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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00001



RNA: CRW_00001
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.............((((((.((.((..((..((........))..))..)).)).)))))).((((...(((((.((((..((((((.....))))))..((((((....(((....)))......(((((.(((((..(((.((((((.....)))))))))....................(((((((.......))))))).))))).))))).))))))((((((.....(((.....(((((...((..((((........))))..))..))))).....)))......((((((((((((((.....))))))))))))))....((((((.(((((.((.((....)).)).)))))..)))))).))))))............))))))))).....)))).(((((((((..((((....))))....((((....(((((....)))))......)))).(((((((((.((((((((((...((((..((((....))))..)))).))))))))))...........(((.((((((((..(((((....((((((.(....))))))).....)))))...(((((((((((((..((((.((.(((....((((......((((((((..(((((..........(((((((((((....((.(((.((((....((((......((((((..........))))))......))))....)))).))).))......)))))))))))..............((((((((((.(((((..((((...((((((.(((((.((((.(((.(((((((((.((.(((((((........))))))).)).)))).............(((((((((...((((((((....))))))))...))))))))).........))))).)))..)))).))))).))))))..))))....((((.....)))).)))))....((((.(((((....((((((.......((((((.((((.((((((((((......(((((((((...((((((((..(((((((.......)))))))..((((((..........((.(((((.(((((((.....))))))).))))).))...)))))).))))))))......))))).)))).....)))))))))).))))))))))....((((..((.(((((((((((.(((((((....(((((((...............(((((((......)))))))..(((....(((....))).....)))............))))))).....)))))))..............((.....)).....))))))).)))).))..))))....))))))..))))).))))..)))))).)))).........)))))......((((..(((((((((((((((((.(((((((..........(((((((...)))))))...(((.((((((......)))))))))..((((((((....(((.(((((....(((((......(((((...............)))))......)))))......))))).)))....(((((.(((..(((((..(((((......)))))..)))))..))).))))).(((....)))...))))))))...))))))).)))))).)))))))))))..............(((((((((((((..(((((((....(((((((.((((..((((((((....))))))..))..)))).......((((((((........((((((.((((.((((..((((((....((((((.((.((((((.((((...)))))))))).)).)))))).......)))))))))).))))))))))...((((.(((.((((((((.(((((((((.........(((.(((((......((..((((((.(((..(((((((..((((......)))).)))))))...)))))))))..))....)))))))).............(((((((.....(((((((((((.......(((((..((....))..))))).....))))))))))).))))))).....))))))...))))))))))).))).(((((((.(((((...(((.((((....((.....(((((((....)))))))))....)))).)))...))))).))))))).))))............)))))))).......))))))).....(((......))).)))))))..)))))))).))))).....))))..))))))))......))))...))).)).))))..)))))))))))))...))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))......(((...(((((..(((....)))..)))))...)))...))))))))).))))))))).)
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................((((.......))))......((((((........)))))).......((((((.....))))))((((.......(.......)))))..........((((((((((.((((((.....)))))).))).......(((((((.....((((((((.....))))))))........))..)))))....((((....)))................(.((((........))))..................(((((((((((((((((((((.....)))))))))))))).........)))))))....((((.....)))).......)........)...................................((((((...((((....))))..))))))....(((((....))))).....((((........))))((((((((((...((((..((((....))))..)))).))))))))))...........((.(((((((((.((((((....((((((.......)))))).....)))))...(((((((((((((..((((.((.(((....(((.......(((((((...................((((((((((.(((...(((.((((.....(((..((..((((((..........))))))...)).))).....)))).)))......))))))))))))).................(((((...........((((...((((((.(((((.((((.(((....(.((((.((.(((((((........))))))).)).)))).)(((.....)))(((((((((...((((((((....))))))))...))))))))).((((......)))))))..)))).))))).))))))..))))..(((((((......))))))).......................................((((.((((((((((......(((((((((...((((((((..(((((((.......)))))))...................(((((((.(((((((.....))))))).)))).)))..........))))))))......))))).)))).....)))))))))).))))(((((((((.(((((.((.(((((((((((.(................(((((((.....................((((......(((....(((....))).....)))...))))...)))))))....((....((....))......))..............).)))))))).))).)).)))))..................))))))))))))))((....)).....................(((((((((((((((((.(((((((.....(((...((((((.....((((......))))...)))))))))....((((((.(......)....))))))(......)........(((((...............))))).....((((((....((((((........((((((.(((..(((((..(((((......)))))..)))))..))).))))).)..))))))......))))))...))))))).)))))))).)))))))))...................((((((((..(((((((....(((((((.((((..((((((((....)))))))..)..)))).......((((((((...(..(.(((((.(((((.((((..((((((....((((((.((.(((((.(((((...)))))))))).)).)))))).......)))))))))).)))))))))).).((((.(((.(((((((((((.((((((.((...........((((..........((((.(((((.((((((((....(((.......)))))))))).).)))))))))........))))((((((...))))))..(((((((..((..((((((((((.......(((((..((....))..))))).....)))))))))))))))))))..)).))))))).))..)))))))).)))((((((((.(((((...(((.((((.....(((...(((((((....))))))).)))..)))).)))...))))).))))))))))))......).....)))))))).......))))))).....(((......))).)))))))..))))))))..................))))))).......)))...))).)).))))..)))))))))))))..)))))))))))).((((((((((((((....)))))..)))))))))..(((.(((...(((((.((((....))).))))))...)))..)))...........))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((....))).)))............((((((((((...)))))))..)))((((((...[[[..)))))).......((((((.....))))))......]]]........................(((((((((...((((((.....))))))...((((......))))......((((((((.....)))))))).......((((((.....(((((((.....((((.....))))(((((((((((........))))......(((((((.(((((......(((((((((((((((...))))))))))))))).......)))))))))))).((((.....))))......)))))))))))))).))))))..................((((...((((((...((((....))))..))))))....(((((....))))).....))))..((((((((((((((((((((...((((..((((....))))..)))).)))))))))...............(((((((((..(((((....((((((.......)))))).....)))))...(((((((((((((..........................(((((((((..((((.......(((((((((((((((.((((..(((.........((((......((((((..........))))))......)))).........))).....))))))))))))).......(((....)))(((((((((.........((((((((((((.(((((.((((.(((......((((....(((((((........)))))))....))))..(((.....)))(((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))...............)))..)))).))))).))))............(((((...)))))))))))))................((((((.......((((((.((((.((((((((((......(((((((((...((((((((..(((((((.......)))))))...........(((((((...(((((.(((((((.....))))))).))))).....)))).)))))))))))......))))).)))).....)))))))))).))))))))))....((((.......(((((((((.(((((((..........(((((((.........(((((((......)))))))..(((....(((....))).....)))..........))))))).......)))))))..........(((((....)))))....)))))))))........))))....))))))..............))))))))).............))))))....)))).(((((((((((......((((....(((((.....(((((((...))))))).(((....(((((...((((((...((((((.(((...)))...)))))).)))))).)))))...))).......))))))))).(((.......((((((.((((......))))....(((((.(((..(((((..(((((......)))))..)))))..))).))))).(((....))).....)))))).......)))........))))))))))))))))))))..........((((((((..(((((((....(((((((.((((...(((((((....))))))).....)))).......((((((((........((((((.((((.((((..((((((....((((((....((((((.((((...))))))))))....)))))).......)))))))))).))))))))))...((((.....((((((((.((((((((((((......(((.(((((..........((((((.(((..(((((((....(((((...))))))))))))...)))))))))........)))))))).....))).....(((((((.....(((((((((((.......(((((............))))).....))))))))))).))))))).....))))))...)))))))))))....((((((((.(((((...(((.((((.....(((...(((((((....))))))).)))..)))).)))...))))).))))))))))))............)))))))).......))))))).....(((......))).)))))))..))))))))(((((........((((......))))..))))).................)))))))))))))...)))))))))...((((((((((((((....)))))..)))))))))......(((...(((((..(((....)))..)))))...))).)))))))))))...)))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((..((.((..((..((........))..))..)).))..))))).((((...(((((.((((....((((.....)))).((((((.(((....)))...)))))).............((((((.((((((.....))))))...((((......))))......((((((((.....)))))))))))))).((((((.....(((((((.....(((.....(((((...((..((((........))))..))..))))).....)))......(((((((((((((((...)))))))))))))))....((((((.(((((.((.((....)).)).)))))..)))))).))))))).))))))....))))))))).....)))).(((((((((..((((....)))).((((.......(((((....)))))....))))...((((((((((((((((((((...((((..((((....))))..)))).)))))))))............(((.((((((((.((((......((((((.......))))))...............(((((((((((..((((.((.(((....((((......((((((((..((((.((....(((((.(((((((((.(((((.(((.((((....((((......((((((..........))))))......))))....)))).))).))...))))))))))))................((((((((((.((.(((.((((...((((((.(((((.((((.((.......((((.((.(((((((........))))))).)).))))..(((.....))).((((((((...((((((((....))))))))...))))))))((((((......)))))).)))))).))))).))))))..)))).(((.((.(((((......))))).)).))).....(((..((((((...((((.((((..((((.((((((((((......(((((((((...(((((((((((.((((.................((......))......((.(((((.(((((((.....))))))).))))).)).)))).))).))))))))......))))).)))).....)))))))))).)))).)))))))).(((((.((.(((((((((((.(((((((....((((((.((((((........)))))).....(((((((.....(((....(((....))).....)))..)))))))....)))))).....)))))))..............((.....)).....))))))).)))).)).)))))....))))))..))).)))..)).)))))).))))............)))))..)))))).(((((((((((((((((.(((((((..........(((((((...))))))).((((((((.....)))))))).........((......)).(((.(((((......))))).)))(((((...............))))).....((((((....((((((...(((...(((((.(((..(((((..(((((......)))))..)))))..))).))))).)))))))))......))))))...))))))).)))))).))))))))))).....(((((...))))).((((((((..(((((((....(((((((.((((..((((((((....))))))..))..)))).......((((((.(((..(((.((((((.((((.((((..((((((....((((((.((.((((((.((((...)))))))))).)).)))))).......)))))))))).)))))))))).))))))((((.((((((((.(((((((((.(((.............................(((((..(((((((..((((......)))).)))))))...))))).((((...))))...(((((((...))))))).((((((..(((..((((((((((.......(((((..((....))..))))).....))))))))))))))))))).))).))))))...))))))))))).)))).((((((.(((((...(((.((((.....(((...(((((((....))))))).)))..)))).)))...))))).))))))....................)))))).......))))))).....(((......))).)))))))..)))))))).................))))))))......))))...))).)).))))..))))))))))).))))))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))......(((...(((((..(((....)))..)))))...))).))))))))))).)))))))))..
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................(((((((.....).)))))).......((((((.....))))))...................(((((((((....((((((.......((((((.....))))))..............))))))...(((((((.......)))))))...))))))))).......((((((..................................................................(((((((((((((((...)))))))))))))))....((((((..((((.((.((....)).)).))))...)))))).))))))..........................................((((....)))).....................................((((((((((.(((((((((...((((..((((....))))..)))).)))))))))............((.(((((((((..(((((....((((((.(....))))))).....)))))...(((((((((((((..((((.((.(((....((((......((((((((...................((((((((..............................((((((..........))))))................................))))))))................((.(((((((.(........(((..((((((.(((((.((((..........((((.((.(((((((........))))))).)).)))).............(((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))....................)))).))))).))))))..........((((.....))))....))).................((((((.......((((((.((((.((((((((((......(((((((((...((((((((..........................................(.(((((.(((((((.....))))))).))))).)...........))))))))......))))).)))).....)))))))))).))))))))))....((((..((.(((((((((((.(((((((....((((((................(((((((......)))))))..(((....(((....))).....))).............)))))).....)))))))............................)))))))).))).))..))))....))))))............).)))))))..))..........................(((((((((((((((((.((((((...........(((((((...))))))).................................................................................................((((....................(((((.(((..(((((..(((((......)))))..)))))..))).))))).(((....)))......)))).....)))))).)))))))).)))))))))..............(((((((((((((..(((((((....(((((((.((((..(.((((((....))))))...)..)))).......((((((((........(((((.(((((.((((..((((((....((((((.((.(((((.(((((...)))))))))).)).)))))).......)))))))))).))))))))))...((((..((.((((((((.(((((((((.................................(((((..((((((.....((((.....)))).))))))...))))).................................((((((.......((((((((((.......(((((..((....))..))))).....))))))))))...)))))).....))))))...))))))))))).))..(((((((.(((((...(((.((((.....(((...(((((((....))))))).)))..)))).)))...))))).))))))).))))............)))))))).......))))))).....(((......))).)))))))..)))))))).)))))...........))))))))......))))...))).)).))))..)))))))))))))...))))))))))).((((((((((((((....))))))..))))))))......(((...(((((..(((....)))..)))))...)))..))))))))))............
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