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UGAACAUAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAUGCUUUACACAUGCAAGUCGGACGGCAGCACAGGGAAGCUUGCUUCUCGGGUGGCGAGUGGCGAACGGGUGAGUAACAUAUCGGAACGUACCGGGUAGCGGGGGAUAACUGAUCGAAAGAUCAGCUAAUACCGCAUACGUCUUGAGAGGGAAAGCAGGGGACCUUCGGGCCUUGCGCUAUCCGAGCGGCCGAUAUCUGAUUAGCUGGUUGGCGGGGUAAAGGCCCACCAAGGCGACGAUCAGUAGCGGGUCUGAGAGGAUGAUCCGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUGGACAAUGGGCGCAAGCCUGAUCCAGCCAUGCCGCGUGUCUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGGACUUUUGUCAGGGAAGAAAAGGCUGUUGCCAAUAUCGGCGGCCGAUGACGGUACCUGAAGAAUAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGUGCGAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGGGCGCAGACGGUUACUUAAGCAGGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCCGGGAACUGCGUUCUGAACUGGGUGACUCGAGUGUGUCAGAGGGAGGUGGAAUUCCACGUGUAGCAGUGAAAUGCGUAGAGAUGUGGAGGAAUACCGAUGGCGAAGGCAGCCUCCUGGGAUAACACUGACGUUCAUGUCCGAAAGCGUGGGUAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGUCAAUUAGCUGUUGGGCAACUUGAUUGCUUGGUAGCGUAGCUAACGCGUGAAAUUGACCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAUGAUGUGGAUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUUUUGACAUGUGCGGAAUCCUCCGGAGACGGAGGAGUGCCUUCGGGAGCCGUAACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCAUUAGUUGCCAUCAUUCGGUUGGGCACUCUAAUGAGACUGCCGGUGACAAGCCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUAUGACCAGGGCUUCACACGUCAUACAAUGGUCGGUACAGAGGGUAGCCAAGCCGCGAGGCGGAGCCAAUCUCACAAAACCGAUCGUAGUCCGGAUUGCACUCUGCAACUCGAGUGCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGGUCAGCAUACUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGGGAUACCAGAAGUAGGUAGGGUAACCGCAAGGAGUCCGCUUACCACGGUAUGCUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.........((((((....)))))).........)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...........................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..(((.((((((....))))))..)))))..)))))......(((......(((((((..((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).)...................((((((..((....))))))))))))))))..)).)))))))(((....(((..((((.(((.......))).)))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).))))..))))))))..((((......((((....)))).....)))).(...(((((...(....(((((((.........))))))).....)....)))))...)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....((((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((((......((((((.(...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....))..))))))......)))))..))))...)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.....))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........((((((.......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...)))))))).....))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((........))))))))((((((.(((((.......)))))..)))))....)......((((((....))))))(.....)..((((((..............(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...))........(((....)))...((((((..((....)))))))))))))))).))).)))))))((((((.(((..((((.(((.(....)))).)))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)..(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........................((((....))))(((.(((((((((.((((.((((((((((.((((.........)))).))))).)))))........((((((((.......))))))))....(((((.(((((((.....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.(((((.((((............((((((...((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((((.(((((((((...(((......)))......))))))))...).)).....(....)..)))))))..))).)))))...))...))))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))(((...((..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))...)))((((..((((....))))...))))..................((((....))))..............)))))))))..)))))...(((((......)))))..............(((((((....)))))))....))))))).))))).......)))).)))))))))..))).(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.(((((((....)))..))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...((((((((((()))..))))))))((((((.......))))))...........((.(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).))((((..(((((((........))))))).....))))((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))....((..............))))))))(((.(((..((((((.(((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))).))))))..))).)))((.............((((((((((....))))))))))..))........... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...................(((((....)))))...............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).(....(((....)))).........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(........((...........)).........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(......).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...........((((....))))...........)))))................(((((((.((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((....)))...((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((...(....((...................)).....)....))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....(......)..))))).)).(((.((((.(((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))..)))).).))))))..)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..(((..))).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..((((.((.((.....((.((((....)))).))....))..))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.........................................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))..))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..(((........)))..))).(((((.(((((.......)))))..((((..((((((..(((((.(((((.((((((..(((((.....((.(((.(((.(((...(((((((..(((..((((((((.((...((.((((((....)))))).))...)).......((((....))))..((((((..((....)))))))))))))))).))).)))))))...))).))).))).)).((((....)))).....(((...((((........(((..(((......(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))))).)))..)))...((((....))))))))..)))..)))))..((((......((((....)))).....))))........))))))...)))))(((((......((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((.(((((..((((....((((((..((((((((((((..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))..))))))...)))).)))))....((((.........)))).((((((((.((((.......(((((((.((((..((((((.....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))))..((((....))))........)))))))).))))))..)))))..((((((......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...))))))))))))))))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))))))))))))(((((((.(((((((....)))..))))..)))))))..)))))).))))..)))))......((((((((........))))))))((((((.{{{{{.))))))......}}}}}...(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))...(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).))))))..))..))))....))))...(((((((((((((....))))))))).....))))....... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((..........(((((....)))))..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((...(((....)))..)))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((..........(((((....)))))..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))).......))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((...((((((....))))))....((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))))))).)))...... |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((.........((((.((((.(((.........))).))))..))))..(((.((((((....))))))..)))..))))(((..(((((((.((....(((.(((.....(((((.((((........((((((....))))))....(((((((..(((((((.(((((...........)))))(((((((..(((..((((.((((..((.....))..)))).))))...))).)))))))..))))))).((((.(.(((((..(((((..((((..(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))))))...(((((...(((((....))))).)))))..(((..((((((.....((((.(((((((((..(..(((((((.....((((.......(((....))).....((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((....(..((((.....((((((..((((((((((((..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))..))))..))))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((..((((((.....))))))..))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...)))).....((((.(((.(..(((((....)))).)..)..))).))))..))))))..)))))..((((((......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...))))))))))))))))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))).((((((..(..((.((.(((((((.((((.(((....))).))))(....).))))))).)).))..).))))))...))))))).)..))))....))..))).)))))))))))))...(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).))))....(((((((........))))))).....)))))..))))).).)))).............)))))))....))))))))).))).)))...)))))))))..((((..((..((((((.(((((.(..((((((.(((...((....))..)))))))))..)))))).))))))..))..))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................((.(.(..((..(((.((......(((.(.....((....(............)...))........(...(.(.......(..(.(...(.....)(...........)..(........)...).)..)............((.(((.(((...(((.(((.......))).))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)..).........)...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).).....((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((...(.(...........................).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))....))................))((.....((((...(((((((((((.(.((.((((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......(....(....((.(((....))).))..............)......).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...))))....)))))))...))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((....(..........)....)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).........)).)..) |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((.(.((((.((((.((((((.((((((..(((...((.(((..((((............(((((......)))))..........))))...(.((.((((....(.(..(.........(((...(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(...((......)).)..((.............)).....)))..........).)..).((.(((.(((...(((.(((.......))).))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((......(................................).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))...)...((((...(((((((((((.(.(((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))...))))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))(...((((((........((((.........)))).....))))))..)..((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.((((((((((.....(((........)))((.......(((((((......((((((...(((((((....)))))))..............)))).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...))))....)))))))...))))))).)))).))))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((....((((((...(...((....))...).))))))...))))..))))))..))..))))..))))).......((((((((((....)))))))))))))))....)))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((...............((((.((((.(((.........))).))))..))))......((((((....))))))...........................................((((((........((.((((((....)))))).))............((((....))))..((((....((....))..))))..))))))...............................................................................(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))))))....((((....((((....))))..)))).............................((((..(..(((((((.....((((.......(((....))).....((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((................((((((..(((.((((((((..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((.(((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))..)))))).................((((.........)))).((((((((.((((.......(((((((.((((..((((((.....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......)))).(((((....)))).)......)))))))).))))))..)))))..((((((......)))))).....((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).).))))))))))))))))))))...(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....)))).((((((..(..((.((.(((((((.((((.((......)).))))(....).))))))).)).))..).))))))...))))))).)..))))............................(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))....................................((((..((..(((..(.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).)..)))..))..))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((.........((((.((((.(((.........))).))))..))))..(((.((((((....))))))..)))..))))(((..(((((((.((.(((..((((((((((...(((.((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((((((.(((((...........)))))(((((((..(((..((((.((((..((.....))..)))).))))...))).)))))))..)))))))...)))..(((((..(((((..((((..(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))))))...(((((....((((....))))..)))))..(((..((((((.....((((.(((((((((..(..(((((((.....((((.......(((....))).....((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((.(((((..((((....((((((..(((((((((..(..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...)..)))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))..))))..))))))...)))).)))))....((((.........)))).((((((((.((((...(((((((((((.(((..(..((((.....))))..)..)))...((....))....)))))))..(((...((((...(((....)))....))))..))).))))..))))..((((....))))........)))))))).))))))..)))))..((((((......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...))))))))))))))))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))).((((((..(..((.((.((((((((((((.(((....))).)))).....).))))))).)).))..).))))))...))))))).)..))))....))..))).)))))))))))))...(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).))))....(((((((........))))))).....)))))..)))))...(((((((.........)))))))...)))))).))))....)))....)))))))))..((((..((..(((..(.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).)..)))..))..))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
