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CGAACUAUAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAUGCUUUACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGUCUUCGGAUGCUGACGAGUGGCGAACGGGUGAGUAAUACAUCGGAACGUGCCUAGUAGUGGGGGAUAACUACUCGAAAGAGUAGCUAAUACCGCAUGAGAUCUACGGAUGAAAGCAGGGGACCUUCGGGCCUUGUGCUACUAGAGCGGCUGAUGGCAGAUUAGGUAGUUGGUGGGGUAAAGGCUUACCAAGCCUGCGAUCUGUAGCUGGUCUGAGAGGACGACCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGAUCCAGCAAUGCCGCGUGCAGGAUGAAGGCCCUCGGGUUGUAAACUGCUUUUGUACGGAACGAAAAGCCUGGGGCUAAUAUCCCCGGGUCAUGACGGUACCGUAAGAAUAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGUGCGCAGGCGGUUUUGUAAGACAGUGGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCCAUUGUGACUGCAAGGCUAGAGUGCGGCAGAGGGGGAUGGAAUUCCGCGUGUAGCAGUGAAAUGCGUAGAUAUGCGGAGGAACACCGAUGGCGAAGGCAAUCCCCUGGGCCUGCACUGACGCUCAUGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGUCAACUGGUUGUUGGGUCUUAACUGACUCAGUAACGAAGCUAACGCGUGAAGUUGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAUGAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAAAACCUUACCCACCUUUGACAUGGCAGGAACUUACCAGAGAUGGUUUGGUGCUCGAAAGAGAACCUGCACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGCCAUUAGUUGCUACAUUCAGUUGAGCACUCUAAUGGGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUAUAGGUGGGGCUACACACGUCAUACAAUGGCUGGUACAAAGGGUUGCCAACCCGCGAGGGGGAGCUAAUCCCAUAAAGCCAGUCGUAGUCCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGUCACGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGCGGGUCUCGCCAGAAGUAGGUAGCCUAACCGUAAGGAGGGCGCUUACCACGGCGGGGUUCGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((..............................(((....))).............................((((((.......(((((((((((((....((((((....))))))..............................................))))))))))))).....))))))......................................................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......................)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((....(((((((.....)))))))............)))))............................................................................(((((((.((((...........))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((...............(((....))).................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))......................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((......(((((....))).)).....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...........................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..((((((....))).)))))..)))))......(((.......((((((..((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....((((((..((....))))))))))))))))..)).))))))((((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))).((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(...(((((...(....((((((((.......)))))))).....)....)))))...)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((........))))))))))...((....))....))))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.......((((((..(..((((....))))..)...(((....)))..))))).)...((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(....)((((((((........))))))))((((.(((((((.......)))))....))..)))).......................((((((..(((.((.(((..((.((((((((((....((.(((.((..((.((((((....)))))).))...))((((..(((((((((......((((((..((....)))))))..)((((...(((((((.((((((..(((.(((((((((.(....(((((.....))))).....)(((.(((((((.........))))))).)))(((((.(((.....)))))))).((((....))))..((((((.........((((...(((((....))))).))))(((........)))........((((....))))....)))))).((.(((((.(((....((((((((.......)))))))).....)).).))))).)).....))))))))).)))).))))).))))))))))).....(((...................................((((((..((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).((.........))..)))))))..))).)))))...)))..))))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))(((...((..(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))...)))((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))..........(((((..((((........))))))))))))(((((((((.......(((......((((....))))...((((((....))).(((((....)))))........((((....))))(((((((....)))((.(((......))))).)))).)))........(((((((.((((.((......))))))..)))))))..)))(((((.....)))))..))))))))).(((((((..........(((((((.......)))))))...))))))).(.(((((((((.....(((((((...(((....)))...)).)).))).....))))))))).)(((((..(((((((........))))))).....)))))...........)))))))))...))))))).))...)))))))).))))..)..)).)))))..))))))(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).)))((...(.......).((((((((((....))))))))))..))........... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(((((....))).))..........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((....))))..........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(......((...............)).......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((....((((((....))))))..(.(........).).)))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.......((((....))).)......)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))............((....)).......)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))..((.(((((...(....((..((...........))..)).....)....))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.((......))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((((.....).).))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.(((....)))..))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))))).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(.(.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.(((....)))..))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((...(................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....(((((((((((((((........((((.((.(((((((((((...(((...(((..(((((.............))))).)))...)))......(((........)))<<<...((((((((((.........((((((....)))))).......(((......((((((......((((.(((.((....)))).).))))......(((((((.(((((...(((.(((((((((.((((.[[[[[)))).]]]]]......(((.(((((((.(......)))))))).)))(((((.(((.....)))))))).((((....)))).............((((((((...(((((....))))).))))).))).......((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.(((....((((((((.......)))))))).....).)).))))).)))....))))))))).)))..))))).))))))).......))))))......))).........))))))))))))))))))))))).))))((((((((.((((((((((...(((.((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((((((......))).)..))))))))))....................)))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))).......))).......((((......(((((((.(((((((((((......)))))))))))...............)))))))....))))((((.(((((....)))))..))))((((((..((((((((((((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((((....(((((((.....((((....))))...(((((((.......(((((....)))))...(((((((((....)))).))))).......(((.(((......)))))).)))))))....)))))))((((.((((.((......))))))..)))).....((.(((((.....))))))))))))))))...(((.....)))....(((((((.......)))))))...)))))))...(((((((((.....(((((((...(((....)))...)).)).))).....)))))))))..(((((.((((((((.(.....))))))))....))))))..........((((((...........)))))).......>>>....))){{{.{{{.....)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((...........))))))))))...))))))))))))..))).))))...}.}}..}}}..((((((((((....)))))))))).......)))))).. |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......((((....))).)......)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((......))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((....))).)).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((......))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((...........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(.(((((((((((((((........((((.(((.((((((((((........((((..((....((((((....))).))).))..))))...(.(((((....).)))).).....((((((((((....(((..((((((....)))))).......(((.((...((((((......((((.(((.((....)).))).))))......(((((((.(((((......(((((((((.((....(((((.....)))))((((((((..(((.((((....))))..((.(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).(((((((...((((((((...(((((....))))).))))).))).)))).))).)).....)))...)))))))).....((((...(((((..((....((((((((.......)))))))).....))...))))).....)))).)).))))))))).))))).))))))).......))))))...)).)))...)))...))))))))))))))))))))))).))))((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))).)..)))).....((.(((((..((..(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))..))))).)).(((((....)))))......((((((..((((((((((((((....))))....(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((((....(((((((.(((.((((....))))..))).(((....)))..))))).))..(((..((((((((.(((....(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((.((......))))))..)))))))))).))).))).)).)))....)))))))))....)))))).)))))).(((((((.......)))))))..((((...(((.(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).......)))..)))).........)))).(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..(((..(((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..))))))))..)))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..))))))))))).. |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((.(..(.(.(..(....((.(..(..(((.((...((.(((.......((.......)).....)))....(....(((.(.............................................)........((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))).....)..........)).))....((((((....(((....))).).)))))..)))...)..((((.((((...((...)).))))...)))).(((..(.((...(.(...........................).....).)).)..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..).))....)..........).)((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((..(((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((......)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((((......(((....)))...................))))).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((..(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((....)).))..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))).........).)..) |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((((.....(.....((......))....)....))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((((.((.(...((((((....)))))).)....)).).(..............)..((..................))))))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).((..(((((...(..(..........................).....).))))).....))(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...(((..(((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((......)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((((((.....(((....))).).................))))).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((..(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((....((((((..((...((....)).))..))))))...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))...) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........(((((((((((((((........((((.((.(((((((((((....((...(((..((((.....(((....))))))).)))...))...(.(((((....).)))).).....((((((((((.........((((((....)))))).......(((.((...((((((......((((.(((.((....)).))).))))......(((((((.(((((......(((((((((.((.....(((.......)))...........((((((.(....)....))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((..........(((((....((((....))))..)))))..........)))...........................(((....(((((..((....((((((((.......)))))))).....))...)))))......))).)).))))))))).))))).))))))).......))))))...)).))).........))))))))))))))))))))))).))))((((((((..((((((((....(((.((((.....)))))))...))))))))...))))))))...((((((((...((((((.....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....))..))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))).....(((..(((.........((((.(((((((.((((.((((((......)))))).))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((..(.((((((..(((((((.(((...((((........)))).)))....(((((((.((....((((((.....((((....))))......(((....)))..))))).)..(((.(((......(((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((.((((.((......))))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....)))).))))).).)).......)))))))).))))))).......)))))))...(((((((((..........((...(((....)))...))............)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..((((((...........))))))...........))))))............)))))))((((..((..(((..(((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))..)))..))..))))...))))........(((((((((....))))))))))))..))).....)). |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......(((((((((((((((........(((..(((.((((((((((........((((..((....((((((....))).))).))..)))).....((((.......)))).......((((((((((..((.....((((((....))))))....(((((((((.......((.(..(((((((..(((((..(((((((((.((..((((.(((((....(((((((((((..(((((..(.......)..)))))))))..)))))))))))).))))..)).))..((.(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).(((.((.((.((((((((....((((....))))..))))).))).)).))))).))...)))))))..))))).....)))))))..).)).........((((((((.......)))))))))))).))))))).............(((..((((.....((..(((.(((((......))).)).)))..))))))..))).)))))))))))))))))))))))..)))(..(((((..((((((((....((((.((......)).))))...))))))))...)))))..)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))).....(((..(((..(((....((((((((((((.(((..((((((......))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(..((....))..)..))))..)))...(((((((((((((....((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((.(((.((((....))))..))).(((....)))..)))))....(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((.((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))))))))))).))......))))))...))))))).......)))))))...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...))).....)))))).((....))...)))))))((((..((..(((..(((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))..)))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))....))). |
