RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00016

RNA: CRW_00016
Rfam family: Intron_gpI

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CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................(((.((..........((..(......)..))....((..............))..............)).)))............................................................................(((((...........................................................)))))........((((....))))......................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((........(((((((........))..)))))...)))))).(((((((.....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))...........((((((....(((.....(((((((.(((...((((...........))))...(((((.(....)))))).....)))......)))))))..........)))...)))))).....((((...(((((((((((....)))))))))))..)))).............(((((......(((((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).)))))........)))))..(((.((((....)))))))...................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................(((......................)))..(((((((...(((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(......)))))))..((.((((....)))).))....)))).....)))))))..........)))...)))))))....((((...((((..................))))..))))..................)))))))((((.((............................)).))))....................((((....))))......................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))......((((.[[[..)))).((((....))))...(((((((.....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))..]]].....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))(((.....(((.((((.[[[[[.....)))))))......)))................]]]]].(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((........(((((..(((...)))...)))))...))))).((((((((.....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((.....(((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))..........)))...))))).((...((((...(((((((((((....)))))))))))..))))))((((....))))....)))))))..((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).))(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((........(((((..............)))))...)))))).((((((.......))))))((((((((((((((....))))))))))))))(((((((....((((((...(([[.....(((((((......((((((.........))))))..(((((.......)))))..............)))))))........))]]....)))))).....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..................)))))))((((.((((((....(((.....))).....)))))).))))(((((...........(((.((((....)))))))..........)))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(..........)........)))................................................................................((((((...((((.....(((((((.((((.(((((.(((...)))))).)).......................))))......)))))))..........))))..)))))).....................................................................((.......(((......((..........)).....)))))................((................(((((....))...)).)))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))..((((((.((.....)))..))))).((((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))....((.(.......(((....)))....((............)).(((((.(.....((.((((.((.((((....)))).)).)))))).....)))))).).)).......(((...)))........((((...(((((((((((....)))))))))))..))))...((......))..(((.....((((((.((((((.((.(((.....)))...)))))))).)))))).......)))....(((.((((....)))))))........)))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((........(((((..............)))))...))))))((((((((.....))))))))((((((((((((((..)))))))))))))).(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))..........)))...)))))))...((((....(((((((((((....)))))))))))................))))....))))))).....((((((....((((...)))).....))))))...(((((((.......((((((.............))))))........)))))))..
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))..(((((((.((...))))..))))).((((((..((((((((.....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))....((((.......(((....))).......((([[[))).]]].(((((.(.....((.((((....((((....))))....)))))).....)))))).))))......((((...)))).......((((.(.(((((((((((....))))))))))).)))))...(((....)))(((((.....((((((.((((((.((.((((...))))...)))))))).)))))).......)))))..(((.((((....)))))))........)))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.(((((..............))))).((((((.....((((((....((((((.((((((((((((((....))))))))))))))(((((((...(((((((............((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))................)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..((((....))))....)))))))...))))))......))))))......))))))..)))).(((((((..((((...((((..........))))....)))).....)))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................(((((.....((((((....(((.........................................................................................)))...))))))(((...........................................)))..............)))))(((((((..............................))))))).................((((((....))))))....................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.(((((..((.....))...))))).((((((..((((((((.....)))))))).(..(((((((((....)))))))))..)..(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))..........)))...)))))))....((((...(((((((((((....)))))))))))..))))..((((....))))....))))))).((.((((((.....))))))..))..))))))..)))).(((((((..((((.....(((.((((....))))))).)))).....)))))))..
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)........((.................)).....................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((..((.....))...))))).........((((((((.....))))))))((..(((((((((....)))))))))..))............((((((....(((.....(((((((((((..((((((.........))))))(.((.((((....)))).)).)..)))).....)))))))..........)))...)))))).....((((...(((((((((((....)))))))))))..)))).........................(((..((((((.((...............))))))))..)))................(((.((((....)))))))...................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((.(((((..((.....))...))))).((((((..((((((((.....))))))))((..(((((((((....)))))))))..)).(((((((....((((((....(((.....((((((((((((.((((((.........))))))..(((((.......)))))....))))).....)))))))..........)))...))))))((...((((...(((((((((((....)))))))))))..))))))................))))))).((.((((((.....))))))..))..))))))..)))..(((((((...........(((.((((....)))))))..........)))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((.....(((....)))..((((.......))))...))))).((((((((.....))))))))..))).(((((((....))))))).((((..............))))...(((((.....(((((((......((((((.........))))))..(((((.......)))))..............)))))))..........((((.............))))...(((((((((((....)))))))))))..))))).((((....))))..........(((...((((((.((.((.........)).)))))))).((((........))))....))).(((......))).(((.......)))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.....((((......)))).((((....))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((....))))))))))))....aaaa.....((((((.....)))...(((bbb(((....))).bbb)))).....BBB....BBB..(((....)))[[[.....))).........]]].AAAA......cccc.....))).....CCCC...(((((((((((....))))))))))).((((.....))))....((((.<<<<......)))).((((.((.(((.....)))...))))))>>>>(((..(((..{{{))).......((((....)))).(((.}}}...))).....)))

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