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UGAACUGAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGGAUGCUUUACACAUGCAAGUCGGACGGCAGCACGGGCUUCGGCCUGGUGGCGAGUGGCGAACGGGUGAGUAAUGUAUCGGAACGUGCCCAGUAGCGGGGGAUAACUACGCGAAAGCGUGGCUAAUACCGCAUACGCCCUACGGGGGAAAGCGGGGGACCUUCGGGCCUCGCACUAUUGGAGCGGCCGAUAUCGGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAACGGCCUACCAAGGCGACGAUCCGUAGCUGGUUUGAGAGGACGACCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUGGACAAUGGGGGCAACCCUGAUCCAGCCAUCCCGCGUGUGCGAUGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGCACUUUUGGCAGGAAAGAAACGGCACGGGCUAAUAUCCUGUGCAACUGACGGUACCUGCAGAAUAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGUGCGCAGGCGGUUCGGAAAGAAAGAUGUGAAAUCCCAGGGCUUAACCUUGGAACUGCAUUUUUAACUACCGGGCUAGAGUGUGUCAGAGGGAGGUGGAAUUCCGCGUGUAGCAGUGAAAUGCGUAGAUAUGCGGAGGAACACCGAUGGCGAAGGCAGCCUCCUGGGAUAACACUGACGCUCAUGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGUCAACUAGCUGUUGGGGCCUUCGGGCCUUGGUAGCGCAGCUAACGCGUGAAGUUGACCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAUGAUGUGGAUUAAUUCGAUGCAACGCGAAAAACCUUACCUACCCUUGACAUGUCUGGAAUCCCGAAGAGAUUUGGGAGUGCUCGCAAGAGAACCGGAACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCAUUAGUUGCUACGAAAGGGCACUCUAAUGAGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUAUGGGUAGGGCUUCACACGUCAUACAAUGGUCGGGACAGAGGGUCGCCAACCCGCGAGGGGGAGCCAAUCCCAGAAACCCGAUCGUAGUCCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGUCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUUUACCAGAAGUAGUUAGCCUAACCGCAAGGGGGGCGAUUACCACGGUAGGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((..(((((((....)))).))))).))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((((((..((....)))))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).{.(((((((...(....((((((((.......)))))))).....)....))))))..})..((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((((....))))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).(((((....)))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.(....)))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((..((((((.((((......((((((((((((..((((((((.........((((((.((.((.(((((....))))))).)).....((((.(((((.......(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))).....((((((.(((((.(...(((..((((((.(((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((..((((....(((((...(((((....))))).))))).....(((((..(((......((((....)))).....((((..(((((.((.........(((((((.......)))))))..(((.(((...))))))........)).)))))....))))..)))..)))))......(((((((....(((((.((((((....((..((((....((((((..((((((((((....(((((((((...(((.(((......))).)))..))))))))).....))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))..))))..))))))...))))..))......((((.........)))).((((((((.((((.......(((((((.((((..((((((....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))))..((((....))))........)))))))).))))))..))))).....)))))))...)))).....(((((((..(((((((....)))))))...(((....)))..)))).)))....)))))).)))))))))))..)))..(((....)))..).))))).(((((((...........(((...(((((((.((((.(....)))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))).(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))......).))))))...))))))....(((....)))..))).))))).....))))).)))).))))))...((((((........)))))))))))).))...)))))))..(((((((.........))))))).....)))))..((((..((....))..))))....((((..((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((((............................(((((....)))))...........................(((((((.......(((((((..........((((((....))))))....................................................))))))).....)))))))............................................................................(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).))))))))................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...............)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))................................................................................................(((((((.((((.......))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((..........................................)))))))))...................................................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((......((((((....))))).).....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...........................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.((((((.......(((...........((......((((((....))))).).....))...................(((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))..........................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.........................................)))))))))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..(((((((....)))).)))))..)))))......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....((((((..((....)))))))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..(((((((.........)))))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).))))..))))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.....(((((((.......)))))))......)....))))).......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((...(((.((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))...(((((......((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...))))...(((.......)))))))......)))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....))..(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...(((....)))..))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((((((((....(((((..((((..((....)).)))).)))))...))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((((((........)))))))).)...((.......................(((((((((.(((((....)))))................((((..((...(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((.((.((((((....(((((...(((((....))))).)))))...))))))..))))...((((()))))..........((...(((.(((((...(.....(((((((.......)))))))......)....))))).)))...))..........((((((((.((....)))))...)))))((((....(((((.((((..................((((((..((((((((((..(((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..)).)))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))...(((.......)))))))..))).)))))...)))..))))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))((((..((..(((((((.((((((((((((....))))))))))))((.((....))))..)))))))))..))))((((..((((....))))...))))..................((((....))))...................))))..))))).....)))).))..))))..(((()))).....(((((((....)))))))...(((....))).(((........)))........))))))))).(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.((((.(....)))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).........(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...))))))).(.(((((((((.....((((.((...(((....)))...))..).))).....))))))))).)(((((..(((((((........))))))).....)))))............(((((.........)))))(((..(((...((()))....)))..)))....))(..((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).)))))...........((((((((((((....))))))))))........))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..................(((....)))..............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(......((...............)).......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(........).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.((..))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.......(((........))).......)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(((((....)))..))....(...((....)).).....)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(......((((((.......)))))).......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((.(....)))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..(((...[[[[.)))..)))((((.(((..(((.........)))..)))..))))....(((((....))))).....]]]]..(((..[[[[[.........))).....]]]]].(((((((.......((((((....))))))......)))).))).(((....)))(((.[[[[[[....)))...]]]]]]............(((....[[[[[[[[[[[[.((((((((.......))))))))))).........]]]]]]]]]]]]...((((((.(((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((....(((((...(((((....))))).)))))......(((((((((......((((....)))).....))))(((((.((((.........(((((((.......))))))).(((...))).)))))))))...(((...(((..(((((((((.(((...(((......)))....)))..........(((.....))))))......((((((..((((((((((....(((((((((...(((.(((......))).)))..))))))))).....))))))...((((((((..((((.((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))...(((.......)))))))..))).)))))..))))..))))))...))))))..)))...((((.........)))).(((((((((((((...(((((((((((.(((((.((((((....)))))).)))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))..))))..((((....)))).......)))))))))......))).))))).....)))))).....((((.....(((((..(((((((....)))))))...(((....)))..)))))...)))))))))).))))))))))).(((((((((....)))..((((......))))..))))))(((((..[[[[[[[[.)))))........(((((((....)))..))))]]]]]]]](((.[[[[[.)))...............]]]]]...((((....))))..((((((((..(((.....[[[[[[[[)))...(((.......(((....))).........)))......]]]]]]]]..........((((((........))))))))))))))......(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((....[[[[[..))))......]]]]]....(((......((((((((((((....((((((.((((...........))))))))))...))))))))))))....[[[[[[[...........)))(((((((((....)))))))))...]]]]]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((..(((......(....(((((((((((.......))))........(..((..(((((((....))))).)).))..)...................((((((..(((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(......).....((((((..((....)))))))))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(.(((((((((((.......)))))))))))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..((....))))).......................(((((...(((.((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))...)))...)))))....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((...(((..((((((.((((((((((((....))))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..)))))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))..................((((((..(((((((....)))))))..(((......))).))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.((((((..)).))))..))))))...((.(((((.....))))).)).....))))))))...............................................(((((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))))..(((((.((((((((........)))))))....)))))).)))))))..(((((((.........))))))).....)......((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))).)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..((((((..((.(((........))))).....((.........))..((((..((.((.(.(((((....)))))))).))..))))...((((((..(.......((((((((........((((.......((((((....))))))......)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..((((((.....)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........(((((((.......)))))))..(.....)..))))).......((...............))..(......)........(((((((....(((((.((((((....(((.(((.......))).)))..(((((((....((((((((....(((.((((.....)))))))...)))))))).....)))))))..((((((((..(((..((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))...(((.......))).)))..))).)))))...((((...((((....))))..))))...((((.........)))).((((((((.((((...((..(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...))..))))..((((....))))........)))))))).))))))..))))).....))))))).(.((..(((((((.((((..(((((((....)))))))(((((((.......(((........))).(.(((((((((....)))).))))).).....(((.(((......)))))).)))))))...((...(((((((.((((.......))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))..(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).((((........)))).))))))))))).)).)...))))))).)............).))))))...((((..((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))..))))...............(((((((((....))))))))))))))).))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....))))..))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....))))..))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))....((((..(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.((((....))))..))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))))).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.((((....))))..))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))..))))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.[[[[[.))))).........((((((((..((((((((.........((((((.((.((.(((((....))))))).)).....((((.(((((.......(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......))))))))((((((..((..(((((.....(((..(((((.((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((..((((....(((((....((((....))))..))))).....(((((..(((......((((....)))).....((((..(((((.((.........(((((((.......)))))))..(((.(((...))))))........)).)))))....))))..)))..)))))......(((((((....(((((.((((((....((..((((....((((((..((((((((((....(((((((((...(((.(((......))).)))..))))))))).....))))))...((((((((.((((..((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))....((....))..))))....)))).))))..))))..))))))...))))..))......((((.........)))).((((((((.((((.......(((((((.((((..((((((....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))))..((((....))))........)))))))).))))))..))))).....)))))))...)))).....(((((((..(((((((....)))))))...(((....)))..))))).))....)))))).)))))))))))..)))..(((....)))....))))).((((((...((.......(((...(((((((.((((.......))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))).(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))....))..)))))).))..))))))..(((....)))..))).))))).....))))).)))).))))))...((((((........)))))))))))).))...))))))))......]]]]]..........(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..)))))...... |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((..((((((..((.(((........)))))....(((.........))).((((.....((.(.(((((....)))))))).....))))..(((((((.((.........(((((((.......((((.......((((((....))))))......)))).....(((....)))....((((((....[[[...))))))...(((((.....)))))..((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((...]]]((((....)))).....)))).....(((((.........(((((((.......)))))))...{{.{{...)))))......(((....))).................}}}}.......(((((((....(((((.((((((.(..(((.(((.......))).)))..(((((((....(((((((((...(((.((((.....)))))))..))))))))).....)))))))..((((((((..(((..((((...((((((((((((((......))).)..))))))))))...))))...(((.......))).)))..))).)))))...((((...((((....))))..))))...((((.........)))).(((((((((((((...(((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).((((....)).)).)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))..))))(.((((....)))))......))))))))))))))))..))))).....))))))).(((...(((((((.((((..(((((((....)))))))(((((((.......(((........)))...(((((((((....)))).))))).......(((.(((......)))))).)))))))........(((((((.((((.......))))..))))))).....(((((.....)))))............(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))...(((((((((.....(((.......(((....))).........))).....)))))))))..(((((.((((((((.(.....))))))))....)))))).((((........)))).)))))))))))..)))..)))))))...............)))))))))..((((.(((..((((((((((((....((((((.((((...........))))))))))...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).))) |
|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......(((((....))))).......)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((......))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((((((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((..........(((((....)))))........))))......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....))))))).......((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))).......))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)).(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.....)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))).........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((((((.((((((.((((.((((((((.((..(((.(((..((((..(.((.((.(((((....))))))).))......(((((.(((.......(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))...)..))))..(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).))))))..))...(((((...(((((....))))).))))).))))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........(((((((.......)))))))...........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((.((......((((((..((((((((((....(((((((((...(((.(((......))).)))..))))))))).....))))))...((((((((.((((..((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))....((....))..))))....))).)))))..))))..))))))...)).))).))))...))))))))))).....(((.((((..(((....((((((((((((.((((..((((((....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((...((((....))))..(((.((((.((((....((((.....((((....((((((((..((((....(((((((..(((((((....)))))))...(((....)))..)))).)))..(((..((((((((.(((....(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((.(....)))))..)))))))))).))).))).)).))).)))).))))))))(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).)))).....))))..)))).))))))).(((((..((((..(....)...))))..))))))))))))((((..((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))).)))..)))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((.............((....))...........))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(...(.......).)...((..................)).)))))))..)).)))))).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).(((.(((((...(................................)....))))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...((((((((((....(((((((((...(.((((((.....)))))).).))))))))).....))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...............))))).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((.......)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...))))....)))))))...))))))).......)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...((....(....)..))...))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..((((((..................................(((((...((...........(((((....)))))..(((((...((((.(((((.......(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......))))))))((((((......(((((.....(((..(((((..(((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((..........(((((....((((....))))..))))).......((............((((....))))..............(((((.........(((((((.......)))))))...........)))))..................................))........(((((((....(((((.((((((................((((((..(((((..(((....((((((((....(((..(........)..)))...)))))))).....)))..)...((((.(((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))..))))..))))..)))))).................((((.........))))..(((((((.((((.......(((((((.((((..((((((....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))))..((((....))))........)))))))..))))))..))))).....))))))).............((((((..(((((((....)))))))...(((....)))..))))).).....)))))).))))).)))))..)))..(((....)))....))))).((((((..................(((((((.((((.(....)))))..))))))).....(((((.....)))))............(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))........)))))).....))))))..(((....)))..))).))))).....))))).))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).)))))..........))...)))))....((((...((.............))...))))........((((..((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))..))))...............(((((((((....))))))))))))))).))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((......((((((((((((..((((((((.........((((((.((..(.(((((....))))))..)).....((((.(((((.......(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......))))))))((((((..((..(((((....((((..(((((.((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((....(((((....((((....))))..)))))...)))))).((((.....((((...(((((((((...((((.....(((((.........(((((((.......)))))))...........)))))......(((....)))......))))..)))))).)))......(((((((....(((((.((((((....((..((((....((((((..(((((..(((....((((((((....(((.(((......))).)))...)))))))).....)))..)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))..))))))...))))..))......((((.........)))).((((((((.((((...(((((((((((.(((..(..((((....))))..)..)))...((....))....)))))))..(((...((((...(((....)))....))))..))).))))..))))..((((....))))........)))))))).))))))..))))).....)))))))....))))......(((((..(((((((....)))))))...(((....)))..))))).))))..)))))).)))))))))))..)))).(((....)))....))))).(((((((...........(((...(((((((.((((.......))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))).(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))......).)))))).))..))))))..(((....)))..))).))))).....))))).)))).))))))...((((((........)))))))))))).))...)))))))..(((((((.........))))))).....))))).(((((..((....))..)))))...((((..((..(((..(..((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))..)..)))..))..)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
