|
|
|
GAAUUCAGCGGGACGGCAAUGGGUUAGUCGUCAUGACUAAUUCGGCGCAUAACCGGUCGCCUCUGCAGCGUAAGCUACAUUGGGGACUUUUCCGUGAGGAGGGAUCUUGGGGAACCAAGACCAUAUGGUUGUUGUCAUCAGAAAUCAACCAGGUUACGUAAGUUACCUGGUAUGGGAAGGCAACUGUAAGUUCCGUUUGACUUGUGCUAAUUAGUAUAAGGUCUGUUGAGUGCAAUCGAAGGACAAGUCUUAUAGAUUUGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........((((((.........................................................................((((((....)))))).((((((....)))))).........(((((((...........((((((((((....)))))))))).......)))))))....))))))...((((((((((....))))))).)))....................(((((((...)))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((..(((....((..((((((((((.....))))))))))..))....)))..(.((..((.(((....))).))..)).)....((((....))))((.((((((....))))))))...(((((((..(((.((((.....(((((((.((....)).)))))))..((((..((....))...))))......((((((((....)))))))).)))).)))..)))))))..)))((((((.....)))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((..((..(((((((((((...)))))))))))..))......((((.(((....(((....))).....))))))).)))))))))...((.((((((....))))))))...(((((((..(((.((((..((((((((((..........)))))))((((((..((....))...)))))).)))((((((((....)))))))).)))).)))..))))))).....(((((((...))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.....((((((((((.....))))))))))..........((((.((..((.(((....))).))..)).)))).((((....))))...((((((....))))))....(((((((((............(.(((((((.((....)).)))))))..)....)))))))))..)))))))..((((((((((....)))))))).)).....................(((((.....)))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................(((....)))....((((((....))))))..........((((((............((((((.((....)).))))))........))))))................(((((..........))))).......................((((((.....)))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((((...((((((((((.....))))))))).......).)))(((.((..((.(((....))).))..)).))).(((((....)))))..((((((....)))))).(.((((((((((..............(((((((.((....)).))))))).......)))))))))).)))))))....((((((((....))))))))((((.((((......)))).))))..........)))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))......((((.((..((.(((....))).))..)).)))).((((....))))((.((((((....)))))))).((((((((((.((........((((((((((.((....)).))))))).))))).)))))))))).)))))))).(((((((((((()))))))))).))(...((......))...)..(((((((...))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..[[[[((((((.........))))))......)))))((((..........)))).]]]](((....)))....(((.[[[..((((....))))...((((((....)))))))))..........]]]...........(((((((..........)))))))...((((.....[[[[[[[))))......((((((((....))))))))((((.((((......)))).))))....]]]]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))......((((.((..((.(((....))).))..)).)))).((((....))))((.((((((....)))))))).((((((((((.((........((((((((((.((....)).))))))).))))).)))))))))).)))))).))))((((((((....))))))))((((.((((......)))).)))).(((((...))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((...(((((((((.....)))))))))...))......((((.((..((.(((....))).))..)).)))).((((....))))((.((((((....)))))))).((((((((((............(((((((((.((....)).))))))).))....)))))))))).)))))))....(([[[[[[...[[[....))..]]]...]]]]]].........(((((((...))))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))......((((.((..((.(((....))).))..)).))))..(((....))).((.((((((....)))))))).((((((((((.((........((((((((((.((....)).))))))).))))).)))))))))).)))))))).).((((((((....)))))))).(((.((((......)))).)))(((((((...))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((.........))))))...(((((((.((((..........)))).....((((((((........(((((((..(((((........((((((....))))))...)))))..((((((...........(((((((..........))))))).......))))))...)))))))......))))))))))))))).......)))))))))............(((((((...))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))..((((.(((.((..((.(((....))).))..)).)))...(((....))).((.((((((....))))))))....))))((((((.((.....((((((((((.((....)).))))))).))))).)))))).....)))))))).))((((((((....)))))))).(((.((((......)))).)))((((((.....)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.....(((((((((((...)))))))))))..........((((........(((....)))........)))).((((....))))((.((((((....)))))))).((((((((((...........((((((((((..........))))))).)))...)))))))))).))))))).)))((((((((....)))))))).(((.((((......)))).)))(((((((...))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.....(((((((((((...))))))))))).........((((.((((..(((((...(((((...(((((....)))))..........((((((....)))))).....))))))))))............(((((((..........)))))))......)))).))))...))))))))...((((((((....))))))))((((.((((......)))).)))).................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))..((((.(((.((..((.(((....))).))..)).)))...(((....))).((.((((((....))))))))....))))((((((.((.....((((((((((.((....)).))))))).))))).)))))).....))))))))...((((((((....)))))))).(((.((((......)))).)))((((((.....)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((((.((..(((((((((((...)))))))))))..))..((((.(((.((..((.(((....))).))..)).)))...(((....))).((.((((((....))))))))....))))((((((.((.....((((((((((.((....)).))))))).))))).)))))).....)))))))..)).)).((((....))))..((((((((.(((.....((....)).....)))))))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((((((((..((((((((((.....))))))))))..))((((((((((.((..((.(((....))).))..)).)))).((((....))))((.((((((....))))))))....)))))))))).(((((.....(((((((.((....)).))))))).(((((..((....))...))))))))))((((((((....))))))))..))))))))).)..((....))((((((.....)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((....((((.(......)))))..(((..(...)))).((.(((((.(((((((((((((...)))).))))..))))))))))))).(((((..)))))(((((..)))))((((((.((..(.(.(.(((((((((((..))))))))))))).))).))))))))).)))))))).)))(((.(((((..))))).))).(((.(((..(...)..))))))(((((((...))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((........(((((((((((...)))))))))))........((.(((.((..((.(((....))).))..)).)))...(((....))).((.((((((....))))))))....))...................(((((((.((....)).))))))).............................((((((((....))))))))..)))))))))............(((((((...))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((.((..((..((((((.....))))))..))..))..((((.(((.((..((.(((....))).))..)).)))...(((....))).((.((((((....))))))))....))))((((((.((.....((((((((((.((....)).))))))).))))).)))))).....)))))....((((((((((....)))))))).)).)))))))....((....))((((((.....)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....((((((.........)))))).((((....((((.......))))...((((((..((....))..))..))))....((((.......))))...(((....))).((((....))))...)))).((((.....(((((((.((....)).)))))))...(((..((........))))).)))).((((((((....)))))))).((((.(((......))).((((....)))).))))..))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....[[[.....)))...((((]]]..))))...((((.......))))...((((((..((....))..))..))))...(((((....)))))....((((....)))).(((....))).((((((..{{{{.....((((((..((....))..))))))...{{{{))))))......}}}}.}}}}.((((((((....)))))))).....((((......))))....((((((.....)))))).. |