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CAAUUGAAGGGUUUGAUUCUGGCUCAGAAUGAACGUUGGCGGCAUGGAUUAGGCAUGCAAGUCCGCGCGAUAACUGAGAGCUCGAGGGGACAGCGGCGAAAGGGAGAGUAACAGGUGGUUUAUCUACCCUCGGGUUUGGGAUAGCGUCGGGAAACUGGCGGUAAUACCAAAUAACAUCUACGGAUCAAAGUUCCGGCGCCCGGGGAUGAGACUGCUCACUAUUAGCUUGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCGACGAUGGUUAGCGGGCGUGAGAGCGUGGCCCGUCUCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACACCUACGGGUGGCUGCAGUCGAGAAUCUUUGGCAAUGGGCGCAACGUGACCAAGCGAUGCCGCGUGCGGAUUAAGGCCUUCGGGUUGUAAACCGCUGUCAGAGGGGAAGAAAUUUUGACUGAUCCUCAGAGGAAGGACGGGCUAAGUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGAACCGUCGGAACGUUAUUCGGAAUUACUGGGCUUAAAGGGUGCGUAGGCGGCCCUACAAGUCAGGUGUGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGAACUGCGCUUGAAACUGAGGGCUUGAGGGAGAUAGGGGUGAGCGGAACUGAUGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUUGAUAUCAUCAGGAACACCGGCGGCGAAGGCGGCUCACUGGGUCUCUACUGACGCUGAGGCACGAAAGCUAGGGGAGCGAACGGGAUUAGAUACCCCGGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGAGCACUGGAUCGAGGGGACUCCCACAUCUUCUCGGUCGUAGCGAAAGUGUUAAGUGCUCCGCCUGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUCAAAGAAAUUGACGGGGGCUCACACAAGCGGUGGAGGAUGUGGCUUAAUUCGAGGCUACGCGAAGAACCUUAUCCUAGUCUUGACAUGUUUAAGAAUCUCCCUGAAAGGGGAGAGUGCUCUUCGGAGAGCUUUUCACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUCGGGUUAAGUCCCUUAACGAGCGAAACCCCUAUCUCUAGUUGCCAGCGGUAAUGUCGGGGACUCUAGAGAGACUGCCGGUGUGAAACCGGAGGAAGGCGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCUUUAUGACUAGGGCUGCACACGUGCUACAAUGAGAGUAAGCAAAUCCCAGAAAACGCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGGUCAGCAUACCGCGGUGAAUAUGUUCCUGAGCCUUGUACACACCGCCCGUCAAGCCACGAAAGUGGGGUGCACGCGAAGUCGCUAAGCUAACUCGCAAGAGAGGCAGGCGCCGAACGUGAACUCCGCGAUUGGGACUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((...(((.(((((..........))))).))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)).))))))..((((.....((((....)))).....)))).a.(((((((...(..(...)..)...))))))..A)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))..)))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..(((((((((((........)))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........)))).........(((((((.....(((.(((((..(((((((....))))))).(((((....))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(.((((................)))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((..(((..(((....))).))).))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((.......)))))...((((.((...(((((((.((.((((((...(((.((.................)).)))......))))))..((((((((..((((((....))))))......((.((((((.((....)).....(((((((((.(((.((.((.....(((.((((((..(.(.((((((((.......)))))))).).)..)))))).))).(((....((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.((((((((.(((.(.(((.(((......))).)))).)))((((.(((..(((....)))..))).)))).))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).))))..)))..)).)).)))..........))))))))))))))).))..(((((...((((...((..(((..(((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))...((((((((....((((((((((((........(((((((((.((((........))))..)))))))))......(((((((.(..(((((.(.(((.(((((..........)))))..(((((((.((((((((..(((((((((...(((((.....(((((.((........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))))).)))))((((..((((....))))...))))...........)))))............(((......((((((((......))))))))......))).....))))))))).............(((((((....))))))).))))))))....)))))))..)))).))))).).)))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))...))))))))))))..(((((...)))))....(((((((.........((.(((((.....))))).))..((((.......)))).)))))))..))))))))....)))))))))..)))..))....)))))))))....))))))))....))))))))).....(((((((........)))))))....))))))..)))))...(((((((.........)))))))....)))))))))))))...(((((....((((.....((((....))))......((((.((((((........(((....))).(((....)))....))).))).))))..)))).....)).))).......(((((((((....)))))))))))))))...))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..((((((.((((.....(((.....(((((.....((.((((..(((...((((....(((((.((((....(((((...((.....((((((...((((..((((((..((...((((((((((((..((..(((((....)))))..))...))))..........((((.......))))..))))))))..))....((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)).((((((((....((((((((((..(((((.........((((((..........))))))...(((((((((.(((((((((....((((..(((......))).....))))((((.((..((((....))))...)))))))))))))))........)))))))))...))))).....))))))))))..))))))))...)))))).....((((..(((((((.......(((.......((((((.......((((...(((((((((.((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))........((.......)).)))))))..)))))).))..))))...))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((........))))))))))).(((((....)))))))))))).)))))).((((..((((....))))...))))...))).)))))))...((((((((.((((((.....((((((((((.(((((((((.................))))))))).....)))))..(((((((....)))))))..(((((....)))))...)))))..))))))..(((((....)))))..))).))))).))))..))))..)))))).....))....)))))..)))))))))...))))...)))(((((((.((((...((...(((((......(((((...((((((((((.((((..((((((................))))))....))))(((((.......))).))..)))))......)))))...)))))..(((((((........)))))))....)))))..)).))))..(((((((((....)).)))))))......))))))).)))).)).....)))))..))))))).(((..(((((((....(((....(((...(((..(((....))).)))..))).....)))..)))))))..)))..(((..((....))..)))(((((((((....)))))))))))))))...)))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((....................(((........................)))..................((((((((............((((((.....((((((....))))))......))))))....................................)))))))).............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............)))))(((((....)))))...............(((((.................)))))..))))))).....................................(((((.................)))))........((((......((((((..................))))))))))..........................................((((((.....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))....((((((...(((((((....(((((((((...................)))))))))....................)))))))..))))))...................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((..................................................((((((((................(((((((....)))))))...............................................................................................(((((((........................)))))))...........................................................))))))))....................................................................................................................................))))))))........................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((.((((((.((((((.((....(((............((......(((....)).).......))...................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))............))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))..))))))..((((.....((((....)))).....)))).(((.(((((.................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((.(..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........)))..........(((((((.......(..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((.(...)...))))........).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((......((.....(((.(((((.......)))))..))).........((((((((((((((((......................................))))))))))((((((...(((((....)))))((((((.((.((((((.((....)).....(((((((((..(............(((.((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))))(((((..((((.((((((((((........(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.(((((((((.......((.(((......))).))......((((.(((.((((....)))).))).)))))))))))))........)))))))))...))))).....)))))))))).))))))))).....................))))))))))))))).)).))))))....(....((((((((..(((((((((...((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...(((((((((((.((((((((((((..((....(((((((((.((((........))))..)))))))))..............................................((((((..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).................(((((((((((........)))))))))))..............................((((..((((....))))...))))..................................((((..((.....((((.(....).))))...))..)))).....................(((((((....)))))))..(((((....)))))...................((((....)))).)))))).............................))...)))))))))))).....((..((((.(((((((((.(((....))).)).)))))))...))))..))...............)))))))))))............))))))))))..))))))).)....)..........))))))........))))))))....(((((((........)))))))...)))))))))).......(((((((.........)))))))...............((((((.........................(((((((.((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...)))).)))))))..................))))))((((((((((....))))))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((.......))))).........)))(((((((((.......)))))..((((.(.(((...........))).).)))).(((((.................((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......))))..........((((.......))))..))))))))..))))))))..(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))...............((.(((...((.(.....).)).)))))....)))))..((((.....((((....)))).....))))..((.(((((...(.........)...))))).))(....(((((.....(((.......((....)).....)))...)))))....)..............((.........))((((.(.(((.((((..(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))).)))).....((((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((.(((((((....((((........)))).........(((((((.......(........(((((((....)))))))..(((((....)))))...........((((..((((((.((...(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))..))..)).....)).).)))...))))))).....)))))))...)).))))).)).)....................................(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((.(.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...)))).)))))))..))).).))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((((((....(((.(((.(((.(((((.......)))))..))).))).....((((((((((((((((......................................))))))))))((((((.(((((((....)))))((((((.((.(((((((((....)))....(((((((((..(............(((.((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))))(((((..((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.(((((((((....(((((.(((......))).))).))..((((.(((.((((....)))).))).)))))))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).))))))))).((....)).((.......))))))))))))))))).)).))))))..((((...((((((((.((((((((((...((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...(((((((((((.((((((((((((..((((..(((((((((.((((........))))..))))))))).....))....................(((.((...((((((....((((((..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...(((....)))..)))))))(((.....((((.(((((....)))))..))))(.......)....................))).((((((.((.....((((.(....).))))...)).))))))..(((((.......))))).(((((((....)))))))..((((((()))))))..................(((((....)))))))))))......))))))....)).))).......))...))))))))))))..((.((..((((.(((((((((.(((....))).)).)))))))...))))..))..))((.......)))))))))))))............)))))))))).)))))))).)...)))..)..))..))))))........)))))))))...(((((((........))))))).).)))))))))))......(((((((.........)))))))........((.....((((((.................((..((..(((((((.((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...)))).)))))))..))))............))))))((((((((((....))))))))))))......))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((...............((((......))))..........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((....))))............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((...(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)...))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((.(((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))...........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((......))..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((.....)................))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((...((......((...(....))).....)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((...((((((....))))))...)))).....(((((...(..((.))..)...))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((.(((.(((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........)))).........(((((((......(((((((....((((((....))))))......(.....)...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((...........))..........)....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((((((...))))))))))....((((((((.......)))))..[[[[.)))...................]]]]...((((..(((((((..(((.[[[[)))..))).))))...((((((.....((((((....))))))......))))))..]]]]...........((((((((.(((((...((((((.(((.((((((.((((..(((((((.......)))))))))))...)))))).)))(((((((....))).))))))))))))))).(((....[[[[[.))).((((....))))...]]]]]......(((((((((.....(((.[[[[[.....)))....]]]]]((((.(((..(((....)))..))).)))))))))))))((((....))))..(((.[[[[)))....]]]]..((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]].))))))))..............(((((((((...(((((((..(((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...((((((((((((((((((...(((((((....(((((((((.((((........))))..)))))))))....................)))))))..)))))...((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.....(((((...........(((((((.(((((((((((........))))))))))).(((((....))))))))))))...)))))((((..((((....))))...))))...........))))).(((.(((.....))))))..((((((((......))))))))..........))).))))))).....))))......(((((((....))))))).))))))))....))))))).....)))))...)))).((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((......(((....)))........))))))).....(((((.....)))))........)))))))))))))...))))).))))))))....)))))))))..)))))))..........)))).....)))))....))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]..............(((((((.(((.............((((....))))(((((..(((....)))...(((..(((....))).)))..)))))....)))..(((.[[[[[[)))....]]]]]].)))))))(((((((((....)))))))))................ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..(((((((((((((....((((...(((((((((.......)))))..((((...(((...........)))...))))..(((((..(((((((..(((.....)))..))).))))...((((((..((.((((((....)))))).))...))))))........((((.......)))).)).)))(((((.....(((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((.((((...((((.((((((((((..(((((............))))).((((....))))....(((((((((.((((((((.....(((((.(((......))).)).)))..((((.(((.((((....)))).))).)))).))))))))........))))))))).((((...)))).)))))))))).)))).)))).))((((.((((((..((((.(((....)))...))))...)))))))))).....(((((((..(((((((((....((((((((....(((.((((.....)))))))...)))))))).((((..(((.....((((((((((((..((....(((((((((.((((........))))..))))))))).....((((.(((.......)).).))))(((((..........))))).....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((((.........)))).(((((((((((((((((.((((((...((((.........(((((((......)))))))..))))..))))))..............((((.(((((.(((((.((.(((.((.((.((.(((((.(((((((((....(((...)))....))))))))).....)))))..(((((((....)))))))..(((((....)))))......)).)).)).))).))))).)).))))).))))..))))))).)))...)))))))......))...))))))))))))....)))..))))...((((.((.(((....))).)).(((((.....)))))..((((((((((((........))))))...)))))).)))))))))))))..))))))).......))))).....)))))......))))...)))).....((((((........)))))).))).)))))))))).((...(((((((.........)))))))...)).........(((((((((((....((((((...........(((((((.((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))))....)))).))))))))).)))).....)).)).))))))).((((((((....)))))))).((....)).)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...(((((((((bbbb...bbbb....((((((((.......)))))..............<<<<<<.(((((((((......................................))))))))).((((((...(((((....)))))((((((.((.(((((((((....)))....(((((((((.............(((((.((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))))).(((..[[)))((((((((((..((((.........((((..(((.((((....)))).)))))))......(((((((((.......((.(((......))).))......((((.(((.((((....)))).))).)))))))))))))((((....)))).........)))).....))))))))))...]]..........................))))))))))))))).)).))))))..........(((((((..(((((((((...((((((((((...dd(((((cc...cc)))))...))))))))................((((((((((((........(((((((((..(((........)))...)))))))))...........((....))........(((.((...(((((.((.....(((..(((((((...((...((((.........))))...)))))))))..........(((((..(((((((((((........))))))))))).........{{{..{{))))).........(((..(((((....)))))...)))......................................(((((.....aaaaa)))))....................AAAAA............(((((((....)))))))....((....))....}}..}}}............((((....)))).)))ee....))EE)))))....)).)))............))))))))))))...........CC...CC....DD..............(((((.....)))))...(((((((((((........))))))...)))))....)))))))))))..))))))).................)))))).....)))>>>>>>......(((((((........)))))))....))))))))).......(((((((.........)))))))......BBBBBBBB(((((((((......(((........((....))(((((.((((......((((..(((..(((....))).))).)))).....)))).)))))......)))........)).)))))))(((((((((....))))))))).........)))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...))........................................((((((.(((((....))))))))).))...................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((....))............)).))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...((((.....)))).))))...(((((((((.(((....(((((....)))))....)))..((((((.(((((....))))........)))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)).........................((((.(.((((((((.(((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))....(((((((.......(((((((..(((((((....)))))))....((....))..)))))))..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.((((((((....))))).)))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((.........)))........)............(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...))..................................(((...((((....((((....))))...)).)))))................(((((((...((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))............))))))))..)))))))))...((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))..(.((((((((....)))...))))).)...((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(..((.....))).)))).(((((((((((.(((....(((((....)))))....)))..(((.((.((.((....)).........)))).)))...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))..(....).))))..........(..(((.......((((......(((((.(((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))).))))..(((((((.(((((((..((((((((((..((......)).....)))))))))).....)).....(....)..)))))..(((((((......(((((..(..(....)..((((..((...((((.........))))))..))))..(((....)))..((((((..(((((((((((......)))))))))))....((....))....)))))).(((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..........)...)))))......)))))))..(((..(((...)))..))))))))).)...)))..)...(..(((((.(((((((....)))))))...(((....)))..)))))).............(((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((.(((((((.(((((((..(..))))).)))..)))))))..((.(((((.....))))).))))...)))))))))))).............................................(((.((.......)).........)))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..............(((((((((((...........((((.(((..(((((((((((((..((.((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))..)).)).))))))).((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..((((((((((((.....((((...(((.(((((.......)))))..)(((...(((...........)))...))).....(((..(((((((..(((.....)))..))).))))...((((((..((.((((((....)))))).))...))))))........((((.......)))).)))...(((((......(((.((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((.((((...((((.((((((((((..(((((............))))).((((....))))....(((((((((.((((((((.....(((((.(((......))).)).)))..((((.(((.((((....)))).))).)))).))))))))........))))))))).((((...)))).)))))))))).)))).)))).)).(((.((((((..((((.(((....)))...))))...)))))))))......(((((((..(((((((((....((((((((....(.((((((.....)))))))...)))))))).((((..(((.....((((((((((((..((....(((((((((.((((........))))..))))))))).......(((.((....)).)))......(((((..........))))).....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....................((.(((((((((((((((((.((((((...((((.........(((((((......)))))))..))))..)))))).............(((((.(((((.((((.(((.(((.((.((.((.((((..(((((((((....(((...)))....)))))))))......))))..(((((((....)))))))..(((((....)))))......)).)).)).))).))))).)).))))).))))).))))))).)))...)))))))...)).))...))))))))))))....)))..))))...(((...(.(((....))).)..(((((.....)))))..((((((((((((........))))))...))))))..))))))))))))..)))))))........)))......)))))........))...))))....(((((((........))))))).).)))))))))))......(((((((.........))))))).........(....(((((((((....((((.......((((....)))).......(((....)))...(((..(((....))).))).))))((((.((((.....)))).)))).((...)).)).))))))).((((((((....))))))))..).......)))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(...((.((.((.((....))..)).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((...((((((....))))))...))))..((((((((..((.........).).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((.(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..(((((((((((...((((..(...).))))..)(.....(((((((..(...((..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((.........))))........)...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(...((.((.((.((....))..)).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((...((((((....))))))...))))..((((((((..((.........).).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((.(.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(.....(((((((..(...((..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((.......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((.........))))........)...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((........((......(((....)).).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((.....((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((.(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........)))).........(((((((......((..((((...((((((....))))))......((....))..)))).)).(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(.(((.........))).........)....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))))... |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((.......)))))...((((.((...(((((((.((.((((((........(....)..(((..(((.....)))..))).))))))..((((((((..((((((....))))))(((((.((.((((((.((....)).....(((((((((.(((.((.((.....(((.((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))).((((...((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.((((((((.....(((((.(((......))).)).)))..((((.(((..(((....)))..))).)))).))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).)))).))))..)).)).)))..........))))))))))))))).)).)))))...(((((...((..(((..(((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))...((((((((....((((((((((((....(...(((((((((.((((........))))..)))))))))...)..(((((((.(..(((((.(.(((.(((((..........)))))..(((((((.((((((((..(((((((((...(((((.....(((((.((........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))))).)))))((((..((((....))))...))))...........))))).(((.(((.....))))))...(((((((......)))))))...............))))))))).............(((((((....))))))).))))))))....)))))))..)))).))))).).)))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))...)))))))))))).((((((...))))))...(((((((.........((.(((((.....))))).))..((((.......)))).)))))))..))))))))....)))))))))..)))..))..........)))))..))))))))....))))))))).....(((((((........)))))))....))))))..)))))...(((((((.........)))))))....))))))))))))).(((((((..((((.(((...((((....))))...((..(((....)))...))...(((....))).))).))))((((.((((.....)))).))))......)).)).)))....(((((((((....)))))))))))))))...)))))). |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((......(((..((.........................................................................................................................................(......................(.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))..(.((((((((....))))...))))...)(((((.(.(.....).))))))...).........))....))).......((((((.....(.....)..).)))))..)))))))..((((((.(...((...)).).))...))))(.((.(.(((.....(....).......)))).)).)...((((......((((((.((.((....))))....))))))))))..)))))))))).........)))).(.....((((...(((((((((.(.(.((.((((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...)))))))...((.(((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))..))..))))...))))....).((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..))....(.(((((((((((....((((((..((.((((((.(...((((........)))).).)).(..(((((((......((.......(((..(((....)))..)).)..................)).(((.((((...((((..((((.((((((.........((..(((......))).))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....)))))))..((.(..(........).).....)).)))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))).))((...(.(.(.........).).........)...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............))))).)((.(..(...((((((..((((.(....((((...((..(......)..))...)))).)...))))..))))))..)...).))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))..) |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.(((((.(((((.((((((((..(..(((..((..(((........................(.....)))).....((.(.((....((((((...((...((((((((((((.(...((((((....)))))).)....))))...................((....))))))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(.(.....).)))))))).))).......))....)))...)....(((((.....(.....)..).)))).)).))))))..((((((.(...((...)).).))...))))..((.(((((.....(....)......)))))....))..((((......((((((.((.((....))))....))))))))))..)))))))))).........)))).(.....((((...(((((((((.(.(.(((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))...)))))))...((.(((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))..))..))))...))))....).((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))...((...((((..((((....))))...))))..))....(((((((((((((....((((((..((.((((((.(...((((........)))).).)).(..(((((((......((....((....((..(.........).).)..............)).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........((..((((...))))..))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))).))((...(.(.(.........).).........)...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((.(....(.((((((..((((.(....((((....(..((......))..)..)))).)...))))..))))))...)..).))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))..) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...(((((((((.(.....((((...(((((((((.......)))))...............................................(((((((...............((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))..........((((.......))))..))))))))........(((.(((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))).)))..((....((((.((((((((((..(((((............))))).((((....))))....(((((((...((((((((.....(((((.(((......))).))).))..((((.(((..(((....)))..))).)))).))))))))...(....).))))))).(((.....))).)))))))))).))))..))...............................)))))))...................((..(((..(((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))...((((((((....((((((((((((........(((((((((.((((........))))..)))))))))......(((((((....(((((...(((.(((((..........))))).....(((..(..((((...((((((((....(((((......(((............(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))....))).((((..((((....))))...))))...........))))).(((.(((.....))))))..((((((((......))))))))...............)))))))).............(((((((....)))))))..))))..).....))).....)))..)))))...)))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))...))))))))))))......................................(((((.....))))).....((((.......))))..........))))))))....)))))))))..)))..))............................))))...))))....(((((((........))))))).)..))))))))).......(((((((.........)))))))........(((...(((((((((((....(((......((((....))))(((((..(((....)))...((...(((....)))..))..)))))...((((.....))))...))).....)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))......)))))). |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((.......)))))...((((.((...(((((((.((.....((((.....((........(((((((.((((((...(((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))..........((((.......))))..))))))))...)))..)).))))....(((..((((((((.......)))))))))))..((((((((.((.(((....((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.((((((((.....(((((.(((......))).)).)))..((((.(((..(((....)))..))).)))).))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).))))..))).)).((....))......))))))))....)))))))....(((((...((((...((..(((..(((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))...((((((((....((((((((((((..((....(((((((((.((((........))))..))))))))).......(((.((....)).)))....(((.((...((((((((..(((((((.(((((((...((...((((.........))))...)))))))))....(((((.(((....(((((((..((........))..)))))))((((((...(((..(((..((((....(..((((((((((....)))).((((...((((....((..(((.(((.(((.....))))))...(((((((......)))))))........)))..))....)))).....)))).....(((((((....)))))))))))))..)))))..)))..)))...))))))...))))))))....)))))))...)).))))))....)).))).......))...)))))))))))).((((((...))))))...(((((((.........((.(((((.....)))))))...((((.......)))).)))))))..))))))))....)))))))))..)))..))....)))))))))))...)))).......))))))))).....(((((((........)))))))....))))))..)))))...(((((((.........)))))))....))))))))))))).(((((((..((((.(((...((((....))))...((..(((....)))...))...(((....))).))).))))((((.((((.....)))).))))......)).)).)))....(((((((((....)))))))))))))))...)))))). |
