RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00017

RNA: CRW_00017
Rfam family: -

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..............(((((((((((((......)))))))))))))....((((((((....(((((((((.((((..((.(((((((((.((((.(((((((..((....))..))))))))))).))......))))))).))..))))((..(((((((((....).))))))))..)).))))))))).(((.((((....)))))))..((((((((.((((.((..((((((((((((....)))))))....((((..(((.((.......(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).))))).))))).)))).......((((((........))))))....)))))..)).)))).))))))))............))))))))................)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................((((((((((((....((((((((......(((((((.(((((((.....))))))).....((((((..(((....)))..)))))).(((..((((..(((((((((((..(((....(((((((((.......)))))))))..)))..))))))).....(((((((((((((.......(((((..........(((((((((((....))))))))))).......)))))......))))....(((..(((((.(((...((((.....))))...))).)))))))).(((....)))....)))))))))..(((((..(((....))))))))...))))..))))..)))))))))).))))))))....)))))))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................((((((((((((((((.....)))))))((((.(((((((.(((....))).))))))))))).............((((((..((..((.((((((((((....).))))))))).))))..)))))).....((((....))))........................(((((((((((....)))))))))))...................(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).)))))..............((((((((((........))))))......................))))....)))))))).)........................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((((......)))).......((((((..............))))))...((((((.....)))))).((((.((((((.(((.......)))))))))))))..(((.(((((.(((((((......((.(((((((((.......))))))))).))....))))))).)..((((....))))(((........)))...)))))))(((((((((((....)))))))))))....(((((((((((..(((((....((((((((((.(((...((((.....))))...))).)))))(((....((............))........))))))))....)))))......))))))))..(((.....)))...))).....................
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................(((........)))..((((......((((((((((((((((((.....)))))))((((.(((((((.(((....))).)))))))))))...........((((((((..((..((.(((((((((((())).))))))))).))))..))))))((((.((((....)))))))).....(((((..........(((((((((((....))))))))))).......))))).......(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).)))))......)).....(((((((((((.(....).))))))(....)................)))))...)))))))).)))))))..................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((((((...[[[[..)))))))))))..]]]]..........(((((((((......(((.[[[[[[[...((((.(((((((.(((....))).)))))))))))..)))....]]]]]]]....(((.....[[[[[[[[[)))....]]]]]]]]]....)))))))))((((.((((....)))))))).....(((((..........(((((((((((....)))))))))))...[[[.)))))....]]](((....)))..(((((.(((...((((..[[[))))...))).))))).........]]].((((((...[[[[...(((((..(((....))))))))........)))))).......]]]]..........................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((((......)))))))))))))....((((((((......(((((((.(((((((.....)))))))((((.(((((((.(((....))).)))))))))))..........(((((((((((....((.(((((((((.......))))))))).))....))))..((((.((((....)))))))).....((((......)))).(((((((((((....)))))))))))..(((....((((......))))....))).(((((.(((...((((.....))))...))).)))))..))))))).((.((((((.....((((.(((((..(((....)))))))).))))...)))))).)).))))))).)))))))).................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................(((((((............)))))))..(((((((.....)))))))((((.(((((((.(((....))).)))))))))))...(((.......((((((..((.....(((((((((.......)))))))))...))..))))))((((.((((....))))))))....................(((((((((((....)))))))))))..........(((......(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).))))).............[[[[[((((((........))))))..................))).]]]]]...............)))...................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((((((......)))))))))).......((((((((......(((((((..((((((.....)))))).((((.(((((((.(((....))).)))))))))))..........(((((((((((....((.(((((((((.......))))))))).))....))))..((((.((((....)))))))).....((((......)))).(((((((((((....)))))))))))...................(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).)))))..)))))))....((((((..........(((((..(((....))))))))........))))))....))))))).)))))))).................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((((......)))))))))))))....((((((((......(((((((((((((((.....)))))))..(((((..[[[....[[[[[[[[[[...[[[[[[.......((((...))))...[[[[[[[[[[[[[[[[)))))..]]]]]]]].........]]]]]]]]..(((((..)))))(((((....(((((..........(((((((((((....))))))))))).......)))))......)))))...]]]]]]............]]]]]]]]]].....(((((..))))).((((..))))....((((((........))))))]]]....(((((((((..)))))))))...)))))))).)))))))).................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((((..[[[[)))))))))))))..]]]].(((((....(((((((((.((((..((.(((((((((.((((.(((((((..((....))..))))))))))).))......))))))).))..))))((..((((((((.......))))))))..)).)))))))))((((.((((....)))))))).((((((((.((((.((..((((((((((((....))))))))...((((..(((.((.......(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).))))).))))).)))).......((((((........)))))).....))))..)).)))).)))))))).)))))...............................
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((((((......)))))))))))).....((((((((......(((((((((((((((.....)))))))((((.(((((((.(((....))).)))))))))))..........(((((((((((.......(((((((((.(....)))))))))).......)))).(((((.((((....)))))))))....((((......)))).(((((((((((....)))))))))))...(((..........)))(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).)))))..)))))))....((((((.....((((.(((((..(((....)))))))).))))...))))))...)))))))).)))))))).................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((((((......)))))))))))))....((((((((....((((.(((..(((((((.....)))))))((((.(((((((..((....))..)))))))))))..)))..(((((((((.(((.(((.((..(.(((((...(((((((((((..((((..(..((((.((....))...))))..)..))))..((((......)))).(((((((((((....)))))))))))...))))))))))).....(((....))).))))).)..)).))).)))....)))).....)))))...)))).(..((.((((((.(...((((.(((((..(((....)))))))).)))).).)))))).))..)......)))))))).................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((..((......))..)))))))(((((((............)))))))..(((((((.....)))))))((((.(((((((..((....))..)))))))))))(((((((.((((.((((((..((..((..(((((((((....).))))))))..))))..))))))((((.((((....)))))))).((((((((.((((.((..((((((((((((....)))))))((((...(((..........)))(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).)))))))))(((....)))..(.((((((........)))))).)..)))))..)).)))).)))))))).........)))).)))))))................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((........................)).....((((((((((((((((((((((((..(...((((((((((((((.((..))))))))((.((((((((((.(((((((.(((.(((...)))))))))).)))(((((((((((((((..(((((((((((..)).)))))))))))))))))))))).)).((((((.(((..))).((((...)))).).))))))))))((((((((...).)))))))(((......).))(((((((((....)))(((..(((((.((((((.............)))))).))))))))(((((..))))).(((((......))))).((((((..)).)))).....)))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................(((((....(((((((((..(((..((.((((((.((.((((.(((((((..((....))..))))))))))).)).......)))))).))..))).((..(((((((((....).))))))))..)).)))))))))((((.((((....))))))))..(((((((..(((.((..((((((((((((....))))))))...((((..(((.(((......(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).))))))))))).)))).....(.((((((........)))))).)...))))..)).)))..)))))))..)))))...............................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((((..((......))..)))))))))....((((((((....(((((((((.((((..((.(((((((((.((((.(((((((..((....))..))))))))))).))......))))))).))..))))((..((((((((.......))))))))..)).)))))))))((((.((((....)))))))).((((((((..(((..(..((((((((((((....))))))))...((((..(((.((.......(((....)))..(((((.(((...((((.....))))...))).))))).))))).)))).......((((((........)))))).....))))..)..)))..))))))))............)))))))).................

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