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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00010



RNA: CRW_00010
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((((.((....))...)))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((..((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))))))))...))))))((...(((((...((((.....))))..)))))))...............))))))))(((((((((((....))))))))))).................(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))..................................................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................(((............)))..((((((((..(((((((....((((.....((((((((.((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))..))))...)))))))....((((....((((.....))))...)))).................))))))))(((((((((........))))))))).................(((((....)))))......................................................................................................................
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.(((....)))..))))))..((((((((....))..))))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((..((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))))))))...))))))((...(((((...((((.....))))..)))))))((((....))))...))))))))(((((((((((....))))))))))).........((((....(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))........(.....................)...........))))....
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Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((....)))).)))))).(((((((((....))..)))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((....(((((....((((.....(((((((((...(((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))...((....)).)))))))))..))))...))))).((...(((((...((((.....))))..)))))))((((....))))...)))))))).(((((((((......))))))))).........((((((...(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))...(((....(((.........)))......))).......))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............))))))).((((((((....))..))))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((..((.((((((((..(((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....)).......))))))))))))))...))))))...(({{{{{...{{{{...))}}}}..}}}}}.................))))))))(((((((((((....)))))))))))...........((((((..(((....)))))))))((((.....((((((.....))))))......))))....(((((.((((.[[[)))).)))))..............................................]]].
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....)))).))))))).((((((((....)))..))))).((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((.....(((((((((...(((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))...((....)).)))))))))..))))...)))))).....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...)))))))).(((((((((......))))))))).........((((((...(((((....))))).(((((((.....((((((.....))))))......))))))).(((((.((((....)))).)))))...((.................)).................))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.((((((.((((............)))).........))))))..(((((...)))))....(((((((....)))))))...)))))))))).((((((.....(((((..(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..((((((.((((((((((((.............)))))))..........)))))..(((((........(((((((((((((....))))))))))))).....)))))))))))........)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))......(((((..)))))))))))((((.......................((((..))))........)))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((................(((((((((....)))..))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))...))))))))))(((((((........(((.(((((((((...(((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))............)))))))))))).(((((((....((((.(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...))))..(((((((((((((....)))))))))))))...))))))).(((.(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))....)))....[[[[[[[)))))))..(((....(((.........)))......)))........]]]]]]].
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....)))).)))))))(((((((((....)))..))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((..(((((((....((((..((.(((((((((...(((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))............)))))))))))))))...)))))))....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...))))))))(((((((((((....)))))))))))........((((((...(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))..(((.................)))..(((....)))....))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((....)))).)))))))(((((((((....))..)))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((..(((((((....((((.....(((((((((...(((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))............)))))))))..))))...)))))))....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...)))))))).((((((((((....)))))))))).........((((((...(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))...(((....(((.........)))......))).......))))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((....)))).))))))))((((((((....)))..)))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((.....(((((((((((((((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..))))...))))))((...(((((...((((.....))))..)))))))((((....))))...))))))))(((((((((((....)))))))))))........((((((((((((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).))))))))(((....(((.........)))......))).......))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(......).((.(((..(((..(((...(((((((.((..))...))))))((((((((((..))))).)))))((((((((..)))))))).(((((((((..(((.((((((..........))..(((((...((((((((((((..))))))))))))(((((((((...).)))))))).(((((((((...(((......)))....))))..)))))((((...)))))))))((((((..)))).))....)))).)))..)))))))))...((((((((..)))))))))....)))...)))..)))))((((((..))))))((((.(((((((..((((((...))))))..)))).))).))))(((((.(((((..))))).)))))((((....((...........))..(.((((..)))).)..(..))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((......))).)))))))((((((.((....))...))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((.....(((((((((...(((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))............)))))))))..))))...)))))).....(((((...((((.....))))..))))).................))))))))((((((((((......)))))))))).................(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))..........................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((..((((((....)))).))..)))(((((((((....))..)))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((...(((((.....((((.....(((((((((((((((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..))))....)))))((...(((((...((((.....))))..)))))))...............)))))))).(..((((((......))))))..).........((((((...(((((....))))).(((((((.....((((((.....))))))......))))))).(((((.((((....)))).)))))...(((....(((.........)))......))).......))))))...