RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00448

RNA: ASE_00448
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((.((((((((....))))))))....{{{.{{{{{((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((...((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))(.(((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........}}}}}}}}.).))))))))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((((((((((((((((.((((((((((.....(((.(((..((.....)).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))........((((((((......))))..))))....))))))))))))....))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................((((((...)))))).((((....))))........(((..............(((.....((((....))))...)))..(((((....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).............)))))...)))...........((((((....((((.....)))).))))))...........................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((((.....((((..........))))..((((....))))..(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((....(((((((.......)))))))((.((.((((.....)))))).))....))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))........((((((((......))))..))))....)))))))))))))))...
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((...(((((....)))))..............................................................................................((((....))))................(((((((.......)))))))...(((((....)))))...............................................................................................................)))))))))....................)))))))))))))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((.(((((....))))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.(((((((.((((((((....))))))))............(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((...((((((....)))))).)))...........((((((.......)))))).((.(((((....))))))).............))))))))))..((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).)).........(((((((((((((........(((((.....)))))((((................................))))..................................(((((((.......)))))))...(((((....)))))....................((.......))..........)))))))...)))))).........................((((((((....))))))))....((((((....)))))).........)))))....)))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.........((.(((((....))))).)).........(((..(((.............((((((...)))))).((((....)))).........((..............(((.....((........))...)))..........(((((((.......)))))))((.(((((....)))))))))................)))((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))).............((.......))....))).......))))))))))........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((........((.(((((....))))).))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((............(((((.....((((....))))...)))..)).......((((((.......))))))(...(((((....)))))...)...))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((.......)))..)))))))).).)))))))))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).)).((..(((.((((((((((((((.......((((((...))))))(((((....)((....................))..)))).......((((.((.(....))).))))((....(((((((.......)))))))((.(((((....)))))).)........))((....(((.......)))....))..))))))))...)))))).)))....)).(((.........(.((((((((....)))))))).)..(((((((())))))))......))))))))....)))))))))))))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((......((.((.((((......)))).)).)).(((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......................(((((...((........)).)))))..((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........)))))))))))))(..((((......((((((..................)))))).....))))).....((((((((....))))))))...........................))))))))...))))))))))........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((...))).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......))))))....(((((....)))))...........))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))..((((...(((((((......))))..))))))).)))))))))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((.(((...(((.(((..(((...))).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......))))))((..(((((....)))))..)).......))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).))))).))))))))))))))))......((((((((((......))))..))).))).)))))))))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((......((.(((((....))))).)).....[[))((((((((((((((.......((((((...)))))).((((....))))..................................((......))..................((((((.......))))))....(((((....)))))........................................))))))))...))))))..]]....((((((...........((((((((....))))))))..........................))))))......)))))))))))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.((((((((((((((((....))))))))............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((..........((((((((.(..(.......).).)))))..)).).....((((((.......)))))).((.(.(((....))).)))....))).......)))))))))...(((...(..((((((...((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................))))))))))........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((..((.(((((((......))))))).))...))))...((((.............((((((...))))))..(((....)))...........................((((...(((......))))).))...(((((....((((((.(...).))))))(((.(((((....))))))).)...........))))))))).(((.((.......((((((...(((((...)))))))))))..(((......((((.((((((((....)))))))))))).........((((...))))..))).)))))...))))))))))........
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((.((....(((.(((..(((...))).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))........((((((((......))))..))))....)))))))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((........(((.(((((....)))))............((((((((((((((((...)))(((((...)))))((((((((......)))....................)))))...(((((((((((((.........((((....(((((((.......)))))))...(((((....)))))...........))))..)))))))...........)))))))))))))...))))))))).....((((((...........((((((((....))))))))............(((((...))))).))))))......)))))))))))))))...
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((....(((((((((.........))))....(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((..(((((((....))))....)))..))))....((((((.......)))))).((.(((((....)))))))....((....)).))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))....)))))....)))))))))))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((.(((((((((...............................(((((.....((......(((((.....)))))..(((....)))..........................)).....................((............((((((.......))))))..((.((((....)))))).............))....)))))..((((..((..((((((..................))))))..)).))))))....((((((((....))))))))..........)))))))..........(...)......))))))))..........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((.(((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..(........((((((...((((........)))).)))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(....((((((((....))))))))...).....)))))))).....(.(...).).....).))))))))))........
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..(........((((((...((((........)))).)))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(....((((((((....))))))))...).....)))))))).....(.(...).).....).))))))))))........
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........((.((...((((........)))).))...)).))....((((((.......)))))).((.(((((....))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))..........))))))).....(.(...).).......))))))))))........
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((.(((..((.....)).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.(((.........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........))))...)))..)))..((((..((((...))))))))..))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))........((((((((......))))..))))....)))))))))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.(((((((((.((...(((.(((..(((...))).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((.(......(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.(....)))))))(((.(((((....))))))).).......))))...)))..)))..((((..((((...))))))))))))).)))))))..)))))))..)))))))).))))).))))))))))))))))..(((...((((((((......))))..))))))).)))))))))))))))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((...((((.....(((((....)))))............((((((((((((((....(((((......(((((...((((....)))).....................(((((.......((((....))))..))))).)))))...(((((((.......)))))))...(((((....))))).)))))...........((((.............))))..))))))))...)))))).))))...((((((...........((((((((....))))))))....((((((....))))))......))))))......)))))))))))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.....(((((((......................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).....................................................(((......((...............)).((....((....))...))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........))))))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.((((((((((.(((((....))))).)).((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((...((((((....)))))).)))..((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........))))))))))))))..((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....)))))))).........)))))))).......(....)........))))))))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((.(((..((.....)).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))........((((((((......))))..))))....)))))))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((...))).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))((........)).....((..((.......))..)))))))))))))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((....((((.((.(((((....))))).)).(((.(((.(((((((((((((((.((((((((((.....)))))(((((....)))........((((..........(((((((.....((((....))))...)))...))))...(((((((.......)))))))((.(((((....))))))))))).))......)))))...))....((.....))...)))))))...)))))).)))...)))((((..(((.((.(.((((((((....))))))))).))((((((....)))))))))...))))))))....)))))))))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((......(((.(.((((((..))))))))))...(((.(((((((((...((((..((((((.((((..(((((((((.(((....((..((((..(....................)..)))).....))..(((..........))).((((((((..)).)))))))))))))))).))..)))))))))..)..).)))....)))...(((((.((..(((((((..................)))))))..)))))))((..))((((((.(...)))))))(((((...))))).((.((..)))).).))))))))...)))))))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................((((........................(.........(........).).............................................(.)....))))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................(((......(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((....(((..((........((.((......((......))....))...)).))....((((((.......))))))(((...(((....)))..)).)...)))...))))))))))))..((((....(.((((((....(.(.(...).)..)))))))...).)))).(....((..(..(....))..)).....)...................((.......))...........)))........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((.......(((.(((..(((...))).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......))))))....(((((....)))))...........))))...)))..)))..(((...((((...)))).))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))....))))))))))))).........(((((((......))))..))).....)))))))))))))))...
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((....((((.((.(((((....))))).)).(((...)))..((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....)))).....................(((((((.....((((....))))...)))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).............))))).((((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))..........))))(((...)))...............)))))))))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((.(((..((.....)).)))))).........(((((((((((((((((((((((((((.((((........(((..(((.....(((((.......((((....))))..))))).((((.....((((((.......)))))).((.(((((....))))))).........))))...)))..)))..((((..((((...)))))))).)))).)))))))..)))))))..)))))))).)))))..)))))))))))))))........((((((((......))))..))))....)))))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.....(((((....))))).....(((....))).)))........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((..............((((....((((....)))).(((.......)))..))))(((((........)))))..(((((....)))))..)))).(((.(((..(((((((.....((((..(((.....)))))))..(((....)))...))))))).))))))....((((((((....)))))))).....((((...((((.....))))....(((((....)))))..)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....(((((....))))).....(((....))).)))).......((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((..............((((....((((....)))).(((....[[[)))..))))(((((........)))))..(((((....)))))..))))...........]]].(((((............(((((...((((..{{{{{)))))))))}}}}}....)))))..((((((((....)))))))).....((((...((((.....))))....(((((....)))))..)))).......

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