RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00005

RNA: CRW_00005
Rfam family: -

			AGGGCAAGUCUGGUUAACAUAGCAGCCAGAUGUUGAUAUCAUACAAUGCAUGAGAGAGAGUACUAUUAGUGCUCUCUUGUUGUGGUGUGUGAUAUUGGCAGAAAGUUGGAGAUAAGCACCAACUGUACAACCGUAAAUUGCGGGAAACCCCUAAAGCCUAUUCUACCGCGGCUAUGAGGAUGACUCAUAGUGCAGCAGGUGCGGAUAACGCCCACCGGAUGGUAAUAACGAAUAGGAUGACCUUAGUACCUCCACAUAACAUAAUAACAAAAGGUCACAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGCUCCCAUAUGUUGGGAGAAGGUUCAGAGACUAUAAUCGGAUGGGCGCAAGCUUAAGGUAUAGUCCACUCCCACUUCGAAAGAGGUGCUAUAAAGCUAUUAAGAAGUUUGCUUACUUCCUAGGGUUUUAUAGAUCCGUUGCUUGUAUACAAUAUACGUGUAUACAUCAAUACCCCAAGAGGAAAUGCUUGGUUGGAAGGAUGGUAGCAAGGGCCAGCAGCCGCGGUAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	........(((((((........)))))))((((((((((((((....((((.(((((((((((...)))))))))))..))))..))))))))))))))....(((((.........)))))....(((((((....((((((....(((.....((((((((((((((.(((((((.....))))))))))....((((.((......))))))....)))....).))))))).(((((((..........................)))))))....)))...))))))(((...((((((.....))))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((....))).......]]]]]].((.(.(((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))............................................................................))..................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..((((((((........))))))))...(((((((((((..(((...((((((((((.....))))))))))..)))..)))))))))))((.....((((((.........))))))......)).........((....))......))))....(((((((((((((((.....)))))).....((.(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...))))))).............((.....)).....))))).))))))).))...((((((.....))))))..(((((.(.(((((((......(((((....)))))...)))))))).....((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....((((((((((((((.......))))))))......(((((((........)))))..))......))))))..))))).)).))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))((((((((((((((..(((...(((((((((((...)))))))))))..)))..))))))))))))))....((((((.........))))))......(((((...)))))............))))....(((((((((.(((((.....)))))..(((....((((((((....(((((((..................)).((((((..((...................))...))))))...)))))..)))))).))...((((((.....))))))..(((((....(((....(((((((((.....(((........))).....)))).)))))....))).((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))....((((((((((((((.......))))))))......(((((((((......)))..))))..))..))))))..))))).)))))))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((((((........))))))))((((((((((((((.((((...(((((((((((...)))))))))))..)))).))))))))))))))....((((((.(.....).))))))......((((.....))))............))).....(((((((((((((((.....)))))))..(.((.(((((((((...(((((((..................)).(((((((.((...................))..)))))))...))))).))))))).))...((((((.....))))))..........(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....((((..((((((((.......)))))))).))))...(((((........)))))........................)).))))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((((((........))))))))((((((((((((((.((((...(((((((((((...)))))))))))..)))).)))))))))))))).....(((((......(((((..................((((((....(((.....(((((((((((.((.(((((((.....))))))))).....((((.((......))))))....)))....).))))))).(((((((..........................)))))))....)))...))))))(((...((((((.....))))))..))).....((((((........((((....)))).....))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))((((......(((((((.........)))))))........(((((........)))))......))))))).)).....))))).))).......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))((((((((((((((.((((.(.(((((((((((...))))))))))).))))).))))))))))))))....((((((.(.....).))))))......((((.....))))(....)......))))....(((((((((((((((.....)))))))..(.((.(((((((((...(((((((.....((....)).....)).(((((((.((...................))..)))))))...))))).))))))).))...((((((.....))))))..((....(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))..).))((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).))))))))))))).(((((((..((((((((.......)))))))).)))).(((((((.(....).)))))..))..)))...............)).))))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))....((((((((((.((((...(((((((((((...)))))))))))..)))).))))))))))........((((((......[[[))))))..............]]](((....)))....))))....(((((((((((((((.....)))))).(((......(((((((...(((((.......................(((((((..........................)))))))...))))).)))))))......((((((.....))))))..(((((...(((((((......(((((....)))))...)))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))((((((((..((((((((.......)))))))).))))...(((((........)))))......))))........))))).)))))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((((........))))))).((((((((((((((.((((...(((((((((((...)))))))))))..)))).))))))))))))))....((((((.........)))))).(((....)))..(((.(((....)))))).))))....(((((((((((((((.....)))))).....((.((.((((((...(((((((.....((....)).....)).(((((((..........................)))))))...))))).)))))).(((...((((((.....))))))..))).....(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((..((.(((((......))))).)).))))))))))..((.(((((.((((((.......)))))).((((....(((((((........)))))..))...))))..))))).)))).)).))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))((((((((((((((.((((...(((((((((((...)))))))))))..)))).))))))))))))))....((((((.........))))))......(((.......)))............))))....(((((((((((((((.....))))))..........(((((((...(((((.......................(((((((..........................)))))))...))))).)))))))(((...((((((.....))))))..))).....(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))).....((((.((((((((.......))))))))((....(((((((........)))))..))...)).....)))).........))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((((........))))))).((((((((((((((..(((...(((((((((((...)))))))))))..)))..))))))))))))))....((((((.........)))))).(((....)))......(((....)))....))))....(((((((((((((((.....))))))..(((((.(((((((((...(((((((.....(......).....)).(((((((..........................)))))))...))))).))))))).))...((((((.....))))))..........(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((..((.(((((......))))).)).))))))))))....))))).((((((((.......))))))))......(((((((........)))))..))......(((.......)))....))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....(((((((........)))))))(((((((((((((((........(((((((((((...)))))))))))..[[[[[)))))))))))))))...((((((.........))))))......(((((...))))).....))))...........(((((((((((((((.....)))))))(((......(((((((...(((((.......................(((((((.......]]]]]..............)))))))...))))).)))))))......((((((.....))))))..(((((............(((((((((................)))).....((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....)))))))))))))))((((.((((((((.......))))))))....(((((((((........)))))..........))))))))))))).))).)))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))((..((((((((((..(((...((((((((((.....))))))))))..)))..))))))))))..))....((((((.........))))))......((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...))))))).............((.....)).....))))).))))))).))...((((((.....))))))..(((((...((((((.(((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))....((((((((((((((.......))))))))......(((((((........)))))..))......))))))..))))).)).))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((((........)))))))(((((((((((((((.((((..((((((((((((...))))))))))).))))).)))))))))))))))...((((((.........)))))).(((....)))..(((.(((....)))))).))))....(((((((((((((((.....))))))..(((((.(((((((((...(((((.......................(((((((..........................)))))))...))))).))))))).))...((((((.....))))))..........(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....))))).((((((((.......))))))))........(((((........))))).........((((.......))))...))))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))((..((((((((((..(((...((((((((((.....))))))))))..)))..))))))))))..))....((((((.(.....).))))))......((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....)))))).....((.(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...)))))))...................(....)..))))).))))))).))...((((((.....))))))..(((((.(.(((((((.((...(((((....))))).)))))))))).....((((((....))))))((((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))))....((((((((((((((.......))))))))......(((((((........)))))..))......))))))..))))).)).))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((......))))))))((((((((((((((((((((.(((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))))))))).((((((((.(......)))))))...(((.(...).))).(((..))))).)))))))....((((((((((((((((...)))))))))........(((((((...(((((.(.(...................(((((((.(((.(((......).).).)).)..))))))))).))))).)))))))((((((((((((.....))))))).(((((.(.((((((.(.(((...((((..)))).))).)))))))))))))(((((((..))))))).(((((((((.((((((((........))))))))))))))))).(((.((((.((((((((.........)))))))))))))))((((((((..)))))))))))))((...(((.((..)))))....))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))((..((((((((((..(((...(((((((((((...)))))))))))..)))..))))))))))..))....((((((.(.....).))))))......((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....(((((((((...(((((..(((.(((........................))))))...........................))))).))))))).))...((((((.....))))))..((..(...(((((((.((...(((((....))))).)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))....(((((.((((((((.......))))))))......(((((((........)))))..)).......)))))..)..)).)).))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((........))))))))((..((((((((((..(((...((((((((((.....))))))))))..)))..))))))))))..))....((((((.........))))))......((((.....))))............))))....(((((((((((((((.....))))))..((....(((((((((...(((((..(((.((((.........(((....)))...))))))).............((.....)).....))))).))))))).))...((((((.....))))))..((..(...(((((((.((.....(((....)))...)))))))))......((((((....))))))((((((((((.....(((((......)))))....))))))))))....((((((((((((((.......))))))))......(((((((........)))))..))......))))))..)..)).)).))))))))).

---