|
|
|
GAAACGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGUCUCUUCGGAGAUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUAGCUUCAGGUCGGGGACAACCACUGGAAACGGUGGCUAAUACCGGAUGUGCCGAAAGGUGAAAGAUUUAUUGCCUGAAGAUGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGUGGUAAGAGCGCACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAGGAAGGCUCUUGGGUUGUAAACCUCUUUUCUCAGGGAAUAAAAAAAUGAAGGUACCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCCGCAGGUGGCACUGUAAGUCUGCUGUUAAAGAGCAAGGCUCAACCUUGUAAAGGCAGUGGAAACUACAGAGCUAGAGUACGUUCGGGGCAGAGGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCAGGAAGAACACCGGUGGCGAAAGCGCUCUGCUAGGCCGUAACUGACACUGAGGGACGAAAGCUAGGGGAGCGAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAGGCGUGGCUUGUAUCGACCCGAGCCGUGCCGGAGCCAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCACGCAAGUGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAAGACUUGACAUGUCGCGAAUCUUCUUGAAAGGGAAGAGUGCCUUAGGGAGCGCGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUUUUAGUUGCCAGCAUUAAGUUGGGCACUCUAGAGAGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGUCUUGGGCUACACACGUACUACAAUGCUACGGACAGAGGGCAGCAAGCUAGCGAUAGCAAGCAAAUCCCGUAAACCGUAGCUCAGUUCAGAUCGCAGGCUGCAACUCGCCUGCGUGAAGGAGGAAUCGCUAGUAAUUGCAGGUCAGCAUACUGCAGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGCAACGCCCGAAGUCAUUACUCCAACUUUUAGGAGAGGAGGAUGCCUAAGGCAGUGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGUGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((....)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).{.(((((((...(..(....)..)....))))))..})..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...a.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..(((((((((((........)))))))))))...aa..))AA.....AAAAAAA))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(.(((....(((((..((((....(((((....)))))..))))....((((((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......))))))))...(.(((((.((.(((((((.........))))))).))....(((((((.....((((((..((((....))))...((.((((((....))))))...((((....))))......))......(((((((((.((((((.((((.(((((((..((((.(((((((((...................)))))))))...(((.(((......)))))).(((.(((.((((....((((.((((....)))).)))).....)))))))......(((((.(((.((((.(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))).)))).((((((..(..(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).))))))).)..))).)))....)))..)))))...))).))))..(((((..(((((.((((.(((...((((...((((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))))))((((....))))))).)))).)))))..))))).)))))).).)))).)))).))...(((((.....(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...))))).((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.(((((((.....))).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))))..)))))))))..))))))................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))))))))).)))))).)))))..)))))))))))))...))).)))))))))).(((((((.........)))))))...)))).))).))))).....((((((..(((..(((((.((...((.(((..(((((..((((((((((((..(((....))).))))..((((...))))....)))))))).)))))..)))))..)).)))....))..)))..))))))...)))))))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((..((((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..((...)).((((((..((((...(((((...((((..(((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......)))...(((((....))).....)).....))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)))..)))).((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).))))....)))))).)))))).(((....)))....(((((....)))))...))))).)))))).....(((((..((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).)))))))))).(((((..(((((((...)))))))....((((..((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))..)))).....))))).))))..((....((((((((...(((........)))....))))))))..(((((((((((.....((((((.((((..(((..((.......))..)))....)))).))))))..((((((((..........))))))))(((((..(((((...((((.(((((((((((........)))))).((((((..(((..((((...(((((((.....)))).)))..))))..((((((..(.....((...(((((.(((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))......))))))....(((((((((....)).)))))))......))...)))))))))).))..))....)))))))..)))...)))))))))))...((((((((((((..((....))...))))..((((...))))....))))))))..))))..))))).))..))).)))..)))....)))))..)))))))).))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.......................(((((....)))))...................................((((((((.............................................................)))))))).............................................................((((((((....)...)))))))....(((((............))))).............................(((((..................)))))..)))))))..........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))........................................((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))............................................................................(((((((.(((((((.....))))).))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................))))))).....................................................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.........................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.(((((....))))).)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((.......((((..(((((.((((((.......(((...........((.(((((....))))).))..................((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...................))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...........(...((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))...(.(((((.....))))).)............)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...............)...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((...(((.((((((((((((.(((((((((.......(((((.....((.(((((....))))).)).((((((...........(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......)))....((((....))))...........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..............................(.......)....(((((((((...................)))))))))..............((((((.((.((....))))....)))))).............................(.....)))))))...((((.(((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).))))............(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))....................)))))))............................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))...(....((((.(((((....)))))..))))...).........(((((((((....))))..........(((((..((((........))))))))).......((((((((..........(((((((....)))))))((((..............................((((....)))).................(((......)))...(((((.......))))).........(((((.....)))))))))..........((.(((((.....))))).))..............)))))))).....)))))..............................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........))))))).....................)))))....))))))))))))))..))))).)).)))((((((......((((((((...........(((((((.((((...((.((((.((((..(((....))).)))))))).))..))).)))))))))))..)))))........)))))).(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))))....(((....))).............)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(...........)...))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((...(((.((.((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).))...((((((.((..((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).)).))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((...(((((...((..((......))))....)))))....((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((...(((.((((((((((((.(((((((((...(.(.(((((.....((.(((((....))))).)).(((((((..........(((((((..((.(.(((((((((((......((((((....))))))......)))....((((....))))...........)))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((......(((((...(((((....))))).))))).....)))).....((((.....))...((((.....))))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...(((...(...........)))).....)))))))...((((.(((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).))))..((((((((..((((((((...((((((((...(((........)))....)))))))).....)()...((....)).))))))).)).(((..(.........)..)))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).......((((((((((....))))....(((...(((((..((((........))))))))).)))...((((((((..((((...((((((((....)))))))((((...........................(((((((....))))).))(((....)))((.(((......)))))((((((.......))))))........(((((.....))))))))).(......).((.(((((.....))))).))....).....)))))))))))).....)))))).))).............))))))..(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)((((...(((((((........))))))))))).................)))))))..))))))))))))))..)))).))).)))((((((((.(..((((((((...........(((((((.((((...((.((((.((((..(((....))).)))))))).))..))).)))))))))))..)))))..)..)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............(((....)))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..((......))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........((.(.).))..........................((((((..((...(((((((..((......((((((....))))))......))...(.((((....)))).).((....)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....)))))).....((...))..)))).))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...((((.((((((...)))))))))).)))(((((((((((..(((.(((..........(((((....))))).(((((((((.(((.......(((((((.......(((((((((((......((((((....))))))......)))(((.((((....))))....)))....)))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))).............))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....)))....(((((....)))))...)))).))))))).....((((....(((....((((...))))...(((((((((...................)))))))))..)))...[[[...))))..]]](((.(((.((((....((((.((((....)))).)))).....)))))))......(((((.(((.((((.(((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))).))))...((((.....(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))....................)))))))....)))).......)))..)))))...))).((((......[[[[[[[[....))))..]]]]]]]].((((.[[[[))))......(((((((((((........)))))))))))..........]]]].....((((.[[[[))))...(((((....)))))....((((.....))))]]]]...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].......((((((((...((((...(((((((....)))))))[[[[[.........))))........]]]]]......((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...(((((.....))))).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))))))))))))))).....((((..[[[[[...)))).....]]]]].......(((((((.....(((......((((....))))........))).....)))))))......(((..[[[[[[))).......]]]]]].............(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]].......((((.((((............))))[[[[......))))..]]]]...(((...[[[[[[[[((((........))))(((......)))..))).....]]]]]]]](((((((.............((((((((((....))))))))))..))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((...((.(((..(((..((.(((((....))))).))....)))..))).))...(((((((..((...(((((((.(((......((((((....))))))......))).....(((....))).............)))))))..)).))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....)))).)))))))..((((((((......((((((((...))))...(((((((((...................))))))))).......(((((.(((((((((((((((((..(((....((((.((((....)))).)))).(((((((((((((..(((.((((..((((((.(((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))).))...(((((((.((...((..((...((((((((...(((........)))....)))))))).....))..)).))....((((((.((((..(((..((.......))..)))....)))).))))))...(((.........))).(((((((.((.(((...((..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))(((...((((.(((((....)))))..))))..))).......((((((((((....))))(((....((.(((((..((((........))))))))).))))).((((((((((.((((((..((((((....)))))).((((((...)).))))...(((.....)))((((((((....)))).)))))))))).))))))))))...((((((.(((((.......))))).(((((.(((((((.....))).))))..)))))....((.(((((.....)))))))....)))))).((((.....))))....)))))).))).)).)))))))..))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((((((((((.(((..(((......)))...))))))).)))).))))(((((..((....))..)))))...)))).)))).)))....)))))))..))))))..(((..((((....))))..))).)))...)))..))))))).)).)))))..)))))...)))).((((((((((....)))))))))).....)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((.(((((.(((((((((((.((((((((((.......(((((........(((((....))))).....................(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......)))....((((....))))...........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))............................................(((((((((...................)))))))))..............(((((((((.........)))...)))))).........................(((((.....)))))......(((.(((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))).)))......(((..(((((........((((((((...(((........)))....))))))))...((((.(((......(((((((...((((........................((((((........((((.........)))).....)))))).........(((......(((((((((((........)))))))))))....))).............(((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))))...((((....))))..........(((((..((((........))))))))).........................(((((((....)))))))..))))...)))))))...))).))))((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))..............(((.(((((((.....)))).)))..))).........(((((.....))))).............))))).)).)))))))))))))..))).........................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........))))))).....................)))))....))))))))))))))..))))).)).))))).....................((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..(((....))).)))))))).))..)))..)))))))..))).)).................(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...)).......................................((.(((((....))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((....)).....((....)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....)))..................((((...(((((....))))).))))...(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...((.....)).......)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((.(.((..(((((((....)))))))...((....))..)).)..)).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((((.....)))).)))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((......................(((((.......))))).......((.(((((....))))).))...................((((((..((...((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((....)))....((....))))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))..........(((...(((((....))))).)))......(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((..((..(....)..))...)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))...((((((..(((((((.....)))))))......)))))).....((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))).))))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..)))).))))..(((.......(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((...((((.((((((..(((((((((((......)))))))))))....((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))))))......(((....)))))).........((((..((((...(...)))))))))........((((((((..((((((..(((((((....))))))).((((....)))))).)))).................((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((((..((((((.(((((((.....))))).))..))))))...((.(((((.....))))).))..)).)))))))))))))))))........................................(((((((.....(((((((..((((....))))..)))..)))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((.........)))))))....................................((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((.((((((...))))))))))....(((((((((((...((.(((..(((..((.(((((....))))).))....)))..))).))...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....))))).)))))).....((((.....)))).(((((...)))))..(((((((((...................))))))))).......(((((.((((((.((((((((((..((((...((((.((((....)))).)))).(((((((((((((..(((.((((..((((((.(((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))).))...((((((...(...(...((...((((((((...(((........)))....)))))))).....))...).).....((((((.((((..(((..((.......))..)))....)))).))))))...(((.........))).(((((((.((.(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........(((((((((....)))).((.......(((((..((((........)))))))))...))..((((((((((.((((((.(((((((....)))))))(((((.....).))))...(((.....)))((((((((....)))).)))))))))).))))))))))...((((((.(((((.......))))).(((((.(((((((.....)))).)))..)))))....((.(((((.....))))).))...)))))).((((.....))))....)))))..))).)).)))))))...)))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).(((((((((((((((...(((......))).)))..))))).))).))))(((((..((....))..)))))...)))).)))).)))....)))))))..)))))).(.((....(......).)).)..))))...)))..)))))))..).)))))..)))))........((((((((((....))))))))))......))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.((..((((....))))..))..)).))..(((.......(((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....)))))))......)))..))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((..((((....))))..))..)).))..(((.......(((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...((((.((((((...)))))))))).)))(((((((((((..(((.(((..........(((((....))))).(((((.(((.(((.......(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....))).....((((....))))....))))).))))))..((((((((......((((...((...(((((.(((((((((...................)))))))))..(((((((((...((((.(((((((..(((.(((....((((.((((....)))).))))...(((.((((((.....(((((.(((.((((.(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))).)))).((((((.((..(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).))))))).)).)))).))....)))..)))))...(((..((((((((((.......(((.((((.(((((((.((.((((..(((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).))))..((((((((((.......((.((((...((((....(((..(((...)))..)))....))))..)))).))...(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))......)))).((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.(((((((.....))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))..)))))))))).)).)))))))..............(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........))))))))))))).)).))).......(((((((.........)))))))..)))))))))).)))...........))))))))).))).)))..)))))))................((((........)))).))))..((((...))))..))))))).))))))).....))...)))).((((((((((....)))))))))).....)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((.((((((...))))))))))....(((((((((((......(((..((((....(((((....))))).....).)))..)))......(((((((..((.(.(((((((((((......((((((....))))))......)))....((((....))))...........)))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....)))))...))))).))))))..[[[..............(((((...)))))..(((((((((...................))))))))).......(((((.(((((((((((((((((..((((...((((.((((....)))).)))).(((((((((((((..(((.((((..((((...(((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))......((((((................((((((((.(.(((........))))...))))))))..........(((.....((((((.((((.((((..(((....).))..)))...))))).))))))...(((.........))).{{{{{{{....{{{{......{{{{{{{.(((((((((((........)))))))))))...))).........}}}}}}}..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........(((((((((....))))(((.......(((((..((((.((...)))))))))))...))).((((((((((.((((((.(((((((....)))))))((((((...)).))))...(((.....)))((((((((....)))).)))))))))).))))))))))...((((((.(((((.......)))))((((((.(((((((.....)))).)))..))))))......(((((.....)))))......)))))).((((.....))))....))))).}}}}....}}}}}}}...)))))).....(((((((.....(((......((((....))))........))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((((((((((((((..(((......)))))))..))))).))).))))(((((............)))))...)))).)))).)))....)))))))..)))))).((((.............))))..))))...)))..))))))).)).)))))..)))))........((((((((((....))))))))))......))))]]] |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((..))))))..))))......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.......)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...((((.((((((...)))))))))).)))(((((((((((..(((.(((..........(((((....))))).(((((.(((.(((.......(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....))).....((((....))))....)))).)))))))..((((((((......((((...((...(((((.(((((((((...................)))))))))..(((((((((...((((.(((((((..(((.(((....((((.((((....)))).))))...((((.(((((.....(((((.(((.((((.(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))).)))).((((((..(..(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).))))))).)..))).)))....)))..)))))...(((..((((((((((.......(((.((((.(((((((.((.((((..(((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).))))..((((((((((.......((.((((...((((....(((..(((...)))..)))....))))..)))).))...(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))......)))).((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.(((((((.....))).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))..)))))))))).)).)))))))..............(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........))))))))))))).)).))).......(((((((.........)))))))..)))))))))).)))...........))))))))).))).)))..)))))))................((((........)))).))))..((((...))))..))))))).))))))).....))...)))).((((((((((....)))))))))).....)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..............................................................................................................................(.......).............((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((.....(.....).......))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....(((....((((((.((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))).))...((((((.(...((.(((.((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....))..))).))..).))).)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...(...(.................)...............)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).(..(((((((...(...).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....((((...((..(......)...)).).))).)...)))...))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((....................))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(....(.....).)...(......).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((.....(.....).......))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....(((....((((((.((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))).))...(((.((.(...((.(((.((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....))..))).))..).))..)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((.((..((.((((....)))).)).............)).)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((....(((((((........))))))).......))))))))).(..(((((((...(...).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((....(.((((.((....((......))))..).))).)...)))...))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((.(((((.(((((((((((..(((((((((.....(((((........(.(((((....))))).)........((((((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))............((((((((.......))))))))..............((((...............)))).........((((.......((((...((((....))))......((((((....))))))...((((....))))...............((((((((.((((((.((....(((((...((((.(((((((((...................))))))))).......................................((((..(((....)))..))))...................(((..((...(((.(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))).))).....(((..(..(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).))))))).)..))).........))...)))........))))..(((((..(((((.((((.((....((((...((((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))))))((((....)))).)).)))).)))))..)))))..))))).....)).)))).))....((((....((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).).))))..((((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.(((((((.....)))).)))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).).)))))))))..))))))))....)))).................(((((((.....(((..((..(((......)))..))....))).....))))))).)))).................)))))))))))))............................))))))))).))))..))))).)).))))).((.((...............................(((((..((((((.........................(((.....)))......)))))).))))).....))..))....(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((.(((((.(((((((((((.((((((((((....((.(((((((((....(((((....)))))..))))...(((((((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).....(((((.((.(((((((.........))))))).))....(((((((.....(((((((.((((....))))...((.(((((......)))))...((((....))))......))......(((((((((.((((((.(((((.((((((..((((.(((((((((...................)))))))))..(((.(((.....(((.(((..(((.(((((.......((((..(((....)))..))))........(((((.....)))))....))))).(((((..((..((((......((((((.....))))))....))))..))...))))).)))..((((((..(..(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).))))))).)..))).)))..))).)))...)))..))).))))..(((((..((..(.((((.(((...((((...((((.......(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))))))((((....))))))).)))).)..))..))))).)))))).).)))).)))).))...(((((.....(((((..((((((......))))))...((....))..)))))...))))).((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.(((((((.....))).))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))))..))))))))).)))))))................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))))))))).)))))..)))))..))))))))).((((........))))......))))).)).))))))))))))))..))))).)).))))).....((((((..(((..(((((.((...((.(((..(((((..((((((..((((..(((....))).))))..((((...))))......)))))).)))))..)))))..)).)))....))..)))..))))))...)))))))))))... |
