|
|
|
UGACGCAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUAAAUAGCAAUAUUUACCUUUGGAGGGAAAAGUUAUCAGGCAUGCACCUGGUAGCUAGUCUUUAAACCAAUAGAUUGCAUCGGUUUAAAAGGCAAGACCGUCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACCACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGGACCUCUCCUUAAUGGGAGCUAGCGGAUGAAGUGAUGCAACACUGGAGCCGCUGGGAACUAAUUUGUAUGCGAAAGUAUAUUGAUUAGUUUUGGAGUACUCGUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((..............)))))))))...((((((((((......)))))))))).((((((((((((((.......)))))))))).))))..(((((((....((((((....(((......((((.(((((((((((((((((((....)))))))))))(((.....)))....)))....).)))))))).....)))...)).))))(((..((((...((((((((.....))))))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((.....)))))))).......]]]]]]((...(((((....)))))(((((((....((((......))))....))))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).........))..........................................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.............((.(((....(((((............(((((((((..............)))))))))...((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............))))).))))))....)))))....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))))..((((...((((((((.....))))))))..))))))...((((.(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).(((..(((((....)))))..(((((....((((......))))....)))))(((.(((((((.((((((....)))))).)))))))(((((..(((.(....)))).)))))..))).))).........)))).))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.((((...(((.((((..((((((.(((((((((..............)))))))))...((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............)))))))).)))..(((((.((..(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))......)))))).....))))(((((.((((.((((((((....((((......))))....))))).(((((((((..((((((....))))))..)))))))))..))).)))))))))..)))...))))..(((((.......))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((((.......)))))).(((((....)))))...............((((((((((......)))))))))).(((((((((((.((.......)).))))))).)))).............((((.....(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).....)))).....((((...(((((((((...)))))))))..))))..........(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))......(((((....)))))(((((((....((((......))))....)))))))(((((((((.((((((....)))))).))))))))).........................((..((((((.(....))))))).)). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((......(((.......))).....))).............(((((((((..............)))))))))...((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............))))))).))))..(((((.(....((((((...((((((.....(((.((((((((..(((((((((....)))))))))..((((....))))...)))....).)))))))....))))))..)).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...)).............).))))).(((((((.....)))))))..........((.......(((((....)))))(((((((....((((......))))....)))))))..(((((((.((((((....)))))).)))))))(((((......(....)....)))))......(((((.......)))))..)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................(((((((((.......))))))((((((....))))))(((....)))....((((((((((......)))))))))).(((((((((((.((.......)).))))))).)))).............((((((...(((((((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).))))((...((((.(.(((((((((...))))))))).))))))).(((....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))..(((((....)))))(((((((.(..((((.(()).))))..).)))))))(((((((((.((((((....)))))).)))))))))..................)))...(((..((((((.((())))))))).))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.......((((((......(((...[[[[[[[[[)))...........]]]]]]]]]...((((((((((......))))))))))....((((((((......[[[[...))))))))..]]]]..((((......)))).....(((.......((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...[[[[))).........]]]].((((...(((((((((...)))))))))..))))...((((...(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))))))..(((((....)))))...........((((......))))....))))))((((((((((.((((((....)))))).))))))))))............(((((......))))).(((((.......))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.............(((((((.((((.((((((.......)))))).(((((....))))).(((....)))....((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............))))).))))))....)))).....((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))).((..((((...(((((((((...)))))))))..))))...((((...(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))))))..(((((....)))))(((((((....((((......))))....)))))))(((((((((.((((((....)))))).))))))))).))..))))))).(((((......)))))((((((.......)))))).)). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((..(((....(((((((((.......))))))((((((....)))))).((...........((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............))))))).))))..(((((.((...((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))).....((((...(((((((((...)))))))))..)))).................)).))))).(((((((.....)))))))...................(((((....)))))(((((((....((((......))))....)))))))(((((((((.((((((....)))))).)))))))))......[[.....))]].)))....))).((((((.......))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((((.((((.((((((.......)))))).(((((....)))))..((.....))....((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............)))))).)))))....)))).....((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))).((..((((...(((((((((...)))))))))..))))...((((...(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))))))..(((((....)))))(((((((....((((......))))....)))))))(((((((((.((((((....)))))).))))))))).))..))))))..(((((......)))))((((((.......))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))((((((...(((((............(((((((((..............)))))))))...((((((((((......))))))))))....((((((((......[[[[[[[))))))))........)))))...(((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....)))))))))..((((...))))...))))).......)))))...))))))).....)))))((((((((...(((((((((...)))))))))................(((((...........(((((((.....)))))))........)))))))))(((((......)))))(((((((.......]]]]]]]........))))))).((((((((.((((((....)))))).))))))))))))..))))))..(((((......)))))((((((.......)))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..[[[[[)))....((((.((((.(((....(((((.(((((....)))))......((((((...((((((((((......)))))))))).(((.(((((((.............)))))))..(((..(((((.((..(((((((...(((..((....(((.(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((.....))))))))..))))..((((....))))...)).))))).(((((((.....)))))))..........))).))))))))).....)))))(((((((....((((......))))....)))))))(((((((((.((((((....)))))).)))))))))...)))))))...(((((......))))))))).............]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......))).......(((((((.((((.(((((((....).))))))((((((....))))))(((.....)))...((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............)))))).)))))....))))....(((((((...(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))..)).)))))(((.((((.(.(((((((((...))))))))).)))))...((((...(((((..((((.....(((((((.....)))))))....)))))))))))))..(((((....)))))(((((((....((((......))))....)))))))(((((((((.((((((....)))))).))))))))))))..))))))).(((((......)))))((((((.(....))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((....(((((............(((((((((..............)))))))))...((((((((((......)))))))))).(((((((((((.............))))).))))))....)))))....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))))..((((...((((((((.....))))))))..)))).....((((.(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).(((..(((((....)))))(((((((....((((......))))....)))))))..(((((((.((((((....)))))).)))))))(((((..(((.(....)))).)))))......))).........))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((((((......)))...((......).(((((.((.(((..((((((....))))))((...))))).)).))))).(((((..)..))))..((((.(((((((((((.............))))))).)))).)).).)))))))))))..)((((((((.((((.((((((...(((...((((((((..)))))))).))).((((..................((((((((.(.........))))).))))))))..(....((((((((...))))))))..((((......)).))(((((....((((((.(((((((.....)))))))))))))..)))))..).((((((...).)))))...((((...))))..)).)))))))))))).))))(((((((((((((((((..)))))))))))))))))(((.((((.((..)))))))))..(((.((((((.(((..)))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.((((...(((((((((.......))))))...(((....))).................((((((((((......)))))))))).......(((((.............))))).........(((((.(....((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))).....((((...(((((((((...)))))))))..))))..................).))))).(((((((.....)))))))............................(((..(((((((....((((......))))....)))))))(((((((((.((((((....)))))).))))))))).......)))........)))...))))..((((.........)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.((((...(((((((((.......))))))..............((((((.((((((...((((((((((......)))))))))).(((............((((((..((((((........)))))).....(((((((...(((..((....((((.((((((((.((((((..(....)..)))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).)))))....((((...((((((((.....))))))))..))))))))))....(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).)))))))))...(((((..(((((((....((((......))))....))))))).(((((((..((((((....))))))..)))))))........))))))))))))))...))))..(((((.......))))))))). |