|
|
|
CAAGUCUGGUGAACGCAUGCAUGCUUCAAGCCCUCGUUAAAAUAAAAUCGCGCCAGGUGUCGUUUGUGGCCACAUCAUGCACAAAGAGAGCGAGCACUUGAGCUGUGCUCUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCGCGAGCCGGCAAAAUAUGGGAAACAAGAGCCCCCAUCAUACACUUCGAAAUUGUCGGGGAGUGCCCGUUAAGCUUUGACUACCGCGGUCCGCCGAGAGGUGAGGGCGAGCAAUCGCUCAGGACGCAGCAGUGUUACGUAGUGGUACACGGAUGGUAAAAACGUCAAAGAUAGGGUUGAUCCGCAGGGAAGCGCGAGUGCUCAUGUGUUUGUGUGUGAGCAAAGGCGAACCUUCAGAGACUCUAAUGAAGUGGGCGAAAGCUUAAGGGAGAGUCCAAUCCACGGGGAGACCCGGUCCACAGGAGUAAGGGGGCGCUGCUCACCCCCGAGGACUGUGGAUGAAGACAGACAGACACAGAAGAGUCUAUGUCUUCAGGUAGUCAAUGGCCAGCAGCCGCGGUAUUUUUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((((.......................................))))))).((.((((((......................)))))))).(((...(((((((.(((.....................................))))))))))...)))..(((((((....((.((((....((((......((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((.((......))))))....)))....).)))))))...))))...))))))(((...(((...((((((((((....))))))))))...)))..)))...[.[[[[[...)))))))(((....))).......]]]]]].((.(.((((....)))))(((((((......(((((.........))))).....)))))))((((((((...((((........)))).))))))))........))..........................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((((.(((.(((.(((.((..((((((...........((((((..((.(((((((((((((((((.((((((((.(.(((((((((......))).)))))).).)))))))))))).)))))))).)))))....(((((...........)))))........(((((.(((.((((.....)))).)))..)))))))..))))))..(((....)))))))))((((....))))..)).)))))))))))))...(((((.....((((.......)))).......((((((....(.(((....(((...((((((..(......)..))))))...)))..))).)...((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....)))))............) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((....))))))..)))......((((....(((((.(((..(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).)))).....))).........((((((.......(((((.......(((((.....(((((((((((((.....((((.((((((((........((((((....))))))..(((((....)))))......)))....)))))..........(((....(((((((..((...((((...(((...(((((((..........)))))))...)))..))))..))))))))).))).))))...)))))))).(((....))).....)))))....)))))......)))))..))))))((((((.....(((..(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..)))))..)))..)))))).))))).....)))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((....))))))..)))................(((.......(((((((((((((((((((((((((...(((((((((......))).)))))).)))))))).))))).))))))))).))).....(((((...........))))).........(((.....)))((.....))......((((((((((((.......(((....)))..((((((....))))))...........(((.............))).((((.......))))..............((...(((....(((...((((((((((....))))))))))...)))..)))...))((((((........((((....)))).....)))))).......((((....)))).(((((((......(((((.........))))).....)))))))((((((((...((((.(....).)))).))))))))))))))))).)))........)))............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....((.((.(.(......(((...............((((((.(((((..(((((((((((((.((((((((.(.(((((.(((......)))..))))).).)))))))))))).))))))))).........(((((...........)))))....))))).....((..((((....((((......(((((((((((...(((((((....))...((((((....))))))...........(((((((...))))))).))))))))....).)))))))...))))...))))..))...)))))).((((((((........))))))))..))).......((.((((((........(((((....)))).).(((........))).((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))....................)))))).)).).))).)...).....))))).................... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((((())))))))..)))..............((((((.....((((((((((((((((((((((((((...(((((((((......))).)))))).)))))))).))))).))))))))).))))....(((((...........)))))...((.((((((.....)))))).)).........((((((((((((.(.(((((((....)))).((((((....))))))..)))).....(((((.......)..)))).((((.......)))).....(.(((((..((.(.(((....(((...((((((((((....))))))))))...)))..))).).))((((((........((((....)))).....)))))).))))).((((....)))))(((((((......(((((.(.....).))))).....)))))))((((((((...((((.(....).)))).))))))))))))))))).))).......)))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((...(((....)))....(((....)))............)))))))((((((((((((((((((((((((((...(((((((((......))).)))))).)))))))).))))).)))))))).)))))....(((((.....[[[[[.)))))..(((.((((((.....)))))).)))........]]]]]...((((((((((((((....)))..((((((....)))))).))))............(((.[[[[...)))((((.......))))...............]]]].............((((((...[[[[[[...))))))...]]]]]](((((..[[[[[[..)))))(((((....)))))....]]]]]]...(((.((((....))))[[[[...)))......]]]]((((((.....(((..(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..)))))..)))..)))))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((...((.((...)).))...))))............)))))).(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).)))))))).)))))....(((((...........)))))........(((((.(((.((((.....)))).)))..))))).(((((((((.((((....)))).((((((....))))))..(((((....))))).(((........)))((((.......)))).......(((((..((((.(((....(((...((((((((........))))))))...)))..))).....((((((.......(((((....)))))....)))))).......))))..))))).((((((((......(((((.........))))).....))))))))(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....)))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(((....))))))...................((((((.....(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))....(((((...........)))))...................................((((((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))......(((.............)))..........................((........((....(((...((((((((((....))))))))))...)))..))......((((((.......(((((....)))))....)))))).......[[[[..))]]]].(((((((......(((((.........))))).....)))))))((((((((...((((........)))).))))))))))))))))).))).......)))))).......... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((...((..(...)..))...))))............)))))).(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))....(((((...........)))))........(((((.((..((((.....))))..))..))))).(((((((((.((((....)))).((((((....))))))...........((((...........)))).((((.......)))).......((((((..((....))...(((...((((((((........))))))))...)))..........((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....)))).(((((((......(((((.........))))).....))))))).(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....)))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((.......(((...)))...))))............))))))))........((((((...((((((((........((((((.[[[[[.)))))))))))))).((((((((((((.....)))))....(((((...........))))))))))))..........(((((.....(((((....((((((({{{{{{{{((((...........((((((....))))))...........(((((((...))))))).))))..........)))))))...((((((...(((......)))....(((((((((((..)))))))))))((((....))))....((((((.......(((((....)))))....)))))))))))))))))....)))))(((((((......(((((....]]]]]))))).....)))))))((((((((...((((........)))).)))))))).........))))))....}}}}}}}}......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...(((....)))....(((....)))............)))))).(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))....(((((.....[[[[[.)))))..(((.((((((.....)))))).)))........]]]]]...(((((((((.((((....)))).((((((....)))))).((..(((((....((((...((((.((...((((.......)))).......(((((..((((...(((..(((...((((((..((....))..))))))...)))..........((((((.......(((((....)))))....))))))...))).))))..))))).))))))....)))){{{{{.)))))...}}}}}...(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..))))).....))....)))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((...................)))).{{{........)))))))(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))..(((((((...........))))).)).....(((((.(((.((((.....)))).)))..))))).(((((((((.((((....)))).((((((....))))))...........(((.............))).((((.(....))))).......((((((.............(((...((((((((((....))))))))))...)))...(((((..[[[[[[..)))))(((((....)))))....]]]]]])))))).((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....)))))))))...}}}... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((....))))))..)))..............((((((.(...(((((((((((((((((.((((((((.(.(((((((((......))).)))))).).)))))))))))).)))))))).)))))....(((((........((((((..((.............))..)))).)).)))))...(((((((((((((((((((..((.(.((((.((((((....)))))).......(((((((((((...((((.((...((((.......)))).......((((((....(.(((....(((...((((((..(......)..))))))...)))..))).)...((((((..(....(((((....))))).)..)))))))))))).((((....))))))))))....))).....)))))))))))).))).))))))))).((((((((...((((........)))).))))))))..))))))).))).....).)))))).......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..((....)).))))........................)))).((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..((..)))))))))))))))))))).))))).))))))))).))))......(((((((((.(..((((..((.............))..))))(((........).))(..))(((((((((.(((((..))))).((((((....))))))((((((((((...........))...((((..)))).((.(((.......))).))...((((......))))..(((..))).))))))))(((.((((((..((((..((((((((......)))))))((((((..............))))))....((((((..))))))(((((((..((.((((((...((..))))))))))..)))))))(((((((((...(((........))).))))))))))..))))..))))))))))))))))))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(((....))))))...................((((((......((((((((((((((((.((((((((.(.(((((((((......))).)))))).).)))))))))))).))))))))).)))................................(..((.......))..)............((((((((((..(((((((..((...((((.((((((....)))))).....................((((......((((.......)))).......((((((.............(((...((((((..(......)..))))))...)))..........((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....))))..))))....................))))..)).)))))))...((((((((...((((........)))).))))))))..))))))).))).......)))))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.(((....))))))..)))..............(((((.(((..(((((((((((((((((.((..((((...(((((((((......))).))))))...))))..)))))).))))))))).)))).....))).........((((((......(((((((.....(((..(((..((((......((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....((((.((......))))))....)))).....)))))))...))))...)))..((((...(((...((((((..(......)..))))))...)))..))))....))).....))))))).((....))....(((....)))......((((....))))..............))))))((((((.....(((..(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..)))))..)))..)))))).))))).......... |