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UUUUCUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUUAACGCUGGCGGCAUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAUCGGAUGUAGCAAUACAUUAGAGGCGAACGGGUGAGUAACACGUAUCCAAUCUGCCUUAUAGUGGGGGAUAACUAGUCGAAAGAUUAGCUAAUACCGCAUAACAAGUUAACUAUCGCAUGAGAAUAACUUUAAAGAAGCAACUGCUUCGCUAUAAGAUGAGGGUGCGGCAUAUCAGCUAGUUGGUGAGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGAUGACGUGUAGUUAUGCUGAGAGGUAGAAUAACCACAAUGGGACUGAGACACGGCCCAUACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUUUUUCACAAUGGACGAAAGUCUGAUGGAGCAAUGCCGCGUGAACGAUGAAGGUCUUUUUAGAUUGUAAAGUUCUUUUAUUUGGGAAGAACAGUUAGUAGAGUGGAAAGCUAUUAAUUUGACUGUACCAUUUGAAUAAGUAACGACUAACUAUGUGCCAGCAGUCGCGGUAAUACAUAGGUUGCAAGCGUUAUCCGGAUUUAUUGGGCGUAAAACAAGCGCAGGCGGAUUAGAAAGUCUGGUGUUAAAAGCAAUUGCUUAACGAUUGUAUGCAUUGGAAACUUCUAGUCUAGAGUUUGGUAGAGAGUCCUGGAACUCCAUGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUAUGGAAGAACACCAGAGGCGAAGGCGAGGACUUGGGCCAAUACUGACGCUUAGGCUUGAAAGUGUGGGGAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCACACUGUAAACGAUGGAUGUUAAGUGUCGGAGCGAAUACUUCGGUGCUGCAGUUAACACAUUAAACAUCCUGCCUGAGUAGUACAUUCGCAAGAAUGAAACUCAAACGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGUGGUGGAGCAUGUUGCUUAAUUCGACGGUACACGAAAAACCUUACCUAGACUUGACAUCUUGGGCGAAGCUAUAGAAAUAUAGUGGAGGUCAACCCAAUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCGUUAGUUACUUUGUCUAACGAGACUGCCAACGUAAGUUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGUCUAGGGCUGCAAACGUGCUACAAUGGCCAAUACAAACAGUUGCAAAUCCGUAAGGUGGAGCUAAUCUGUAAAGUUGGUCUCAGUUCGGAUUGAGGGCUGCAAUUCGCCCUCAUGAAGUCGGAAUCACUAGUAAUCGCGAAUCAGCCAUGUCGCGGUGAAUACGUUCUCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCAAACUAUGAGAGCUGGUAAUAUCUAAAACCGUGUUGCUAACCGCAAGGAAGCGCAUGUCUAGGGUAGGGCCGGUGAUUGGAGUUAAGUCGUAACAAGGUACCCCUACGAGAACGUGGGGGUGGAUUACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.......................((((((....))))))......................(((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))...............((((((...............))))))..............))))))))))))....))))))).............((((((............))))))..................((((....))))...........(((((............))))).((((....))))........................(((((....)))))........)))))))...................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))).....(((((...(((((((.....((((((((...................)))))))).....................)))))))..)))))....................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.((((((((((......))))))))))...............))))))).............(((((....)))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((.................((((((....))))))..........................................................................................(((((((.........))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((................((....)).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))..................................................................................................................((((((((((....))))))))))............... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((.((((((.(((((((((....(((...........((...((((....))))...))..................((((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((..((((....)))).))))))..................))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....)))).(((((((((..........................................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..(((((((((....((((((((.....)))))))).))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((...(((((((....)))))))........))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((...((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).).......((........)).................(((((....)))))))))))))..))))))))).(((....(((..((((((.((.......)))))))))))......)))......((((....)))).......))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)......((((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......(((((....))))).....))))(((....(((...(....((((((((.........))))))))....)....)))...)))...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))))))((((.....)))).....((....)).(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((....(((((((...(((......)))......)))))))....).......((....)).)))))))..))))).)))...((((((((......((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))))))....(((((....)))))..))))....)))).(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((....((((((....)))))).........))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((....((....))....))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((..(((((.....((((.((((..((....)).))))))))....)))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.(((((((((...))))))))))((((((..(.(((((.(.((((((..(((..((.((((((....)))))).)))))...(.(((.(((((((((..................((((....((.((((((....)))))).))...))))((...((((((...............)))))).(..(((((....)))))..)...........))(((((((.((((((..((((((..(((....))))))))))))..))).))((.((((((((....)))...))))).)).(((((.(((.....))))))))..((((((.(.......).))))))......((.((.(((((....))))).)))).....)))))............(((((....))))).....((((((((.....))))))))(((((((((.........))))).....))))................(((((.....(((((((((.((....)))))...))))))........)))))..............((((.......))))....(((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((()))))).((((.....((((....))))......)))).............)))))))..))))).))).((((((((((((...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...))....(((((((.((((((((((......)))))))))(())..........).))))))).)))))))).)).(((((....)))))..............(((((((((((((((....).......(((((................................(((((((..(.(...((((((...((((((....))))))...).....))))).).)(...((.(((((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))).))))).))....))))))).))...))))))))........)))))......(((((((....((((.(((...(((....))...)))..).))))...)))))))......((...(((((((........)))))))......))............(((((((..((....)))))))))...........))))))..(....)....))))))))...........................))))))))).)))).........)))))).).)))))).))))))....((((...............(((((((((((....)))))))))).....)))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.....((((((....))))))...)))................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).......((((.((((......)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((......)))).)...)))).....(((((...(.........(.............).........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((.........)))))))..((.(((((....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((......((((..(((..((....)).))).)))).....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(.((((....)))).).)))))................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((.(((((....))))))))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((......)))).)...))))..((.(((((...(..........(...............)......)....))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.(...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((...)))))))))(((((((....(((((...((((((...(((....((((((....)))))).....)))...(((.(((((((((............((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((.(((....)))....((((.(((((.((((((((.....((((((((((((((.((((((((((..((((((((((.(((..((((((..(((....))))))))))))))).........((((((((...(((......)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))).)))).......(((....(((((....)))))...)))..)))))))..........(((((................((((((((.....))))))))((((((...(((((....)))))...))))))(((((..((((((((((((((.....(((((((((.........)))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((...(((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))....))))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((........)))...)))))))).....................)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((..((((....(((..(((....))).))).....))))....))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..))))).....((((....))))....))))))))))).)))))).))))).......))))).)))........)))))))))))))))............(((..(((((.(((...((((......(((((((...((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).))))).......)))))))......))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))...((((.....)))).........)))))))).)))))((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))))((((............)))).....))))))))...(((......)))....))))))))).)))..........))))))...)))))..)))))))..........((((.....[[[[((((((((((....))))))))))))))....]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((((...))..................................(((..((.(((((.((.))))))).)))))................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((.((.(((((....))))))).))...................))))))))..)))))))))..(((((.(((..((((((.((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....)))...))))).....((((.(((.....)))))))...(((....)))...................(((...(((((....))))).)))..(((((((((((.(((....((((((......))))))...)))..(((((((((...(..((((((..((.(.......))))))).))..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))))........................(((.(.(((.((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........(((((((((((((((((((..))))))))))))....(....)....)))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..........(((.((......)).)))..(((..((((...(...))))))))......((((((..(...(((((((....((((((....))))))..(....).))))).)))................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((.))).)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))).......................)))))).....................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...))))))......((.((((((((((........)))))))....)))))............((((((..........))))))..............(((..((....))..))).....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))).))..... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((...)))))))).(((((((.(((((.......)))))..(((((...((((((....)))))).(((((((..(((((.((...)).)))))..)).)))))...(((.((..((.((((((....)))))).))...)).)))...((((((....((....))...)))))).....((((((((((((((((((....((.(((.(((((((....(((..((((((.((.......)))))))))))..((((.....)))).((((...(((......)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).))))....(((.....))).((.(((((....))))).)).....)))))))..((((......(((((....))))).....)))).((((..(((.....((((((((...(((((....)))))...)))))))).)))..))))....((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))....(((((((((.......((.((.........)).))...(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))).((((.((((...(((((((....((((....)))).((((.....((((....))))......))))....((....)).)))))))..))))..(((...((((((((.....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.((((((((((......)))))..............))))).))))))).))))))))))).(((((....)))))..))))...))))..)))))....))).))...))))))))))).)))))))...))))).............(((..(((((((.((.......((((...((((((....))))))....)....)))..((((.(((((((...((((((.....((((((.((....)).(..(((......))).).))))))))))))....(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).))..((.(((.((((..........)))).)))))...((.(((((((...((((((.......(((((((....((((..((...(((.......)))))....))))...)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).))))........(((((((..((....)))))))))...))))))....))))))).)).))))))).))))............(((((((((........)))))))))..(((......))))).)))))))..))))))))))......((((.....)))).(((((((((((((....))))))))).....)))).))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))..............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((......))))))...))))..((((((((.(((.................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((((....)))).).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((.((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....))))((((((((((...(.................................)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))...))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))..............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((......))))))...))))..((((((((.(((.................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((((....)))).).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((.((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((......))))))...)))).(((((((((...(.................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((........)))).).(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((((((..((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((...)))))))).(((.(((.(((((.......)))))..)))..((.((((((....)))))).)).)))...((((((((.((((...(((((((...((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((......((....)).((((..((((.((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.(((((...(((((..((((....)))))))))....(((((.....))))))))))..((.(((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))..))))))).((.(((((....))))).)).....)))))))..........(((((.(((((..........((((((((.....)))))))).(((((...(((((....)))))...))))).(((((..(((((((((((((......(((((((((.((....)))))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((......))).....))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..))))).....((((....))))....))).)))))))).))))).)))))..))))))))))......))))..)))))))))))))))............(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((....)).........))).)))))))).)))).((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))))((((..((....))..)))).....)))))))).((((((..(((((.....((((.((((..((....)).))))))))....)))))..))))))))))))).....)).)).))....((((((((((....))))))))))..)))))).))))). |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((((((((...)))))))))(((((((.(((((.......)))))..(((((...((((((....)))))).(((((((..(((((.........)))))..)).))))).(.(((....(((.((((((....)))))).)).)....))))..((((((...............)))))).....((((((((((((((((((.......(((((((((((.((.(((..((((((.((.(....))))))))))))))((((.....))))(((((...(((......)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).))))).(.(((.....))))...(((((....)))))........)))))))..((((......(((((....))))).....)))).((((..(((.....((((((((...(((((....)))))...)))))))).)))..))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...(((((((((......(((...............)))..(((((((((.(((((((((.(...(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))).(((((((((...(((((((....((((....)))).((((.....((((....))))......)))).............)))))))..)))))((((...((((((((.....((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.((((((((((......)))))..............))))).))))))).))))))))))))(((((....)))))..))))...))))..)))))...))))......))))))))))).)))))))...))))).............(((..(((((((........(((((....((((((....)))))).........)))))((((.(((((((...((((((.....((((((.........((.((((......))))))))))))))))))....((((((((.(...)).))))))).....(((((....)))))....(((.(((.((((..........)))).)))))).(((.((((((((..((((((.......(((((((....((((((((...((((.....)))))).)).))))...)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).))))........(((((((..........)))))))...))))))..).))))))).)))))))))).))))............(((((((((........)))))))))..(((......)))...)))))))..))))))))))......((((.....)))).(((((((((((((....))))))))).....)))).))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))................(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((.((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))............((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((......((((..(((...........))).)))).....))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((((....(((....)))...)))))...................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((.((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....))))..((.(((((..........................................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).....((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....((.(((....))).)).........))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((...)))))))).(((.(((.(((((.......)))))..)))..((.((((((....)))))).)).)))...((((((((.((((...(((((((...((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((......((....)).((((..((((.((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.(((((...(((((..((((....)))))))))....(((((.....))))))))))..((.(((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))..))))))).((.(((((....))))).)).....)))))))..........(((((.(((((..........((((((((.....)))))))).(((((...(((((....)))))...))))).(((((..(((((((((((((......(((((((((.((....)))))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((....((((....)))).((((...(.((((....)))).)....))))....((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..)))))....(((((....)))).)..))).))))))).)))))).)))))..))))))))))......))))..)))))))))))))))............(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((....)).........))).)))))))).)))).((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))))((((..((....))..)))).....)))))))).((((((..(((((.....(((((.(((..((....)).))))))))....)))))..))))))))))))).....)).)).))....((((((((((....))))))))))..)))))).))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((.....(......................................................................(..........).......)...(...(..(......(....(..(..(..........((....).).............)....)..)..)......(...((.(((...(((((.((.......))))))).)))...))...)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).....)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...(.......).))))...)))).((((..(((...(.(............................).....).)))..))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((.....(((((((.....)))))))..)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((......))))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....((((((..(((((((.(.(...((((........)))).).)..(.(((((((......((..........(..((....))..)................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((.........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((....((....))....))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((.....(....(.....)....)..)).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((........................)))...(.((.((((....((((((...((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).....(..((.(.(.((....).).))))..)....((..........)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((...(((((.((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)))...)....(((((....(((....))).).))))))).))))))..((((.((((...(.......).))))...)))).((((..(((...(....(.........................)..)....)))..))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((......))))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....((((((..(((((((.(.(...((((........)))).).)..(.(((((((......(((((((.....(..((....))..)..........))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((.........))))))).(((.(((((....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((....((....))....))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((.(....(.........)...)...)).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((...)))))))))...........(((((...((((((...(((.((.((((((....)))))).))..))).......(((((((((..........((((((((((..(((((..((((((....))))))....((((((...............((((.(((((.((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((((....(((..(((((..((((....))))))))))))................((((...((........))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).))))................((..((((....))))..)).....)))))))...........((((................(((((((.......)))))))..(((((((.........)))))))......((((((..(((((.((((((((.....(((((((((.((....)))))...))))))...((...(((((((((.........(((......(((((...(((.((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))......(((((...(((((((.....((((((((...................))))))))............((....)).)))))))..))))).......)))...)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((................((....))..................))))))).))).........(((((....))))).........))))..))))).....((((....))))....)).))))))))..))))).))))))......)))).......))))..)))))))))))))))((((....))))(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((.........)))))))..(..(((((....)))))..).....)))).))))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((.......))......))).)))))))).)))))((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))).((((..((....))..)))).....)))))))).))................)))))))))..............))))))...)))))............((((................((((((((((....))))))))))......))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((((((((...)))))))))(((.(((.(((((.......)))))..)))..((..(((((....)))))..)).)))...((((((((.((((...(((((((...((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((...(((.(((.....((((..((((..(((((((.(((.((((((((((((((...(((((.....(((((((.(((((...(((((..((((....)))))))))....(((((.....))))))))))..((.(((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))..))))))).((..((((....))))..)).....)))))))..((((..((...((((....))))..))..)))).....(((((((((...((((((...(((((....)))))...))))))(((((..(((((((((((((......(((((((((.((....)))))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((........)))...))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..))))).....((((.......)))).))).))))))).)))))).))))).........))).)))))).....)))))..))))))))............(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((....)).........))).)))))))..)))).((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))...)))..))).)))))).....))))))((((..((....))..)))).....)))))))).((((((..(((((.....(((((.(((..((....)).))))))))....)))))..))))))))))))).....)).)).))....((((((((((....))))))))))..)))))).))))). |
