RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00009

RNA: CRW_00009
Rfam family: -

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..............((((((((((.........(((....)))..((((((.......(((.(((.....))).)))...))))))...........(((((((((((.(..(((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).)))))..).......(((((((...(((.((((...((........))....)))).)))..(((.((((((.((((((......))))))))))))...(((((....((..(((((((((....)))))))))..)).)))))....((((((.....))))))((((((((.((.((.........))..))))))))))(((..((((((.(((....))).))))))..)))..))).(((((((((((((((((((((...))))..)))))))))))))))))......)))))).)...)))))))))))))))))))))...........)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((.(((......)))..(((..((((((...((...(((.(((.....))).)))..))))))))...)))....(((((((((((.((((((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).))))))))........((((((...(((((.((((.........))))....(((((((((((((((((((((((((((......))))))..))))...(((((....((..(((((((((....)))))))))..)).))))).....))))))))...)).))))))).......)))))...(((((.((((.((((((((((................))))))))))))))))))).(((((((((((((((((((((...))))..)))))))))))))))))......)))))).....)))))))))))))))))))))............
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................((((((((((...............((.((.......)).))..((((((((......))))))))((((((((.((((((((....((((((((((((.........)))))........)))))))(((((((((....))))))))).))))))))...(((....)))......(((........)))..........((((((((((((.((((...........)))).))))))))))))....(((((.........((((((((....))))))))......)))))....((((((.....))))))((((((((.((.((.........))..))))))))))(((((((((((.(((....))).)))))))))))......(((((((((((((((((((((...))))..))))))))))))))))).................))))))))........)))))))))).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((((....(((....))).((((((......((((.....))))......))))))((((........))))..(((((((((.((((((((....((((((((((((.........)))))........)))))))(((((((((....))))))))).)))))))).......((((((((((((...(((...(.((((.....)))).)..)))....))))))((((.((((((......)))))))))).....(((((.........((((((((....))))))))......)))))....((((((.....))))))((((((((..(.((.........)).)..))))))))(((((((((((.(((....))).)))))))))))......(((((((((((((((((((((...))))..))))))))))))))))).......))))).)...))))))))).......))))))...........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................(((((((((((....(((.......(((.(((.....))).))).((((((((......))))))))((((((((.((((((((....((((((((((((...(....))))))........)))))))(((((((((....))))))))).))))))))...((((()))))....((((((......))))))........((((((((((((.((((..((....)).)))).))))))))))))....(((((.....(..(((((((((....))))))))).)...)))))....((((((.....))))))((((((((.((.((.........))..))))))))))(((((((((((.(((....))).)))))))))))......(((((((((((((((((((((...))))..))))))))))))))))).................)))))))).)))....)))))))))))......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((.........(((....))).(((((((..[[[[[(((.(((.....))).)))...)))))))...]]]]]..(((((((((((.((((((((..........((((((.........)))))).....[[[[....((((((((((....)))))))))))))))))).......((((((....((((((......))))))......)))))).]]]].....(((((((.((((((.[[[[[))))))))))))).....]]]]].....(((((((((....)))))))))..............((((((.....))))))((((((((.[[[.................))))))))...]]]...(((.[[[[[[[)))........]]]]]]]..(((((((((((((((((((((...))))..))))))))))))))))).................)))))))))))))))))))))............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((..(((....((((....)).)).(((.....)))(((.(((.....))).)))(((((((((......)))))))))(((((((.((((((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).))))))))...(((....)))....((((((......))))))..((((.((.(((((((..(((.((((((.((((((......))))))))))))...(((((....((..(((((((((....)))))))))..)).)))))....((((((.....))))))((((((((.((.((.........))..))))))))))....)))..)).)))))..)))))).((((((........(((((((((((((((((((((...))))..))))))))))))))))).......).)))))...))))))).)))))))))))))............
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((...........{{{{{{{{{{....(((........((..........[[[)).((((((((........))))))))(((]]]..((((((((.....(((((((((((((....)).))))))........)))))((((((((((....))))))))))))))))))........(((((....((((<<<<......))...........>>>>..)).....(((((((.((((((......)))))))))))))..(((((........(((((((((....))))))))).....)))))....((((((.....))))))((((((((....((.........))....))))))))(((((((((((.(((....))).)))))))))))......((((((((((((((((((((.....)))..))))))))))))))))).......))))).........)))..)))))))}}}}}}}}}}.......
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((..(((....((((....)).)).(((.....)))(((.(((.....))).)))(((((((((......)))))))))(((((((.((((((((....(((((((((((((......).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).))))))))........(((((....(((.((((...((........))....)))).)))...((.((((((.((((((......))))))))))))...(((((....((..(((((((((....)))))))))..)).)))))....((((((.....))))))((((((((.((.((.........))..)))))))))).((((((((((.(((....))).))))))))))...))..(((((((((((((((((((((...))))..))))))))))))))))).......))))).....))))))).)))))))))))))............
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((...............[[[[[[[[[[[.((((....(((((......)))))........(((((((((......))))))))).))))...[[[[[[[[....[[[[[[[[[[[[))))))...]]]]]]........]]]]]](((((((((....))))))))).]]]]]]]]...((((..))))(((((((.(((((..((((((.........((((((((((((.....(((..)))........))))))))))))....(((((........(((((((((....))))))))).....)))))....((((((.....))))))((((((((.....................))))))))))))))..)))))........)))))))(((((((((...(((((((((((((((((((((...)))))..)))))))))))))))).............)))))))))...........]]]]]]]]]]]......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((.....((..(((....))).((((((...(((..(((.(((.....))).))).)))))))))....))....(((((((((((.((((((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).))))))))........((((((...(((.((((...((........))....)))).)))..(((.((((((.((((((......))))))))))))...(((((....((..(((((((((....)))))))))..)).)))))....((((((.....))))))((((((((....((.........))....)))))))).((..((((((.(((....))).))))))..))...))).(((((((((((((((((((((...))))..)))))))))))))))))......)))))).....)))))))))))))))))))))............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((..((((...((((....)).)).(((.....)))(((.(((.....))).)))(((((((((......)))))))))(((((((.((((((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).))))))))........((((((...(((.((((...................)))).)))..((((((((((.((((((.(...))))))))))))))..(((((.(......(((((((((....)))))))))....))))))....((((((.....))))))((((((((.((................))))))))))(((((((((((.(((....))).)))))))))))..))).(((((((((((((((((((((...))))..)))))))))))))))))......)))))).....)))))))))))))))))))))............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((.....((..(((....))).(((((((.......(((.(((.....))).)))...)))))))....))....(((((((((((.(..(((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).)))))..).......(((((((...(((.((((...((........))....)))).)))..(((.((((((.((((((......))))))))))))...(((((....((..(((((((((....)))))))))..)).)))))....((((((.....))))))((((((((.((.((.........))..)))))))))).((..((((((.(((....))).))))))..))...))).(((((((((((((((((((((...))))..)))))))))))))))))......)))))).)...)))))))))))))))))))))............
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.......)).)))...(((((((((((((.((...((((((.(................(((......)))).))))))(((((((((((((((.(((.(....(((..(((((((...((..)))))))).)..)))..).)))...((((((....)))..(((((......))))).))))))))..))))...((.(..)..(((((...)))))((((((((((...(.((((((......))))))).))))))))))...))...)))))).((((((..))))))(((((((((((...((((((..)..))))).(...((.((((((((((((((.((.((.........)))).)))).))))))))))))..).))))).))))))((((((((((...(((((((((((((((((((((...)))))..)))))))))))))))).............))))))).))).....)))))))))))))))......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((.....((..(((....))).((((((........(((.(((.....))).)))....))))))....))....(((((((((((.(..(((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).)))))..).......(((((((.......((((...................))))......(((.((((((.((((((......))))))))))))...(((((....((..(((((((((....)))))))))..)).)))))....((((((.....))))))((((((((....((.........))....))))))))(((..((((((.(((....))).))))))..)))..))).(((((((((((((((((((((...))))..)))))))))))))))))......)))))).)...)))))))))))))))))))))............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((((((..((.((..(((....))).((((((...(((..(((.(((.....))).))).)))))))))....)).)).(((((((((((.(..(((((....((((((((((((((....)).)))))........)))))))(((((((((....))))))))).)))))..)........((((((...(((.((((...((........))....)))).)))..(((.((((((.((((((......))))))))))))...(((((....((..(..((((((....))))))..)..)).)))))....((((((.....))))))((((((((.((.((.........))..)))))))))).((..((((((.(((....))).))))))..))...))).(((((((((((((((((((((...))))..)))))))))))))))))......)))))).....)))))))))))))))))))))............

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