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UUUAUUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUUGAGCGCUGAAGGUUGGUACUUGUACCGACUGGAUGAGCAGCGAACGGGUGAGUAACGCGUGGGGAAUCUGCCUUUGAGCGGGGGACAACAUUUGGAAACGAAUGCUAAUACCGCAUAAAAACUUUAAACACAAGUUUUAAGUUUGAAAGAUGCAAUUGCAUCACUCAAAGAUGAUCCCGCGUUGUAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAGGCUCACCAAGGCGAUGAUACAUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACAUUGGGACUGAGACACGGCCCAAACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCGGCAAUGGACGAAAGUCUGACCGAGCAACGCCGCGUGAGUGAAGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGGUAGAGAAGAACGUUGGUGAGAGUGGAAAGCUCAUCAAGUGACGGUAACUACCCAGAAAGGGACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUCCCGAGCGUUGUCCGGAUUUAUUGGGCGUAAAGCGAGCGCAGGUGGUUUAUUAAGUCUGGUGUAAAAGGCAGUGGCUCAACCAUUGUAUGCAUUGGAAACUGGUAGACUUGAGUGCAGGAGAGGAGAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUAUGGAGGAACACCGGUGGCGAAAGCGGCUCUCUGGCCUGUAACUGACACUGAGGCUCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAGAUGUAGGGAGCUAUAAGUUCUCUGUAUCGCAGCUAACGCAAUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUACUCGUGCUAUUCCUAGAGAUAGGAAGUUCCUUCGGGACACGGGAUACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUAUUGUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAACGAGACUGCCGGUGAUAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGAUGGUACAACGAGUCGCGAGACAGUGAUGUUUAGCUAAUCUCUUAAAACCAUUCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCACGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGUUGGGAGUACCCGAAGUAGGUUGCCUAACCGCAAGGAGGGCGCUUCCUAAGGUAAGACCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((....((((((((....))))))))....)))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).<.(((((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....))))))..>)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((((.....))))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...(((((((....))))))).(((....))).))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((..((((((.((((..(((((..(((((.((((((((......((((.........(((((..((((((((....)))))))).......)))))...((((((((...(((((((..(((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((....(((....))).((((.((((....))))..((((((..((((((.((.(((.....((((..((.(((((.....((((..(((((.......(((((.(((((((.....)))).)))..)))))....))))))))).....(((((...(((((((((.((....)))))...))))))..(((..(((((((((((.....))))))......(((((.(((..(((((((((..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...)))))))))..((((((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))....)))..)))))..))))).)))........((((....(((....)))))))..)))))..)))))..(((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))....(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..))))))).)).))))))..(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......))))))......(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...)))))).))))..))))).)))))))).))))......((.((((.(....).)))).)).)))))))))))))....)))))..((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))).) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((............................((((((((....))))))))..........................((((((((.......(((((((..........((((((....))))))...........................................................)))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......................))))....(((((.........((((((((.........))))))))..........)))))......(((((......(((((((................)))))))))))).................................................................(((((((.....)))))))..............................................((((((((((.................)))))))))).....................................................................((((.........)))).....................(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...............))))))).(((((((((...(((((....))))).......................................((((((((..............................(((((((........((((((...((((((....))))))............))))))............................................((((......))))..................(((((((.((((............))))..)))))))...........................................................)))))))......)))))))).....(((((((.............(((((....)))))...............)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))).......))))))))).....................................................................................................................((((((((((....))))))))))................ |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((........((((((....))))))........)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.((((((.(.....(((...........((.......(((((((....))))))).......))...................(((((((..((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((((((((((....))))))))))...................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((..........................................))))).))....(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))))))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(........).....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.........(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))......((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................. |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((..((((.(((((..((((.(((((((((.............(((..(((((...((((((((....)))))))).....))).)).)))...........((((((((..((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..))))))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))....(((((......)................((((((((..............(((((...........)))))......((((....((((....))))..)))).........................................((((..(((((......((.((((((((.........))))))))))........)))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..............................(((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))....(((....(((...((((........)))).)))....(((((((........((((((...((((((....))))))............))))))...........((((((.((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....(....(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).......)..))))).)).....)))))).......)))))))..........))).......((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))....)))).......................)))))))))))))....)))))..))))(((((.......((((((......)))))....((((((.(((......((((....)))).......))).)))))).......................).........)))))..(((((((((....)))))))))))))))........... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(....)...(((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.........((((((((....)))))))).......))))......(((......((((((((..((...((((((((((.......((((((....))))))......))).....((((((.((((....)))).))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..(((.......((((....))))......)))....(((((....(....((((((((.........))))))))....).....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))))))).....(((.....((((((...(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((((...)))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((...((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))...)))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((.(((((..((((.(((((((((.........((..(((..(((((...((((((((....)))))))).....))).)).)))..)).......((((((((..((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....((((((()))))))..))))))..))))))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))....((.((((((((......(......((((((.(.......).)))))).....((((...(((((....))))).))))(((((((.((....)).......(................)((((..(((((....(.((.((((((((..(.....)))))))))))..).....)))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..)))))))(((.......))))(......(((((.(.(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)((())).((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))((.......))....))))))).)(((...((((.(((((....)))))..))))..))).............((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.((.....((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.(..(((((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....((((.((((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).))))).))....)))))))))).)).))))))).......)))))))......((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))))))))).)).(((((((........)))))))............(((........))).....)))))))))))))....)))))..))))(((((((....(.(((((......))))).)..((((((.(((...((.((((....)))))).....))).))))))...............((((.......)))))).)))))..(((((((((....))))))))))))))).)))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...................((((....))))...............................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...(.(.....................)..)..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....))))))(.(........))))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.........(((((....))))).........)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).......((((((((....))))))))......................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.....((((((.((...).)..)))))).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....))))))...(......)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]........(((((..((((((((....)))))))).......)))))..((((........((((((((.......((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))....))))))))(((((((.....((((((((.......))))))))[[[..)))))))..]]].((((....))))..((((.....[[[[[.)))).......]]]]].((((....)))).((((((..((((((((((.....(((((....)))))............(((....)))..))))))))))....[[[......))))))..........]]](((.(((((((.....)))).)))[[[..)))..]]].(((.....)))..((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]]..)))).(((((((((((.....))))))......(((((.(((..(((((((((...((((((((....(((((((.....))))))).))))))))....)))))))))....((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)))................)))))..)))))).......)))..)))))..)))))(((.........[[[[[[....)))...]]]]]].((((((...(((((((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))).(((....))).....)))))).((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.....(((((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((....(((((((...((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((............))))..))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).))))).......))))))).)))))))))))))......)))))))).....(((((((..((((.(((....)))[[[..))))..]]]...........)))))))(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]...(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((....[[[[[..))))......]]]]]........(((..........[[[)))..]]]...(((...[[[)))((((((...))))))..]]]..(((........[[[[[[[.))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.(((((.(((((..(((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((((....)))))))).......(((((..((((........((((((((.((((....(((.((((.......((((((....))))))......)))).))).(((((.((((....)))).)))))(((..(((((....)))))..))).))))..)))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....(((((((((..(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........((((((((((..(...((((....)))).((((.((......)).)).)))..))))))))))....(((....(((((....)))))....))).(((((((.........))))))).))).))))...)))))....)))..)))))).(((((((((.((....)))))...))))))..))))..))))).(((((((((.(((((.....((....)).....))))).))))))))).........)))).)))))))..))))))).))))).........(((((.((((((((((((....(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))....((.((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....))))))).)))).))((((.(((((....)))))..))))....(((((((.......((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.(((((((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((((.(((((.((((..((......))))))..)))))....((.(((((.....)))))))....)))))).))))).))....))))))))))))..)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))..))))).((.((((........)))).)).)))))))))))))....)).))).))))).........((...((((((.((.(((..(((((...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..)))))))))...))......)).(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.(((((...(((..((((.(((((((((...................(((((..((((((((....)))))))).......)))))...............((((((...((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)).))))))..(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))........((....))..........................(((..(((((.........((((((((.........))))))))..........))))))))...............((((((((.....[[[[)))...)))))((((((.........((.......(((((((.....(((((.((.(((((((((((..(((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))...)))))))).....((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))......((....))..))))))..)))))).....)))))..)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...))........)))))).......]]]]....((((((.((....((((........))))..))....(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((..((((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((....(((((.((((............))))..)))))....((.(((((.....))))).)).....)))).))))).))).))...)))))))....))))))).......))))))......(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))............(((........))).....)))))))))))))....)))....)))))...................((((.(((..(((((...((((.....((((..((((..((....)).))))....)))).))))...)))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(..(((..((((((.((((...((((..(.......(((((.......))))).............((((((((((....))))))))...))......................(((((((..(((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))))....((((....)..))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).(((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).......(((((...(((((....))))).)))))....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..((..(((((......((((((((((.........))))))).)...))...))))).))....))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((..(((((((((((.....)))))))))))....((....))....))))))..((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)............................((.....(((..(((...)))..))))).......((((((((..(((((((..(.(((((....))))))...((....)).)))))).).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.((((((((...)))))).))..))))))...((.(((((.....))))).)).....))))))))))))))))).......................................((((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))))..........(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))))....))))...((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))))...... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.(((((.(((((..((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((((....)))))))).......(((((..((((........((((((((.((((...((((.((((.......((((((....))))))......)))).))))(((((.((((....)))).)))))(((..(((((....)))))..))).))))..)))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....(((((((((..(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........((((((((((..(...((((....))))...((.((......)).))...)..))))))))))....((.....(((((....))))).....)).(((((((.........))))))).))).))))...)))))....)))..)))))).(((((((((.((....)))))...))))))..))))..))))).(((((((((.(((((.....((....)).....))))).))))))))).........)))).)))))))..))))))).))))).........((((....((((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..)))))).((((.(((...((((....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).........))))((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((........((((((...((((((....))))))...((....)).)))))).....((.((.(((((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).))....)))))))))))...)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))..)))))))..(((((((........)))))))...)))).((.((((........)))).)).)))))))))))))....))).)).))))).................(.(.(..(((..(((((...((((...((.(((.(((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..))).)).)...............(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((...(.................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((.(((((...(.................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.(((((.(((((..((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((((....))))))))......((((((..((((........((((((((.((((...((((.((((.......((((((....))))))......)))).))))(((((.((((....)))).)))))(((..(((((....)))))..))).))))..))))))))((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))((((((.(((....(((((((((..(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........((((((((((.....(((((....))))).(((............)).)....))))))))))....(((....(((((....)))))....)))((((((((.........))))))))))).))))...)))))....)))..)))))).(((((((((.((....)))))...))))))..))))..))))))(((((((((.(((((.......[[[[.......))))).))))))))).........)))).)))))))..))))))).))))).........(((((..(((((((...((((.(((...((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))...))).(((..........)))))))..)))))).)(((.(((((.]]]]....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((((((((((((((((...))))))))))))).............).)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).............((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).))..((.((.(((((((...(((((((((((.........((.((((......)))))))))))).....((((((((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......))))).))))).......)))))))))))...)))))))......)))))))).....(((((((..((.(((.....(((((....))))).......)))))...)))))))))))))))...(((((((........)))))))..)))))....((((........))))....)))))))))))))....))).)).)))))................((((.((.(((..(((((...((((......(((.(((((...........)))))))).....))))...)))))..)))))))))..............(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))..))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))...((....)).)))))..)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))...... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((..(((....)))..)))).....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))....((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....(((...(.....)...))).....(((((((.........(((((...((((((....))))))...((....)).))))).....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.....)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.((((..(((((..(((((.((((((((.............((((.((((....(((((((.....((((((((.(((((((..(((...(((.......(((((((..(((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..))))))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..))).((((....))))..))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((....(..(((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..)))))))..)...........(((((....)))))......))))......))))...))))))).)))..)))))....(((.....)))...)))))))..))))))))..(((((((.....(..((((((...((((.(((.......(..((((.....(((((.(((..(((((((((..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...)))))))))..((((((((...((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))....)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))...)))...))))))))))..)...((((.((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......))))))).))..(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).))))))))....)))))))....)))))))))))))....))))).(((((..((....))..)))))...((((.(((..(((((...((((.....((((.(((((..((....)).)))))...)))).))))...)))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((........(.(......(.......).)).......))))...(.((.((((....((((((...((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).....(((((...((....))...))))).....(............).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...))))..((..(((....(..............................)........))).....)).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..((((((((((((...(((........))).))))).(.(((((((......((.((.((...((((((....))))))..............)).)))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...(((((...((((....(.((((...((..((....))..)).)))).)...))))...)))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.........(((..((((.(((((((((......((((.........(((((..((((((((....)))))))).......)))))...((((((((...(((((((...((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)).))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))...((((.(((....)))....))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((....................((((....))))..((((((........................................(((..(((((.........((((((((.........))))))))..........))))))))............................((((........(..((((((........(((.......(..(((......(((((.((((..((((((((..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)))))))..)))))).))..).)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))...))).......))))))..)....)))).........................................(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((.(((((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....)))).))))).))....)))))))))))...)))))))...................(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...)))))).......))))).)))))))).))))......((..(((........)))..)).)))))))))))))....))).................................(((..(((((...((((......(((..((((..((....)).)))).))).....))))...)))))..)))....................(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((.((((.((((((((.(((.(((.((.(((.(((..((((..(((((..((((((((....)))))))).......)))))....(((..(((..(((((((..(((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)))))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....(((((((((..(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((....(..(((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..)))))))..)...........(((((....)))))......)))).(((((((.....)))).))).))).))))...)))))....)))..))))))..)))..)))..)))).)))))).)).))).))))).))))))))))...........((((....(((((.(((..((((((..(..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...)..))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))....)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((..(((((((.....)))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((.((((((.((((.((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......))))))).))..(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))))))).))....))))....(((.(((.(((.(((....)))))))))..))).....)).)))))))((((.(((..(((((...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))..))))).. |
