|
|
|
GUGGUGGGACAUUUUCGAGCGGUCUGAAAGUUAUCAUAAAUAAUAUUUACCAUAUAAUAAUGGAUAAAUUAUAUUUUUAUCAAUAUAAGUCUAAUUACAAGUGUAUUAAAAUGGUAACAUAAAUAUGCUAAGCUGUAAUGACAAAAGUAUCCAUAUUCUUGACAGUUAUUUUAUAUUAUAAAAAAAAGAUGAAGGAACUUUGACUGAUCUAAUAUGCUCAACGAAAGUGAAUCAAAUGUUAUAAAAUUACUUACACCACUAAUUGAAAACCUGUCUGAUAUUCAAUUAUUAUUUAUUAUUAUAUAAUUAUAUAAUAAUAAAUAAAAUGGUUGAUGUUAUGUAUUGGAAAUGAGCAUACGAUAAAUCAUAUAACCAUUAGUAAUAUAAUUUGAGAGCUAAGUUAGAUAUUUACGUAUUUAUGAUAAAACAGAAUAAACCCUAUAAAUUAUUAUUAUUAAUAAUAAAAAAUAAUAAUAAUACCAAUAUAUAUAUUAUUUAAUUUAUUAUUAUUAUAUUAAUAAAAUUUAAUAUAUAUUAUAAAUAAUUAUUGGAUUAAGAAAUAUAAUAUUUUAUAGAAAUUUUCUUUAUAUUUAGAGGGUAAAAGAUUGUAUAAAAAGCUAAUGCCAUAUUGUAAUGAUAUGGAUAAGAAUUAUUAUUCUAAAGAUGAAAAUCUGCUAACUUAUACUAUAGGUGAUAUGCCUAUCUUUAUUUAUAUAUAUAUUAUUAUUAUUAAUAAUAAAAAAAAAUUAAAAAAGAUAGGAGGUUUAUAUAUAACUGAUAAAUAUUUAUUAUAUUAUUUUUUUUAUAAUAAAUAUUAAAAGAUAUUGCGUGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUUACCGGGGGAAAACUUGUAAAGGUCUACCUAUCGGGAUAC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((...bbbbbb(..((..<<<<....<<<<<<<<<<<<..(((((((((......)))).)))))(((((({{{{{{))))))<<<<..<<<<<<((((((((...(((....))).))))))))..))>>>>>>....(((((.(((....((((aaaaa...((((((...))))))..))))....))))))))>>>>.bbbbbbb..bbbb.((....))...bbbbbb.........bbbbb..))))))((((((((...AAAAA.....))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))(((((((((((.(((((...)BBBBBB.))))).}}}}}}.))).))))))))BBBBB....BBBBBBBBBB...BBBBBBB.......>>>>>>>>>>>>..>>>>....(((((.((((((((((((((((...........)))))))))))((((((.....((((((((.......................................))))))))))))))...(((((((((((....))))).....))))))...))))).)))))...(....((((((..(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...)))))).....(((((((............................................................................................................................)))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..)..
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((.(((.((((...((((....((((((((((((...((((((((......)))).))))...................((((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))....(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))))))).(((((((..((((.((....))...((((..((((((...(((((........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))))))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....((((........((((((((((((((((...((((((((((((.....(((.....)))......))))))))))))............((((((((((.((((((((.........((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..))))....((((((.....))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))......................(((..........((....(((((((((((((..........)))))))))))))...)).........((((((((((((((....))))))..))))))))..))).))))....)))).))).)))).((....))..))) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...((((((.(((((((...((((((..(((((.....(((((.((((...(((((((..(((((((......)))))))(((..((((((((((((((..............))))))))....))))))))).....)))))))..((((.....((((((..(((((((((....((((((((...)))).....))))...(((((((....((((((................)))))).....................(((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))..))))))))......))))))))..)))))))(((.(((((.((.((((..(((((..............))))))))).)))))))))).))))))))).....))))))(((((....((((((((((((..........))))))))))))...((((((........((..(((((...(((((((((.....(((((((((...............)))))))))....)))))))))....))))))).......))))))...)))))..))))..((((((..(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...)))))))))))))))....((((((((((((........((((((((....))))))))......)))....)))))))))..)))))...))))))....(((((((((((((..........)))))))))))))...))))..)))..((((((((((((((....))))))..))))))))....))))))...((((....))))...)))))))...... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.........)))...((((((((((........(((........))).....(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).....................................................................................................................((((((((.............))))))))((((((((((((((((....)))))))))))))))).((((((.......................................))))))......................................))))))))))...........(((((.(((..(((((((((............)))))))))......................................((..........))..............................................................))).)))))........................(((((((.....)))))))....((((....))))....(((....)))..........................(((((((((..((.......((((((((....))))))))..........)).)))))))))....................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....((((...........)))).....((((((((((((.......((((......)))).....(((((((......)))))))(((...((((.(((....(...(((....)))....)......))))))).))).((((..(((....((((.....((((........))))....))))....))).)))).....(((((((..((((.((....))...((((((.........(((((......(.((((((((.............)))))))).)((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((.((........((........))..........))..)))))))))))))....))))))))))...))))))).......))))))))))))............((((((.((((((((((((..........)))))))))))).(((((((((((((((...(.(((((((.........))))))).).))))))))))...........)))))................(((((((.......(((((..............)))))...)))))))........((((((.......))))))....((((....))))....(((....))).............)))))).......(((((((((.(((.......((((((((....)))))))).....))).....)))))))))....................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((.(((((....)))))...))))))))...(((.(((....(((....)))....)))..))).)).. |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((.......))))))((((((((((((...((((((((......)))).))))(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....)))))))))..((((.(((.....(.............................).....)))))))......(((((((..((((..(....)................................((((((((.............))))))))(((((((((((((((((())))))))))))))))))(((((((((((....((((...........)))).......))).))))))))...............))))...))))))).......))))))))))))..........(((((.(((((((((((((((..........)))))))))))..(((((((((((((((......((((((.........))))))....)))))))))...........))))))...(((((((((((....))))).....))))))....)))).)))))........................(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))).........................(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........)))))))))))))..............((....(((((((((((((..........)))))))))))))...)).........((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..[[[[....)))....]]]].....((((((((((((.......((((......)))).....(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))).....(((((((..((((............((((((..((((...(((((........((((((((....(((...)))))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))))))))))))))))))))))...))))))).......)))))))))))).............((((((((((((((((((..........))))))))))).....((((.((((((.(((((((((..(((((((((((((......)))))))........))))))...))))))))).)))))))))))))))))..(((((((........)))))))........((((((..(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...)))))).....(((((((.(((((((((..[[[[[[[[[((((((((....)))))))).............))))))))).....]]]]]]]]]......(((((((((((((..........))))))))))))).....)))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((...(((((((....((((((((((((....(((((((......)))).))).(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))).....(((((((..((((............((((..((((((...(((((........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....)))))))))))))))..((((((((((((((((((.(........))))).))))..))).))))))).)))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..))).(((((((......((((((((((((..........)))))))))))).(((((((((((((((.....(((((((.........)))))))...)))))))))...........))))))........(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((..((.(((((((.....))))))))).(((((....)))))..((((....))))))).((((((...))))))......(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........))))))))))))).)))))))............(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))..))))...)))))..))).....))))))........... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..................{{{{....{{{{{{{{{{{{....((.((((......))))..))...(((..........)))..(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....)))))))))................................................................{{{{{{{..{{{{.((....))...{{{{{..........{{{{.....))..((((((((.............))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))(((((((.(((....(((.............))).......)))..))))))).}}}}.....}}}}}}}}}...}}}}}}}.......}}}}}}}}}}}}..}}}}..............(((((((((((..........)))))))))))...................(((((..............(((((.....(((((((((..((((((.................................................................................(((((((.....)))))))....(((......)))...((((....)))).........................[[[[[[[[[)))))).)))))))))....)))))............)))))..]]]]]]]]]....................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((...........((.((((....((((((((((((...((((((((......)))).)))).((((((......)))))).(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))).....(((((((..((((.((....))...((((((..(((....(((((........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....)))))))))))))))..((((((((((.((((((..(........).))).)))...))).))))))).))))).)))))))))))))...))))))).......))))))))))))..))))....(((......((((((((((((..........)))))))))))).........((((((..(...((((.......((((((((......))))))))................))))...)..))))))..................((.((....)).))))).......((((((.....(.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....))))....((((((...))))))......(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........))))))))))))).).....)))))).......(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))....))........(((....)))....))).))....... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..{{{.)))..........((((....((((((((((((.......((........(((((((..(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).....)))))))..((((.....((((........))))....))))....))...........(((((((..((((.((....))...((((..((((((...((((.........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))).))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....}}}.....((((((((((((..........)))))))))))).((((((..<<<<<<<<<<<((((((.((...((((((((......)))))))).)).))))))...))))))..((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..)))).....>>>>>>>>>>>(((((((((..[[[[[[[[[((((((((....)))))))).............))))))))).....]]]]]]]]]........(((((((((((.aaaaaaaa.)))))))))))..AAAAAAAA......((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((....((((...(((((((....((((((((((((.((((((((((......)))).)))))((((((......)))))).(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((.((.((((.....((((........))))....))))))..)))))))).....((((((((.((((............((((((..((((...(((((........((((((((....(((...)))))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))((((((((((((((((((.............))).))))..))).))))))))))))))))))))))))))))..)))))))......)))))))))))))..)))).(((((((.....((((((((((((..........))))))))))))...(((([.[[[[[[.[[[[[[[[...(((((((((((((......))))))))........)))))))))]]]]]]]].]]]]]]]..................((((....))))))))......{{{{{{{...(((..((.((((((((...)))))))))).(((((....)))))..((((....))))))).((((((...))))))......(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........)))))))))))))....)))}}}}}}}....(.(((((((((((((..........)))))))))))))).............((((((((((((((....))))))..))))))))...)))...))))((((....))))...)))))))...... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((.((((...((((....((((((((((((.......((........(((((((..(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).....)))))))..((((.....((((........))))....))))....))...........(((((((..((((.((....))...((((..((((((...((((.........((((((((...(.....)...)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))).))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....((((........((((((((((((((((...((((((((((((.....(((.....)))......))))))))))))............((((((((((.((((((((.........((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..))))....((((((.....))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))......................(((..........((....(((((((((((((..(....)..)))))))))))))...)).........((((((((((((((....))))))..))))))))..))).))))....)))).)))..))))))........... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((.((((((((..(((((((..(((((((((((((((.......))))(((.((.(((((.......))))))).)))((.(((((((((..))).)))).)).))..((.(((((((.((((((.(.....(((((((..((.(..(((((((((((.((((((.....))))))((((.(......))))).))))(.(......)))))).)))..)))..)))))))(..((((((((((((.....(((((((((((.......)))))))))))(((((((((((((((((..)))))))))))))))))((((((((..((((((((.............))).))))..)..).))))))).)))).))))))))..)...)))))))))))))).)))))))))))))))))))).((.(((..(((...((((((((((((((((((.(((((((((((...(((((.......)))).)..)))))))))))(((((((......)))))))((((((((((((((((......))).(((((...))))).....((..)).(((((....))))).....((..))(((((((((...)))..(((((.......))))).((((......))))((..)).((........))....)))))).((((((.....))))))..))))))))).))))...))))))))))))))))))...((((((((((((((((((((((((..)).)))).(((((..)))))..)))))))))))))))))).(((((......)))))....((((((((.((((((..))))))...)))))))))))..))).))...)))).)))))))))))((((..)))). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((....((((((((((((..................((((((...((((((......)))))).(((..((((((((..((((...(((....))).))))..))....))))))))).....)))))).....................................................(((((((..((((.((....))...((((....(((....((((.........((((((((...(.....)...))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))((((((((........(((((............))))).......)))))))).)))).)))..))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).................(((((((((((((((..............................................................(((((((((..((((((((......................................(((((....)))))...................(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...........(((((.....)))))...)))))))).))))))))).))))))))))))))).........................................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))......................................... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((.((((...((((....((((((((((((..(((((((((......)))).)))))..................((((..((((((((..((((...(((....))).))))..))....))))))....(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))))))).(((((((..((((.((....))...((((..((((((...((((.........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))).))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....((((........((((((((((((((((...((((((((((((.....(((.....)))......))))))))))))............((((((((((.((((((((.........((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..))))....((((((.....))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))......................(((................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))..))).))))....)))).)))..))))))........... |