|
|
|
GAACACUGUGGGACACUAUGCCGACCCGCUGACUUUCUCGGUCAACGGGCCGUUUCCGUGAGGAAAGUCUGGGGAACUAGGCUUGCAGCUGCUGUCACAAGAAAUCAACGCUCACAGUAGCGGAUGGGAAGACAGCAGAGUUCCAUUUAGCUUGAACACAACGUUGAUUGUUUAAGGCUUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACAAGAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........((((((......................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((...........(((((......))))).......)))))))..))))))...((((((((((..........))))))).)))..........................
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....)))((((((((....))))))))....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((...((((.(((((.....))))).))))...(((((((.....((((((((....))))))))...((((((((..................))))))))..)))))))....)))..)))))))....((((((((..........)))))))).((((((..............)))))).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....))))))).....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))..((((((((((((....))..)))))))).)).......................... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....))))))).....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........))))))))............................. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(..(((((((....(((...((((.((((.......)))).))))...(((((....)))))((((((....))))))..))).((((((((............((((......))))........)))))))).)))))))...(((((((((..........))))))).))((((.....))))...........).. |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.....(.((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....)))))))..)..((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))..(((((((((((((())))..)))))))).))((((..............)))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((...((((.(((((.....))))).))))...............((((((((....))))))))))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))............(((((..[[[[[[........)))))...]]]]]]............ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....))).(((((((....))))))).))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....))))))).....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).(((((................))))).. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....))).(((((((....))))))).))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....(((((((((......)..)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.......(((..((((..(((((((((((((....))))).........))))))))))))......)))......[[[[[[[(......{{{{{{{{))))))))...((((((((.)]]]]]]]..))))))))..(((((((....}}}}}}}}))))))).((((((..............)))))).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....)))).((((((....))))))..))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....[[[[[[[[....)))...]]]]]]]].((((((...(((....))).)))))).. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((...((((.(((((.....))))).))))....((((....))))(((((((....))))))).))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((..........((((.(((((.....))))).))))...(((((((.....((((((((....))))))))...((((((((..................))))))))..))))))).........)))))))....((((((((..........)))))))).((((((..............)))))).. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....)))).((((((....))))))..))).((((((((....(....)..((((......))))........)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....)))((((((((....))))))))))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))...(((((((((..........))))))).)).))))((......))............ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....)))((((((((....))))))))))).((((((((....(....)..((((......))))........)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..))).(.((.(((((.(((....)....(...((((((((((((..(((...).))((((...(((((((..........((((((((.(.............(((((........)))))))))))))))))))))....)))).(((((((..)))..)))).).)))))))))))...))..).))).))))). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((.(.((((.(((((.....))))).)))).)..((((....))))(((((((....))))))).))).((((((((............((((......))))........)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((....((....))..)))))).. |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....)))).((((((....))))))..))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((............))))).((((.....)))).(((.(((...(((....))).(((((((....))))))).....((((((((............((((......))))........)))))))).(((.((.......)))))..((((.....))))...))).(((.....)))..))).......... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((....)))).(((({{{{.........))))....}}}}..((((((....))).(((((((....))))))).(((.<<<.))).............((((..>>>.))))[[[[....)))......((((]]]]......)))).(((((..aaaaaa........)))))...AAAAAA............ |