|
|
|
GUUUAUUUGAUGGUACCUACUACUCGGAUAACCGUAAACGAGAGUUAUUGCGGUAGGGAGACGAGAGUCGUCCCUAGUAGCUCGUCAGAGCUGCGACACUGUCAAAUUGCCUGGACAUCCCGCUACGCUGAGGAGACCGUCUGAUUGGGGAAACCUGAUCGGACACCGACGGUGAAAGCCGUCGGGUAUGGUAACACUUCCUCGGCUAGGGACUAUGGGCAGCCAAGCUCUAAAAGCCUCCUUGGCUCAAGAGUGCAGUUCACAGACUAAAUGGCAGUGGGUGUCCGCCUCCCCAGGCGGAUGCUUAAGAUAUAGUCGGUCCCCAUCGAGAGGUGGACCGUCGGAGGAAUGGGGCGUUCAGCCCCAGGAGAGCCGAUGGUGUCUGACGACUGGAGUCGCCAGGCGGAGCAAACGAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCGUAAAUCCCGACUCCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.............................(((((((............)))))))...(((((.....)))..)).(((((((....)))))))..(((((((....((((((....((((......((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....)))....).)))))))...))))...))))))(((..((((...(((((.....)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((....))))))))))).......]]]]]]((..(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))((((((((((....)))))))))).......)).........................................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((....)))).)))))))(((((((((....))..)))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((..(((((((....((((.....(((((((((...(((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))............)))))))))..))))...)))))))....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...)))))))).((((((((((....)))))))))).........((((((...(((((....)))))..((((((.....((((((.....))))))......)))))).((((((.((((....)))).))))))..(((....(((.........)))......))).......))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))).)))))).(((((((..........)))))))....))))...(((((((....(((((((....)))))))(((((((((...((((((.....((((.....(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..))))....))))))....(((((.....(((((...(((......(((((((....)))).....))).(((((((((((((....)))))))))))))......)))((((((((.......)).))))))..)))))..((((((.....))))))..))))).))))))))).)))))))(((((((...((....((..((((((.........)))....)))..))....))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.((....))...)))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((..((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))))))))...))))))((...(((((...((((.....))))..)))))))...............))))))))(((((((((((....))))))))))).................(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).))))).................................................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................(((............)))..((((((((..(((((((....((((.....((((((((.((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))..))))...)))))))....((((....((((.....))))...)))).................))))))))(((((((((........))))))))).................(((((....)))))...................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...........................))))))..............(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..(((((((...(.(((((....((((..((.((((((((....(((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....(....)...))))))))))))))...))))))((...((((....((((.....))))...))))...)).............)))))))(((((((((((....))))))))))).........(((((...(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))..(((....((....)).....)))................))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.(((....)))..))))))..((((((((....))..))))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((..((.(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))))))))...))))))((...(((((...((((.....))))..)))))))((((....))))...))))))))(((((((((((....))))))))))).........((((....(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))........(.....................)...........)))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((....))))((((.....[[[[[[.)))).....]]]]]](((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((.....(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..))))...)))))).....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...))))))))(((((((((((....))))))))))).................(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((......[[[[[[[.)))))...(((....(((.........)))......)))........]]]]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((....)))).)))))).(((((((((....))..)))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((....(((((....((((.....(((((((((...(((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))...((....)).)))))))))..))))...))))).((...(((((...((((.....))))..)))))))((((....))))...)))))))).(((((((((......))))))))).........((((((...(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))...(((....(((.........)))......))).......))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.............))))))).((((((((....))..))))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((..((.((((((((..(((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....)).......))))))))))))))...))))))...(({{{{{...{{{{...))}}}}..}}}}}.................))))))))(((((((((((....)))))))))))...........((((((..(((....)))))))))((((.....((((((.....))))))......))))....(((((.((((.[[[)))).)))))..............................................]]]. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((....)))).))))))).((((((((....)))..))))).((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((.....(((((((((...(((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))...((....)).)))))))))..))))...)))))).....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...)))))))).(((((((((......))))))))).........((((((...(((((....))))).(((((((.....((((((.....))))))......))))))).(((((.((((....)))).)))))...((.................)).................))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((((((.((((............)))).........))))))..(((((...)))))....(((((((....)))))))...)))))))))).((((((.....(((((..(((((((((((((((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..((((((.((((((((((((.............)))))))..........)))))..(((((........(((((((((((((....))))))))))))).....)))))))))))........)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))......(((((..)))))))))))((((.......................((((..))))........)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((................(((((((((....)))..))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))...))))))))))(((((((........(((.(((((((((...(((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))............)))))))))))).(((((((....((((.(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...))))..(((((((((((((....)))))))))))))...))))))).(((.(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))....)))....[[[[[[[)))))))..(((....(((.........)))......)))........]]]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((....)))).)))))))(((((((((....)))..))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((..(((((((....((((..((.(((((((((...(((((((((((....))))))))))).((((((((....))))))))............)))))))))))))))...)))))))....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...))))))))(((((((((((....)))))))))))........((((((...(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))..(((.................)))..(((....)))....))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((....)))).)))))))(((((((((....))..)))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((..(((((((....((((.....(((((((((...(((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))............)))))))))..))))...)))))))....(((((...((((.....))))..)))))..((((....))))...)))))))).((((((((((....)))))))))).........((((((...(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).)))))...(((....(((.........)))......))).......))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((....)))).))))))))((((((((....)))..)))))(((((((((....))).))))))(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((.....(((((((((((((((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..))))...))))))((...(((((...((((.....))))..)))))))((((....))))...))))))))(((((((((((....)))))))))))........((((((((((((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......))))))))(((((.((((....)))).))))))))(((....(((.........)))......))).......))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(......).((.(((..(((..(((...(((((((.((..))...))))))((((((((((..))))).)))))((((((((..)))))))).(((((((((..(((.((((((..........))..(((((...((((((((((((..))))))))))))(((((((((...).)))))))).(((((((((...(((......)))....))))..)))))((((...)))))))))((((((..)))).))....)))).)))..)))))))))...((((((((..)))))))))....)))...)))..)))))((((((..))))))((((.(((((((..((((((...))))))..)))).))).))))(((((.(((((..))))).)))))((((....((...........))..(.((((..)))).)..(..))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((......))).)))))))((((((.((....))...))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((...((((((....((((.....(((((((((...(((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))............)))))))))..))))...)))))).....(((((...((((.....))))..))))).................))))))))((((((((((......)))))))))).................(((((....)))))((((((((.....((((((.....))))))......)))))))).......................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..((((((....)))).))..)))(((((((((....))..)))))))((((((((....))).))))).(((((((....)))))))..((((((((...(((((.....((((.....(((((((((((((((((((..((....))..))))))).((((((((....))))))))....))).....)))))))))..))))....)))))((...(((((...((((.....))))..)))))))...............)))))))).(..((((((......))))))..).........((((((...(((((....))))).(((((((.....((((((.....))))))......))))))).(((((.((((....)))).)))))...(((....(((.........)))......))).......))))))... |