CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00013



RNA: CRW_00013
Rfam family: Intron_gpI

AACUAUGACUCAACGUUCUGAGGGAUGUAUAUUUCACAGCGGGGUUUGGCAACUAAACUUCGAGAGGGUCAAGUAACGUAAAAGGCGUUGCUAGUGGGCAGUGCUGACCUCUGGACCGGCGAUCCGCGACGAGAGACGCCCCCGCGACAUCAUCAAAUUGCGGGGACUCCCUAAAGCUGUGUGCUACUAAGCAGGUGCCGAAACGACCUGUGGCCGGGGUAAUGACCUGGGGUAUAGUAAAAACGCACCAGAUGCCACAAUGGGUGAUCCGCAGCCAAGUCCUAAGGCAACAGGCCUCUUCCCGCCCGUGGGGGAGAGUGUCCCGCGCUAUGGAUGCAGUUCAACGACUAAACGGUGAUGGGCUAGCGUAAUGAAUGCGUUCUGCACACUCUUACGCCGGCUUAAGAUAUAGUCUACUCCCACUCCGAAAGGAGGGGUACUAAAAGCUCUUAAGGU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .....((((((......................................................))))))((((((((.....)))))))).(((((..........................................)))))..(((((((....((((((....(((.....(((.((((((((((((((((.((....))))))))))(((((((....)))))))....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((..((((...(((.......((((((((.......))))))))........)))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((.((((((((...))))))))))))))))))).......]]]]]]((...(.((((....)))))........))...........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((.((((((.((((((....))))))...........(((((((((....).))))))))...))))))............(((((....((((.((.((((.(.(((..((((.(((.(((.((....((.((.(.((((((((..........)))))))).))).))..(((.....))).....)).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).))))))....(((.((.....)).))).))))..))))....(((((((((((.......)))))))).)))..))))...(((((((.(((((((.(((..((....))...))))))..))))))))))).)).))))...)))))(((((.((((...))))...(((.((((....)))))))......))))).....)))
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................((..(......).)).....((..............))..........................................((...............................................................)).....(((((...........................................................)))))........((((....))))......................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((..(((..((((..(((((..((((((((((...)))))))))).........((((((((.....)))))))).)))))..))))...)))..)))((((((.........(((((....((((((((..........)))))))).((((((....(((.(((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))........(((((((.......(((..(((....)))....))).......))))))).)))))).((((...((((.((..((((((((((...(((....)))..)))))).)))).....))))))...)))).))))).))))))(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((........)))))))).......................................................................................................................(((((((....((((((....((((........................................................................................))))...))))))(((...(((((((..........................................)))))))..))).............)))))))............................................................((((((....))))))....................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................((.((((......)))).)).((((((((((...)))))))))).........((((((((.....))))))))...............................................((((((((..........)))))))).........................((((((.........))))))..(((((.(....))))))...............................................................((((((((((.......)))))))).))........................................(((.((((((.....((.....))......)))))).)))((((((........(..(((.((((....)))))))).........))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................((((((....((((((....(((.....(((.((((.(((..((((((.(......)))))))..(((((.......))).))....)))......)))))))..........)))...)))))).....((((....(........................................)...))))..................))))))(((((..................................))))).................(.((((....))))).....................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((......))))...(((.......)))((((((............................((((((.......))))))..(((((...(((((..........))))).)))))............))))))..(((((((....((((((....(((.....(((.((((((((..(((((...........)))))..(((((.......))))).....)))....).)))))))..........)))...))))))((...((((...(((....(((((((((((.......)))))))).)))....)))..))))...)).............)))))))((((.((((((....................)))))).))))....................((((....)))).(((.......)))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((........)))((((....))))(((((((((((((((...))))))))))(((((.(..((((((((.....))))))))......(((()))))))))).....((....))(((.(....).)))((((((((..........))))))))...........)))))...(....)((((((.........))))))(((((((.(....))))))......(......)..........))......................((((...(((....(((((((((((.......)))))))).)))....)))..))))....((((....((....))...))))((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).))(((((((...((..((..(((.((((....)))))))))))......)))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.............)....................................................((.....)).....((.(((......)))))....................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.[[[[.)))..]]]].................((((((((((...))))))))))((((((((.((((((((.....))))))))....)))..[[[[[.)))))....]]]]]....(((..[[[...)))((((((((..........)))))))).]]].....(((..[[[))).....]]](((((.........[[[[[[(((((.......)))))..............)))))....(((......)))...]]]]]]...........(((....[[[[[[[[[[[)))....]]]]]]]].]]]..(((...[[[[)))..]]]]....(((..[[[[[.)))....(((.((((....)))).))).........]]]]].(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.((((((....))))))...........((((((((((...))))))))))...))))).((((((((.....)))))))).(((((.((..(((.(((..((((.((((.((((...)).))..))))(((((((..........)))))))...........((((((.(((....))).(((((.(.....((.((((.((.((((....)))).)).)))))).....)))))).((((((......))).)))))))))...))))..)))...)))..))...)))))(((((..((((.((((...((((.....((((((((((.(.(((....)))).)))))).)))).......))))...)))).))))..)).)))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((............................((((((((((...))))))))))...)))))).(((((.......[[)))))...........]]...........((((((..................((((((((..........))))))))..............(((((......((((((.........))))))..(((((.......)))))...............................................................((((((((((.......)))))))).))..............((((((((...............)))))).))................)))))......))))))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((.....................................)).........))))..............................................................................................((((((...((((.....(((.((((.((((.(((((.(((...)))))).)).......................))))......)))))))..........))))..)))))).......................................................................................((.(((.....((.................)).....)))))................(((...............((.......))......)))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....(((....)))..............((((((((((...))))))))))...))))).((((((((.....))))))))....((.....))..(((..((((..(((...............)))((((((((..........))))))))..........((((((.(((....))).(((((.(.....(.(((((.((.((((....)))).)).)))))).....)))))).((((((......))).)))))))))...))))..)))......(((.((((((.......)))))).).)).....................................((((((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).))))))..............(((.((((....)))))))...................
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(((((((..)))))))......[[[[[((((((((((...))))))))))...))))))............(((((((((....)))))))))..........((((((.................((((((((.............(((((((.........((((((((((....))))(((((.........]]]]].(((((.......)))))..............)))))......(((.....)))...)))))).........((((.....)))).))))))).))))))))(((((((..........((((((((((((...............))))))............))))))...)))))))..))))))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((........))))))).........................................................................................................................((((((....((((((....(((..........................................................................................)))...))))))(((...(.((((............................................)))).)..))).(...).......))))))((((((((............................))))))))..((.....))......((((((....))))))....................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((........))))))).........................................................................................................................((((((....((((((....(((..........................................................................................)))...))))))(((...(.((((............................................)))).)..))).(...).......))))))((((((((............................))))))))..((.....))......((((((....))))))....................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.......((((.((((...((((..(((((..((..((((((...))))))..)).........((((((((.....)))))))).)))))..))))...)))).))))(((((....(((.((.((.((.((((((((.............(((((((.........((((((.(((....))).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......)))))....(((......)))....)))))).........((((.....)))).))))))).))))))))...)).)).)))))...(((((((.(((((((.(((..((....))...))))))..)))))))))))............))))).[[[[[[[)))))).....(((.((((....)))))))..........]]]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((((.((((([[[...)))))........]]]((((((((((...))))))))))...))))))((((((((.....))))))))...............(((..((((..{{.{{{{{{{.{{........((((((((..........))))))))..........((((((((((....))))(((((.(.....(.(((((....((((....))))....)))))).....)))))).((((((......))).)))))))))...))))..))).......(((((((((.......)))))))).)...}}}}}...}}}}}}.....................((((((.((((((.((.((((...))))...)))))))).))))))..............(((.((((....)))))))................)))
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................(((((.....((((((....(((..........................................................................................)))...))))))(((.............................................................)))..............)))))(((((((..............................))))))).................((((((....))))))....................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((((.((((((....))))))...........(((((((((....).))))))))...))))))))).........(((((....((((.((.((((.(.(((..((((.((.((...(((.(....).)))((((((((..........))))))))..))))....((((((.(((....))).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).((((((......))).)))))))))...))))..))))....(((((((((((.......)))))))).)))..))))...(((((((.(((((((.(((..(.......)..))))))..))))))))))).)).))))...)))))..(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((((.((((((....))))))...........((..(((((....).))))..))...))))))))).........(((((....((((.(((((((((.(((..((((.((.((...(((.(....).)))((((((((..........))))))))..))))....((((((((((....))))(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).((((((......))).)))))))))...))))..)))))...(((((((((((.......)))))))).)))..)))))..(((((((.(((((((.(((..(.......)..))))))..))))))))))).)).))))...)))))..(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.((..(((........)))..).)........((((..((((.(((((((((((((((..))))).(((.......))).))))))))))(..).(((..))))))))))))(((((((..(...)..(((((((.((((((((..(....)..))))))))((.(((...((((.(((.......).)))))).(......)((((((.(((((((..((.((((((..(((..))).((.(((((..........)).))))))).))))))..))).)))))).)))).(((((((((..)).)))))))(.(((((........)))..)).)...(((((..)))))..).)))).(((((.((..)))))))...))).)))).)))))))((((((.(.(((..(((.((..(((((..))))))))))))).)....))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.................))...(.......).........................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.((((((....))))))...........(((((((((....).))))))))...)))))).((((((.......))))))................(((..((((.........(((.(....).)))((((((((..........)))))))).................((......)).(((((.........(((((.((.((((....)))).)).))))).......))))).............................))))..)))......((((((((((.......)))))))).))...............................................................................(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((((.((((((....))))))...........((..((((((...))))))..))...))))))))).........(((((....((((.((.((((.(.(((..((((.(((.(((.((....((.((...((((((((..........))))))))..)).))...)).((((..(((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....)))))...))))....))))))....(((.((.....)).))).))))..))))....(((((((((((.......)))))))).)))..))))...(((((((.(((((((.(((..((....))...))))))..))))))))))).)).))))...)))))..(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..