|
|
|
GGAGGGCAAGUCUGGUUAACAUAUUAUCAGCCAGAUGUUGAUAUCAUACUACACACACAACAGAGUACUACUAGUGCUGCUCUCUUGUUGUUGUGGGUGUGUGAUAUUGGCAGAAAGUUGGAGAUAAGCACCAACUGUACACCGUAAAUUGCGGGAAACCCCUAAAGCCUAUUCUACCGCGGCUAUGAGGAUGACUCAUAGUGCAGCAGGUGUGGAUAACGCCCACCGGAUGGUAAUAACGAAUAGGAUGACCUUAGUACCUCCAUAAGCAUAAUAAUAACAAAAGGUCGCAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGCUCCCAUAUGCUGGGAGAAGGUUCAGAGACUAUAAUCGGAUGGGCGCAAGCUUAAGGUAUAGUCCACUCCCACUUCGAAAGAGGUGCUAUAAAACUAUUAAGAAGUUUGCUUACUUCCUAGGGUUUUAUAGAUCCGUUGCUUGUAUAUAUACAACAUACGUGAGUGUGUGGUGUAUACAUCAAUACCCCCAAGGAAAUGCUUGGUUGGAAGAUGGUAGCAAGGGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........(((((((...........)))))))((((((((((((((....((((.(((((((((((...))))))......)))))..))))...))))))))))))))....(((((.........)))))....((((((....((((((....(((.....((((((((((((((.(((((((.....))))))))))....((((.((......))))))....)))....).))))))).(((((((............................)))))))....)))...))))))(((...((((((.....))))))..)))...[.[[[[[...)))).))(((....))).......]]]]]].((.(.(((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).........................................................................................))......................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((...........))))))))...((((((((((..((((.(((((((((((.((....)).)))))...))))))))))...))))))))))((.....((((((.........)))))).....)).........((....))......))))....(((((((((((((((.....)))))).....((.((.((((((..(((((((((((((((...........((((..(((..((((((......................)))).))...)))..))))..((((...((((((.....))))))..)))).....)))))..)))).))))))...((.....))...)))))).))..((((....))))..((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))..((.(((((....(((((((.((((((....)))))).)))))))((((....((.(((((......)))))..))..))))..))))).))...)).)))))))))..))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((...........))))))))(((((((((((((..((((.(((((((((((((...))))))......)))))))))))...)))))))))))))....((((((.........)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((.(((((.....)))))..(((....((((((((....(((((..(((.((((......................)))))))....((((..............)).))..)))))..)))))).))...((((((.....))))))..(((((....(((....(((((((((.....(((........))).....)))).)))))....))).((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).....(((((....(((((((.((((((....)))))).)))))))((((.....(((((((......)))))..))..))))..)))))))))).))))))))))))..))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..((((((((...........))))))))(((((((((((((..((((.(((((((((((.((....)).))))))...)))))))))...)))))))))))))....((((((.(.....).)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....)))))))..........((((((...(((((........................((((((............................))))))....))))).)))))).(((...((((((.....))))))..))).....(((((((.((....((((....))))..)))))))))......((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))..........(((((((..((.((((((....)))))).)))))))))((....((.(((((......)))))..))..))...................))))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......((((((((...........))))))))(((((((((((((..((((.((((.((((((..........)))))).))))...))))...))))))))))))).....(((((.........)))))..............((((((....(((.....(((((((((((.((.(((((((.....))))))))).....((((.((......))))))....)))....).)))))))..((((((............................)))))).....)))...))))))(((...((((((.....))))))..))).....((((((........((((....)))).....))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))..((((.((.((((((((..(.((((((....)))))).)))))))))..................((((.((((................)))))))))).))))...))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..((((((((.(.......).))))))))(((((((((((((.(((((.(((((((((((.(((()))).))))))...)))))))))..))))))))))))))....((((((.(.....).)))))).....((((.....))))(....)......))))....(((((((((((((((.....)))))))..(.((.(((((((((...(((((((.....(......).....)).(((((((............................)))))))...))))).)))))))(((...((((((.....))))))..)))...(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))..).))((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).))))))))))))).....((((((((((((..((.((((((....)))))).)))))))))((....((.(((((......)))))..))..))....)))))......)).)))))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..((((((((...........))))))))....(((((((((..((((.(((((((((((..........)))))...))))))))))...)))))))))........((((((.........)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((((((((.....))))))((((....((((...........))))(((.((((.........(((....)))...)))))))....)))).................((((((((........((((...((((((.....))))))..))))....(((((((...[[[(((((....)))))...)))))))...]]]((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).)))))))).(((((((((...((((((....)))))).)))))))))..................((((..[[[[[........))))....]]]]].)))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((...........))))))).(((((((((((((.((.((((((((((((((((...))))))......)))))).)))).)))))))))))))))....((((((.........)))))).....(((((...)))))............)))).)))(((((((((((((((.....)))))).....((.((.((((((...((((.((.....((....)).....))..((((((............................)))))).....)))).)))))).(((...((((((.....))))))..))).....(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((..((.(((((......))))).)).))))))))))..((.(((((.....((((((.((((((....)))))).)))))).((((....((.(((((......)))))..))..))))..))))).)))).)).)))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..((((((((...........))))))))(((((((((((((.((.((((((((((((((..........)))))...)))))).))).)))))))))))))))....((((((.........)))))).....(((.......)))............))))....(((((((((((((((.....))))))........(({{{{{{{...{{{{{))....((................[[[[[.....)).......................]]]]]....}}}}}.}}}}}}}(((...((((((.....))))))..))).....(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).....((((..((((((..((.((((((....)))))).))))))))..........(((((......))))).............)))).........)))))))))..... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...(((((((...........))))))).(((((((((((((.((.((((((((((((((((...))))))......))))))).))).)))))))))))))))....((((((.........)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..(((((.((.((((((...(((((.........................((((..............................)))).....))))).))))))..))...((((((.....))))))..........((((((..((...(((((....))))).)).))))))......((((((....))))))((((((((((..((.(((((......))))).)).))))))))))....))))).(((((((((...((((((....)))))).)))))))))......((.(((((......)))))..))....((((.......))))...)))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((...........)))))))((((((((((((((......((((((((((((((...)))))).........))))))))...))))))))))))))...((((((.........))))))((((((((((..(((((((...(((......((((((([[[[[[[[[[(((((.....))))).........(((((.....))))).((((..))))......))))))).(((((((............................)))))))....)))...))))))).....((((((.....))))))..........(((((((......(((((....)))))...)))))))(((((.((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))...(((...((((((..))))))...))).))))))))))))))).......((((.(((((......))))).........))))......)))...]]]]]]]]]].)))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((..((((.(((((((((((.((....)).))))))...)))))))))...)))))))))..))....((((((.........)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...)))))))....((...................))..))))).))))))).))...((((((.....))))))..(((((...((((((.(((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))....(((((((((((((((...((((((....)))))).)))))))))......((.(((((......)))))..)).....))))))..))))).)).)))))))))..))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((...........)))))))((((((((((((((.((.((((((((((((((((...))))))......))))))).))).))))))))))))))))...((((((.........)))))).....(((((...)))))............)))).)))(((((((((((((((.....))))))..(((((.(((((((((...(((((..(((.((((..............[[[[[[..)))))))...................]]]]]]....))))).))))))).))...((((((.....))))))..........((((((.......(((((....)))))....))))))......((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....))))).(((((((((...((((((....)))))).))))))))).........(((((......)))))........((((.......))))...)))))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((..((((.(((((((((((.((....)).)))))...))))))))))...)))))))))..))....((((((.(.....).)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....)))))).....((.(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...)))))))....((...................))..))))).))))))).))...((((((.....))))))..(((((.(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))).....((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....(((((((((((((((...((((((....)))))).)))))))))......((.(((((......)))))..)).....))))))..))))).)).)))))))))..))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((..(((((((.(..........)))))))(((((((((((.....(((((((((((((..)(..........)....(..)))))))))))))..)))))))))))...((((((.(......)))))))....((((((...)))))).)).))).))..(((((((.((.((.(((((((((...))))))))))).((....))....((((((..((..))))).)))))))))))).(((((((.(((((.((((((..........))(........)..))))...((((((((((((..((((.......)))).((.(((((..((((((.(.(((...((((..)))).))).)))))))(((((.(((((((..))))))).(((((((((.((((((((........)))))))))))))))))....(((((.(((((....))))))).))).))))).((((((((........)))).))))))))).)))))))))).)))))))).)))))).)).(.(((..))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((....(((((((((((((............))))...)))))).)))...)))))))))..))....((((((.(.....).)))))).....(((((...)))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...)))))))....((...................))..))))).))))))).))...((((((.....))))))..((..(.(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))).....((((((....))))))((((((((((...(.(((((......))))).)..))))))))))....((((((.(((((((....((((((....))))))..))))))).......((.(((((......)))))..)).....))))))..)..)).)).)))))))))..))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((...........))))))))((..(((((((((..((((.((((((((((((.....)))))......)))))))))))...)))))))))..))....((((((.........)))))).....((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....((.((((((..(((((((((((((((...........((((..(((..((((((......................)))).))...)))..))))..((((...((((((.....))))))..)))).....)))))..)))).))))))...((.....))...)))))).))((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))..((.(((((....(((((((.((((((....)))))).)))))))((((....((.(((((......)))))..))..))))..))))).))...)).)))))))))..))) |