RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00454

RNA: ASE_00454
Rfam family: RNaseP_nuc

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((.......(((((..........(((((((((((...........)))))))).))).......))))).....................((((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((...........(((((.......))))).......)))))))...))))))...((((((((((..........))))))).))).............)))))))(...)..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....)))))))))).((((((..(..((..(((((((.......(((.((((((((......)))))))).)))..(((....)))(((((..(....)..)))))...((((((.((.((....(((((((.....)))))))...)).)).))))))....)))))))..))(((((((((.......).))))))))..)..)))))).....)))))......).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........((((((...))))))...(((((.......))))).....)))))))))).(((((((........(((((((..(((..((((((((((((......))))))))......)))))))...((((((((....))))))))...((((((....((....(((((((.....)))))))...))....))))))....)))))))..((((((((((..........))))))).))).))))))).....))))))).......
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..........((((..........(((((.....)))))..........................))))........................((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((...................................)))))))...))))...................................................))))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((((((((..........((((((((.......(...........)......................(((....................)))((.((((((((......)))))))).))..((((....))))(((((((....)))))))..........................))))))))...........)))))))).......(((....((((((((((((....))..)))))))).))....)))......))))))).......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((((((((..........((((((((..........................................((......................))((.((((((((......)))))))).))..((((....))))(((((((....)))))))..........................))))))))...........))))))))................((((((((..........))))))))................))))))).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((((.........((((((...))))))(..(((((.......)))))..)..))))))))...(((((((....(((...))).......)))))))(((((((......))))))).....(((((....)))))((((((....))))))......((((((((............((((.......))))........))))))))....(((.(..((((((((((..........))))))).))).)..)))......))))))).......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((.((((((((.(.....(((((((((((...(((((((.......))))).....(..............(((.(...((.....))....).)))((.((((((((......)))))))).))..((((....))))(((((((....)))))))..((())))...............))))))))))..)))....).))))))))))))...(((....(((((((((((((())))..)))))))).))....)))......))))))).......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..........................(((((.....)))))......................................................................((((............)))).......................................................................................................(((........................).)).................)).......)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.....((((((((((...))))))...[[[[[))))...]]]]].....))))))))))..(((((.....(((...))).....[[[)))))((((((((......)))))))).]]].....(((....((((((((....))))))))....[[[[[[[))).....(((((((.....)))))))..........]]]]]]]........((((.[[[[[[[[))))......]]]]]]]]..((((.....)))).))))))).......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........((((((...))))))(((.(((.....))).)))......))))))))))...((....)).((..(((((((..((...(((.((((((((......)))))))).)))..(((....))).(((((((....)))))))....((((((.((.((....(((((((.....)))))))...)).)).)))))).)).)))))))..))((((((((..........))))))))..((((.....)))).))))))).......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((((.{{{.....(((((.[[[[))))).........................)))))))).....((((((.......(((((((.......(((.((((((((......)))))))).))).((((....))))(((((((....)))))))....((((((..........((((((...]]]]))))))......}}}))))))....)))))))....((((((((..........))))))))...)))))).......))))))).......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((............((....(.....(.........(((..........))).............))))........((...................(((.......).)).................................................((....((((..(.((.((.....))))))))).....))............................................................................))...)).....)).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.(.......((((((...)))))).(..((.......))..)......)))))))))))...((....))..(..(((((((..((...(((.((((((((......)))))))).)))..(((....))).(((((((....)))))))....((((((.((.((....(((((((.....)))))))...)).)).)))))).)).)))))))..).((((((((..........))))))))..((((.....)))).))))))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........((((((...))))))((((((...))))))..........)))))))))).(((((((((......(((((((.......((((((((((((......))))))))......))))......((((((((....))))))))....((((((((.......(((((((.....))))))).........))))))))..)))))))....((((((((..........))))))))..))))))))).....))))))).......
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((bbbb(((.((..))eeeeeeee.eeee(.<<<<<<<..<<<<<<)))..)))))))))).((((((((((..)))ffffff(..ddd)))))))((((((c((.[[[)C))))))EEEE(((((((BBBB.((((((((.)].))))))))aaaaaaaaaaa(........{{{{.EEEEEEEE.>>>>>>))))))))AAAAAAA..)DDDFFF.FFF((((((((..]])}}}}.))))))))..AAAA>>>>>>>...))))))).......
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((..........(((((.....)))))..........................))))).......................((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((.(((.......(((...........))).)))...)))))))...))))...........................................(..................)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((..........(((((.....)))))..........................))))).......................((((.....................................(((((....)))))((((((....)))))).......(((((((.(((.......(((...........))).)))...)))))))...))))...........................................(..................)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....)))))))))).(((((((((..((..(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).))).((((....)))).((((((....))))))..))..((((((((.((....(((((((.....)))))))...))....))))))))..)))))))..))((((((((..........))))))))..))))))))).....))))))).......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.((.(((..((((((...))))))....(((.....))).....)))))))))))))))..(((....)))....(((((((.....(.(((.((((((((......)))))))).))))((((....))))(((((((....)))))))....((((((..........(((((((.....))))))).........))))))....)))))))....((((((((..........))))))))..((((.....)))).))))))).......
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........(((((((.......((((((...))))))...(((((.......))))).......)))))))..(((((((((......(((((((.......((((((((((((......))))))))......))))......((((((((....))))))))....((((((((.......(((((((.....))))))).........))))))))..)))))))....((((((((..........))))))))..))))))))).....))))))).......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((...................................................))))........................((((.....................................(((((....))))).(((((....)))))............................................................))))...............................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....)))))))))).((((((..(..((..(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).))).((((....)))).(((..(....)..)))..))..((((((((.(.....(((((((.....))))))).....)...))))))))..)))))))..))(((((((((.......).))))))))..)..)))))).....))))))).......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........(((((.(((((((.......(((((((((((..(((.(((.....))).))).....(((((.((.((..((((((....((((...((((.......(((.((((((((......)))))))).))).((((....)))).)))))))).)))))).)).)).)))))................))))))))..)))......)))))))))))).(((((......((((((((..........))))))))..((((.....))))....)))))...)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........(((((.....)))))(((.(((.....))).)))......)))))))))).((((((..(......(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).)))..(((....)))(((((..(....)..)))))))..((((((((.(.....(((((((.....))))))).....)...))))))))..)))))))..(.(((((((((.......).)))))))).))..)))))).....))))))).......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((......(..((((.((((((((...((((..(((((((((((((.(((.((...((((.....))))......(((((..(((((((..(((...)))..)))).))).(((((((((......)))))))).)..)))))...))..((((((........))))))...))))))).((.......)).).))))))))..))))....))))))))))))..).....((((.(((((((((((..)))..)))))))(((..))).(.(...).).....))))).))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((.........(((((.....))))).........................)))))))))).((((((..(......(((((((.....(((((.((((((((......)))))))).))).((((....))))((((..(....)..)))).)).((((((.((.......(((((((.....)))))))......)).))))))....)))))))....(((((((((.......).))))))))..)..)))))).....))))))).......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((..((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....))))))..)).((((((..(..((..(((((((.......(((.((((((((......)))))))).)))..(((....)))(((((..(....)..)))))...(((((..((.((....(((((((.....)))))))...)).))..)))))....)))))))..))((((((((..........))))))))..)..)))))).....))))))).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....))))))))))...(((((....................))))).((((((((......)))))))).((((.(((....))).(((((((....))))))).))))....((((....((......((((.......))))....(((.(((.......))))))....(((..(((....)))(((....))).))).(((.....))).))....)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........(((((.........(((((.....)))))...(((((.......))))).....))))).(((...<<<<<<.....))).(((........>>>>>>))).((((......)))).........((((....)))).((((((....)))))).((((.(((((((((((((.......{{{{.))))).}}}}....[[[.)))))))).((((]]]...))))....))))..(((((....)))))..((((.....)))).))))))).......

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