.....))))).((((....)))).......................((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((....................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))...................))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...((((((((((((((.....)))))))))............(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((.......((((((((((((...))))))))..)).))....((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))..((((.....(.(((((((...(((.......))))))))))).....))))...((.((((((((....)))))))).)).........................)))))..)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..........((((...............))))........(((((((((.............(.(((((...))))).)((((....))))........................(((((...........))))...).......((((((.......)))))).((.(((((....))))).))..................))))...((((.......(((((....................)))))......))))......((((((((....))))))))..........................)))))......)))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..........(((((((((.....)))))))))....(((.(((((((((.........(((((..(((.....)))((.((((....)))).)).....((((((.........(((((((((.....)))))))..)).......((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..........)))))))))..............((((((...((((.......))))))))))(((.....))).....((((((((....))))))))..........................))))))))...)))))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...((((((((((((((.....))))))))).((.....))..(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))..)).)))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))..((((.....(.(((((((...(((.......))))))))))).....))))...((.((((((((....)))))))).)).........................)))))..)))))))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...((((((.((.(((((.......))))).))..........................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((((((.....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))..................(((((....................)))))................((((((((....))))))))..........)))))).............(.....).)))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...((((((((((............((((.((((((((.....(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))........((((((.....)))))).)))))))).(((((...(((.....))).....((((((((....))))))))..)))))....))))....)))))....)))))..)))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...((((((((((((((.....))))))))).(((...)))..(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))...........((.(((((...((((.......))))))))))).(((........((.((((((((....)))))))).))........)))..............)))))..)))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...((((.(((((((((.....)))))))))............(((((.((............(((((...)))))..((((....)))).((((...((((((.......((((((((((((...))))))))...))))....((((((.......))))))....(((((....)))))))))))...)))).....)).))))).............(((((((...(((.......)))))))))).............((.((((((((....)))))))).))..........................))))..)))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...(((((((((((((((.......))))))))............(((((.........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((..........((((((((((.....)))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(.((.((((((....((((...)))).))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))).....................)))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((.(((((((((.....))))))))).(((...)))..(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))..(((......(.((((((...((((.......)))))))))))......)))...((.((((((((....)))))))).)).......))))))...................)))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((((((((((.....))))))))).(((..(((((.(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...)))))))))).............(((((((................))))))))))))....(((..)))(((((((....)))))))))).......)))))))...................)))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((....(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...((.(....).)..).)))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...((.(....).)..).)))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...(((((((((((((((.........((.((((((((.....(((((.........(((((.((((.....))))..((((....)))).(((((..((((((......((((((((((((.....)))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))........((((((.....)))))).)))))))).(((((....)))))....)).((.((((((((....)))))))).))..........))))))).)))....)))))..)))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((.(((((((((.....))))))))).(((...)))..(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.(....)))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))..(((((....(.((((((...((((.......)))))))))))...).))))......((((((((....))))))))..........))))))...................)))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((........(((((((((.....)))))))))....(((((...(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))..............((((..(((((..........(((((....)))))..........((((((((....))))))))....)))))...)))).............))))).)))))))))))....
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...(((((((((((((((.........((.((((((((..(..(((((.........(((((.((((.....))))..((((....)))).(((((..((((((......((((((((((((.....)))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))..).....((((((.....)))))).)))))))).(((((....)))))....)).((.((((((((....)))))))).))..........))))).)))))....)))))..)))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((..(((((((((.....))))))))).......((((.(((((.........(((((.((((.....))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...)))))))))).............(((((((...(((.......))))))))))))))......)).((.((((((((....)))))))).))........)))...(((............))))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((((((((((.....))))))))((((((((((...(((((.........(((((.((((.....))))..((((....)))).(((((..((((((......((((((((((((.....)))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))..))))..((((((.....))))))...)))))).(((((....)))))....)).((.((((((((....)))))))).)).......)))))).......(....)......)))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..((((.(((((((......).))..))))))))(((.(((((((((..)))....(((((.((((......((..(..)))(((((..)))))...(((((((.......(((((((((((...))))))))..)))....(.((((((((..)).)))))).)...(((((..)))))))))))).....))).))))))...(((.((((.((..(((((((.....((((.....))))..)))))))..))))))...)))(((((((((..)))))))))(((...............).))..).))))))))))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((................................................................................................................................................................................................................................................(.........................(.......).........................................................)...))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((...(((((((.....))))))).(((((((......(((((.........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))........((((((.....))))))..))))))).......................(.((((((((....)))))))).)........))))))...................)))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...(((((..(((.(((........((((.((((((((.....(((((.........(((((.((((.....))))..((((....)))).(((((..((((((......(((((((((((((...))))))))...)))))...((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..)))))...))))))))))........((((((.....)))))).)))))))).(((((.....((....))......((((((((....))))))))..)))))....)))).....))).))).)))))..)))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((........(((((((.((.......))))))))).......)))..(((((...........(((.((((.....))))..((((....)))).(((....)))..........))).(((((((.....)))))))...((((....((((((.......))))))......(((....))).(((.........)))..)))).))))).(((.......(((.....))).(((.......))).)))....((((..((((....))))..(((....)))(((.......)))..((((...............))))........)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((......((.[[[[.))((((.....))))]]]]((((((((.....(((((...........(((.((((.....))))..((((....)))).(((....)))..........))).(((((((.....)))))))...((((....((((((.......))))))......(((....))).(((.........)))..)))).)))))........((((((.....)))))).)))))))).(((((....))))).((((....)))).((((....))))...))))...........................(((((.........))))).

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