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CGCAAUCAUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUAAACGCUAGCUGUGUGCUUAAUACAUGCAUGUUGAACGGAAUAUUUUAGUUCGCUAAAAUAUUUAGUAGCAAAUGGGUGAGUAACACGUACCUAACCUACCUUUUGGACUGGGAUAACCAUUGGAAACAGUGGCUAAUACCAGAUAUGAUAAAAAUUUGCAUGAAUUUUUAUUCAAAGGAGCCUUCAAGCUUCACCAAGAAAUGGGGGUGCGCAACAUUAGUUAGUUGGUAGGGUAAAAGCCUACCAAGACGAUGAUGUUUAGCGGGGCCAAGAGGUUGUACCGCCACACUGGGAUUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAAGGAAUAUUCCACAAUAAGCGAAAGCUUGAUGGAGCGACACAGCGUGCAGGAUGAAGUCUUUCGGGAUGUAAACUGCUGUUGUAAGGGAAGAAAAAACUAGAUAGGAAAUGCUCUAGUCUUGACGGUACCUUAUUAGAAAGCGACGGCAAACUAUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAUAGGUCGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGUCCGUAGGUUUUUUGUUAAGUUUAAAGUUAAAUGCUAAAGCUCAACUUUAGUCCGCUUUAGAUACUGGCAAAAUAGAAUUAUGAAGAGGUUAGCGGAAUUCCUAGUGGAGUGGUGGAAUACGUAGAUAUUAGGAAGAACACCAAUAGGCGAAGGCAGCUAACUGGUCAUAUAUUGACACUAAGGGACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAUCAUUAGUUGGUGGCAAAAGUCACUAACACAGCUAACGCGUUAAAUGAUCCGCCUGAGUAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGGAACCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUUGAAGAUACGCGUAGAACCUUACCCACUCUUGACAUUCUCGCAAAACUAUAGAGAUAUAGCCGAGGCUAACGAGAUCACAGAUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUAGGUUAAGUCCUGCAACGAGCGCAACCCUUUUCUUUAGUUGCUAACAUUUAGUUGAGAACCCUAAAGAUACUGCCGGCGCAAGCCGGAGGAAGGUGGGGACGACGUCAAAUCAUCAUGCCUCUUACGAGUGGGGCAACACACGUGCUACAAUGGCUACUACAAAGAGCAGCAAAACAGUGAUGUCAAGCUAAUCUCAAAAAAGUAGUCUCAGUUCGGAUUGAAGUCUGCAACUCGACUUCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGGUCAGCUAUACUGCGGUGAAUACGUUCUCGGGUUUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUGGUAAUGCCCAAAGUCGGUGAGUUAACUUCGGAGACCAUUGCCUAAGGCAGGACCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAUCCCUACGAGAACGUGGGGAUGGAACACCUCCUUUCUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((((((((((.((((((.((((.(((((((((((..(((.(((.(((((....(((((((((((....)))))))))))..)))))....((((.(((....(((((...((((..((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((((((....))))))))).)))..(((((......))))).))))))..)))))))))..(((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))......((((....)))).)))))))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))...............(((((....)))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((......((.((((((((.....)).)))))).)).......))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((....(((((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((.((.((((((..((((((((........(((.(((..((((....(((((((...(((..((..((((...........))))..((((...((((((.((((.(((.....)))...((((((.....(((((((((....)))..((((......))))..))))))))))))..)))).)))))))))).......))..)))............((.(((((....))))).))..)))))))...))))...))).)))((((((........))))))...)))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))..(((((((((....))))).))))((((((....))))))..)))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))..))))).) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((((((.......................(((((((((((....)))))))))))......................(((((((........((((((.((((...........................))))...................................................)))))).....))))))).(((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......................))))....((((((.........................................))))))......(((((......(((((((................))))))))))))..................(((((((.................((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))..............(((((((....(((((((((...................))))))))).....................)))))))............................(((((((............................)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...............))))))))))))))......(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.......(((((.....(((((....)))))..........)))))............................................((((......))))..................(((((((.......................))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......(((((.................)))))...))))))))))))........................((((((((((....))))))))))................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((......((((((....))))))......)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))......................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(((((...(((((((....)))))))........))))).....((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......((((..(((((.(((((((((.....((...........((.....(((((((....))))))).....))...................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))......................)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)).........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..(((((((((....((((((((.....)))))))).))))))))..).)))))))....(((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))............((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(((((...(((((((....)))))))........))))).....((.(((..(((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).)..)))))...)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))............ |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(.((((.((((((...)))))))))).).............................((.(((((((((((....))))))))))).)).........................................((((.(((.((((((....)))))).).)).))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......)))))....(((((.((((.(((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....)).............(((((............))))).((((....))))((((((((..(((....)))....(((((....)))))...........................................)))))))).((((((...(..((.((((((..........)))))).))..)....)))))).....(((((((((.((((((((((((..((((.((((.((...............................(((((.....))))).......((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((......((((......(((((.......................))))).))))........)))))))..))))).....................(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..............((((....)))).........................((((....)))).......................................................((((...........)))).)).)))).))))..............)))))))))))))))))).)))........................)))))).....))))).)))))))))((((......(.......)........)))).....((.(((((....))))).))..........................((((((........))))))................(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))........................(((((((....)))))))...........(((((((..........)))))))...........(((((............))))).............((((((..((((.....................................))))..))))))........................((((((((((....))))))))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....)..))))...(.....((((.(((((..(((((((((....(((.(((.((((..((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(((.......(((((((..((....((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......))))).))))))...)))))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((...(.....((((((..........)))))).....)....))))))......(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..)))))))))....).....(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))..((..(((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)........((....)).)))))))..)))))..))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((....)))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((((((.......(((.............))).(((((((.......(((((.....(((((....)))))..........))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))).....)).).)))...))))))))....)))))))..))).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..((((....(.(((((.(((..(....).)))))))).)...))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.((((.((((((...)))))))))).))....(((((.......)))))((((...((.(((((((((((....))))))))))).)).))..))(((((.(.....).)))))...........((..((((.(((.((((((....)))))).).)).))))....(((((((((((....)))))))))))))(((((((......)))))(((.(((((.((((.(((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))((((((((..((((())))).((.(((((....))))).))..((......))............((((....))))....)))))))).((((((...(..((.((((((..(....)..)))))).))..)....)))))).....(((((((((.((((((((((((.(((((.((((.(((.............................(((((((...)))))))......((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((.(..((((((......(((((.....(..........)......))))).))))..))..).)))))))..)))))...............(((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))).......(((((((.(((((((((....)))))))))((.((....))))..)))))))..(((((((....(((((....)))))..))))..))).............((((....))))..........(((((..................))))).................((((...........))))))).)))).))))............).)))))))))))))))))).)))((((((....)))...(((......)))...))).))))).)))))))))((((.....(((.....))).......)))).....((.(((((....))))).))..........................((((((........))))))................(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...(..(((((....)))))...)((((((((()))))))))((.((......(((((((..........))))))).....))))..(((((..((....))..))))).........((..((((((..((((....(.(((((.((...........))))))).)...))))..))))))..))..))).............((((((((((((....))))))))))........)))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(((..(....)..)))...........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......)))))))).......................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(........((............))........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)........((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((....((((((....)))))).........)).)..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..(....).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......((((.(....).))))......)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......((((..............)))).......................)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))..((.(((((...........((..............))............))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((....((((((....))))))..((....)))).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(.....)...))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...[[[[[))))...]]]]].((((((.((((....(((((((((...(((...(((((....(((((((((((....)))))))))))..))))).)))..))))).)))).........(((.....))).((((.....((((((....))))))......))))....(((((((((((....)))))))))))..((((.(((.(((((((((.........(((.(((((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))......((((....))))))))).)))..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((((((....(((((((....(((((....)))))...(((.(((....(((.....)))..))).))))))))))....)))))))))....)))).....((((((..........))))))))))).))).))))........(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))))))))....(((..[[[[[)))..]]]]].......((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))..............(((((((....(((((((((...[[[[[...........)))))))))...]]]]].............))))))).((((.....))))..............(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))..(((......))).)))))))..(((....(((.(((((....)))))..)))...)))..(((........[[[[.)))...]]]]((((((((.................(((.((((..(((....[[[[)))..)))))))........]]]]...((((....))))...........((((((.......(((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((....((((.....))))......))))))).(((.(((((....))))).....)))))))))))))....)))))).((((((........))))))...)))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]].....((((.[[[[[[[....))))..]]]]]]]...((((....[[[....))))....]]](((((..[[[[)))))..((((......))))....]]]].(((....[[[[.)))...((((...))))...]]]].....((((((...........[[[.(((((((((....)))))))))....))))))...]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((((...))))))....(((((((((((.....))))).((((((((.((.(((((((((((....))))))))))).))........(((((.....((((......((((((((((...((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((((((....))))))))).)))..(((((......)))))..........((((((((((.((((((.....((((((((.......)))))))).....))))))...(((((((...((((((.(((.((....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((..(((....))).((.(((((....))))).))..((......)).((((...((((....))))...)))).)))))))).((((((......((.((((((((.....)).)))))).)).......))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...((((((((...(((((((((((.....(((((.((((((.(((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))).......(((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....)).....((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))).)))))).(((((....))))).........)))..))))).(((((.(((...((......)).)))))))).............))))).)))))).......((((((((.(((((....(((((....))))).((((.((.(((((((((((.....))..))))).)))).))))))....)))))))))))))....))))))).....)))).)))))).(((((((...(((((.....))).))....))))))).....(((((....))))).))))))))))....))))....))))).((((((........)))))).)).))))))......(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))).)))))).(((((((..........)))))))...........(((((..((....))..)))))((((.((..((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..)).))))))..........(((((((((((((....))))))))).....)))).))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((.((((((...)))))))))).((((.............................(((((((((((....))))))))))).((((((....(((((.....((((......((((((((.....((((.....((((((....))))))......))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......)))))....((((...((((((((((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..(((((((..........(((((.....(((((............))))).((((....))))((((((((.........((((...(((((....))))).))))......................................)))))))).aaaaaa.........((((((..........)))))).....)))))AAAAAA.....((((((((((.(((((((((((...(((.(((.........................................................(((((((..(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))......(((((...(((((((....(((((((((....{{{{...........)))))))))...}}}}.....((....)).)))))))..))))).....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....))))))).............(((((....)))))........................((((.[[[))))(((.......(((((..................)))))....)))...]]]............................))).)))...............)))))))))))))))))).)))..((((....)))).........))))))).....))))).)))).))))((((.......................))))........(((((....)))))...))))))))....))))....))))).((((((........)))))).......))))))...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...........((((((........<<))))))......>>......))))..(((((((..........))))))).......(((((((((............)))))...((((.(((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..))).))))...............bbbbbbbbb))))BBBBBBBBB................. |
|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(..((((((((...)).......................................((.((.((((((((....)))))))).)).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...((............)))))))))).))))))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))..................(((...(((((....))))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..((.(((((............))))).))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))......(....)..)))))))..))))).)))...))).).))).....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).((........((((((.(((((((((....)))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((.(.((((((....)))))))..(..).)))))..).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((((.....)))).)))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..((())).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(..((((((..(((..((((..(((((.((((((((.......))))).......((.(((((((((((....))))))))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...................)))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...)))......((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).......)))...(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(..(((.(((((..........)))))).))..)....))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).))))....................((((((.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))......(....)..)))))))..))))).)))...))).))))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.((((((((((..))))))))))....(....).....))))))...(((...((((..((((....))))...))))..)))....(((.....................(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((((((....((((((....))))))...(..)..))))..))............(((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((((.(((((.....))))).))..))))))...((.(((((....))))).)).....))))))))))))...................))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).......((...(((((((........)))))))))..................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))))).((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((..)).)))))))).)).)))))))))))))..))).)))).)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))...... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((((...))))))...(((..(((((((.....))))).)).(((......(((((((((((....)))))))))))....)))..((((((.((...)).))))))...(.....((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...(((((......))))).)))).....)(.(((.(((.((((((.....((((((((.......)))))))).....))))))...)))..(((....)))...))).)....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((..(((....))).((.(((((....))))).))..((......)).((((...(((......)))...)))).)))))))).((((((.........((((((..........))))))..........))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..)))....(....((((.((((((.....(((((.(((((.((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((...................)))))))))............((....)).)))))))..))))).....)).)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))).).))))..((((....))))...........)....((((((...((((....)))).(..(((((((.........((.((...(((.....(((((((....(((((((.((((((....(((((....))))).(((.(((.(((((((((((.....))..))))).)))).))))))....))))))))))))).........((.......))........(((((((...(((((.....)))).)....)))))))..(..(((((....))))).)...)))))))....)))....)).)).((((((........))))))...)))))))..)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...((((((((....))))).)))..(((((....))))).(((..(.((...(((((((..........)))))))...))).))).(((............))))))))).((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..))..))))...........(((((((((((((....))))))))).....)))).))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..((((((((.((((((.((((((((((...(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.........................................))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..(((.((((.((((((.((((((((((...(((.(((..(((..((.((..((.((((....)))).)).))..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.........................................))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((((((((((.((((.((((((.((.(((((((((...(((...(((((....(((((((((((....)))))))))))..))))).)))..)))))).)))..(((((....(((((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((((((....)))))))))).)).....(((..((..(((....)))...))..))).((((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..)))...)))))))))..((((((....(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((...(((((((....((((.((.(((((....))))).))..(((((((((..((((...((((....))))...))))..))).))))))...))))......((((((((.....)).))))))..........))))))).....((...((((.......)))).)).))))))))).....))))).)).))))))))))...........((((....(((((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..((((((((........(((.(((..((((....(((((((...(((..((..((((...........))))..((((...((((((.((((.(((.....)))...((((((.....(((((((((....)))..((((......))))..))))))))))))..)))).)))))))))).......))..)))............((.(((((....))))).))..)))))))...))))...))).)))((((((........))))))...)))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))..(((((((((....))))).))))((((((....))))))..)))))).((((((((((..........)))))))...))).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))..))))).. |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((.((((((...))))))))).......(((((.....)))))....(((......(((((((((((....)))))))))))....)))..((((((.........))))))........(((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((((((((((....)))))))))).))..(((((......))))).)))))....((((((((((((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))..((((((((....)))..(((.......(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((..(((....)))....(((((....)))))................((((((([[[[.)))]]]]...)))).)))))))).((((((.........((((((((.....)).))))))..........))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..............(((((((((((.....(((((.(((((.((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))....(((((((...(((((((....(((((((((...bbbbb...........)))))))))...BBBBB.............)))))))..))))).))..)).)))..)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...............)))))))))))).)))))).(((((....)))))...............<<<......((((....))))....<<<<<<<<<......<<<.<<<<<<<)))...aaaaaaa....(((((((.((((((....(((((....)))))((((.(((.(((((((((...........))))).)))).)))))).)..)))))))))))))......))))).....))))).))))).(((((((((.(((((.....)))).)))..)))))))..((.(((((....)))))).)..AAAAAAA..>.>>>...>>>.>>>((((((........))))))>>.>>>>>>>......(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))..((((((((.{{{{.)))).))))((((}}}}....))))....((.((...(((((((..........)))))))...)))).....((((............))))>>>.((((.(((..((((((..((((......(((((.(((.........)))))))).....))))..))))))..))).))))...........(((((((((((((....))))))))).....)))).))))).. |
|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......(((((....))))).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....))).............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)........((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((((((....((((((....)))))).........)))))..).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))...... |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......(((((....))))).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((.(((....))).))))).......................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))))...))))...))))))))))).....(((.((((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((((((...(((.(((....))).)))........)))))..).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))).)))..))).... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((((((((((.((((((.((((.((.(((((((((...(((...(((((....(((((((((((....)))))))))))..))))).)))..))))).))))..(((((....(((((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((((((....))))))))).))).....(((((((..(((....)))...))))))).((((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..)))...)))))))))..((((((....(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((...(((((((....((((.((.(((((....))))).))..(((((((((..((((...((((....))))...))))..))).))))))...))))......((((((((.....)).))))))..........))))))).....((...((((.......)))).)).))))))))).....))))).)).))))))))))...........((((....(((((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..((((((((((((.((.((......)).)).)))))...(((((((.......((((...........)))).......(((((....(....)...((((((.....(.(((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...(((((.....))).))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))).)..))))))..)))))....))))))).......))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))..(((((((((....))))).))))((((((....))))))..)))))).((((((((((..........)))))))...))).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((..(....).)))))))).))..))))..))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))..))))).. |
|
RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(..((.(((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((...((.....(((((....)))))...).)..))))...(.((.((((....((((((...((....((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...(.....(..(.....).....)..).)..((............)).))))))...)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(((....((...))..)))...))))(.....((((............(.................)..........))))....)...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.((.(((((.....(((((((.....)))))))..))))).))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..((((((((((((....((........))..))))).(.(((((((......((.............(....)...............).....).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......(((...((...((..))..))..))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))).))...)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((((((((((((.(((((.(((((.((((((.((((..(((.(((..((((....(((((((((((....)))))))))))..))))..........................(((..((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...(((((......))))).))))))..)))......(((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..)).........................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).((......))....(((((....)))))...))))..)))))).......................................((((.........((((((..........))))))..........))))...................(((((((((.((....)))))...))))))......))))))))))...........((((....(((((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((.........((((....)))).........)))...(((((((((((((....((((((..(((((((...............................(((((((........(((.................((((....))))..)))...................(((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))..........(((((((...(.(((.....)))..)....))))))).....(((((....)))))...........))))))).....................))))))).......))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))...(((((((......)))).))).((((((....))))))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((..(....).)))))))).))..))))..))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))...)))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((.(((((....(((((((((((....)))))))))))..)))))..(((((..(((...((((((...((((..((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......))))).))))))..)))))))))).(((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..((((.(((....)))....))))................))).)))))..((((....))))...)))))).(((....)))....(((((....)))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((......((.((((((((.....)).)))))).)).......))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((....(((((.(((((((((((..(.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..)..)))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..((((((((.....((((((............((((....(((.((((((...(((((.....((....))...((((....)))).)))))))).)))))).....))))((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...(((((.....))).))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))))))).)))))).....((((((........))))))...)))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))..(((((((((....))))).))))((((((....))))))..)))))).((((((((((..........)))))))...))).....))))))............)))))))((((..((..((((((..(((((((.(((..((((.....))))..)))..))).....))))..))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))..)))..))))).. |
