|
|
|
GAACACUGUGGGACACUAUGCCGACCCGCUGACUUUCUCGGUCAACGGGCCGUUUCCGUGAGGAAAGUCUGGGGAACUAGGCUUGCAGCUGCUGUCACAAGAAAUCAACGCUCACAGUAGCGGAUGGGAAGACAGCAGAGUUCCAUUUAGCUUGAACACAACGUUGAUUGUUUAAGGCUUGUUGAGUGCAAUCGUAGGACAAGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........((((((......................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((...........(((((......))))).......)))))))..))))))...((((((((((..........))))))).)))..........................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....)))((((((((....))))))))....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((...((((.(((((.....))))).))))...(((((((.....((((((((....))))))))...((((((((..................))))))))..)))))))....)))..)))))))....((((((((..........)))))))).((((((..............)))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....))))))).....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))..((((((((((((....))..)))))))).)).......................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....))))))).....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........))))))))............................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(..(((((((....(((...((((.((((.......)))).))))...(((((....)))))((((((....))))))..))).((((((((............((((......))))........)))))))).)))))))...(((((((((..........))))))).))((((.....))))...........).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.....(.((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....)))))))..)..((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))..(((((((((((((())))..)))))))).))((((..............)))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((...((((.(((((.....))))).))))...............((((((((....))))))))))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))............(((((..[[[[[[........)))))...]]]]]]............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....))).(((((((....))))))).))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....))))(((((((....))))))).....((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).(((((................))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....))).(((((((....))))))).))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....(((((((((......)..)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.......(((..((((..(((((((((((((....))))).........))))))))))))......)))......[[[[[[[(......{{{{{{{{))))))))...((((((((.)]]]]]]]..))))))))..(((((((....}}}}}}}}))))))).((((((..............)))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....)))).((((((....))))))..))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....[[[[[[[[....)))...]]]]]]]].((((((...(((....))).)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((...((((.(((((.....))))).))))....((((....))))(((((((....))))))).))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((..........((((.(((((.....))))).))))...(((((((.....((((((((....))))))))...((((((((..................))))))))..))))))).........)))))))....((((((((..........)))))))).((((((..............)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....)))).((((((....))))))..))).((((((((....(....)..((((......))))........)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....)))((((((((....))))))))))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))...(((((((((..........))))))).)).))))((......))............ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).))..(((....)))((((((((....))))))))))).((((((((....(....)..((((......))))........)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..))).(.((.(((((.(((....)....(...((((((((((((..(((...).))((((...(((((((..........((((((((.(.............(((((........)))))))))))))))))))))....)))).(((((((..)))..)))).).)))))))))))...))..).))).))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((.(.((((.(((((.....))))).)))).)..((((....))))(((((((....))))))).))).((((((((............((((......))))........)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((....((....))..)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((((.((((.(((((.....))))).)))).)).((((....)))).((((((....))))))..))).((((((((.......(((..((((......))))))).....)))))))).)))))))....((((((((..........)))))))).((((((...(((....))).)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((............))))).((((.....)))).(((.(((...(((....))).(((((((....))))))).....((((((((............((((......))))........)))))))).(((.((.......)))))..((((.....))))...))).(((.....)))..))).......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((....)))).(((({{{{.........))))....}}}}..((((((....))).(((((((....))))))).(((.<<<.))).............((((..>>>.))))[[[[....)))......((((]]]]......)))).(((((..aaaaaa........)))))...AAAAAA............ |