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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00034



RNA: CRW_00034
Rfam family: SSU_rRNA_bacteria

CGUACUCCCUUAAUUCCGGUUGAUCCUGCCGGAGGCCACUGCUAUGGGGGUCCGACUAAGCCAUGCGAGUCAAGGGGGCGUCCCUUCUGGGACGCCACCGGCGGACGGCUCAGUAACACGUCGGUAACCUACCCUCGGGAGGGGGAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCCAUAGGCCUGGGGUACUGGAAGGUCCCCAGGCCGAAAGGGAGCCGUAAGGCUCCGCCCGAGGAUGGGCCGGCGGCCGAUUAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGAAGAUCGGUACGGGCCGUGAGAGCGGGAGCCCGGAGAUGGACACUGAGACACGGGUCCAGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGCGGGAAACCGCGACGGGGGGACCCCCAGUGCCGUGCCUCUGGCACGGCUUUUCCGGAGUGUAAAAAGCUCCGGGAAUAAGGGCUGGGCAAGGCCGGUGGCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCGGCCCGAGUGGUGGCCACUAUUAUUGGGCCUAAAGCGGCCGUAGCCGGGCCCGUAAGUCCCUGGCGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGGGCUCGCUGGGGAUACUGCGGGCCUUGGGACCGGGAGAGGCCGGGGGUACCCCCGGGGUAGGGGUGAAAUCCUAUAAUCCCGGGGGGACCGCCAGUGGCGAAGGCGCCCGGCUGGAACGGGUCCGACGGUGAGGGCCGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAAGGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGAGCUUCGAGCUCGCCCGGUGCCGUAGGGAAGCCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAAGGGGUGGAGCGUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAACCUCACCGGGGGCGACGGCAGGAUGAAGGCCAGGCUGAAGGUCUUGCCGGACGCGCCGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCCGUCAGCUCGUACCGUGAGGCGUCCACUUAAGUGUGGUAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGUCCCUCCCGCUCGGGAGGGAGGCACUCUGGGGGGACUGCCGGCGAUAAGCCGGAGGAAGGGGCGGGCGACGGUAGGUCAGUAUGCCCCGAAACCCCCGGGCUACACGCGCGCUACAAUGGGCGGGACAAUGGGUGCCGACCCCGAAAGGGGGAGGUAAUCCCCUAAACCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCGGGCUGCAACUCGCCCGCGUGAAGCUGGAAUCCCUAGUACCCGCGCGUCAUCAUCGCGCGGCGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCACUCCACCCGAGCGGGGCCUAGGUGAGGCCCGAUCUCCUUCGGGAGGUCGGGUCGAGCCUAGGCUCCGUGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUACGGCUCGAUCACCUCCUAUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...............(((((...{{{.))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..(((((((((((....))))))))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....((((((((.((......))))))))))......((((((....)))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)))))))))..((((((((...)))))))).a.((((((((.......)))))))..A)..(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))...)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..((((((((((((((.....))))))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...((((.(......(((((((.......)))))))...)..))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((((((((....))))))))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))..............
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((.......)))))))..........(((((((((....................(((((((((((....)))))))))))...................(((((((.......(((((((.(((((((.....................)))))))......................................................)))))))....)))))))..................................................((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))............................................)))))))))........................................................(((((...(((((((................))))))).)))))........................................................................................................................(((((((((((((((((((((.................))))))))))))))................)))))))..........................................((((.........)))).....................(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((.............((((((((..............................(((((((...((((......((((((........)))))).........))))..........................................((((......))))..................(((((((.................................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...................................................................................................................(((((((.......)))))))............))))))))..............................................................................................................(((((((((....)))))))))...............
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((......(((..((...((((((....))))))...)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((.(((....))))))))))........................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).....(((((.........))))).......(((((.......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.......(((((((....)))))))...((....))..)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((..............)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((...(.((((..((((....)).)).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((......(((..((....(((((....)))))....)))))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((.(((....)))))))))).......................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).(((.(((((.........))))).)))...(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))....))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.......(((((((....)))))))...((....))..)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((..(((..............))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((...(.((((..((((....)).)).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(..(((((((..(((((((((((((.((.((..(((((((((......(((.(((..((...((.((((((((....)))))))).)).))..(((((((.((....((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))))))))))))...................(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..)).)))))))))))).....((((((((((.......))))))))))............................((((.........))))((((((((((((....)))))..))))))).....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))))..((((((.....((((((((((.(((((((((((..((......)))...)))))))))).)))(((.........))).)))))))....).)))))...)))...))))).........)))...))))))).)......(((((....))))).......((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..)).))))))))))(((....)))................(((((((((((((.(((.(((((.(.((((((((..............................(((((((((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..)))(((.......)))((.(((((((((((.((((((.((.........((((......))))..................(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))))).)))))....))........))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....)))))))((((((.....(((((((........)))))))...))))))..))))).))).(((((((.......)))))))............)))))))........)))))....)((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((.......))))))((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((.((((((((....)))))))).)))))...(((((((((....(((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...)))).........)))))).).)).......((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..(((((((.....)))))))..(((((((((.......)))))))))....((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).........((((.....((((((.(.(((((((((((.((((((((((((...(((((((.....)))))))..))))))))))..))))))))))..(((((.(....(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...((((.........)))))))))))....).)))))...))))..)))))..(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((....)).....)))))))))))))))))))))(((....))).(.(.............((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...((((........(((.((((.....)))).)))......))))...((.((((..(((((((((...(((((..((....))...((((......))))...)))))....(((((.(((((((...((..((((((((....))))))))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))...)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))......(((((((.......))))))).......))...)))))))))).)...(.(..((...((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........).)....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.(((((((..(((((((((((((.((.((..(((((((((......(((.(((..(((..((.((((((((....)))))))).)))))..(((((((.((....((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).))))))).(.(((((((((.(((....)))))))))))).)...((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))))))))))))...................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..)).))))))))))))(((((((((((((((.......))))))))))....))))).................((((((..(.....)))))))(((((((((((()))))))..)))))(((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..))))))))((.((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))(((.........))).)))))))....).)))))))))))...))))).))).....)))...)))))))))).....(((((....)))))......(((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..)))))))))))))(((....))).................((((((((((((.(((.(((((((.((((((((((......((........))....))....(((((((((.(((((((((...((((.))))....)))))))))..)))(((.......)))((((((((((((((.((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))))).)))))...)))........))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....)))))))((((((.....(((((((........)))))))...))))))..))))).))).(((((((.......)))))))((....))....)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....)))))))))...............
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.(((((((((......(((.(((.............(((((....))))).........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((((((.(((....))))))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))).))))))))..((((((((...)))))))).....((((((.......)))))).......(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((.....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((....(((((.((...((((..)))....)))..((..)))).)).)..(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.....((...........))..))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((...(.((((.(((((....))))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.(((((((..((....(((.(((..(((..((.(...((((....))))...).)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.((......)))))))))).......................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..(((.((((...)))).)))..(((((((((.......)))))))))....(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((.((((((.......)))))).))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((...((((((......(((((.(.)..)))))........).)))))..(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((................))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(((((.(((((....))))).)))).)...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...((((((.......))))))((((((((((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).(((....(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..))))))).....)))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......)))))))))).......(((((...(((((((...((((...))))..))))))).)))))))))))))))..........(((((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..))))))))((((..(((.....((((((((((.((((((((((..(((......)))...)))))))))).)))(((.........))).)))))))....)))..))))))))...))))).))))))))))))................(((((((.(((((........)))))(((((((.(((.(((((((((((...))))))))))).))).(((........)))))))))).)))))))((((..((((....))))...))))........(((((((.........((((((((..(((((((............(((..[[[[.))).(((....)))]]]].(((((((((...[[[[[........)))))))))...(((((.......))))).]]]]]((((((.((((((..(((...))).((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..))))))).....(((((.....)))))........))))).))))))......(((.((((..........)))))))..))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....)))))))((((((.[[[[(((((((........)))))))...))))))........(((.(((((((.......)))))))....)))]]]]..)))))))).........)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))..((((.....[[[.(((((((((....))))))))))))).....]]]...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((.((((((..(((.(((((((((.((.((..(((((((((.(((.((((......(((...((((((((((....)))))))).))....))))))).)))....((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((....)).....(((((...(((((....))))).))))))))))))))..)).))))))))))).(((((((((((((((.......))))))))))....)))))(((...)))((((((.(((((((((((...))).)))))......))).)))))).......(((((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..))))))))...(((((......(((((((.((.((((((((((((((......))))))...))))))))...((((...))))...)).)))))))......)))))..))))...))))).)))))...)))...)))))))))).(((.(((((....))))).)))..(((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..))).)))))))))(((....)))..........((((...((((((((((((.(((.((((.((.((((((((((....((((.......((((...(((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).)).....)))))...))))(((.(((.((((((((((((((.......))))....)))).))))))..)))..)))(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..))))))).....(((((.....))))).((..((((((.(((((.....))).)).))))))....)).))))...)).)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((((((...(((((((........))))))))).)))))....)))).))).(((((((.......)))))))((....))....)))))))........)))))((...((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))....))......((((((((((((....))))))))).....)))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....(((((<<..<<<..)))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((.((((((((....)))))))).)))))......((((((....((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....{{{{{))))))......}}}}}.((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))...................((....[[[[[[[.......))]]]]]]]...)))))))))).............((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..))))))))...(((((......((((((((((.((((((((((((((......)))))...))))))))).)))(((.........))).)))))))......)))))..))))...))))).))((((((>>>...>>((((.........)))).....)))))).....(((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..)))))))))))))(((....)))...........((...(((((((((.......(((((((((((((((((((((....(((........)))..)))....(((((((...(((((((((................)))))))))...(((((.......))))).(((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).))))).............)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).((((......(((((((........)))))))....)))).............(((((((.......)))))))...........))))))))))......)).)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).........))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..(((((((...............)........................................((.((((((((....)))))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((.((((.(((....)).))))))).......(((..........))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....))).................(((((...(((((....))))).)))))..(((((((((.(((((((...)))))))..((.(((((...(....)..)).)))))...))).))))....(((((((((.((....)))))...)))))).........))..........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((.((((.......)))).))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......(((.(....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((.....(((((((..(((.....))...)))((....)).))))...).................(((((.((((((.((....)).(.((((......))))).))))))....(((....((((((.(((((((...............)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))).............((((((........)))))).....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...(((..(((.(((..))).)))..)).)..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))..)))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..((((..........((((...))........................................((.((..((((....))))..)).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).)))).....(((((..((((....))).)))))).......((((((....)))))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....)))..................((((...(((((....))))).))))..(((.((.(((.(((((((...)))))))..((((((((....(...)..))))))))...)))..)).(...(((((((((.((....)))))...))))))..)......))).......................(((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))))....((((((..((...((((.........))))))..)))))).(((........((((((.((((((((.((((.......)))).))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))).....(((.(....))))...........((((..((((...(...)))))))))................(((((((...(((...)))......((....))..))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.(((((((...............))).))))..))))))...((.(((((.....))))).))..)).))))))))..................................................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..............((((((.((((...........((((.(((..(((((((((((((...(((((....(((..))).))...))..).)))))))))))))..))).))))..)).))..)))))).((((((((....)))))))).))))))..)))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(..(((((((..(((.(((((((((.((.((..(((((((((((((..((...)).))))...((((((((((....)))))))).))...................((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((....)).....(((((...(((((....))))).))))))))))))))..)).)))))))))))..((((((((((((((.......))))))))))....))))((((...(((((((...((((...))))..))))))).))))..(.((...)).)........((((.....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..))))))))...(((((......(((((((.((.((((((((((((((......)))))...)))))))))...((((...))))...)).)))))))......)))))..))))...)))))..))))...)))...))))))).)...((.(((((....))))).))...(((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..))).)))))))))(((....)))..........((((...((((((((((((.(((.(((((...((((((((((.....((....))..((((((..((.(....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).)).....).)).((.(((((((((((.((((((.((....))(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))))).)))))....)).........))))).).)).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((((((...(((((((........))))))))).)))))...))))).))).(((((((.......)))))))((....))....))))))............)))))).((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))...
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((.((((((...((.((((((((((.((((((.(((.....(((.(((....(..((..((.((((....)))).))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((((...))))))))..((((((((.........))))))...)).(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).......(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....))...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....))))))).)))((...(((..((((....))))...))))).))))..((((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((........))))..)(....(((((((.(...((.......(((((((....)))))))...((....))..)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((.......(....)...))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((.(((....(..((.....((((....)))).....)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).(((((((((.........)))))))))...(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(.((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...))))))).....)....(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))).)(((((((((((....)))....(((.........(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((.....((.......(((((((....)))))))...((....))..)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((.((((..((................))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))......)))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))))))))))..))).)))).))))))).)..((((((((((((....))))))))).....))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((((((((.((((((((((((.((((((.(((.....(((.(((....(..((..((.((((....)))).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....((((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((((...))))))))..((((((((.........))))))...)).(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)))(.(((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)))..(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))((...(((..((((....))))...))))).))))..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((.(...((.......(((((((....)))))))...((....))..)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((.(.((..((................)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((.(((..(((..((.....((((....)))).....))))....)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).(((((((((.........)))))))))...(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....))))))))))))))(((((((((((....)))....(((.........(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((.....((.......(((((((....)))))))...((....))..)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((.((((..((................))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))......)))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))))))))))..))).)))).))))))).....(((((((((((....)))))))))).....)))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..((((...((.((((((..((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).((.((..(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..)))))))....)).))..))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))........((((...(((((((...((((...))))..))))))).)))).))..)))))).)).......(((((....(((((...((((((((((((.(((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..)))))..))))))))..((..(((.....(((((((.((.((((((((((..(((......)))...))))))))))...((((...))))...)).)))))))....)))..))..))))...))))).)))))..))))...)))))))....(((.(((((....))))).)))..(((..(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....)))))))..))).)))))))))(((....)))..........((((..(((((((((.......((((((((((..((((..........((((((....(((((..((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).))..)))).((.((((((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).)))))...))).))......)))))(((.((((((.((......(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((..((.....))..)))......)).)))))).)))..)))))).......(((((((.......)))))))....))))..)).))))))))......)).)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))..)))...))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((((.(((((((((((((.((.((.((((((((((((((..........))))...((((((((((....)))))))).))...................((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))).((((.(((....)))....))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))))))))))).))).))))))))))).(((((((((((((((.......))))))))))....)))))(((...(((((((...((((...))))..))))))).)))......................(((((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))).(.((((((.....(((((((....((((((((((((((.(...))))))...)))))))))...((((...))))......)))))))....).)))))).))))...))))).)))))..)))).).)))))))))).(((.(((((....))))).)))..(((.((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).))))))))))))))(((....)))..........((((..(((((((((((((.(((.((((((..((((((((((....(((....))).((((((..((((.......(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).....))))....((((((((((((((................(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..))))))).....(((((.....))))).....[[[......)))))).)))))...)))]]]......)))).)).)).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((((((...(((((((........)))))))))).))))..)))))).))).((((((((....).)))))))............))))))............)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))...
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.((......(((.(((.......((....(((((....)))))....)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))...............(((....)))...............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).....(((((.........))))).......(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))....))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((........((((((....))))))....((....))..)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((..............)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((...(.((((..((.........)).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((.(((.......((....(((((....)))))....)).((......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((..(((....))).))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).....(((((.........))))).......(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...)))).(((((..(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((..............(((((((....)))))))...((....)).....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((..............)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((...(.((((..(((.....)..)).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..((((...((.((((((..((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).((.((..(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..)))))))....)).))..))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))........((((...(((((((...((((...))))..))))))).)))).))..)))))).)).......(((((....(((((.(.((((((((((((.(((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..)))))..))))))))...(((((.(....(((((((.((.((((((((((..(((......)))...))))))))))...((((...))))...)).)))))))....).)))))..)))).).))))).)))))..))))...)))))))....(((.(((((....))))).)))..(((..(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....)))))))..))).)))))))))(((....)))..........((((..(((((((((.......((((((((((..((((..........((((((....(((((..((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).))..)))).((.((((((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).)))))...))).))......)))))(((.((((((.((......(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((((((.....)))))))......)).)))))).)))..))))))......((((((((.......))))))).)..))))..)).))))))))......)).)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))..)))...))))...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................(((..((((.((....(....((...((.(......).))...)).......(......(..(....((...(.(.((...((.(.............)....)).....(...).............)).).)..))..)..)..((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))...)...............)..)......((((((....(((....))).).)))))...........((((..(....)...))))..((((((.(..........))))).))...(((((.......((((((..(.((....))).....)))))))))))..........).........)))).(.....((((...(((((((((((.(.(((((((((...((((((((.....)))))))).).))))))))...))))))))...((((((.....(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....).((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(.((((((((((.(((((((((((...........)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((.....((((((..((((((((((((...(((........))).)))))...(((((((...............(.((........)).)..................((.((((..(((((..((((.((((((..........(.((((......))))).))))))(...((....(((((((..(((...(................).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....))...)).)))))...)))))...))))))....))))))).......)))))))((...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((..((((((...(...).)))))).....)).....))))))............)))))))((((..(...(.......(.((....(...(...(..((..)).......).).....)....)).))..)...))))..))).).....)))(((((((((....)))))))))...))........).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((.((((....(.((((((..((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).((.((..(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..)))))))....)).))..))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((...................................)))))).))..)))))).)........(((((....(((((.(.((((((((((((.(((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..)))))..))))))))...(((((.(....(((((((.((.((((((((((((((......)))))...)))))))))...((((...))))...)).)))))))....).)))))..)))).).))))).)))))..)))).).))))))).....((.(((((....))))).))...(((..(((((((.((..(((((((((((...)))))))))))..))...((....))....)))))))..)))))))))))))(((....)))..........((((...((((((((.......((((((((....((((..........((((((....(((((..((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).))..)))).((.((((((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....))))).)))))).)))))...))).))......)))))(((.((((((.((......(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((..((.....))..)))......)).)))))).)))..)))))).......(((((((.......)))))))....)))).....))))))))......)).)))))).((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.....(((((((..((((...((.((((((..((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).((.((..(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..)))))))....)).))..))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((((....((((.((((....))))))))....))..)))))).))..)))))).)).......(((((....(((((...((((((((((((.(((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..)))))..))))))))..((..(((.....(((((((.((.((((((((((((((......))))))...))))))))...((((...))))...)).)))))))....)))..))..))))...))))).)))))..))))...)))))))....(((.(((((....))))).)))..(((..(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....)))))))..))).)))))))))(((....)))..........((((..(((((((((.......((((((((((..((((..........((((((....(((((..((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).))..)))).((.((((((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))).)))))).)))))...))).))......)))))(((.((((((.((......(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((..((.....))..)))......)).)))))).)))..)))))).......(((((((.......)))))))....))))..)).))))))))......)).)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))..((((.........(((((((((....)))))))))))))....))))...