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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00004



RNA: CRW_00004
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((...........))))))))(((((((((((((..((((.(((((((((((((...))))))......)))))))))))...)))))))))))))....((((((.........)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((.(((((.....)))))..(((....((((((((....(((((..(((.((((......................)))))))....((((..............)).))..)))))..)))))).))...((((((.....))))))..(((((....(((....(((((((((.....(((........))).....)))).)))))....))).((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).....(((((....(((((((.((((((....)))))).)))))))((((.....(((((((......)))))..))..))))..)))))))))).))))))))))))..)))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..((((((((...........))))))))(((((((((((((..((((.(((((((((((.((....)).))))))...)))))))))...)))))))))))))....((((((.(.....).)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....)))))))..........((((((...(((((........................((((((............................))))))....))))).)))))).(((...((((((.....))))))..))).....(((((((.((....((((....))))..)))))))))......((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))..........(((((((..((.((((((....)))))).)))))))))((....((.(((((......)))))..))..))...................)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......((((((((...........))))))))(((((((((((((..((((.((((.((((((..........)))))).))))...))))...))))))))))))).....(((((.........)))))..............((((((....(((.....(((((((((((.((.(((((((.....))))))))).....((((.((......))))))....)))....).)))))))..((((((............................)))))).....)))...))))))(((...((((((.....))))))..))).....((((((........((((....)))).....))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))..((((.((.((((((((..(.((((((....)))))).)))))))))..................((((.((((................)))))))))).))))...))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..((((((((.(.......).))))))))(((((((((((((.(((((.(((((((((((.(((()))).))))))...)))))))))..))))))))))))))....((((((.(.....).)))))).....((((.....))))(....)......))))....(((((((((((((((.....)))))))..(.((.(((((((((...(((((((.....(......).....)).(((((((............................)))))))...))))).)))))))(((...((((((.....))))))..)))...(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))..).))((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).))))))))))))).....((((((((((((..((.((((((....)))))).)))))))))((....((.(((((......)))))..))..))....)))))......)).))))))))).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..((((((((...........))))))))....(((((((((..((((.(((((((((((..........)))))...))))))))))...)))))))))........((((((.........)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((((((((.....))))))((((....((((...........))))(((.((((.........(((....)))...)))))))....)))).................((((((((........((((...((((((.....))))))..))))....(((((((...[[[(((((....)))))...)))))))...]]]((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).)))))))).(((((((((...((((((....)))))).)))))))))..................((((..[[[[[........))))....]]]]].))))))))).....
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..((((((((...........))))))))(((((((((((((.((.((((((((((((((..........)))))...)))))).))).)))))))))))))))....((((((.........)))))).....(((.......)))............))))....(((((((((((((((.....))))))........(({{{{{{{...{{{{{))....((................[[[[[.....)).......................]]]]]....}}}}}.}}}}}}}(((...((((((.....))))))..))).....(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).....((((..((((((..((.((((((....)))))).))))))))..........(((((......))))).............)))).........))))))))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...(((((((...........))))))).(((((((((((((.((.((((((((((((((((...))))))......))))))).))).)))))))))))))))....((((((.........)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..(((((.((.((((((...(((((.........................((((..............................)))).....))))).))))))..))...((((((.....))))))..........((((((..((...(((((....))))).)).))))))......((((((....))))))((((((((((..((.(((((......))))).)).))))))))))....))))).(((((((((...((((((....)))))).)))))))))......((.(((((......)))))..))....((((.......))))...))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((...........)))))))((((((((((((((......((((((((((((((...)))))).........))))))))...))))))))))))))...((((((.........))))))((((((((((..(((((((...(((......((((((([[[[[[[[[[(((((.....))))).........(((((.....))))).((((..))))......))))))).(((((((............................)))))))....)))...))))))).....((((((.....))))))..........(((((((......(((((....)))))...)))))))(((((.((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))...(((...((((((..))))))...))).))))))))))))))).......((((.(((((......))))).........))))......)))...]]]]]]]]]].))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((..((((.(((((((((((.((....)).))))))...)))))))))...)))))))))..))....((((((.........)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...)))))))....((...................))..))))).))))))).))...((((((.....))))))..(((((...((((((.(((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))....(((((((((((((((...((((((....)))))).)))))))))......((.(((((......)))))..)).....))))))..))))).)).)))))))))..)))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((...........)))))))((((((((((((((.((.((((((((((((((((...))))))......))))))).))).))))))))))))))))...((((((.........)))))).....(((((...)))))............)))).)))(((((((((((((((.....))))))..(((((.(((((((((...(((((..(((.((((..............[[[[[[..)))))))...................]]]]]]....))))).))))))).))...((((((.....))))))..........((((((.......(((((....)))))....))))))......((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....))))).(((((((((...((((((....)))))).))))))))).........(((((......)))))........((((.......))))...))))))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((..((((.(((((((((((.((....)).)))))...))))))))))...)))))))))..))....((((((.(.....).)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....)))))).....((.(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...)))))))....((...................))..))))).))))))).))...((((((.....))))))..(((((.(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))).....((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....(((((((((((((((...((((((....)))))).)))))))))......((.(((((......)))))..)).....))))))..))))).)).)))))))))..)))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((..(((((((.(..........)))))))(((((((((((.....(((((((((((((..)(..........)....(..)))))))))))))..)))))))))))...((((((.(......)))))))....((((((...)))))).)).))).))..(((((((.((.((.(((((((((...))))))))))).((....))....((((((..((..))))).)))))))))))).(((((((.(((((.((((((..........))(........)..))))...((((((((((((..((((.......)))).((.(((((..((((((.(.(((...((((..)))).))).)))))))(((((.(((((((..))))))).(((((((((.((((((((........)))))))))))))))))....(((((.(((((....))))))).))).))))).((((((((........)))).))))))))).)))))))))).)))))))).)))))).)).(.(((..)))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((....(((((((((((((............))))...)))))).)))...)))))))))..))....((((((.(.....).)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...)))))))....((...................))..))))).))))))).))...((((((.....))))))..((..(.(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))).....((((((....))))))((((((((((...(.(((((......))))).)..))))))))))....((((((.(((((((....((((((....))))))..))))))).......((.(((((......)))))..)).....))))))..)..)).)).)))))))))..)))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((..((((.((((((((((((.....)))))......)))))))))))...)))))))))..))....((((((.........)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....((.((((((..(((((((((((((((...........((((..(((..((((((......................)))).))...)))..))))..((((...((((((.....))))))..)))).....)))))..)))).))))))...((.....))...)))))).))((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))..((.(((((....(((((((.((((((....)))))).)))))))((((....((.(((((......)))))..))..))))..))))).))...)).)))))))))..)))