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CCAACUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGCGAACGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGCGUAGCAAUACGUCAGCGGCAGACGGGUGAGUAACGCGUGGGAACGUACCUUUUGGUUCGGAACAACACAGGGAAACUUGUGCUAAUACCGGAUAAGCCCUUACGGGGAAAGAUUUAUCGCCGAAAGAUCGGCCCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUAGGGUAACGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACAUUGGGACUGAGACACGGCCCAAACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGGGCAACCCUGAUCCAGCCAUGCCGCGUGAGUGAUGAAGGCCCUAGGGUUGUAAAGCUCUUUUGUGCGGGAAGAUAAUGACGGUACCGCAAGAAUAAGCCCCGGCUAACUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGAAGGGGGCUAGCGUUGCUCGGAAUCACUGGGCGUAAAGGGUGCGUAGGCGGGUCUUUAAGUCAGGGGUGAAAUCCUGGAGCUCAACUCCAGAACUGCCUUUGAUACUGAAGAUCUUGAGUUCGGGAGAGGUGAGUGGAACUGCGAGUGUAGAGGUGAAAUUCGUAGAUAUUCGCAAGAACACCAGUGGCGAAGGCGGCUCACUGGCCCGAUACUGACGCUGAGGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAAUGCCAGCCGUUAGUGGGUUUACUCACUAGUGGCGCAGCUAACGCUUUAAGCAUUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGACGCAACGCGCAGAACCUUACCAGCCCUUGACAUGUCCAGGACCGGUCGCAGAGAUGUGACCUUCUCUUCGGAGCCUGGAACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGUCCUUAGUUGCUACCAUUUAGUUGAGCACUCUAAGGAGACUGCCGGUGAUAAGCCGCGAGGAAGGUGGGGAUGGCGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUACGGGCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGGUGACAAUGGGAUGCUAAGGGGCGACCCUUCGCAAAUCUCAAAAAGCCGUCUCAGUUCGGAUUGGGCUCUGCAACUCGAGCCCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGCACGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUGGCUUUACCUGAAGACGGUGCGCUAACCAGCAAUGGAGGCAGCCGGCCACGGUAGGGUCAGCGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).[.(((((((...(.......)....))))))..])..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...<.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..((((((((((((....))))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((....(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))).)))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((..((((((..((.....))...((((..((((..((.........))..))))))))((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((.((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((.....)))...........))))))))....(((.((((((((((.(((..((((((((.......))))))))))).(((((.(.((((..((((....))))..(((((...(((.((((((((((.((((((...((((....))))...(((((((((.......(((...((((....))))....((((((((((((....))).....((((((.((((((....(((((((((((((((.......((.((....))))........((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))...((((((((((.....)))))).......((((.(.((((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...........))))))))...(((....)))..))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))....))))..((((((..((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))......))))).))))))))))....)))))....(((.....((..(((...)))..)))))....))))))........((((((...(((((((....)))))))..(((....)))))))))....))).))))))))))))..))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....)))).(((((((.((((..((......))))))..))))))).)))))((((.....)))).((((...((((((((........))))))))...))))..))))))((((...(((.((((.....)))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...)))))))))))))).)))(((((((........)))))))....)))))....)))).).))))).)))))).))))...)))...)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).)))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((....))))))..))))...((((.((((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((...))))...........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))))))))).)).......))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))............((((((..(((((....(((((....(((((................)))))))....)))..)))))..(((((((...((....)).....))))))))))))))))))))))).......(((((((....((((((..((((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((...........))))))))...(((((.............)))))....)))))))..))))).)))...((((.((((.....((((((...((...((((.........))))...))))))))((....)).....)))).((((((((((((....)))))))))))).))))...)))))...))))))))))))).)))).)))......)))).))))))...((...(((((((((((((.((.((((((..((((((((.........(((((...((((.....(((((.((((((((.....((((((...(((((((....))))))).(((....))).)))))).)).))).)))(((((((((....))))).)))).))))).(((((((......))))..))).))))...((((((((((((.((((............))))..)))))))..((..((((.....))))...))....)))))...))))).(((((....(((((....))))))))))...)))))))).....((((((.....((((((((..((((....))))..))..))))))....)))))).(((((((...(((((((........))))))))))).)))..))))))....(((((((.........)))))))......))...))))))..((....))..)))))))..))..(((((.(((((((((((.....((((.((((.(((.((.......)).((((....))))..))).)))))))))))))))))))......((((((((((((....)))))))))..)))..))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((.....................(((((((((....)))))))))..................(((((((.......((((((((.........((((((....))))))...............((((...))))...........)))))))).....)))))))............((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...))))))......................................(((((................)))))......((((((......(((((((................)))))))))))))........................................(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).............(((((((.....(((((((((.................))))))))).....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((.................(((((((....)))))))..............................................................................................(((((((.((((............))))..)))))))............................................................)))))))......)))))))).....((((((.....((((((((((((((....)))))))))..)))))....))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.................(((....)))..............))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((...((((....))))...)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((...........)).........(...........(((...........)))...((.((((((....)))))).)))...((((((((.((...((.((((((((((.......((((((.....((((((....))))))......))))))...(((....)))............(((((....)))))..((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))(((((.........)))))......((.((((((((((..........((((....)))).........................((((....)))((((.(((((((((.((((..(((....((((...(((((((.............(((((................)))))......((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((......(((((((................(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((...........))))))))..............................)))))))..))))).))).................(((((((...(...((((.........))))...)))))))).............(((..((((((((((((....)))))))))))))))...................))))))).((((..((((....))))...))))..................((((....))))...................))).)))))))............)))))))................(((((((....)))))))...........))))....)))..)))).)))))))))..))))((((((.((....))....(((......)))...))))))........).(((((((.((((............))))..)))))))......((((.....))))........((((((((........))))))))(((((....)))))........................(((.....((((((((.(((((....))))).))..))))))....))))))))))))).)).(((((((........))))))).....................((((((.........))))))....)))))))))).)).....))....)))))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((....)).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)).))))))...((((((((...((((((((....(((((((...(((......)))......)))))))....).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))..(((....))))))))).))..((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...((((((......(((..((.(((((....))))).))....))).....))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((((.(((((.(....).)))).).)))((((.........))))...((.((((((....)))))).))(((.((((((((.((((.((.((((((((((.......((((((.(...((((((....))))))....).))))))((((((....)))......)))...(((((....)))))..((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))(((((.........))))).....(((.((((((((((...((((...((((....))))...(((((((((..............(((....)))((((.(((((((((.((((..(((....((((.(.((((((((.(((.((.(((.(((((...(.......)..()))))).)))..((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).(((((((((((.....(((((((....((((((...((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((...........))))))))...(((((.............)))))....)))))))..))))).)))...))(..........)(((((((...(...((((.........))))...)))))))))............(((..((((((((((((....)))))))))))))))((....)).....))))))))))))).((((..((((....))))...))))..................((((....))))..................)))).)))))))...))..)))).))))))).(((())))(.(((..(((((((....)))))))...)))..)).))))....)))..)))).)))))))))..))))(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....)))).(((((((.((((((......))..))))..))))))).)))))((((.....))))........((((((((........))))))))(((((....))))))))).........((.......))(((.....((((((((.(((((....))))).))..))))))....))))))))))))).)))(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...)))))))))).)).))..))....)))))))).((((.(((..((((((((((((((..(.((((..(((..(((....))).))).)))).))).))))))))))))..))).))))..))).........((((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............((((....))))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))..((......))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.((((((.......(((.(((..(((..((.(..(((....)))..).)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((....((((((....))))))...((......)))))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.[[[[[.......)))))..]]]]](((...))).(((((......[[[)))))..]]]((((((....)))))).(((((.((((((((.........((((((((((.(((((.((((((.....((((((....))))))......))))))...(((....)))))))).(((((((((((....)))))..((((((((((.(((..((((((((.......))))))))))).(((((...((((..((((....))))..(((((.......((((((((((.((((((...((((....))))...(((((((((.......(((...((((....))))....((((((((((((....)))......(((..(((((((....(((((((((((((((............................((((((((..(((((((((.........)))...))))))..))))..((((((((((.....)))))).....((((((..(((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...........))))))))...(((....))).................)))))))..))))).)))...((((.((((.....(((((((.......((((.........))))....)))))))(((.....)))..)))).((((((((((((....)))))))))))).))))...)))))...))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....))))))))))))))))))....)))))..((((.....(((..(((...)))..)))..))))))))))).......((((((...(((((((....)))))))..(((....))))))))).....)))...)))))))))..))).(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....)))).(((((((.((((............))))..))))))).))))).(((.....)))..((((...((((((((........))))))))...))))..))))))((((...(((.(((((...))))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...))))))))))))))....(((((((........)))))))....)))))....))))...))))).)))))).))))...))))))))))))))))..............)))))))).((((.(((..((((((((((((......((((..(((..(((....))).))).)))).....))))))))))))..))).))))..)))))........(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((..((((.....)..................................((.(((.((....)).))).))....((((((((.(.....((((((..(((..((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((......)))...((....)))))))))).))).)))))).(((..(((((..((((((((.(...).)))))))))))............(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....)))...))..))).........(((...(((((....))))).)))..............(((....((((((....))))))...))).((((((((((....(......)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................(((((((.(((((.(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((...((((.((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))))))...(((.((....))..((.(((((.(.((((..((((...(...))))))))).......(.........(((((((.....((((((....))))))...(((....))).)))).))))).))))).)).)))..(((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((((..((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))).)).))..)).))))))))...............))))))))))))......................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..................((....)))))))))))..(((.(((..((((((((((((((..((((((.((((..(((...).)).)))))))))).))))))))))))))..))).)))..)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..(((...)))...((((..((((..((.........))..))))))))((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((.......((((((.....((((((....))))))......))))))...((((...))))...........(((((....)))))......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....((.((((((((((..(((((...((((....))))...((..(((......(((((....((((....))))..)))))))).))....(((((((((..(((((.((((((....)))))).((.(((((................))))).))...(((....)))..(((((((((.((....)))))...)))))).)))))..)))))))))...(((((((..((...(((.((((..(((((((((((.(((((((((....(.((((((.....)))))))...)))))))))..)))))))).......((((....(((((((...((((((((...........)))))))).))))))).......((((((((.......)).))))))))))(((((.(((((.((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....)))))).)))).))((((..((((....))))...))))...(((..((.(((((((((((....))))..........(((....(((..(((...)))..)))....))).))))))).))..)))......(((((((....)))))))..(((....)))((((.....)))).....((((((.(....).)).)))).))).)).)))..((......))))).....))))..)))...(((((((.((((..((......))))))..))))))).))..)))))))...............((((((((........)))))))).((((....)))).)))))...(((.((((.....)))))))....((((((((.(((((....))))).)))..))))).......)))))))))).)).(((((((........))))))).....................((((((.........))))))....)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))).)))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(.......)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((...(...)))))........(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((.........)))))))....))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(((..((......)).))).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))...((....)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((................))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))((......)).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(((..((......)).))).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((..(((....)))...(((..((.........))..))))))).((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((.((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((.....)))...........))))))))....(((.((((((((((.(((..((((((((.......))))))))))).(((((...((((..((((....))))..(((((...(((.((((((((((.((((((...((((....))))...((.(((((((....((((....((((....))))..))))(((((.((...((((..(((..((((((..((((((...(((..(((.(((((................))))).)))..)))...(((.........))).)))))).((......))...))))))..)))..))))..((((((((......(((((((...((((((.((.....((((((....(((((((..((((....((((..(((((((((.(((((....(((((....)))))...(((((((...((((((((...........)))))))).)))))))........))))).)))))))))....)))).......((.(((((..........))))).))))))...))))))).....)))))).)).)).)))).....(((((((((...((((((((((((....))))))))))))((((((((.((.....))......(((...((((..((((....))))...))))..)))....((((((((..((.((.(((.(((.(((((.((((....(((..(((...)))..)))....))))..........((((((((...(((((((....)))))))..(((....))))))))).))...))))).))).)))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))))))).))))))))...)))))).))).))))))).((....)).))))))))...((....))......)).)))))......))))))).))......))))))((((...(((.((((.....)))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...)))))))))))))).)))(((((((........)))))))....)))))....))))...))))).)))))).))))...)))...)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((..(((...)))...((((..((((.................))))))))((((((....)))))).(((((.((((((((.(((.(...((((((((((.......((((((.....((((((....))))))......))))))...((((...))))...........(((((....)))))......((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))...(((.((((((((((..(((((...((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))((((......(((((((((..((((((((((((....))))))(((.(((((................))))).)))(.(((....)))).(((((((((.((....)))))...))))))))))))..)))))))))..[[[[[[[[.......[[[[[[[[..[[[((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))))..)))))))).......((((....(((((((...((((((((...........)))))))).))))))).......((((((((.......)).))))))))))[[[[[.[[[...((((......(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....)))))).))))...((((..((((....))))...))))...(((.....(((((((((((....)))).........((((....(((..(((...)))..)))....))))))))))).....)))......(((((((....)))))))..(((....)))((((.....))))......)))).................]]].]].]]]............]]].....]]]]].]]]...(((((((.((((............))))..))))))).....]]]]]]]].......((((...((((((((........))))))))...)))).......)))))...(((.(((((...))))))))....((((((((.(((((....))))).)))..))))).......)))))))))).)))(((((((.(.....))))))))....................(((((((.........)))))))...))))))))))......))))....)))))))).((((.(((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))).))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).)). |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....))).............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((..((((.((((((.((((((((.....(((.(((..((((....(((((((..)))))))..))))......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))).........(((((((((....)))))))))))))))....))). |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((..(((....)))...(((..((.........))..))))))).((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((.((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((.....)))...........))))))))....(((.((((((((((.(((..((((((((.......))))))))))).(((((.(.((((..((((....))))..(((((...(((.((((((((((.((((((...((((....))))...(((((((((.......(((...((((....))))....((((((((((((....))).....((((((.((((((....(((((((((((((((.......((.((....))))........(((((......((((((((.(((.(((((((....(....)..))).))...((((((.....)))))).....)).)))...((((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((...........))))))))...(((((....((....)).)))))..).)))))))..))))).)))..))))..)))))))).(((((((..((...((((.........))))))..)))))))......((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).)))).))))).))))))))))....)))))....(((.....((..(((...)))..)))))....))))))......((((((((...(((((((....)))))))..(((....)))))))).))).))).))))))))))))..))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....)))).(((((((.((((..((......))))))..))))))).)))))..((((...((((.(((((...(((.(....).)))..))))).))))..))))))))))((((...(((.((((.....)))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...)))))))))))))).)))(((((((........)))))))....)))))....)))).).))))).)))))).))))...)))...)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((.(.(.....(...(...(....(.(.((.....................(..(.(.(....((((........(.....).....()...................))).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..))....)....))...).).......((((((....(((....))).).)))))...........((((.((((...((...)).))))...)))).(((.(((((...(..........).))))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).......)...............)((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((...(((((((((.(((......)))....)))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......((....(.......((((....))))...............)......)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....)))).).....))))))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((.......(((..((..((((....))))..))....)))......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((....(..((......))..)..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).).......)).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....((((((..((((.(((((.((((((((((((..((...(((.(((..((((....(.....(.....).)...))))....(((...((....((((((..((...((((((((((((.(...((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((....))))))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))))).))).......)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).((..(((((...(..........).))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))))))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((...(((((((((.(((......)))....)))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..((((((...(.(......).).))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......(((((((.......((((....))))................))))).)).(((.((((...((((..((((..((((((((((.......((((......))))..))).))))...((...(((((((..(((...(......).)))...)))))))..((.(((((.....)))).).))..)).)))...))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((.......(((..((...(((....)))...))....)))......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((((((((.(....((((...(...(((....))).)...)))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.................................................((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((........(((((.....((((((....))))))......)))))....(((.....)))............(((......)))...((((((((((.(((..((((((((.......))))))))))).(((((.(.((((..((((....))))...((((....((.((((((((((.((((((...((((....))))...((((............(((...((((....))))....((((((((((((....))).....((((((.(((((.....(((((..(((((((.......................................(((((..((.((....)))).....)))))...............................................((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...........))))))))....((....))...))....((....)).)))))))..))))).))).................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..................((((((((((((....))))))))))))..............................((((..((((....))))...))))..................)))))))......)))))............((..(((...)))..))........)))))......((((((((...(((((((....)))))))..(((....))))))))).)).))).))))))))))))..))).((((((.((....)).(...............).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..))))..............(((((...................)))))...........))))))((((...(((.(((((...))))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...)))))))))))))).)).(((((((........)))))))....)))).....)))).).))))).)))))).)))).........)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((..(((....)))...(((..((.........))..))))))).((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((..((((((((........((((((.....((((((....))))))......))))))...(((.....)))....((((((((((((....)))))..(((((((((..((...((((((((.......))))))))(((((..(((.((.(((((((.........))))))).))....((((((((((.((((((...((((....))))...(((((((((.......(((...((((....))))....((((((((((((....))).....((((((.((((((....(((((((((((((((.......((.((....))))........((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))...((((((((((.....)))))).......((((...((((((((((((.((((..(((......((((((.....))))))....)))..))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...........))))))))...(((....)))..))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))....))))..((((((..(((..(((((((....)))))))..)))..(((....)))....))))))..(((...((((...(((....)))....))))..)))......))))).))))))))))....)))))....(((.....((..(((...)))..)))))....))))))......((((((((...(((((((....)))))))..(((....)))))))).))).))).))))))))))))..))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....)))).(((((((.((((..((......))))))..))))))).)))))((((.....)))).((((...((((((((........))))))))...))))..))))))((((...(((.((((.....)))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...)))))))))))))).))).((((((........))))))............))))).......))..))))).))))...)))))))))))))))..))....)))....)))))))).((((..((..((((((..((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))..))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
