|
|
|
CAAGUCUGGUGAACCACCGCACAAGAGGAACAAAAGCCCCUCUUGCCUGCACUCACAGCCCUCUUUAAACAAAAAUCACGCCAGAUGUCGUUGCCAGGGUCUUCUCAGACUGGACGGGCUCUUGUGCGGGACCACUGUCCCCAUUCACCUAAAUGCUACUCAGUCUGAUAUGGACGUCGCGCACGGCAAAAGAUGGGAUAUUGAGCUCCCAUCAUACACUUCUAAAUUGUCGGGAACGACCUGGAAGGGACUUGCGUUCCUUCCAAAAGGCUUUGGUUACCGCGGUCCGCCGAGAGGUGAGAGCGAGCAAUCGUUCAGGACGCAGCAGUGUACAUAACGGUGCAUGGAUGGUAAAAACGCCAGAGUAGGGUUAAUCCGCAGGGAAGCGCGAGCAUGUGGGCGGGGACACCUGUUUUGUUGGUGGCUCUGUCACGUGAAGGCGAACCUUCAGAGACUGUAAUGAAGUGGGCGCAAGCUUAAGGGACAGUCCAAUCCACGGGGAGACCCGGUCCACAGGCAUAGAGGGGUUUGCUCACCCUUGAGGACUGUGGAGAGUGACACACAUCACUCGGUAUCAAUGGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((((...................................................................)))))))...................................................................................................................................(((((((....((.((((....(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))....).)))))))..))))...))))))(((...(((...((((((.(((((((((((.........)))))))))))))))))...)))..)))...[.[[[[[...)))))))(((....))).......]]]]]].((.(.((((....)))))(((((((......(((((.......)))))......))))))).(((((......)))))........))..........................
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((...(((((.((((..((....((((((((((((((((......((((..(((..................)))....))))...((((((((((.(((.....(((((.....(((((((...(((((((..((((....((((......((((.....)))).((((((.((((((..(((((((........))))))).((......))..))))))(((..((((((((((((((....))))))))).....(((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))).....)))))))).)))))..)))........))))))))))))))..)))))))...)))))))....))))).)))...((((((....))))))..((((((....((((........)))).....))))))........))))))))))......)))))).))))))))))..))...)))).((.((((...((((((......))))))(((.......))).)))))))))))..)))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((((((..(....)..))))))).........................................((((........((((..(((((((((....((........(((((....))))).............))...)))))))))...))))........))))....(((((((........)))))))...............((((....)))).((((((((((....))))))))))...((((...((((((((((((((((....)))).((((((....))))))..).........((((........)))).....((........))..................................((..((((((.((((.........)))).)))))).)).((((((....))))))..((((((.........(((....)))......)))))).......((((....)))).(((((((.....(((((.........))))).....)))))))((((((......)))))).................)))))))))))...)))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....((.(((((((((((.........(((.(((.(.(((........(((((.................................))))).....))).).))).))))))))))))))((..(((((((((.(((((....((((......(((.......))).((((((.(.......(((((((........)))))))...............((((....)))).((((((((((....))))))))))...)..........((((((..((((....)))).((((((....))))))...........((((((......)))))).............(((.......)))....)))).))...))))))))))((..((((((.((((.........)))).)))))).))))))).).....(((((..........)))))(((((....)))).)))))))))....))..((((....)))).(((((((.(.(.(((((.........))))).).).)))))))((((((......)))))).........))....)))................. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.....)))((((((((((..(....)..)))))))..)))................................)).((((((.((..((((((..(((((((((...(((....(((.(((((....)))))....)))......)))..)))))))))...)))).))..))))))))...(((((((........)))))))...............((((....)))).((((((((((....))))))))))...((((..(((((((((((((((((....)))).((((((....))))))..)...(....)(((((......)))))....((((......)))).....(((....)))........((....)).((((.((((((.((((.........)))).))))))))))((((((....))))))..((((((........((((....)))).....)))))).......((((....)))).(((((((.(...(((((.(......))))))...).)))))))((((((......))))))(((.......)))....))))))))))))..)))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......(((((.((((........(((((((((((((((((((....((((((((.....(((..(((......)))....)))....(((((....)))))))).)))))...)))).(((((((((((((...........(((((.....((((.....))))..(((((.((((((..(((((((........))))))).............))))))(((..((((((((((((((....))))))))).....((((((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))...(((.(((.....))).)))......)))).....)))))))).)))))..)))........))))))))))...(((((((.((((.........)))).)))))))(((((((((....)))))).....))).......(((((....))))).)))))))).........(((....))))))))..))))).)))))))))).......))))....((((...((((((......))))))(((.......))).))))..)))))....)))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..........(((((((..........))))))).(((......)))....................))))))).(((((.((..((((((..(((((((((...(((....(((.(((((....))))))))..........)))..)))))))))...)))).))..)))))))....(((((((........)))))))...............((((....)))).((((((((((....))))))))))...((((..((((((((((((.((((....)))).((((((....))))))...((((....)))).(((.(((((...((((.(((...(((.((......)))))..(((....)))..(((...(((((((.(((((.((((.........)))).))))))))))))...))).)))))))...))))).)))...(((((....))))).(((....)))......((((....)))).(((((((.....(((((.........))))).....)))))))((((((......))))))(((.......)))....))))))))))))..)))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((......((((..(((((((.....{{{{{)))))))(((......................................((((........((((..(((((((((...(((.....((.(((((....)))))....)).......)))..)))))))))...))))........))))....(((((((........)))))))...............((((....)))).((((((((((....)))))))))).....((((((.((((.<<.((((((....)))..((((((....)))))).)))........(((((......))))).....))))......))))))....................(([[..))(((((.((((((.((((.........)))).)))))))))))((((]]....))))...((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).aaaaa)))....((((}}}}}......)))).....((AAAAA((((((......))))))................)).>>))))....)))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..........(((((((..........))))))).(((......)))....................))))))).(((((..(....((((..(((((((((...(((....(((.(((((....))))))))..........)))..)))))))))...)))).....).)))))....(((((((........)))))))...............((((....)))).((((((((((....))))))))))...((((..((((((((((((.((((....)))).((((((....))))))........(((.(((.....))).)))......(((......))).......((....))(....)....(((...((((((.((((((.((((.........)))).))))))))))))...)))..........((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).(((((((.....(((((.........))))).....)))))))((((((......))))))(((.......)))....))))))))))))..)))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((....(((((((((((......{{{{{{{{{{{{{{{{..........{{{{{{............(((........)))..{{{{{{{{{{.{{{{{{{{{{{{{.))))))))))).....}}}}}}.....................}}}}}}}.......((((....((((((..(((((((........))))))).............))))))....)))).((((((((((....)))))))))).}}}}}}}}}}[[[[[[[[[......}}}}}}...((((((....)))))).((((.......(((((......)))))(((((...........(((((((((.....(((((....................)))))....)))))))))...(((((...))))).((((((....))))))..((((((.......(((((....)))))....))))))..)))))((((....)))))))).}}}}}}.}}}}}}}}}}..))))).....))))).((((((((((......))))))..................]]]]]]]]].))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((......(((((.((((.((.....((((((((((((((((....((.((((..((...(((((((.......(((.((((.(((((...((((..(((((((((...(((....(((.(((((....)))))....)))......)))..)))))))))...)))).((((((.........(((((((........))))))).............(((.((((...((((((((((((((....))))))))).....(((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....))).(((.(((.....))).)))......)))).....)))))))).)))))..)))))))....)))))).......))))).)))).)))))))))))).)))).)).....((((((....))))))..((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).....)))))).)))))))))).....)))))).((.((((...((((((......))))))(((.......))).)))))))))))....)))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..........(((((((..........))))))).(((......)))...[[[[.............)))))))((((((.((..((((((..(((((((((...(((....(((.(((((....))))))))..........)))..)))))))))...)))).))..))))))))...(((((((........)))))))...............((((....)))).((((((((((....))))))))))...((((..((((((((((((.((((....)))).((((((....))))))........(((.(((.....))).)))..(((((((......))))]]].].......(((....)))..(((...((((((.((((((.((((.........)))).)))))))))))){{{)))...}}}....((((((.......(((((....)))))....))))))...))).((((....)))).(((((((.....(((((.(......)))))).....)))))))((((((......))))))(((.......)))....))))))))))))..)))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((......(((((.((((.((.....((((((((((((((((..((((...((((((((........(((......)))(((((.(((.(.((((..(((((((((...(((....(((.(((((....)))))....)))......)))..)))))))))...)))).).).))))))).))))).)))....)))).((((......((((((......(((.(((..((((((((((((((....))))))))).....(((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....))).(((.(((.....))).)))......)))).....)))))))).)))))..)))..((((...(((...(((((((.(((((.((((.........)))).))))))))))))...)))..))))....)))......)))))).((....))....))))............((((....)))).....)))))).)))))))))).....)))))).((.((((...((((((......))))))(((.......))).)))))))))))....)))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((.((.(.((((..(((((((..(....)..))))))).(((.((........((((.....(((....((.......))...)))((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((......)))).)..)))..)))))))))))))))))).)...(.(((((.((((((((..((((((((((..)))))))))).............))))))))).)))))((((((((((....)))))))))).))))))))))..(((..))).(((((..))))))))).((((....))))...)).)))...((..))...((((((.((((..(....(((.((......))))).((((((((..(.((...).).)(((.((((((((((((.......)))))))))))))))(((.((.(((((((((.(...(((((...((((((((.(..(.(......))))))))))).((((((..)))))).).))))....))).))))))))))))(((..))).)))))))((((((......))))))....)..)..))))))).)))))))).)))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((......(((((.((((.((.....((((((((((((((((.....................................((((..((....((((..(((((((((...(((........(((((....))))).............)))..)))))))))...)))).....)).))))....(((((((........)))))))...............((((....))))..(((((((((....))))))))).....((((((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))...(((.(((.....))).)))......)))).....))))))))...........................((((..((((((.((((.........)))).)))))).))))((((......))))................(((((....))))).................((((....)))).....)))))).)))))))))).....)))))).((.((((...((((((......))))))(((.......))).)))))))))))....)))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.((((......(((((.((((.((.....((((((((((((((((..((((...((((((((........(((......)))(((((.((..((((((..(((((((((...(((....(((.(((((....)))))....)))......)))..)))))))))...)))).))..))))))).))))).)))....)))).((((......((((((......(((.(((..((((((((((((((....))))))))).....(((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....((((((......))))))....)))).....)))))))).)))))..)))..((((...(((...(((((((.(((((.((((.........)))).))))))))))))...)))..))))....)))......)))))).((....))....))))............((((....)))).....)))))).)))))))))).....)))))).((.((((...((((((......))))))(((.......))).)))))))))))....)))))) |