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AACACGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACUAACGCUGGCGGCGCGUCUUAAACAUGCAAGUCAAGCGGAGUAGCAAUACUCAGCGGCGAACGGGUGAGUAACACGUGGGUAAUCUUCCUCUGAGUCUGGGAUAACUUUCCGAAAGGGAAGCUAAUACUGGAUGGUCCCGAGAGAUCACAAGAUUUUUCGGGUAAAGAUUUAUUGCUCGGAGAUGAGCCCGCGUCCGAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAGGCUCACCAAGGCGACGAUCGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGUUCGGCCACAAUGGAACUGAGACACGGUCCAUACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAAGAAUCUUGCUCAAUGGGGGGAACCUGAAGCAGCGACGCCGCGUGAACGAUGAAGGUCUUCGGAUUGUAAAGUUCAGUAAGCAGGGAAAAAUAAGCAGCAAUGUGAUGAUGGUACCUGCCUAAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAUGGUGCAAGCGUUGUUCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGGGUGCGUAGGCGGACAUGUAAGUCAGGUGUGAAAACUGCGGGCUCAACUCGCAGCCUGCACUUGAAACUAUGUGUCUGGAGUUUGGGAGAGGCAAGUGGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUUGCUGGCCUAAAACUGACGCUGAGGCACGAAAGCGUGGGUAGUGAACGGGAUUAGAUACCCCGGUAAUCCACGCCCUAAACGUUGUCUACCAGUUGUUGGGGGUUUUAACCCUCAGUAACGAACCUAACGGAUUAAGUAGACCGCCUGGGGACUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGUCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGAUACGCGAAAAACCUCACCUAGGCUUGACAUGGAGUGGAAUCAUGUAGAGAUACAUGAGCCUUCGGGCCGCUUCACAGGUGCUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCACCUUAUGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCGUAAGGAACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGCGGGGAUGACGUCAAAUCCUCAUGGCCUUUAUGUCUAGGGCAACACACGUGCUACAAUGGCCGGUACAAAGGGUAGCCAACUCGCGAGGGGGAGCUAAUCUCAAAAAUCCGGUCCCAGUUCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGACCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACCUGAGUGGGGAGCACCCGAAGUGGUCUUUGCCAACCGCAAGGAAGCAGACUACUAAGGUGAAACUCGUGAAGGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((((..((((.((((((.....(((((.((((((((((((((.(.(((.......((.(((((....))))).))..(((((.(((.......((((((((..((...(((((((((..(..((.((((((....)))))).))...)..).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....)))))))))(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).))))))))))....((((.....(((....)))..)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........(((....)))..........))))).....((..((((...(((((..((....(((.((((.((.((.((..((....))..)).))..)).)))))))......))..)))))..(((((((((..(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))..((((((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))).)))))...))))..)).....))))).(((.((((.((((........(((((.((((((...(((((...((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).)).))))).....((((....))))..........)).)))).)))))..((((....))))((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((....))))))))))..(((....((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)))....)))))))).....)))))))..))).)))))))).))..((...(((((..(((((((...(((....)))...))))..)))........(((((...((((...(((((((........)))))))))))...((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).))))).)))))...)).)))))))))))..)))))).)))).((((...((((((((..((...((....))..))))))))))..))))))))))....(((((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((((......((((((((((((((.......))))..)))..)).(((((....)))))..))))).(((((((......((((((((..((...((((((((.....((..((((((....))))))...))..(((((...(((((((((((....))))))))))).....)))))..))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).((((.((.((((((..(((((((...((((((.....(((((............)))))...))))))..((((......(((....)))...........))))....)))))))....)))))).....(((((..((..(((((..(((((...((((...(((((.....((((((((..((((((...((....)).....))))))..((((..((((((((.....((.(((((((((((((..((((...((((((((((..(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))).((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).))))).)))).((((.......((((((((..((...(((........)))...)))))))))).....(((((((((.((.((((((((((((....))))))))))))...(((....((....((((((((((((((...(((((((...........((((..............))))((((....))))..))))))).(((((..((((........)))))))))...)))))))......((((((((..(((((((....))))))).((....))))))))))..))).))))..((((((.....(((((((((....)))..((((......))))..)))))))))))).)).(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).))).))))))))))).....))))....))))))))))))))).)))).)))))).))..)))))))).....)))))))))..))))).((((((..............)))...)))..(((((..(((((((........))))))).....)))))...))).)).(((((((((....)).)))))))..))...)))))...))))))......)))))))........))))))))))..((((...(((((((..(((...((....))..))))))))))..))))))))))..(((((((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((.....................((((((((....))))))))..................((((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).............................(((((.....(((....)))..)))))...))))))..................................................................................((((((......((((((................))))))))))))........................................((((((((((..(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))....................((((((((......((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))................)))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).........)))))))).........................................................................(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....((((((................(((....)))..................))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...................................((((........................................))))................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((((((((((................................(((..((.(((((....))))).)))))...............................)))))))).)))))))((((((....))))))...............(((((((((((....)))))))))))........................(((.((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)).)))......................(((..............)))..((((....)))).....................................................(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........)))))................(((((((((........................................................))))))))).((((((((((.((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))))..(((..((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))................)))))..))...)))..................((((((((.(....((((.........)))).).))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....))))))..............((((....))))..........................(((....)))........((.(((((..((((........))))))))).)).......................(((((((....))))))).............................(((((......((((((.............(((......)))...)))))).)))))....(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))(((((((((((........))))))...))))).............................((((((.........((((...(((....)))...))))...........))))))...........(((((((........))))))).......((((.((......(((((((.........))))))).....))))))...........................((((....))))....((((...((((((((..((...((....))..))))))))))..))))...)))..(((((((((((..((.......))((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((((....))))))))))).............)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).......(.(((...((((.....)))).))))))).)))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....(((((.......((((.....((....)).......)))).))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..(((((((((((......)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((...(((((((....)))))))(((....))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....(((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))....)).).)))...))))))))....)))))))..))).)))))))).)...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((...((((....(((((((...((........))....)))))))...))))...)))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((((((((((...............((((.......))))..(((..((.(((((....))))).)))))...............................)))))))).)))))))((((((....))))))...............(((((((((((....)))))))))))..............(((....)))(((.((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)).)))((....)).............(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((.(........)..))......(((....)))......(((....))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........)))))................(((((((((....((((((......)))............................)))......)))))))))(((((((((((.((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))).((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).....((....))...)))))..))).)))))....)............((((((((.((...((((.........)))))).))))))))(((....((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).))..))).....(((((....)))))..............(((((((((.((((....))))((((((.((.(((((..((((........))))))))).))....((((((.........((..(((((((....))))))).))..))))))))))))............((((((.....(((((((((....)))((.(((......))))).))))))))))))....(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))(((((((((((((()))..))))))...)))))..........((.........))......((((((......(((((((...(((()..)))...))))..)))......))))))...........(((((((........)))))))....(((((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).).))..........)).)))))))..((((....))))....((((...((((((((..((...((....))..))))))))))..))))...)))..(((((((((((..((.......))((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............((......))........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((...)))..)..........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((.....(..................)....))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((....((((((....)))))).(........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..((((....))))..)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((.(((....))).))))))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((.............................))))).)...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((...(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((......((..{{{.........(((.(((((..(((((......................((.(((((....))))).))..................((((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((((((((((....))))))))))).............)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))..........................(((....)))...........))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....(((((......[[[[...[[.....................)))))..))))))))....................]](((]]]](((((((((((..(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))...(((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))......((....))..))))))..))))).))....))....))).....((((((((......((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).............(((((....)))))..............(((((((((..(((....)))....((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((...(((((((....)))))))(((....))))))))))...............((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....)))))...<<<<<<<<<<<)))).)).>>>>>>...>>>>>...))))))).......))))))).....((((((......(((((((...(((....)))...))))..)))......))))))...........(((((((........)))))))............((......(((((((.........))))))).....))...................)).)))))))............{{{...((((...((((((((..((...((....))..))))))))))..)))).))}}})).(((((((((...............(((((((((....))))))))).}}}))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.((((......)))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....((((((((.(((....))).))))))))...(......))))))))).))))))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))....(((((((....))))...)))......((((.(((.....)))))))..((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))...(((....((((((....))))))...)))...((((((((...(.....((......)).....)....)))))))).((((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))))))))))))))........((((((((.(((((.(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)..(....)..((((.......((((.........))))....))))..(((....)))..((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))..((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)...((((.((....))..((.(((((.(.((((..((((...(...))))))))).................((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))).).))))).)).)))).(((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((..((((((.(((((((..(.))))).)))..))))))...((.(((((.....))))).))..)).))))))))...............))))))))))))).....................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((.........)))))))....................................((((.(((..(((((((((((((...((((((..((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((..((((((((((((......(((((((.(((.((.....)).)))..)))).))).((((....))))((.((.....))..))..........(((......))).))))))).)))))))))))))).(((((.(((((((..((((((..(((((((((((....)))))))))))............(((((....)))))...)))))))))))))...(((((((.......))))))).((((((((((((((((..(((((..(((....((((((...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((.((.........(((.......((....))....))).....((((..(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).........))))...(((((((((.((..(((((......)))..)).)).......(((...........)))......))))))))).((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))...)))))))))).((((((((...(((..(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).))).)))..)))))).)).)))))).))).)))..((((((((......((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).(((((((...(((((((.((.((((...)))).........(((....)))(((....))).))))))))).(((((..((((........)))))))))...)))))))............((..(((((((....))))))).((....)))).)))..)))))))))).)))))))))))(((((...(((((((.((..(((......))).))......((.(((((..(((((((.((((..((......))))))..))))))).....(((((.....)))))..((((((((((((........))))))...)))))).((((...))))..((.((.((((...))))))))....))))).))...)))))))....)))))..........((((((.......)))))).((((((........)))))).......(((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))).)).(((((((((.((((.(((.((((.((((....))))....((((...((((((((..((...((....))..))))))))))..))))......)))).))))))).....)).)))))))(((((((((....)))))))))((....))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.((((((.(((....................).)).))))))..).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(....................)....))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((((...........))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.((((((.(((....................).)).))))))..).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(....................)....))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((((...........))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((..((((.((((((.....(((((.((((((((((((((...(((.......((.(((((....))))).))(((((((.(((.......((((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....))))))))).))...((((.((((.....)))))))).((((....))))...))).))))))....((((.....(((....)))..)))).)).)))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....((..((((...(((((..((....(((.((((.((.((.((..((....))..)).))..)).)))))))......))..))))).((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))...)))))))))).((((((((...((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..)))))).))...))))..)).....))))).(((.(((.((((.....(((.(((((.((((((...(((((...((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).)).))))).....((((....))))..........))).))).)))))))).......((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))).((((....((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)))....)))))))))....)))))))..))).))))))))((((.((((((.....((..((((...(((....)))...))))..)).......))))))...(((((...(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))))))).))))...))))))))))))))))..)))))).)))).((((...(((((((..(((...((....))..))))))))))..))))))))))..[[[[[[[[[[[..)))).......((((((((((....))))))))))..]]]]]]]]]]] |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((..(((((((((((((.....(((((((.(((...........)))..)))).)))(((((....))))).........................(((......))))))))))).)))))))))))))).((((..(((((((..((((((..(((((((((((....)))))))))))(((....)))..(((((....)))))...)))))))))))))..((((((((.(....)))))))))((((((((((((((((..(((((.((((...(((((((...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((.(((.........(((((((((((....)))......(((((....(.(((((......((((....)))).....))))))...(((((.....(((.(((....)))..).))....)))))................[[[[[[[[[..............................))))).......))))))))......]]]]]]]]].((((((((((.((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))).((((((((...((((.(((...((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))...))).(((..........)))))))..))))).)))))))))).))).)))).((((((((......((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....)))))))))))).((((....)).))..)))))).(((((((((.(((((((.((.((((...)))).........(((....)))(((....))).))))))))).(((((..((((.((...))))))))))))).)))))))................(((((((....)))))))............)))).)))))))))).)))))))))))(((((...(((((((.(((.(((......)))))).........(((((..(((((((.((((............))))..)))))))..((.(((((.....)))))))((((((((((((........))))))...)))))).((((...))))..((.((.((((...))))))))....)))))......)))))))....)))))....(((...((((((.......))))))(((((((.(.....)))))))))))..((((((.((.((.(.(((((((((....)).)))))))..)))))))).)))((((((((((((((.(((.((((.((((....)))).((((((....((((((((...................))))))))...)))...))))))).)))))))...).)).)))))))(((((((((....))))))))).........)))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))...............(((....))).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.............................))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))..((....))))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((.((..(((....)))..)).))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((....(..(((....)))..)...)))).....(((((.............................))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))((((((...((((((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((..(((((((((.((((((.((((((((((((((...(((.......((.(((((....))))).))(((((((.(((.......((((((((..((...(((((((((..(..((.((((((....)))))).))...)..).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....)))))))).)))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).))))))....((((...(.(((....))).))))).)).)))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))........))))).....(((.(((((..((((((((((..(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))).((((((((...((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))).)))))..(((((.((((.(...(((..(.((((((..((((((((...(((((((.((((..((((((.((((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).(((((((((....((((....))))..............((((((...((((.....(((.(((.(((.((.(((((..((((........))))))))).)).....(((((...((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))))))))))).))).)))..((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))......((((.....))))))))..)))).))))..)))))).)))))).)))....)))).))))))...((.((.(((.....))))))).....)))).))).........))))...)))))))).....((((.(((......))).(((((((........)))))))......)))).)))))).)...))).......).)))).)))))..))))).)))..(((((((((.((((.(((.((((.((((....))))....((((...((((((((..((...((....))..))))))))))..))))......)))).))))))).....)).))))))).((((((((....)))))))).)))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..(....(((.(((................................................................................................................................................(......)..............((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...)))..)....((((((....((.....)).).)))))...))))))..((((.((((...((...)).))))...))))..((.(((((...(....(............).....).))))).))..(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((.((((((....(((((((.....)))))))..))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....(((.(((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..(((...((.(..((((....))))...).))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((......((.(((((..(....((....)).....)........)))).))).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...)))))))..((.(.(((.....))).).....)).)))).)))))...))))....)))))))...))))))).......)))))))((...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((......(((((...((((.(....((...(...(.........)..)....)).)...))))...)))))......))))..).))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((....((((((..((((.((((.((((((.((((((..(....(((.(((..(((......................)))...(.((.((((...(((((((...((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(....(((((..............)))).).)..((....)).)))))))..)).)))))))((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)))..)....((((((....((.....)).).)))))...))))))..((((.((((...((...)).))))...))))..((..((((...(.(...............).....).))))..))..(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....(((.(((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..(((...((.(..((((....))))...).))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((.((...(((((..(.....((((....)))..)..((...))..).))))).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((..(((...(......).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....)).))))..))))...))))....))))))))).))))))).......)))))))((...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((......(((((...((((.(....(((.........((....)).....).)).)...))))...)))))......))))..).))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((((.....(((((.(((((((((((((..(.(((.......((.(((((....))))).))((.((((.(((.......((((((((..((...(((((((((..(...(.((((((....)))))).)....)..).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....))))))))..))...((((..(((.....))).)))).((((....))))...)))).)))))....((((...(.(((....))).))))).)).)))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....((..((((...(((((..((........................................................))..))))).((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))...)))))))))).((..((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)).))))..))))...))...))))..)).....))))).(((.(((..(((.........(((((..(((((...(((((...(..((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....))))))..).))))).....((((....))))..........))).))..))))).................((((((((((....((((........))))........(((((((.((...((((((((..(((((((....))))))).((....))))))))))..(((.........(((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).))).........)))..)).)))))))...)).))))))))....................((((...(((....)))...))))............................(((((((........))))))).............(......(((((((.........))))))).....)........................))).))))))..)))))).)))).((((...(((((((...((...((....))..)).)))))))..))))))))))...((((((((((.(......)....((((((((((....))))))))))..)))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(.(((.(((((((((.((((((.((((((((((((((...(((.......((.(((((....))))).))(((((((.(((.......((((((((..((...(((((((((..(..((.((((((....)))))).))...)..).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....)))))))).)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))))))....))))))....((((.....(((....)))..)))).)).)))))).(((((..((...(((....)))..))..)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))........))))).....((((((.....((((((..((..((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))...))..)))))).((((((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))).)))))..((((.(((((((....))))(((.((((.(((.....(((.(((((..(((((...(((((..((..((((((..(((..(((((((....)))))))..)))...((....)).....))))))))..))))).....((((....))))..........)).)))..)))))))).......((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))).((((....((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).)))....)))))))))....)))))))..))).))))))))((((.((((((.....((..((((...(((....)))...))))..)).......))))))...(((((...(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))))))).))))...)))))))))))))))).))).))))....))))))..((((((((..((...((....))..)))))))))).)))).))))))..(((((((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
