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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00007



RNA: CRW_00007
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......((((.(((.(((.(((.((..((((((...........((((((..((.(((((((((((((((((.((((((((.(.(((((((((......))).)))))).).)))))))))))).)))))))).)))))....(((((...........)))))........(((((.(((.((((.....)))).)))..)))))))..))))))..(((....)))))))))((((....))))..)).)))))))))))))...(((((.....((((.......)))).......((((((....(.(((....(((...((((((..(......)..))))))...)))..))).)...((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....)))))............)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.(((....))))))..)))......((((....(((((.(((..(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).)))).....))).........((((((.......(((((.......(((((.....(((((((((((((.....((((.((((((((........((((((....))))))..(((((....)))))......)))....)))))..........(((....(((((((..((...((((...(((...(((((((..........)))))))...)))..))))..))))))))).))).))))...)))))))).(((....))).....)))))....)))))......)))))..))))))((((((.....(((..(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..)))))..)))..)))))).))))).....)))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.(((....))))))..)))................(((.......(((((((((((((((((((((((((...(((((((((......))).)))))).)))))))).))))).))))))))).))).....(((((...........))))).........(((.....)))((.....))......((((((((((((.......(((....)))..((((((....))))))...........(((.............))).((((.......))))..............((...(((....(((...((((((((((....))))))))))...)))..)))...))((((((........((((....)))).....)))))).......((((....)))).(((((((......(((((.........))))).....)))))))((((((((...((((.(....).)))).))))))))))))))))).)))........)))............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....((.((.(.(......(((...............((((((.(((((..(((((((((((((.((((((((.(.(((((.(((......)))..))))).).)))))))))))).))))))))).........(((((...........)))))....))))).....((..((((....((((......(((((((((((...(((((((....))...((((((....))))))...........(((((((...))))))).))))))))....).)))))))...))))...))))..))...)))))).((((((((........))))))))..))).......((.((((((........(((((....)))).).(((........))).((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))....................)))))).)).).))).)...).....)))))....................
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.((((())))))))..)))..............((((((.....((((((((((((((((((((((((((...(((((((((......))).)))))).)))))))).))))).))))))))).))))....(((((...........)))))...((.((((((.....)))))).)).........((((((((((((.(.(((((((....)))).((((((....))))))..)))).....(((((.......)..)))).((((.......)))).....(.(((((..((.(.(((....(((...((((((((((....))))))))))...)))..))).).))((((((........((((....)))).....)))))).))))).((((....)))))(((((((......(((((.(.....).))))).....)))))))((((((((...((((.(....).)))).))))))))))))))))).))).......))))))..........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...(((....)))....(((....)))............)))))))((((((((((((((((((((((((((...(((((((((......))).)))))).)))))))).))))).)))))))).)))))....(((((.....[[[[[.)))))..(((.((((((.....)))))).)))........]]]]]...((((((((((((((....)))..((((((....)))))).))))............(((.[[[[...)))((((.......))))...............]]]].............((((((...[[[[[[...))))))...]]]]]](((((..[[[[[[..)))))(((((....)))))....]]]]]]...(((.((((....))))[[[[...)))......]]]]((((((.....(((..(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..)))))..)))..))))))))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((...((.((...)).))...))))............)))))).(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).)))))))).)))))....(((((...........)))))........(((((.(((.((((.....)))).)))..))))).(((((((((.((((....)))).((((((....))))))..(((((....))))).(((........)))((((.......)))).......(((((..((((.(((....(((...((((((((........))))))))...)))..))).....((((((.......(((((....)))))....)))))).......))))..))))).((((((((......(((((.........))))).....))))))))(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....))))))))).........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((....))))))...................((((((.....(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))....(((((...........)))))...................................((((((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))......(((.............)))..........................((........((....(((...((((((((((....))))))))))...)))..))......((((((.......(((((....)))))....)))))).......[[[[..))]]]].(((((((......(((((.........))))).....)))))))((((((((...((((........)))).))))))))))))))))).))).......))))))..........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((...((..(...)..))...))))............)))))).(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))....(((((...........)))))........(((((.((..((((.....))))..))..))))).(((((((((.((((....)))).((((((....))))))...........((((...........)))).((((.......)))).......((((((..((....))...(((...((((((((........))))))))...)))..........((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....)))).(((((((......(((((.........))))).....))))))).(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....))))))))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.......(((...)))...))))............))))))))........((((((...((((((((........((((((.[[[[[.)))))))))))))).((((((((((((.....)))))....(((((...........))))))))))))..........(((((.....(((((....((((((({{{{{{{{((((...........((((((....))))))...........(((((((...))))))).))))..........)))))))...((((((...(((......)))....(((((((((((..)))))))))))((((....))))....((((((.......(((((....)))))....)))))))))))))))))....)))))(((((((......(((((....]]]]]))))).....)))))))((((((((...((((........)))).)))))))).........))))))....}}}}}}}}.........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((...(((....)))....(((....)))............)))))).(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))....(((((.....[[[[[.)))))..(((.((((((.....)))))).)))........]]]]]...(((((((((.((((....)))).((((((....)))))).((..(((((....((((...((((.((...((((.......)))).......(((((..((((...(((..(((...((((((..((....))..))))))...)))..........((((((.......(((((....)))))....))))))...))).))))..))))).))))))....)))){{{{{.)))))...}}}}}...(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..))))).....))....))))))))).........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((...................)))).{{{........)))))))(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((......))).))))))...)))))))))))).))))))))).))))..(((((((...........))))).)).....(((((.(((.((((.....)))).)))..))))).(((((((((.((((....)))).((((((....))))))...........(((.............))).((((.(....))))).......((((((.............(((...((((((((((....))))))))))...)))...(((((..[[[[[[..)))))(((((....)))))....]]]]]])))))).((((....))))((((((((......(((((.........))))).....))))))))(((((((...((((........)))).))))))).(((........)))....)))))))))...}}}...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.(((....))))))..)))..............((((((.(...(((((((((((((((((.((((((((.(.(((((((((......))).)))))).).)))))))))))).)))))))).)))))....(((((........((((((..((.............))..)))).)).)))))...(((((((((((((((((((..((.(.((((.((((((....)))))).......(((((((((((...((((.((...((((.......)))).......((((((....(.(((....(((...((((((..(......)..))))))...)))..))).)...((((((..(....(((((....))))).)..)))))))))))).((((....))))))))))....))).....)))))))))))).))).))))))))).((((((((...((((........)))).))))))))..))))))).))).....).))))))..........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((..((....)).))))........................)))).((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..((..)))))))))))))))))))).))))).))))))))).))))......(((((((((.(..((((..((.............))..))))(((........).))(..))(((((((((.(((((..))))).((((((....))))))((((((((((...........))...((((..)))).((.(((.......))).))...((((......))))..(((..))).))))))))(((.((((((..((((..((((((((......)))))))((((((..............))))))....((((((..))))))(((((((..((.((((((...((..))))))))))..)))))))(((((((((...(((........))).))))))))))..))))..)))))))))))))))))))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((....))))))...................((((((......((((((((((((((((.((((((((.(.(((((((((......))).)))))).).)))))))))))).))))))))).)))................................(..((.......))..)............((((((((((..(((((((..((...((((.((((((....)))))).....................((((......((((.......)))).......((((((.............(((...((((((..(......)..))))))...)))..........((((((.......(((((....)))))....)))))))))))).((((....))))..))))....................))))..)).)))))))...((((((((...((((........)))).))))))))..))))))).))).......))))))..........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((.(((....))))))..)))..............(((((.(((..(((((((((((((((((.((..((((...(((((((((......))).))))))...))))..)))))).))))))))).)))).....))).........((((((......(((((((.....(((..(((..((((......((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....((((.((......))))))....)))).....)))))))...))))...)))..((((...(((...((((((..(......)..))))))...)))..))))....))).....))))))).((....))....(((....)))......((((....))))..............))))))((((((.....(((..(((((....((((((((...((((........)))).))))))))..)))))..)))..)))))).)))))..........