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AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAUCGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGAACGAUGAUAGCUUGCUAUCAGGCGUCGAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUACUUAGGAAUCUACCUAGUAGUGGGGGAUAGCUCGGGGAAACUCGAAUUAAUACCGCAUACGUCCUACGGGAGAAAGCAGGGGAUCAUUAGACCUUGCGCUAUUAGAUGAGCCUAAGUCGGAUUAGCUAGAUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAUGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACCGGGACUGAGACACGGCCCGGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGGGGAACCUGAUCCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUUUGGUUGUAAAGCACUUUAAGCAGUGAAGAAGACUCUUCGGUUAAUACCCGGGGACGAUGACAUUAGCUGCAGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGAGCGUAGGUGGCUUGAUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUUAACCUGGGAACUGCAUCUGAAACUGUUAGGCUAGAGUAGGUGAGAGGGAAGUAGAAUUUCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGAAGGAAUACCGAUGGCGAAGGCAGCUUCCUGGCAUCAUACUGACACUGAGGCUCGAAAGCGUGGGUAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCUACUAGUCGUUGGGUCCCUUGAGGACUUAGUGAUGCAGCUAACGCAAUAAGUAGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCCGGUCUUGACAUACACAGAAUCUUGUAGAGAUACGAGAGUGCCUUCGGGAAUUGUGAUACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCCUUAGUUACCAGCGGGUUAAGCCGGGAACUCUAAGGAUACUGCCAGUGACAAACUGGAGGAAGGCGGGGACCACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUAGGUACAGAGGGCAGCUACACAGCGAUGUGAUGCGAAUCUCAAAAAGCCUAUCGUAGUCCAGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUAGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGAAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUGAUUGCACCAGAAGUGGUUAGCCUAACUUAGUGAGGGCGAUCACCACGGUGUGGUCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCCGUAGGGGAAACCUGCGGCGGUUGGAUCACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(........((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..))))..............((((.(((......)))))))(((.((..(((.(((((....))))).)))...)).)))...(((....)))....((((((..........)))))).......).)))))))..)))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).........)))...((((((....((((((((((..(((((..((((......((((....)))).....))))..........(((((....)))))(((((...((((((((((.........((((((((.(.(((....))).).))))...)))).(((((((((.....(((..((((..(.(((((((((....(..((((.....(((((.(.((((((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..)..(((((((((....)))..........((((.((((((((..(((((...(((.(((.(((((.((....................((((.((......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...)).))))).))).))).......(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((.(((((((((...((.((.......)).)).....)))))))))...(((((.....))))).))...)))))..)).)))))).))))..(((((((.......)))))))....))))))...(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))))..))).)))))).)..)))).)))...............((.((((.(....).)))).))....))))))))).....))))))))))((((((((((..((((((((...((...)).((((((..((((....(((((..((((..........))))....)))))))))..)))))))))..)))))..)).)).)))))))))))....(((....)))))))))))))))))))))))).) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((..............................((((((....))))))..........................................(((((((((((((.....(((((....)))))...............................................))))))))))))).................................................................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((.....(((....)))..)))))...))))))................................................................................................(((((......(((((((................))))))))))))........................................((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................((((((((......((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((....................................................(((((((....))))))).............................................................................................................................................................................................................))))))))...(((((((((..........................................))))))))).........(((((((........)))))))......................................................)))))))).................................................................................................................(((((...................)))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(...........)...((((..(((((.((((((.((.....((...........((......(((((((....))))))).......))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))..........................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)).........((((...((((.....)))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))....(((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...........((..((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))...........))))))..............))...((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((...)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((.((((((.....))))))...))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..((((((((......(((.((((((((..............................)))))))).))).............(((((......................................(((.(((((....))))).)))..........)))))...........((((((..((....))))))))...........................(((..((((((((.......)))))))))))..............))))))))...)))))))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........................((((((....((((((((((..(((((((((((....((((((...........................(((((....))))).(.......)((((((((................................((((((.((.((....))))....))))))...................................(((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((...(((........)))....))))))))..................).)))))))..)))).))))...)))...)))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))((.......))....)))))))........((((..((((....))))...))))..((((.((((((.((.(((((..................(((((..((((........))))))))).........................(((((((....)))))))((((((................))))))......((((....))))(((..............................)))..........(((((((((((.((.((.......)).)).))..)))))))))((.(((((.....))))).))...)))))..)).)))))).))))..(((((((.......)))))))...........(.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).).......(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))).....))))))))))))))..))))))......((..(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..........))))))))))..)))))))))))))..))).))))).....................(((.....)))))))))))))))))))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......))))).((((.(.((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((.((((((....))))))..)))...)))))......(((......(((((((..((...(((((((((.((....(.(((((....))))).).....)).).....(((....)))....((((((..........))))))))))))))..)).))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.(...(((((((.......)))))))...)..)....))))).......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))).))))).......((((((.....((((((.(.(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.....))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........((.((((........(((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))).))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((....(((((((........))))))).......)))))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.(((............)))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)((((..(((.((.(((....))))))))(((......))).)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..(((((((((((((((((.((((((((............((((.......))))...)))))))).)))).)).....((..(((((.((.......((.((((......)))))).((((....(((.(((((....))))).)))...)))))).)))))..)).......((((((..((....))))))))....................((.....(((..((((((((.......)))))))))))..))))).......))))))))...))))))))((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..((((((((((((...(((((((..............((........))(((((....)))))((.......))(((((((.....................(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((.............(((((((.....(((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((...(((........)))....)))))))).....((.........))).)))))))..)))).))))...)))...)))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))((.......))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..((((.((((((.((.(((((...((.(((...((..(.(((((..((((........))))))))).........................(((((((....)))))))((((((................))))))..)...((((....))))(((((((....)))((.(((......))))).))))))...)))))(((((((((((.((.((.......)).)).))..)))))))))((.(((((.....))))).))...)))))..)).)))))).))))..(((((((.......))))))).......(((...(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))))))).(....(((((((........))))))).......)....))).....(((((((.........))))))).....)))))))))))))).)))))))....((((..(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((.((...))..))))))))))..)))))))))))))..))).)))))...)).....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((................(((((......))))).............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((....))))..........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.....((...............)..)......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(......).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((...)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((.((((((.....))))))...))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.....((....((((........))))....))....)))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....((..................)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((.(((((..........(.................)............))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((.(((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))..)))).).))))))..)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((...)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((.((((((.....))))))...))))............. |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(((.((...((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..))))...)).)))......(((.(((......)))))).(((.((..(((.(((((....))))).)))...)).)))...(((....)))....((((((..........)))))).........)))))))..)))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..((.((((((((......(((((..(((((((((.((.(((((.....))))).....((((((((....).))))))).((((((....(((........))).((((.((((.....((..(((.((...((...))...)).)))..)))))).)))).....(((((((.....(((((...((((((((((((..((((((((....((((.(((.....)))))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((......((((((...(((........)))....)))))).((....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((..((((((((.((.(((.(((((.((..(((.((((........))))...((......))((((((....(((....(((((((....))))))))))...))))))....)))..)).))))).))).))))).....((((((.........(((.(((......)))))))))))).........((((((((...((..(((......)))))....)))))))).((.(((((.....)))))))....)))))..)).))))).))))))...))..)))))))))))))))))))))))).((.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).))......(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))((((.((..((..((((((((((((....((((((.((((.((...))..))))))))))...))))))))))))..)).)))))).(((((....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..((((((((...))).................................(((..((.((.(((((((((....))))))).)).)).)))))................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....)))).........................))))))))..)).)))))).((((((((((..((((((((.(...).))))))))))))..))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((.....))).(((...((.((....)))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((.(....(((.....................).))..)....))))).)))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)))........................((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).))))..(((((((.(((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).....(....)..)))))..(((((((......(((((.....(....).(((((..((...((((.........))))))..))))).((((.......(((((((.(((((((((.((......)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))).............)))))......)))))))..(((..(((...)))..))))))))))...(((((((..((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((((.((((((.....)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))))))))).........................................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........(((((..((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((....((((((.((((.((...))..))))))))))...))))))))))))..))).)))...............((((.((((((.....))))))))...))))))))))..... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(((..(...((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..))))...)..)))......((.((((......)))))).(((.((..(((.(((((....))))).)))...)).)))...(((....)))....((((((..........)))))).........)))))))..)))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..(.(((((((((......(((((..(((((((((..(............).(((....)))(((((....))).))(...((((((.(((((((((..((..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((((...((((.....))))))))....(((((...((((((((((((..((((((((....((((.(((.....)))))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((.....(((((((...(((........)))....)))))))((....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).....(((((........)))))(((((((.....)))))))))..)))))))))..(.....).............((((..((((....))))...))))........(((((((..(((((...(((.(((.(((((.((..(((..(((........)))((.(((......)))))..............(((((((....)))))))................)))..)).))))).))).))).......((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).........((((((((...((..(((......)))))....)))))))).((.(((((.....))))).))...)))))..)).))))).))))))....)..)))))))))))))))))))))))).((.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).))......(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..))))).(((.((..((..((((((((((((....((((((.((((.((...))..))))))))))...))))))))))))..)).)))))..(((((....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((..(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((....................................((((.......(((......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)............(((....)))....................)))))))..)).)))))).....)))(((..((((((.(((....))))))))))))...........))))((((....)))))))..(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))((((((......(((((..))))).....)))).(((.(((((.........................................))))).))).........))...(((((((((.((....)))))...))))))......))))))))))((.....(..(((((.....(((....(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))....)))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).....))...(((((((.((...(((((((.....)))))))...))...((....))....))))))).)))..).((((..((((....))))...))))........(((((.(((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((................((((((....)))))).......................(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((...((...(((....)))...)).....)).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))))))).))..)))))((.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((.))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..).))........((((..(((((.....)))))....))))))))).))).... |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.(....).))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((...)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((.((((((.....))))))...)))((....)).)))). |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))((((((((((...(................................)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...(....)..((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((...)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((.((((((.....))))))...)))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......))(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((...)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((.((((((.....))))))...)))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((...)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((.((((((.....))))))...)))((....)).)))). |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......)))))...(((.((((((((((..((((((((...(((..((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..)))).....(((((.((...((((((.(((((....(((((((....(((.(((((....))))).)))...)))).))).(((....)))....((((((..........)))))).....)))))...))))))((((((((((((..(((((((.......)))))))((....)).....))))))))))))...((((.((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).)).))))((((((.(((.......((((.(((((((((.(((..((((...((((((....((((.....((((.....((((((((((....))))).((((.....((....)).))))....)))))......(((....)))..(((((((((.((....)))))...)))))).))))..(((((.((((((....(((((((.....(((((...((((((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...((((((.(((...((((((.......)))).)).))))))))).))))))..)))))....))))......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))))..))).)))))))))..))))(((((((((....)))...(((......)))...))))))....))))))))).)).))))).))).)))))))).((....)).......)))))))))))))...(((((...........(((.((.(((((((...((((((((.....((((((..(((..(((((...(((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))))))).....((((....(((((.(((((((((((.....((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))......))))).)))))))))))))))..)))..))))))......))))))))....(((((...))))).))))))))).)))..(((((....((((..(((....)))..)))))))))..........)))))... |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(((......((((......(((.((((((....))))))..)))....))))......))).....(((.((((......)))))))(((....((((.(((((....))))).))).)....)))...(((....)))....((((((..........)))))).........)))))))..)))))....(((..((((((((.(....))))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..(.(((((((((......(((((..(((((((((...(((......))).((((....))))((((....))).).....((((((.(((((((((......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((((...((((.....))))))))....(((((.(.((((((((((((.((((((((((...(((.((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((.....(((((((.(.(((........))))...))))))).....................)))))))..)))).))))..)))))..)))))...(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((([[[[[[[.)))))(((((((.....)))))))....))))))))).......]]]]]]]........((((..((((....))))...)))).......((((((((..(((((((.(((.(((.(((((.....(((.......(((.....(((.(((......)))))).............(((((((....))))))).)))............))).....))))).))).))))).....((((((.........((.((((......))))))))))))........(((((((((((.((..(((......)))))))..)))))))))...(((((.....)))))......)))))..)).)))))))))))).......))))))))))))))))))))))))....(((((((((...((((.......((((....)))).......)))).....))))))))).........(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((((....)).)))))))...))))))))(((((............)))))((((.((.(((..((((((((((((....((((((.((((..........))))))))))...))))))))))))..))))))))).(((((....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((.((((((.....))))))...)))))))....)))... |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.................(((((....)))))............((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((...((((((....))))))....((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..........))).)))).)...))))..))))))..))).)))).)))).........((((.((((((.....))))))...))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......)))))...(((.((((((((((..((((((((...(((..((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..)))).....(((((.((...((((((.(((((....(((((((....(((.(((((....))))).)))...)))).))).(((....)))....((((((..........)))))).....)))))...))))))((((((((((((.((((((((.......))))))))(....)......))))))))))))...((((.((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).)).))))((((((.(((..(.....(((.(((((((((.(((..((((...((((((....((((.(...((((.....((((((((((....))))).((((.....((....)).))))....)))))......(((....)))..(((((((((.((....)))))...)))))).))))..(((((.((((((....(..((((.....(((((.(.((((((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))...((((((.(((...((((((.......)))).)).))))))))).))))))..)))))..).))))......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))))..))).)))))))))..))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).)..))))))))).)).))))).))).)))))))).((....)).......)))))))))))))...(((((..(((((....).)))).(((((((...((((((((.....((((((..(((..(((((...(((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))))))).....((((....(((((.(((((((((((..((.((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))..))..))).)))))))))))))))))..)))..))))))......))))))))....(((((...))))).)))))))..(((..(..(((....((((..(((....)))..))))...)))..)..))).)))))... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..(((((...((((.((((.(.((((.((((((..((...(((.(((..................................................................................................................................................................................(..(((.(((...(((((((.......))))))).)))...)))..)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....((.....)).).)))))...))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).((..(((((...(.(...........................).....).)))))..))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))).))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((.((((......(........(((..((....))..)))....................).(((.((((..(((((..(((..((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).).)))...)))))...)))))))...)))).))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((.(..(((((((........))))))).....).)).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(.......(...((..........)))......)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((.((((((.....))))))))...).)))))...))).. |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..(((((...((((.((((.(.((((.(((((((((.(..(((.(((...(((..............................................((.(((.(.(....).)..))).))....))).((.(....(..(....(........(..(((.(....)....)).).................(.......)...).......)....)..).(..(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...)))..)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)).........)))...)))...)....(((((....((.....)).).))))))).))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).((..(((((...(................................)....)))))..))...(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))).))))).........))))((.....(((....(((((((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))....)))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((.((((......((..(.(...((((((....))))))...............)..).)).(((.((((..(((((..(((..((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).).)))...)))))...)))))))...)))).))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((.(..(((((((........))))))).....).)).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((....(((((...(((...(....).)))..)))))...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((.((((((.....))))))))...).)))))...))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.........................(((..((........))..))).......((((((....))))))........................................................((..(((((....)))))..))............(((....)))....((((((..........))))))...................((((((((((((.((((((((.......))))))))(....)......))))))))))))....))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).........)))...((((((....((((((((((..((((((.(((((.(.((((((...........................(((((....)))))..........((((((((.......(((((((......(((....)))..(((((((((....(((.(((((((...((...............))...))))))))))......(((((.(.((((((((((((..((((((((....(((.((((.....)))))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))).........((((((..((((.........))))(((((((....(((((.....(((((((.((((.(((((((.....))))))).))))...((....))....))))))).(((((..((((..((((....))))...))))...(((.((((((((..(((((...(((.(((.(((((.((......................(..((......)).)........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...)).))))).))).))).......(((((((((....)))(..(((......))).).))))))........(((((((((...((.((.......)).)).....)))))))))...(((((.....)))))......)))))..)).)))))).))).)).)))..)))))....))))))).....)))))).......))))))))).)))))))...((((((....................(((..............(((((((........)))))))......))).))))))....(((((((.........))))))).....)))))))))))))).).))))))))......((((..((..((((((..((((....((((((.((((..........))))))))))...))))..))))))..))..))))............)))...((((((.......)))))).)))))))))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(((......((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..))))......)))....................(((((((.(.((..((..(((((....)))))..))...)).).....(((....)))....((((((..........)))))).))))))).)))))))..)))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).........)))...((((((....((((((((((.....((((((((......(((((..(((((((((.((.......((((((((((....)))))..........((....)).........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..)).......((.....(..((((.....(((((...((((((((((((..((((((((....((((.((......)).))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((..(..((((.....))))..)..)))...((....))....)))))))))))..).((((...(((....)))....))))..((((.((((((((..(((((.......(((..((((.(((......)))))))..)))......((((((((((.((((((...(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....(((((((...(((....((..(((((((((....)))...(((......)))...))))))...))....)))..))).)))).....))))))))))).....)))))...((.(((((.....)))))))....)))))..)).)))))).)))).....)).))))))))))))))))))))))(((((.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).((...((((((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..((((....(((((..((((..........))))....)))))))))..))))))..))..))))..)))...))...)))))(((((((.....))))))).)))))))))))))))).. |
