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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00011



RNA: CRW_00011
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ..............(((((((.................)))))))...(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((...........)))))))))).))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((((((((((((((....))).))))))))(((((((....)))))))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...((((...(((((((....)))))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((........))))))))).......]]]]]]((..(((((....))))).((((((.....((((((.....))))))....))))))(((((((((............)))))))))......))........................................
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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((...((((.......)))).(((.....(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((..((((((((((...........)))))))))).(((((....)))))....)).))).))))).)))))(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))......)))))))...((((..(((((.(((...(((((...((((((....))))))..)))))..))).....(((((((.((((((((((((((((........)))))))).....((....((((((.(((((....))))).(((.((((...((((((.....))))))...))))...(((((((((..(((....)))))))))))))))..))))))..))...))))))))))))))).)))))..))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((((((..((((.....))))..))))))))))(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((.(.......).)))))))))).)))).............((((((....(((...((.(((((((.((((.(((((((((....))).))))))..((.((((....)))).))...))))......))))))).)))))...))))))(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((.((((((((((((((((.(.....)))))))))).........(((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...))))))))((((((((..(((....)))))))))))......))))))).......))))))))))))))...............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((.....................)))......((((.............................))))..((((.(((((((((...........)))))))))..))))..((((((((...((((((....(((......(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....)))).)).).))))......)))))))...)))...))))))(((...(((((..(((((........))))).)))))..)))............))))))))(((((((............)))))))..................((((....))))......................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((((...(((.....)))...)))))))...((((((((((((((......)))).....)))))))))).((((((((((((((...........)))))))))).))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((..(((((((((....))).))))))..((.((((....)))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...((((...(((((((....)))))))..))))..))).............)))))))(((((((((........))))))))).........(((((((.(((((....)))))(((((((......(((((.....))))).....))))))).(((((((............))))))).......)))))))....((.(((.((((.........)))).))).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((((((..((((.....))))..))))))))))(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((.(.......).)))))))))).))))(....).......((((((....(((...((.(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.(((((()))))).)).).))))......))))))).)))))...))))))(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..)))(((..(((((((.((((((((((((((((.((...))))))))))).........(((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...))))))))((((((((..(((....)))))))))))......))))))).......))))))))))))))..)))..........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((...((((.......)))).........(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((...........)))))))))).))))....((((......))))...))))).)))))(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))......)))))))...((((.((((((((((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))))....(((((((.((((((((((((((((........)))))))))..........((((((.(((((....))))).(((.((((...((((((.....))))))...))))....((((((((..(((....))))))))))).)))..))))))........)))))))))))))).)))))).))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.(((((...((((.......)))).........(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((((.....))..)))))))))).))))....((((......))))...))))).)))).(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))......)))))))...((((.((((((.(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((.(((((((.((((((((.((...))))))))))...........((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).))))(((((((..(((....)))))))))).......))))))........)))))))))))))).)))))).))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.(((((((..((((.....))))..))))))))))(((((((((((((((....)))))).....))))))))).((((((((((((((((.....))..)))))))))).)))).............(((((......((......(((((((......(((((((((....))).)))))).....((((..{{))))..........}}....)))))))...))[[.[[)))))(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((.(((((((((((((((.((.....)))))))))).........(((((((.(((((....)))))(((((.(((...((((((.....))))))...))))))))((((((((..(((....)))))))))))......))))))).......)))))))))))))).....]].]].....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.(((((...((((.......)))).........(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((((.....))..)))))))))).))))....((((......))))...))))).)))).(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))......)))))))...((((.((((((.(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((.(((((((.((((((((.((...))))))))))...........((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).))))(((((((..(((....)))))))))).......))))))........)))))))))))))).)))))).))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((.................))))))))...((((((((((((((....)))))))(((((((..((((((...((((((((((.....[[[[[.)))))))))))))))).((((((((.............(((((((..(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).....(((((..)))))......))))......)))))))...(((((...]]]]]...))))))))))))((((....))))(((((................)))))))))))))(((((((((........))))))))).........(((((((.(((((....)))))(((((((.....((((((.....))))))....)))))))((((((((..(((....)))))))))))......))))))).........)))))))........))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.(((((...((((.......)))).(((.....(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((((.....))..)))))))))).))))................)))..))))).)))).(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))......)))))))...((((.((((((.(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((.(((((((.((((((.(((.....)))))))))...........((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).)))).((((((..(((....)))))))))........))))))........)))))))))))))).)))))).))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((...((((.......)))).........(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((...........)))))))))).))))....((((......))))...))))).)))))(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))......)))))))...((((.((((((((((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))))....(((((((.(((((((((((((((.((([[[))))))))))...........((((((((((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).))))(((((((..(((....)))))))))).....).)))))).]]]...))))))))))))))).)))))).))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.(((((...((((.......)))).(((.....(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((((.....))..)))))))))).))))................)))..))))).)))).((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))....).)))))))...((((.((((((.(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((.(((((((.((((((((........))))))))...........((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).)))).((((((..(((....)))))))))........))))))........)))))))))))))).)))))).))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.(((((((..((((.....))))..)))))))))))((((((((((((((....))))))).((((.((((((..((((((((((((((((.....))..)))))))))).))))....((((......))))(((..(((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))....).)))))))...)))...)))))))))...(((((..(((((((....))))))).)))))...))))...(((((((.(((((((((...))...(((((((((..((((((......))))))(((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).))))(((((((..(((....)))))))))).......))))))))))))..))))))))))))))...))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((.((((((((.(((.......))).))))))))))))(((((((((.(...............).))))))))).....(((((((((((..........).)))))))))(((.((.((..((((((((..((((..))))..)....((((((((((((((((((((((..)))).))))))))..)))).(.(((((........))))).)..)))))).)))))))..))))))).(((((((((((((.((((....))))))))))))))((((((((((((((((.((((((((((.(((((.(((...((...(((((........)))))....((((((..)))))).(((.(((((((.((((((...)))))).))))))))))..((((((...((......)).))))))...))...))).)))))))).)))))))))))))))))))))))..))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((.(((((....(((.......)))..........(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((((.....))..)))))))))).)))).....................))))).)))).((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))....).)))))))...((((.((((((.(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((.(((((((.(..((((.((.....))))))..)...........((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).))))(((((((..(((....)))))))))).......))))))........)))))))))))))).)))))).))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.(((((...((((.......)))).(((.....(((((((((((((((....))))).....)))))))))).((((((((((((((((.....))..)))))))))).))))................)))..))))).)))))(((((((.((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))......)))))))...((((.((((((.(((...(((((..(((((((....))))))).)))))..))).....(((((((...(((((.(..(((((........)))))..)...........((((((.(((((....)))))((((.((((...((((((.....))))))...)))).)))).((((((..(((....)))))))))........))))))........)))))..))))))).)))))).))))...