CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00002



RNA: CRW_00002
Rfam family: -

GUGGUGGGACAUUUUCGAGCGGUCUGAAAGUUAUCAUAAAUAAUAUUUACCAUAUAAUAAUGGAUAAAUUAUAUUUUUAUCAAUAUAAGUCUAAUUACAAGUGUAUUAAAAUGGUAACAUAAAUAUGCUAAGCUGUAAUGACAAAAGUAUCCAUAUUCUUGACAGUUAUUUUAUAUUAUAAAAAAAAGAUGAAGGAACUUUGACUGAUCUAAUAUGCUCAACGAAAGUGAAUCAAAUGUUAUAAAAUUACUUACACCACUAAUUGAAAACCUGUCUGAUAUUCAAUUAUUAUUUAUUAUUAUAUAAUUAUAUAAUAAUAAAUAAAAUGGUUGAUGUUAUGUAUUGGAAAUGAGCAUACGAUAAAUCAUAUAACCAUUAGUAAUAUAAUUUGAGAGCUAAGUUAGAUAUUUACGUAUUUAUGAUAAAACAGAAUAAACCCUAUAAAUUAUUAUUAUUAAUAAUAAAAAAUAAUAAUAAUACCAAUAUAUAUAUUAUUUAAUUUAUUAUUAUUAUAUUAAUAAAAUUUAAUAUAUAUUAUAAAUAAUUAUUGGAUUAAGAAAUAUAAUAUUUUAUAGAAAUUUUCUUUAUAUUUAGAGGGUAAAAGAUUGUAUAAAAAGCUAAUGCCAUAUUGUAAUGAUAUGGAUAAGAAUUAUUAUUCUAAAGAUGAAAAUCUGCUAACUUAUACUAUAGGUGAUAUGCCUAUCUUUAUUUAUAUAUAUAUUAUUAUUAUUAAUAAUAAAAAAAAAUUAAAAAAGAUAGGAGGUUUAUAUAUAACUGAUAAAUAUUUAUUAUAUUAUUUUUUUUAUAAUAAAUAUUAAAAGAUAUUGCGUGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUUACCGGGGGAAAACUUGUAAAGGUCUACCUAUCGGGAUAC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((...bbbbbb(..((..<<<<....<<<<<<<<<<<<..(((((((((......)))).)))))(((((({{{{{{))))))<<<<..<<<<<<((((((((...(((....))).))))))))..))>>>>>>....(((((.(((....((((aaaaa...((((((...))))))..))))....))))))))>>>>.bbbbbbb..bbbb.((....))...bbbbbb.........bbbbb..))))))((((((((...AAAAA.....))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))(((((((((((.(((((...)BBBBBB.))))).}}}}}}.))).))))))))BBBBB....BBBBBBBBBB...BBBBBBB.......>>>>>>>>>>>>..>>>>....(((((.((((((((((((((((...........)))))))))))((((((.....((((((((.......................................))))))))))))))...(((((((((((....))))).....))))))...))))).)))))...(....((((((..(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...)))))).....(((((((............................................................................................................................)))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).))))..)..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((((.(((.((((...((((....((((((((((((...((((((((......)))).))))...................((((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))....(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))))))).(((((((..((((.((....))...((((..((((((...(((((........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))))))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....((((........((((((((((((((((...((((((((((((.....(((.....)))......))))))))))))............((((((((((.((((((((.........((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..))))....((((((.....))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))......................(((..........((....(((((((((((((..........)))))))))))))...)).........((((((((((((((....))))))..))))))))..))).))))....)))).))).)))).((....))..)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((...((((((.(((((((...((((((..(((((.....(((((.((((...(((((((..(((((((......)))))))(((..((((((((((((((..............))))))))....))))))))).....)))))))..((((.....((((((..(((((((((....((((((((...)))).....))))...(((((((....((((((................)))))).....................(((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))..))))))))......))))))))..)))))))(((.(((((.((.((((..(((((..............))))))))).)))))))))).))))))))).....))))))(((((....((((((((((((..........))))))))))))...((((((........((..(((((...(((((((((.....(((((((((...............)))))))))....)))))))))....))))))).......))))))...)))))..))))..((((((..(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...)))))))))))))))....((((((((((((........((((((((....))))))))......)))....)))))))))..)))))...))))))....(((((((((((((..........)))))))))))))...))))..)))..((((((((((((((....))))))..))))))))....))))))...((((....))))...)))))))......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.........)))...((((((((((........(((........))).....(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).....................................................................................................................((((((((.............))))))))((((((((((((((((....)))))))))))))))).((((((.......................................))))))......................................))))))))))...........(((((.(((..(((((((((............)))))))))......................................((..........))..............................................................))).)))))........................(((((((.....)))))))....((((....))))....(((....)))..........................(((((((((..((.......((((((((....))))))))..........)).)))))))))....................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....((((...........)))).....((((((((((((.......((((......)))).....(((((((......)))))))(((...((((.(((....(...(((....)))....)......))))))).))).((((..(((....((((.....((((........))))....))))....))).)))).....(((((((..((((.((....))...((((((.........(((((......(.((((((((.............)))))))).)((((((((((((((....))))))))))))))..((((((((.((........((........))..........))..)))))))))))))....))))))))))...))))))).......))))))))))))............((((((.((((((((((((..........)))))))))))).(((((((((((((((...(.(((((((.........))))))).).))))))))))...........)))))................(((((((.......(((((..............)))))...)))))))........((((((.......))))))....((((....))))....(((....))).............)))))).......(((((((((.(((.......((((((((....)))))))).....))).....)))))))))....................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((.(((((....)))))...))))))))...(((.(((....(((....)))....)))..))).))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((.......))))))((((((((((((...((((((((......)))).))))(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....)))))))))..((((.(((.....(.............................).....)))))))......(((((((..((((..(....)................................((((((((.............))))))))(((((((((((((((((())))))))))))))))))(((((((((((....((((...........)))).......))).))))))))...............))))...))))))).......))))))))))))..........(((((.(((((((((((((((..........)))))))))))..(((((((((((((((......((((((.........))))))....)))))))))...........))))))...(((((((((((....))))).....))))))....)))).)))))........................(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))).........................(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........)))))))))))))..............((....(((((((((((((..........)))))))))))))...)).........((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..[[[[....)))....]]]].....((((((((((((.......((((......)))).....(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))).....(((((((..((((............((((((..((((...(((((........((((((((....(((...)))))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))))))))))))))))))))))...))))))).......)))))))))))).............((((((((((((((((((..........))))))))))).....((((.((((((.(((((((((..(((((((((((((......)))))))........))))))...))))))))).)))))))))))))))))..(((((((........)))))))........((((((..(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...)))))).....(((((((.(((((((((..[[[[[[[[[((((((((....)))))))).............))))))))).....]]]]]]]]]......(((((((((((((..........))))))))))))).....)))))))..((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((...(((((((....((((((((((((....(((((((......)))).))).(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))).....(((((((..((((............((((..((((((...(((((........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....)))))))))))))))..((((((((((((((((((.(........))))).))))..))).))))))).)))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..))).(((((((......((((((((((((..........)))))))))))).(((((((((((((((.....(((((((.........)))))))...)))))))))...........))))))........(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((..((.(((((((.....))))))))).(((((....)))))..((((....))))))).((((((...))))))......(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........))))))))))))).)))))))............(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))..))))...)))))..))).....))))))...........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((..................{{{{....{{{{{{{{{{{{....((.((((......))))..))...(((..........)))..(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....)))))))))................................................................{{{{{{{..{{{{.((....))...{{{{{..........{{{{.....))..((((((((.............))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))(((((((.(((....(((.............))).......)))..))))))).}}}}.....}}}}}}}}}...}}}}}}}.......}}}}}}}}}}}}..}}}}..............(((((((((((..........)))))))))))...................(((((..............(((((.....(((((((((..((((((.................................................................................(((((((.....)))))))....(((......)))...((((....)))).........................[[[[[[[[[)))))).)))))))))....)))))............)))))..]]]]]]]]]....................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....)))))..)))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.(((...........((.((((....((((((((((((...((((((((......)))).)))).((((((......)))))).(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))).....(((((((..((((.((....))...((((((..(((....(((((........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....)))))))))))))))..((((((((((.((((((..(........).))).)))...))).))))))).))))).)))))))))))))...))))))).......))))))))))))..))))....(((......((((((((((((..........)))))))))))).........((((((..(...((((.......((((((((......))))))))................))))...)..))))))..................((.((....)).))))).......((((((.....(.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....))))....((((((...))))))......(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........))))))))))))).).....)))))).......(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))....))........(((....)))....))).)).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..{{{.)))..........((((....((((((((((((.......((........(((((((..(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).....)))))))..((((.....((((........))))....))))....))...........(((((((..((((.((....))...((((..((((((...((((.........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))).))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....}}}.....((((((((((((..........)))))))))))).((((((..<<<<<<<<<<<((((((.((...((((((((......)))))))).)).))))))...))))))..((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..)))).....>>>>>>>>>>>(((((((((..[[[[[[[[[((((((((....)))))))).............))))))))).....]]]]]]]]]........(((((((((((.aaaaaaaa.)))))))))))..AAAAAAAA......((((((((((((((....))))))..))))))))...(((((((...((((....))))...))).)))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....((((...(((((((....((((((((((((.((((((((((......)))).)))))((((((......)))))).(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).(((((.(((.((.((((.....((((........))))....))))))..)))))))).....((((((((.((((............((((((..((((...(((((........((((((((....(((...)))))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))((((((((((((((((((.............))).))))..))).))))))))))))))))))))))))))))..)))))))......)))))))))))))..)))).(((((((.....((((((((((((..........))))))))))))...(((([.[[[[[[.[[[[[[[[...(((((((((((((......))))))))........)))))))))]]]]]]]].]]]]]]]..................((((....))))))))......{{{{{{{...(((..((.((((((((...)))))))))).(((((....)))))..((((....))))))).((((((...))))))......(((((((((.((((......((((((((....)))))))).........)))))))))))))....)))}}}}}}}....(.(((((((((((((..........)))))))))))))).............((((((((((((((....))))))..))))))))...)))...))))((((....))))...)))))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((...(((.((((...((((....((((((((((((.......((........(((((((..(((((((......)))))))(((..((((((((((((((...(((....))).))))))))....))))))))).....)))))))..((((.....((((........))))....))))....))...........(((((((..((((.((....))...((((..((((((...((((.........((((((((...(.....)...)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))).))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....((((........((((((((((((((((...((((((((((((.....(((.....)))......))))))))))))............((((((((((.((((((((.........((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..))))....((((((.....))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))......................(((..........((....(((((((((((((..(....)..)))))))))))))...)).........((((((((((((((....))))))..))))))))..))).))))....)))).)))..))))))...........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((((.((((((((..(((((((..(((((((((((((((.......))))(((.((.(((((.......))))))).)))((.(((((((((..))).)))).)).))..((.(((((((.((((((.(.....(((((((..((.(..(((((((((((.((((((.....))))))((((.(......))))).))))(.(......)))))).)))..)))..)))))))(..((((((((((((.....(((((((((((.......)))))))))))(((((((((((((((((..)))))))))))))))))((((((((..((((((((.............))).))))..)..).))))))).)))).))))))))..)...)))))))))))))).)))))))))))))))))))).((.(((..(((...((((((((((((((((((.(((((((((((...(((((.......)))).)..)))))))))))(((((((......)))))))((((((((((((((((......))).(((((...))))).....((..)).(((((....))))).....((..))(((((((((...)))..(((((.......))))).((((......))))((..)).((........))....)))))).((((((.....))))))..))))))))).))))...))))))))))))))))))...((((((((((((((((((((((((..)).)))).(((((..)))))..)))))))))))))))))).(((((......)))))....((((((((.((((((..))))))...)))))))))))..))).))...)))).)))))))))))((((..)))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................((((....((((((((((((..................((((((...((((((......)))))).(((..((((((((..((((...(((....))).))))..))....))))))))).....)))))).....................................................(((((((..((((.((....))...((((....(((....((((.........((((((((...(.....)...))))))))((((((((((((((((....))))))))))))))))((((((((........(((((............))))).......)))))))).)))).)))..))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).................(((((((((((((((..............................................................(((((((((..((((((((......................................(((((....)))))...................(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))...........(((((.....)))))...)))))))).))))))))).))))))))))))))).........................................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..)))))))).........................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((...(((.((((...((((....((((((((((((..(((((((((......)))).)))))..................((((..((((((((..((((...(((....))).))))..))....))))))....(((((.(((....((((.....((((........))))....))))....)))))))))))).(((((((..((((.((....))...((((..((((((...((((.........((((((((.............)))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).(((((((((((.....(((((............)))))...))).)))))))).))))))))))))))))))...))))))).......))))))))))))..)))).....((((........((((((((((((((((...((((((((((((.....(((.....)))......))))))))))))............((((((((((.((((((((.........((((..(((((((.((((((........((((((....)))))))))))).)))))))....(((.....(((((((.....)))))))...(((((....)))))..((((....)))))))..))))....((((((.....))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))......................(((................(((((((((((((..........)))))))))))))..............((((((((((((((....))))))..))))))))..))).))))....)))).)))..))))))...........