CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods

Laboratory of Bioinformatics and Protein Engeneering

Home

Methods

Datasets

Rankings

RNA 2D Atlas

Help

FAQ

Contact us

RSS feeds

Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00024

RNA: CRW_00024
Rfam family: SSU_rRNA_archaea

			AUUCCGGUUGAUCCUGCCGGAGGUCAUUGCUAUUGGGGUCCGAUUUAGCCAUGCUAGUUGCACGAGUUCAUACUCGUGGCGAAAAGCUCAGUAACACGUGGCCAAACUACCCUACAGAGAACGAUAACCUCGGGAAACUGAGGCUAAUAGUUCAUACGGGAGUCAUGCUGGAAUGCCGACUCCCCGAAACGCUCAGGCGCUGUAGGAUGUGGCUGCGGCCGAUUAGGUAGACGGUGGGGUAACGGCCCACCGUGCCGAUAAUCGGUACGGGUUGUGAGAGCAAGAGCCCGGAGACGGAAUCUGAGACAAGAUUCCGGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUUUACACUGCACGCAAGUGCGAUAAGGGGACCCCAAGUGCGAGGGCAUAUAGUCCUCGCUUUUCUCGACCGUAAGGCGGUCGAGGAAUAAGAGCUGGGCAAGACCGGUGCCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCAGCUCAAGUGAUGACCGAUAUUAUUGGGCCUAAAGCGUCCGUAGCCGGCCACGAAGGUUCAUCGGGAAAUCCGCCAGCUCAACUGGCGGGCGUCCGGUGAAAACCACGUGGCUUGGGACCGGAAGGCUCGAGGGGUACGUCCGGGGUAGGAGUGAAAUCCCGUAAUCCUGGACGGACCACCGAUGGCGAAAGCACCUCGAGAAGACGGAUCCGACGGUGAGGGACGAAAGCUAGGGUCUCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGCUCGCUAGGUGUGACACAGGCUACGAGCCUGUGUUGUGCCGUAGGGAAGCCGAGAAGCGAGCCGCCUGGGAAGUACGUCCGCAAGGAUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAACCGGAGGAGCCUGCGGUUUAAUUGGACUCAACGCCGGACAUCUCACCAGCUCCGACUACAGUGAUGACGAUCAGGUUGAUGACCUUAUCACGACGCUGUAGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCCGUCAGCUCGUACCGUGAGGCGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCGCACUUCUAAUUGCCAGCAGCAGUUUCGACUGGCUGGGUACAUUAGAAGGACUGCCGCUGCUAAAGCGGAGGAAGGAACGGGCAACGGUAGGUCAGUAUGCCCCGAAUGAGCUGGGCUACACGCGGGCUACAAUGGUCGAGACAAUGGGUUGCUAUCUCGAAAGAGAACGCUAAUCUCCUAAACUCGAUCGUAGUUCGGAUUGAGGGCUGAAACUCGCCCUCAUGAAGCUGGAUUCGGUAGUAAUCGCAUUUCAAUAGAGUGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCAAAGCACCCGAGUGAGGUCCGGAUGAGGCCACCACACGGUGGUCGAAUCUGGGCUUCGCAAGGGGGCUUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAAUCUGCGGCUGGAUCACCUCCUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...(((((...{{{.))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((((((....)))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((((((..((......)).)))))))......((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((((.....)))))))).(..(((((((.......)))))))..)...(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))...)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..((((((((((((((.....))))))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...((((((((.....(((((((.......)))))))....))))))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((((((....)))).)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))............
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....)))))).))))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..)).((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))..))))))...........((((....(((((.(.((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((((((((((.((((..((((((((.....))))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((....(((((.((.(((..(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....)).(.((((......))))).))))))..(.((((..(((((((((((((((..((((....))))))).)))).))))))))..((.(((((.....))))).))......))))).))))).)))))...))))))....))))))).......(((((((((.(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).((((((..(((((((........))))))).....))))))...)))))..))))........))))).))))).....)))).)))))))........))))).....((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))....))))(((((((((....)))))))))))))))))....)
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((...................(((((((....)))))))..................((((((((......(((((((..........((((((....))))))..............(((((((.............))))))).....(((....))))))))))...))))))))((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))).((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).....................................(((((....)))))......)))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((................)))))))))))).))))))))))...................(((((......................................................................................(((((((.............................................................)))))))....................)))))..(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((.............((((((((..............................(((((((...((((((((..............................)))))))).............................((((((.......((((......))))............((((..((((((((......(((((((....)))).))).....)))))))).....(((((.....))))).........))))..))))))..................)))))))......))))))))...(((((((((..........................................))))))))).....................................................................................)))))))).................((((((((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))............
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((((((((.(((((((((...................(((((((....)))))))..................((((((((......(((((((..........((((((....))))))..............(((((((.............))))))).....(((....))))))))))...))))))))((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))).((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).....................................(((((....)))))......)))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((................)))))))))))).))))))))))..............................................................................................................(((((((.............................................................)))))))...........................(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((.............((((((((..............................(((((((...((((((((..............................)))))))).............................((((((.......((((......))))............((((..((((((((......(((((((....)))).))).....)))))))).....(((((.....))))).........))))..))))))..................)))))))......))))))))...(((((((((..............((((....))))................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((((.....)))))))))...........)))))))).................((((((((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))............
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..((...((((((....)))))).))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((....((.....))...)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..))))))))..(.(((((.....(((((((((((((((((((((((((......))))...)))))))))))))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....))))))).))))....((..(((((....)))))...))................((((((.....((((((..((((((((........((........))..........(((((((...((((.........(((.((((.....)))).)))........))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((.(((((((((....)))))))))...)))....))))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....((((((((.......))))))))...........))))))...............(...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....)..........(((((((((....))))))))).............
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..((...((((((....)))))).))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((....((.....))...)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..))))))))...((((((.....(((((((((((((((((((((((((......))))...)))))))))))))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....))))))).))))....((..(((((....)))))...))................((((((.....((((((..((((((((........((........))..........(((((((...((((.........(((.((((.....)))).)))........))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....((((((((.......))))))))...........))))))...............(...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....)..........(((((((((....))))))))).............
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.((((.....(((((((....))))))).......((((.(((((.((((((((..(...(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))..)))))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))....)))))..))))....(((((....((((((((......)))))))).......)))).)..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((....(((...)))...)))))))))))).))))))))))...................(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)).))))))(((((.(((.....((((((((((.((((((((((.(((......)).)...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))))))))...)))))..(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((.....((((..........((..............................((((((((..((((((((.((..(((.((((.....)))).))).)).))))))))...)...(.((.((((((((((..((((((.((.........((((......))))..................((((((((.((((((..((((....))))))))).)..))))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))).))))).)))))))...).......)))))))......))((((((((...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).)).))).....)))))))))))))))...(((((((........)))))))............))))....(((((((((.....)))))))))...........)))))))........)))))((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....))........((((((((((....))))))))))............
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((((......))))))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((..((......)).)))))))......((....)).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).).....(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).(..((((((((.....))))))))..)...((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((....(((((((((....(((((((.....)))))))...))))))))).....))))))...((((((.....(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))..((((...((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...(((((((.......((.((((.....)))).))......)))))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....((((..(((((((...((..(((((((....)))).)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......))))..))))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).)...(.(..((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((..(((.(((.((((....((((((((....))))))).).....((((.(((((.((((((((..(.(.(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((((((..((......)).))))))).)...(((....)))))))))).))))))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))....)))))..))))....(((((.((.((((((((......))))))))....)).)))).)..)))))))..))).((((.(...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...(((((.)))))..)))))))))))).))))))))))...........()......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)).))))))(((((.(((.....((((((((((.((((((((((.(((......).))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))))))))...)))))..(((((((((.((...((((.........))))).)))))))))).........(((((((((((((((((((((((...))))))))))))))).).((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((.(((.(((((((....)).(((((......)))..................((((((((..((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...)(.(((((.((((((((((..((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....))))))))).)).))))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))).))))).)))))))..)))).....)))))))......))((((((((...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).)).))).....)))))))))))))))...(((((((........)))))))...........))))).)))(((((((((.....)))))))))...........)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....)))))))))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...((((((((.(((......)))))))))))....(((....)))))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......((((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).........((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.........(((.(((.......))).)))........))))...((.(((..(.(((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....((((..((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).))......))))..))))).))))....))))))....)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((()))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))......((.(((((((((....)))))))))......)).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....)))))))))................(((((((..((.(.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...((((((((.(((......)))))))))))....(((....)))))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......((((((......(((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).........((((((((((((...(.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.........(((.(((.......))).)))........))))...((.(((.(..(((((((((..((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).))......)))...))))).)))).)...)))))....)))))))...)).)))))))).....(((((((.....((((.((..((((....))))..))...)))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).)..((((((((.......))))))))...........)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((()))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))......((.(((((((((....)))))))))......)).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....)))))).))))....(((.......((((((((......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((.............))))))).....(((....))))))))))...))))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))........(((((......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))(((((.(((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).)))................)))))))....))).)))))))))...)))))..((((((((..[[[..((((.........))))....)))))))).....]]].(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))........[[[[[..)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..]]]]]..(((((((....(((((..........))))).....((((.....((((((.......(((((((...((((((((.....(((.(((((...))))).)))....))))))))......((((..((((((((((..((((((............((((......))))..))))))....((((..((((((((((((..(((((((....))).)))))))).)))))))).....(((((.....))))).........))))..))))).)))))...))))......)))))))(((.....((((((((...(((((((.....(((((....((((....)))).....)))))......)))))))))))))))...(((((((........)))))))...)))....)))))).((((((((((((.....)))))))))...))))))).)))))))..........)))))...((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..(((......[[[.(((((((((....))))))))).))).....]]].
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((.((((..((((((((((.(((((((((......((((((((..((((((((((....)))))).))))..)))..........)))))........(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((..((......)).)))).))))...(((....)))))))))).((((.((((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((.((....))..))))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))).))))...((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))........(((((((......((((...(((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).)))))).)))...))))))))))).(((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).))(((((((....(((((((.((.......))))).))))(((((((..((((((((.((....((((.........))))..)))))))))).........((((.((((((((((((((((((...))))))))))))))).))).).)))((((((((((.((.(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..((((((.(((..((....(((((.((....)).)))))....))..)))..))))))...((((((((.((((..((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...)))).(((.((((((((((..((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....))))))).)))).))))))))..((.(((((.....)))))))...)).)))))).))))).)))))))).((((.(..(((((...))).))..))))).....)))).))))....)).))))).)))))...((((.......))))....(((..((((.(((((((..(((((((........))))))).....)))))))))))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))((.....))......)).))))).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...........((((..((....))..)))).)))).)))))))).....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.((((.....(((((((....)))))))..................((((((((......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))....((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((......((<<<..............))....>>>.)))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).)))))).((((.(((.....((((((((((.((((((((((.((.........))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))).))))...)))))..((((((((.((....((((.........))))..)))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....))))))).))))...((((.(((((....)))))..))))...............((((((...................................................(((((((...((((((((.....(((.((((.....)))).)))....))))))))............((((((((((..(((({{.((....))...((((......))))....))))....(((...(((((((((((((((..((((....))))))))).)).)))))))).....(((((.....)))))........}})))..))))).)))))....[[.......)))))))]]......((((((((...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).)).))).....)))))))))))))))...(((((((........)))))))..............(((...((((((((.......))))))))...))).....))))))...................((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((...((((((((((.(((((((((......(((.((((...(((((((((....))))))).))......((........((((((...(((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))....(((((((.((((....))))))))))).....(((....)))))))))).)))))))))..((((((((((..((((((((.(...).)))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))))..((((((((......))))))))..(((....)))...))))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....))))))))..((((((((((.....))))))))))....((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))....................((((.(.((((.(((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))..(.((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))........(....)..)))))))....))).)))).)))).).))))...((((((((.(((...((((.........)))))).))))))))).....(((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((.(((((.(((.....)))..(((((((.((....(((........)))..)).....(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.(((((.(((((((((((..(((((..(....)..(.((((......))))).)))))...(.(((((.((((((((((((..((((((((..))))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))))).)))))))..)))))....)))))))......))))))).....((((((((....((((((((..((((....))))..)))..))).).)..))))))))...........((((((........))))))...............(((...(((((((((.....)))))))))...))).....))))).............)))))).((((.(((..(((((((((((((..((((((((..))))))))..)))))))))))))..))).))))..))))......))..((((((((....)))))))).)))))))).....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((...((((((((((.(((((((((......(((.((((...(((((((((....))))))).))......((.......(((((((...(((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))....(((((((.((((....))))))))))).....(((....)))))))))).)))))))))).((((((((((..((((((((.(...).)))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))))..((((((((......))))))))..(((....)))...))))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....))))))))..((((((((((.....))))))))))....((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))....................((((.(.((((.(((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))..((.(((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))........(....)..)))))))....))).)))).)))).).))))...((((((((.(((...((((.........)))))).))))))))).....(((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...........(((((.(((.....))).((((((((.((....(((........)))..)).....(((((((...(((((((...(..(((.(((((...))))).))).)...)))))))...((.(((((.(((((((((((..(((((..(....)..(.((((......))))).)))))...(.(((((..(((((((((((..((((((((..)))).)))))))).)))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))))))).)))))))..)))))....)))))))......))))))))....((((((((....((((((((..((((....))))..)))..))).).)..))))))))..........(((((((........)))))))..............(((...(((((((((.....)))))))))...))).....)))))....................((((.(((..(((((((((((((..((((((((..))))))))..)))))))))))))..))).))))..))))......))..((((((((....)))))))).)))))))).....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((..(((((.(((.((((((((((((.(((((((((......((((((...(((((((((((....)))))).((.....))...))))).))))))........(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((..((......)).))))))).)...(((....)))))))))).((((.((((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((.(......)..))))))....((((((((......)))))))).((((....))))...)))).))))...((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......)).)))......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((.(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((......((((((....((((..(((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).)))))))).)))..))))..((((((((((..((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....)))))))).))).))))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))).))))).)))))(((.(((.((..(((((...))).))..)))))))).(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).))))))..(((((((........))))))).(..........).(((...(((((((((.....)))))))))...))))))).))))))............)))))).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...))))........(((((((((....)))))))))))))).)).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...)).))))))).((((....)))).).))))))......((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(.((((......(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).)(.(((.(((((....)))))..)))(....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(....)....((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....)).))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).)))))..........(((((((((((((....))))))))).....)))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...)).))))))).((((....)))).).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(.((((......(((((...((((((((((((.(((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).)(.(((.(((((....)))))..)))(....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(....)....((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....)).))))...((.(((((.(((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).)))))..........(((((((((((((....))))))))).....)))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...).)))))))).((((....)))).).))))))......((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).((..((.(((((....)))))..((((....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(......)..((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....).)))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))))))....)).(((((((((((((....))))))))).....))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((((((....))))))))).....((((.......(((((((..((...(((((((.(((((((..((((((....))))))..).))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((((((...).)))))))).((((....)))).).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).........((((......(((((...((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((((.....))))))))))))))...((....))....))))))).)))).((..((.(((((....)))))..((((....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((....))).(((.(......)..((((((...((((.((......(((.((((.....)))).))).....).)))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.((((((((((((..(((((((....)))).))))))).))))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))..))))).)))))))..)))))....))))))))).)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))).(((((((((((.......))))))))...)))))...)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))))))....)).(((((((((((((....))))))))).....))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....))))))).)))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))..))))))...........((((....(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((((((((((.((((..((((((((.....))))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((....(((((.((.(((..(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..))))))....((((..(((((((((((((((..((((....))))))))).)).))))))))..((.(((((.....))))).))......))))..))))).)))))...))))))....))))))).......(((.(((((.(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).((((((..(((((((........))))))).....))))))...)))))...)))........))))).))))).....)))).)))))))........))))).....((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))....)))).((((((((....)))))))).)))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((.(((...((((((((((((((((((((..(((.((((((...(((((((((((....))))))(((.....)))..))))).)))))).)))....(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((((((.............)))))).))...(((....)))))))))).((((.((((.(((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))).((((((...........))))))....(((((((((...).)))))))).((((....))))...)))).))))...((((.(...(((((....))))).)))))))))))))).)((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))))))))))..........)))......(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))((.((((((.....((((((((((.((((((((((((((.(...))))..).)))))))))).)))................)))))))....))).)))))))))...)))))..((((((((.((...(((((.........)))).)))))))))))....((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))).).............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((.((.(((((..........)))))))...((((......((((((....((((..(((...((((((((.....(((.(((((...))))).)))....)))))))).)))..))))..((((((((((..((((((.........(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((((((((((..((((....)))))))).))).)))))))).....(((((.....)))))........)))))).))))).)))))(((.(((.((..(((((...))).))..)))))))).(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).))))))..(((((((.((...))))))))).(((......))).(((...(((((((((.....)))))))))...))))))).))))))............)))))))((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((.......((.(((....))).)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((((((..((......)).))))))))..............)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(........).))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....))))))))....(((((((.......)))))))......((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(..(((......(((((.(.((((((((((((..((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))...))))))))...((((((.....((((((((((.(((((((.((.(((......)))....)).))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))....((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.........(((.(((.......))).)))........))))......((.((((((((((((...((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..(((((((..(((..(((((((....)))).))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))......)))....)))).))))...)))).))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........)))))).))..(((((((.......)))))))............)))))))((....)))))))..)).((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...........(((((((((((((....))))))))).....))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((.......((.(((....))).)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((((((..((......)).))))))))..............)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(........).))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....))))))))....(((((((.......)))))))......((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......(..(((......(((((.(.((((((((((((..((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))...))))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))...(((..(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.........(((.((((.....)))).)))........))))......((.(((((((((((((..((((((.((....))...((((......))))..)))))).....(((..(((((((..(((..(((((((....)))).))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))......)))...))))).))))...)))).))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........)))))).))..(((((((.......)))))))............)))))).((....))...)))))))((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....)))))).))))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))..))))))...........((((....(((((.(.((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..)))).).)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((((((((((.((((..((((((((.....))))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((....(((((.((.(((..(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.((((..((((((((((..((((((.((....)).(.((((......))))).))))))..(.((((..(((((((((((((((..((((....))))))).)))).))))))))..((.(((((.....))))).))......))))).))))).)))))...))))))....))))))).......(((((((((.(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).((((((..(((((((........))))))).....))))))...)))))..))))........))))).))))).....)))).)))))))........))))).....((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))....)))).((((((((....)))))))).)))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((..((((.((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((..........))))))....(((((.......((((((...((...(((((((.((((.((..((((((....))))))...)).)))).(..((((((..............).)))))....).((....)).)))))))..)).))))))(((((((.((((..(((((((.......)))))))))))...)))))))..))))).((.........((((..((.(((((((........)))))))....))...)))).)))))))).).....(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......))))((((....(((((...((((((((((....(((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))).....))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....))))))))))....)))....((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....))))))))((...(((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).((.(((((.((((((.....(((((((.((((((((((.(...(((........))).).)).(..(((((((...(..(.....(...(((.(((((...))))).)))..)..)..)......((.((((...(((((((((...(((((..(((.....(.((((......))))).))).))))).(((((.(((((((..(((...(.((((....))))..).)))...)))))))).((.(((((.....))))).....))..))))..))))).))))....))))))....)))))))...)..))))))))....)(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).((.((((((((.......))))))))....)).....)))))).........))))).))..((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..))))..)).))))(((((((((....)))))))))))))))...))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((..((((.((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((..........)))))).....((((.((....((((((...((...(((((((.((((.((..((((((....))))))...)).)))).(..((((((..............).)))))....).((....)).)))))))..)).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...))))).((.(((((((........)))))))....)))).)))))))...))).))...((((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).)))))))))).......))))((((....(((((...((((((((((....(((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))).....))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....))))))))))....)))....((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....))))))))((...(((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).((.(((((.((((((.....(((((((.((((((((((.(...(((........))).).)).(..(((((((...(..(.....(...(((.(((((...))))).)))..)..)..)......((.((((...(((((((((...(((((..(((.....(.((((......))))).))).))))).(((((.(((((((..(((.....((((....))))....)))...)))))))).((.(((((.....))))).....))..))))..))))).))))....))))))....)))))))...)..))))))))....)(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).(((((.....(((((((........)))))))...)))))..)))))).((.((((((((.......))))))))....)).....)))))).........))))).))..((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..))))..)).))))(((((((((....)))))))))))))))...))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((..(((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....))))))).)))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).((((((((((((...))))))))))))...((((((.......((((((...(((.....)))..)))))))))))).))..))))))...................(((((.(.((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).)))))).(((..(((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....)))..))).)))).).)))))..((((((((.((....((((.........))))..)))))))))).........(((((((.(((..((((((((((...))))))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..........((((((....(((((.((....)).))))).....((((.....((((((..((...(((((((...((((((((.((..(((.(((((...))))).))).)).))))))))...((.(((...((((((((((..((((((.((....)).(.((((......))))).))))))..(.((((..(((((((((((((((..((((....))))))).)))).)))))))).....(((((.....))))).........))))).))))).)))))....)))))....)))))))(((.(...((..((((...(((((((......((((((..((((....))))..)).)))).......)))))))))))..))...(((((((........))))))).).)))..))))))))....(((((((((.....)))))))))......)))).))))))...................((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))).)).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((.......((((((..((.(((((((((......(((.((((..((((((((((....)))))).))))....(((.......((..((((......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((..((......)).))))))).....(((....))))))))))...))))..))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....)))...)))))))).((((((((......)))))))).((((....))))..)))))))......((((.....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((((.....)))))))).(((((((((((.....)))))))))))...((((((.......((((((...((((...))))..)))))))))))).))..))))))...........((((....(((((...((((((((((..(((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..))).))))))...((((((.....((((((((((.((((((((((.(((......)))....)))))))))).))).......((....)).)))))))....))).)))..))))...)))))..((((((((.((....((((.........))))..))))))))))....((((((((((((.(((..(((((((((.....)))))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....((((((((((((....(((((.((....)).))))).....((((....(((((.((.(((..(((((((...((((((((.....(((.(((((...))))).)))....))))))))...((.(((((.((((((((((..((((((.((....)).(.((((......))))).))))))....((((..(((((((((((((((..((((....))))))).)))).))))))))..((.(((((.....))))))).......))))..))))).)))))))..)))))....))))))).......(((((((((.(((((((((.....(((((((..((((....))))..)).)))))......))))))))).((((((..(((((((........))))))).....))))))...)))))..))))........))))).))))).....)))).)))))))........))))).....((((.(((..(((((((((((((..(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).))))..)))))....)))).((((((((....)))))))).)))))))).....

^top