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GGAGUUGACUAGACAGUCGCCGCUUCACUGCCGUCCCUUUCGGGGGAGACAGGUGGAGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGAGGCGCAAGCCUACGACAAGUGCAACAGAGAGCAAACCGCCGAUGGCCCACGCAAGUGGGAUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGCAACAGUUCGUGGCAUGGUAAACUCCACCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGUUCGCAUGGUACGGCCCGUACUGAACCCGGGUAGGCUGCUUGAGCCAGUGAGCGAUUGCUGGCCUAGAGGAAUGACUGUCCACGACAGAACCCGGCUUACCGGUCAACUCCAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((((......................))))))))))............(((((......................................................................................................................................................................))))).......................................................................................)))))))).....................)))))))))).. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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((((((((((.(((((((.(((((((((........................))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((.........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((........................)))))))))............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((..((((((.........)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(.......((.((((((((.(.(((((....)))))).).))))))).))....(((.(((((.((....((((((....((((((...)))))).((((....))))........................(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......))))))....(((((....))))................(((....)))((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))))...........))))))......)).)))))))).).)))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((((((.(.(((((....)))))).).))))))).)).((.(((.(((((.((....((((((....((((((...)))))).((((....)))).........((........))...(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......))))))....(((((....)))).................((....))(((..((((......(((((((....((((((.))))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))))...........))))))......)).)))))))).)))))))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..................(((((.(((((....))))).....((((((....(((...)))...))))))..)))))(((.((((((...)))))).((((....))))........(((........))).[[[)))..((((((((....))))).)))]]]..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...[[[[......)))))........]]]].....((((((....((((((...)))))))))))).((((((((((((..((((((((....))))))))...)))......(((((...)))))....))))))))).))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.(((((((....(((((....)))))....))))))).)).((.(((.(((((.......((((((....(((((.....))))).((((....))))..........................(((...(((((((....))))).)).)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))).)))......................((...(((......((((((....(([[[...))]]]..)))))).....))).))....((((((((....))))))))............)))))).........)))))))).)))))))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((........((..................))))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((.(...............).)))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((..........................))))))))............(((((........((((.((((((...)))))).((((....))))...........................(((..(((((((....))))).)))))...((((.....((((((.(...).))))))(((((((((....)))).)))).).......)))).)))))))))...(((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).)))..(.((.((((((((....))))))))).)).....)))))))).....................)))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((..........................))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((((..........................))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((..((((.............)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))..((........)).......)))))))))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((..((.((.(((((((....(((((....)))))....))))))).))..))..))).(((.((....((((...((((((.(((((.((((..((((....))))........(((........)))....(((..((((((((....))))).))).((..(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............)))))...))..)))....)))).))).)).)))))).)))).....)).))).((((((((((((..((((((((....))))))))...)))......(((((...)))))....))))))))).))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((.[[[[...((((((((...(((((....)))))..).))))))).........)))...((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).]]]]...(((........))).((((((..((((((((....))))).))))))...))).....((((((.(....)))))))(((((((((....)))).)))).).((((...((((....))))....)))).....((((((....((((((...)))))))))))).((((((((((((.(((((((((....)))))))).).)))......(((((...)))))....))))))))))))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((((.....(((((((....(((((....)))))....))))))).((((...........))))...((((......((((((...)))))).((((....)))).......((((......((((....((((.....(((((....)))))..........)))).....((((.......)))).(((((.(((((....))))))))))..((((...((((....))))....)))).......)))).....)))).))))..))))......(((((((((.....((((((((....))))))))............(((((...)))))....))))))))))))))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((............................................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).........................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..))((.((.((((((((.(.((((((..))))))).)).))))))))))((((((.((((((.((........))((((((((((.(.((((((.((((..)))).)).(((.((((........))))((((((..(((((((((..))))))).)))))..)))..(.((((((((((..)).)))))).)).((((((..))))))(((.((((((..((((((((((((...))))(..))).))))))).))))).)))..((......))((......)))))((..))(((((........))))).)..))))).))))))).))).....).))))))))))))))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..............................................................................................................................................................................................................................................................................((..........(...)....................(.......).(....).......................((.......)).....))...)))).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........................................................................................................(..(......................(....)..................(((.(............).......)))...........(((.(((.((((....)))..))))....)))..................((.(....(.((((((.........(...).....))))))...).).)).((...((((((((....))))))))..))...........).......((.......))....).)))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((((....(((((....)))))....))))))).)).(((...)))..(((((...(((..(((..((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((.....(((((....)))))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........)))..))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))....)))))))..((........)).......)))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....)))))..((((..(((((.(((((....))))).....((((((................))))))..))))).((((((((.....))))).((((....))))........)))......))))....((((.....(((((....)))))..........))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...((((...((((....))))....))))....(((((......(((((.....)))))......((((.((((.....)))).((((....))))..))))..........((((.....))))...((((....))))...))))).. |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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