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UUUCAACGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAUGAUCCGGUGCUUGCACCGGGGAUUAGUGGCGAACGGGUGAGUAACACGUGAGUAACCUGCCCUUGACUCUGGGAUAAGCCUGGGAAACUGGGUCUAAUACCGGAUAUGACUCCUCAUCGCAUGGUGGGGGGUGGAAAGCUUUUUGUGGUUUUGGAUGGACUCGCGGCCUAUCAGCUUGUUGGUGAGGUAAUGGCUCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGACCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGAAAGCCUGAUGCAGCGACGCCGCGUGAGGGAUGACGGCCUUCGGGUUGUAAACCUCUUUCAGUAGGGAAGAAGCGAAAGUGACGGUACCUGCAGAAGAAGCGCCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGCGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGAGCUCGUAGGCGGUUUGUCGCGUCUGCCGUGAAAGUCCGGGGCUCAACUCCGGAUCUGCGGUGGGUACGGGCAGACUAGAGUGAUGUAGGGGAGACUGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUAUCAGGAGGAACACCGAUGGCGAAGGCAGGUCUCUGGGCAUUAACUGACGCUGAGGAGCGAAAGCAUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCAUGCCGUAAACGUUGGGCACUAGGUGUGGGGGACAUUCCACGUUUUCCGCGCCGUAGCUAACGCAUUAAGUGCCCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCAUGCGGAUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAAGGCUUGACAUGGACCGGACCGCCGCAGAAAUGUGGUUUCUCCUUUUGGGGCCGGUUCACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUCCAUGUUGCCAGCGCGUAAUGGCGGGGACUCAUGGGAGACUGCCGGGGUCAACUCGGAGGAAGGUGGGGACGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGUCUUGGGCUUCACGCAUGCUACAAUGGCCGGUACAAAGGGUUGCGAUACUGUGAGGUGGAGCUAAUCCCAAAAAGCCGGUCUCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACUCGACCCCAUGAAGUCGGAGUCGCUAGUAAUCGCAGAUCAGCAACGCUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCAAGUCACGAAAGUUGGUAACACCCGAAGCCGGUGGCCUAACCCCUUGUGGGAGGGAGCCGUCGAAGGUGGGACUGGCGAUUGGGACUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......((((.((..(((((.((((..(((((..(((((.(((((((((...(((......(((....)))..(((((((....))))))).....)))((((...(((((((....(((((((..((...((..((((((((..((..((..(....)..))..))...))))...(.((((((((((....)))))))))).)............))))..))..)))))))))(((((((((....))))).))))....)))))))..((((((..(((.(..(((..((((((.(((.((((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((.....((((...(((((....))))).)))).....(((((((((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((......((....)).......))))).)))...))).))))...(((((.(((....(((.(((((((.(((((.((....)).)))..))..)))))))))).....).)).)))))..(((((.(((((((((((((....((((((((.....)))))))).....(((((..(.(((((((((.((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..((((.....((....))......))))..((((.........)))).)))))..)))).....(((((((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))).)..)))))....))))))).((((.((((....)))))))).)))))).)))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....)))))))))))).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((...((..(((......))).))...)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))))))))).......))))))))))))..))))))).)))))))).))).....)))))))).....(((..((..((((....))))..))....))).....)))..))))))..)))..(((((((........)))))))...).)))..)))))).....)))).....))).)))))))))))....)))))..((((..((....))..))))....((((.(((..((..((..(((((((...((((..(((...(((....))))))..)))))))..))))..))..))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))....) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((...........................(((((((....)))))))..........................(((((((..............(((((...........................)))))......................................................))))))).............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).................................((((((((((.....................))))))))))..(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...............)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((......(((((((((((((((((....))))))...........))))))))))).........................................................................(((((((.........................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))..................................................................................................................(((((((..........)))))))...........))))))))...................................((((......(((((((((...(((....)))))))))))).....))))....................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((.......((((.((((((.((((((.((....(((...........((......((((((....))))))......))...................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))..............))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((.....................))))).))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(..........)...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((..(((..(((......))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((..(((((((((..........((((((((((......................((.....(((((((....))))))).....))........................................(((((.(...((((((....))))))....).)))))....((((((((((....)))))))))).........................................((...((((((((.......)))))))).))...........(((((((......))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).............(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(..((....))..)....))))).)))..............(((((((((.((....)))))...)))))).........................((((.......))))......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))).).)))))))).....(((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))....................)))))))..)))))......((((....))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))......((((((.(....((((((((((((.......))))))))))))...)))))))....................((((..((((....))))...))))...................(((....))).((..((((.((((....))))))))..)).........................((((((((...((((((....))))))..............)))))))).......................((((((..............((......))....))))))................))))))))))...........................))))))))).))))...................................................................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........(((((............))))).............((((((..((((......((((..(((...(((....))))))..)))).....))))..))))))........................((((((((((....))))))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((...((((((....))))))..))..)))))......(((.......(((((((..((...((..((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))..............))))..))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(............)....))))).......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).)))......(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((.((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.......))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....))).....................(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(.(((((...((..(((......)))))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....))))))).......))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((((((((((..........((((((((((((((.........)...(((..((.....(((((((....))))))).....)))))................(((((((..............(((((.((.(((((((....)))))).).)).)))))....((((((((((....))))))))))...((())).................)))))))........(((..((((((((.......)))))))))))((((((.....((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((.......))((((...(((((....))))).))))(((....)))..((((....((((((....))))))...))))((((.(((((...(..((....))..)....))))).))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................((((.......))))......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))).).))))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).((.........))..)))))))..))))).)))..((((....))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))......((((((.(((..((((((((((((.......)))))))))))))).)))))))......(((((((((((...((((..((((....))))...))))..)))......))))....(((....)))(((..((((.(((((())))))))))..)))......((.......)).......((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))........)))).))))))....(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).............)))))))))))))(......)......(((....)))...))))))))))))))...(((((((((((...................))).(((((.((((((((((..............(((((((.....(((((((..((((....))))..)).)).))).....)))))))...........(((((((........))))))).))))))(((..((......(((((((..........))))))).....)).)))(((((..((....))..)))))....(((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...(((....))))))..)))).)...))))..))))))..))).))))))).))))).....((((((((((....))))))))))...)))...))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...((.....(....(((((......)))))....)...)).................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((((((((....))))))))))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..((....))..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...(((((((....))))))..)..((....))..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(....((((........))))....).)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....)))))))))).....((.....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..((....))..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))...).((.....)).))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((...((((.((((((...)))))))))).))).((((.(((......[[[))).))))....]]].(((((((....))))))).....(((.....[[[[[......))).......]]]]](((.....[[[)))....((((((....))))))........]]]....((((((((((....))))))))))..((((((......)))))).(((((..[[[[...)))))......((((((((.......)))))))).]]]]...((((..[[[[[)))).........]]]]]....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((((((.....))))))....(((((....))))).))).(((....)))..((((....((((((....))))))...))))((((.[[[[[)))).................]]]]].......((((.[[[[......))))....]]]].(((...[[[[[..((((....))))..)))..........]]]]]....((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....))))))).....((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))....................)))))))..)))))).....))))...))))....(((((((..[[[..((((.........))))....)))))))......]]].(((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..((((((((...((((....[[[)))).((((.((((....))))))))..]]]....((((.(((((...((((...((((((((...((((((....))))))..(((......))))))))))))))))))))...)))).......(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...[[[[[[[.......(((......))))))...]]]]]]](((..[[[[[)))..]]]]].....(((((.(((...)))...)))))..((((..[[[[[...)))).....]]]]].(((((.((((..........((((((((.((((((.....(((...(((.......((((.......))))..(((((((........))))))).......)))...))).....))))))))).)))))....(((.(((....))))))))))))))).......))))))))..........(((....[[[[)))....]]]]((((...(((((....))))).[[[[[[..))))..]]].]]]((((..(((...))).....[[[[.(((((((((....))))))))).))))....]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((((...))...............(((((.......)))))..........(((.(((((........))))).))).....................((((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...(.((((((((((....))))))))))..)...(.....).)))))))).))))))))))).......(((..((((((((.(...).)))))))))))........((.((((((((....))))...)))).))..((((.(((.....)))))))...(((....)))..................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...))).((((.(((((...(..((....))..)....))))).))))..)))).)))...(((((((((.((....)))))...))))))..(....).)))........................((((.(.((((.(((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))....((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((....(..(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...).)).......(((....)))....(((((((.((((..((((...(...))))))))).....((((((.......(((((((..(((((((....)))))).)..((....))..)))))))......(((((.((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.((((((((.....)))).))))..))))))...((.(((((.....))))).))))...))))))))))))).).))))...........))))))........)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))......((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((.....))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..((((((((((..................((..(..........................(((((((....)))))))......(.((....((((....................)))).....(((((.....((((((....))))).).....)))))....((((((((((....))))))))))..((((((......))))))..........)).).......(((..((((((((.......)))))))))))...........(((..(((....))).....)))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....)))))).(...((((....))))...)...)...))(((..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((......((....)).......))))).)))...(.((.......(((((((((.((....)))))...)))))).......)).)..............((((.......))))....)))(((((((.((.((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))...)))))))))......(((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))......((((....))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).....(((((((.((((....))))((..((((.((((....))))))))..))(((..((((.((((...(((((...((((((((...((((((....))))))..((((....)))))))))))))))))))))...)))).)))...((((((..(....)..(..(((......))).).))))))....)))))))((((((...((..(((......))).))...)))))).....)))))))))).))).((((..((((..(((...)))................((((.((((((((((((.((.........((((.........)))).........))..)))))))...((((((...((((((((((........(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))................((......))(....)(((........(((((....))))).)))........))))))))))..))))))))))).))))......((((((((((....))))))))))...)))).))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))............((.....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((............).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.(....).))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((.....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((............).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((..((.((..((.((((....)))).)).))..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((.....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(............)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).))))..((((....)))).))))))((((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((.((((..((........))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....))))))))).. |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((..(((((.((((..(((((..((((.((((((((((.......(((..(((....)))...((((((....)))))).(((((.((((....((((..((...((....)).))..))))..((((((((..((..(((((....)))))..))...((((((...((((((((((....)))))))))).((..((((((((.((..((((.....(((((((..((((.(((..((((((((.......)))))))))))........((((((.((((....)))).((((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....(((((....((((....))))..)))))....(((((((((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((......((....)).......))))).)))...)))).)))...(((((.((.....(((.(((((((.(((((.((....)).)))..))..)))))))))).......)).)))))..(((((.(((((((((((((....((((((((.....)))))))).....((((((..((((..(((((..((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).(((.((((.....((....))......))))..)))...........))))).))))...((((.......(((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).....))))..))))))....))))))).((((.((((....)))))))).)))))).)))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....)))))))))))).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((...((..(((......))).))...)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))).......))))))))))))..))))))).)))))))).))).....))))))))......)))))))))))))))))......)))).))))))))))...))...))))))..(((((((........))))))).....)))))))))))).))))))))....)))).))))))))))....))))).(((((..((....))..)))))...((((.(((..((..((..(((((((...((((..(((...(((....))))))..)))))))..))))..))..))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((((((((((.............(((...............(((...(((....)))..(((((((....)))))))........((((..(((((..................))))).....(((((....(((((((....))))).))....)))))..(.((((((((((....))))))))))).((((((......))))))........))))...(((...(((..((((((((.(....))))))))))))..........((((......{{{{.....(((......(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....(((((....)))))............aaa..((((..(.((((((....)))))))..))))aaaa.aaaaa................)))..AAAAA.AAAA..{{{{{))))..(((((((((.((....)))))<<<))))))}}}}}..............>>>..(((((.......))))))))AAA(((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))..))))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))....................)))))))..)))))).))..((((....))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).....[[[[[[[..(((....)))(((..((((.((((....))))))))..)))....[[[[.((((...(((((...((((((((...((((((....))))))..((((}}}}))))))))))))))))))))))))]]]]....)))((((((.........(((.(((......))))))))))))....]]]]]]]((((((.......(((......)))......)))))).....)))))))))))))).((((..(((((.(((...)))...............(((((.((((((((((((.(((........((((.........))))........)))..)))))))...((((((...((((((((((.((((...(((((((.(.....)))))))).......((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))))(((((............))))).............((((......................))))(((((....)))))......))).).))))))))))..))))))))))).))))).....((((((((((....))))))))))..))))).))))... |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......(((((....))))).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))......................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.....................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((................(((((....))))).......(((((...(((.((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((.(((....))).)))))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......))))).)))((((....)))).....)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.....................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))))... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((..(((((.((((.((......(((((((.(((((.......)))))...(((.((.....(((((((....))))))).....))..))).((((((......((....)).(((....(((((((((((..((..((..(....)..))..))...)))))..(.((((((((((....)))))))))).)......(((..((((...((((((((..((.((((((.(((((..(((((((.......))))))).(((.(((...((((((((((((....((....)).(((...(((((.(((.....))))))))..(((....))))))....((((.(....(((((...(((((....))))).)))))...).))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((...(..((....))..)....))))).)))..)).))))))).))).))))))....(((.(((((((.(((((.((....)).)))..))..)))))))))).....))))).)))))).))..))).)))))))))..)))((((((((.....))))))))..((((((.((((((((...(((.(....).)))(((((.......((((((((((.(((........)))..))))))))))...(((((.(((((...((.(((((.(((..((((..((((.((((.((((...((((((((((((...((((((.....((((((((.((((.((((((.......(((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))(((((((.((((..((((....))))...))))...(((((.(((((.((((.((((.....(((..((((.((((....))))))))..)))................(((((...((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))))))).))))..)))).))))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).........)))))......)))).)))..)))))).))))....((....))))))))))......((.((..(((((.(((...)))...)))))...))))....)))))).))))).).)))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))))....(((((((........))))))).....)))).)))).))))..))).))))).))..))))))))))......)))))..))).))))).))))))..))))))..((....)).)))..))))))..))))))).(((((.(((((....))))).((((((........))).)))..))))).)).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................((.(.((.(((......(((.((..(.....(.........).............)....(.(((..(....(.((......(....(....(.(....)).....)...................)......))..).(((.((.(((...(((((.(.......).))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..)))...)....))...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).......((((.((((...((...)).))))...))))((((.(((((...(.(.......).....).))))).))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).......................)((.....((((...(((((((((((.(.((..(((((...((((((((.....)))))))).)))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((.((((((((.((((((((((((.......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......((.(((((..(...(((....))))................)))))).).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...(........).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((..........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((.......))..)).)))).)...))))..))))))..)...))))..).))).....)))(((((((((....))))))))))..)......).)..) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.(((...((.(((..((((....((....((((......))))...))...))))...((((.((((....((((((...((...((..(((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...((((.(.(((....))))..)))).)....(.....)..)))..))..)).)))))).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))))))).))....)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).(((.(((((...(...............).)))))....)))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((.((((((((.((((((((((((.......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......((((((((..(.....(....)..)................)))))))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((..........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((.(....((((...((..(((.....)))..)).)))).)...))))..))))))..))..))))..).))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))..) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(...(((((..............((((..(((((.(((........................(((((((....)))))))...............(((((((....(((((((...............((((..((..((..(....)..))..))...)))).....((((((((((....))))))))))..........................)))))))(((.(((((....)))))..)))....))))))).................(((..((((((.....((((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((..(......((.....((((....))))...))......(((.(((((((....((((((....))))))...))))((((.(((((...(..((....))..)....))))).))))..)))..)))...(((((.((.....(((.(((((((.(.(((.((....)).)))...)..)))))))))).......)).)))))..((((..(((((((((((((....((((((((.....)))))))).....(((((....((((((((...(((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).)...((((.....((....))......))))..((((.........))))..))))..)))).....(((((((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....))))....)))))....))))))).((((.((((....)))))))).))))))..))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))..((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......))).))...))))))).....(((((.....)))))........)))))))))).......)))))))))))...))))))).)..))))).))).....))))))))..........((..((((....))))..)).................))))))..)))..(((((((........)))))))..............................)))..))))).))))...........((((..((....))..))))....((((.(((..((..((..((((......((((........(((....))).....)))).....))))..))..))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))).)))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((..(((((.((((..(((((..((((.((((((((((.......(((...............((((((....)))))).(((((.((((....((((..((...((....)).))..))))..((((((((..((..((..(....)..))..))...((((((...((((((((((....)))))))))).((..((((((((.((..((((.....(((((((..((((.(((..((((((((.......)))))))))))........((((((.((((....)))).((((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((..(....(((((....((((....))))..((((((..(((((((((.(((...((..((....))..))...((((..((((((((......((....)).......)))))......(((((..((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))))).(((.......(..((((......((((...(((((((((((.((((..((((....((((((((.....))))))))..))))..)..))))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))...)))..)))..))))))).)))..))))))..)).))))...........)))))..............(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....)))))))))))).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((...((..(((......))).))...)))))))..((.(((((.....)))))))...)).)))))))))).......))))))))))))..))))))).)..))))).))).....))))))))......)))))))))))))))))......)))).))))))))))...))...))))))..(((((((........))))))).....)))))))))))).))))))))....)))).))))))))))....))))).(((((..((....))..)))))...((((.(((..((..((..(((((((...((((..(((...(((....))))))..)))))))..))))..))..))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
