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UUUUAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGCGAACGGACGAGAAGCUUGCUUCUCUGAUGUUAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGAUAACCUACCUAUAAGACUGGGAUAACUUCGGGAAACCGGAGCUAAUACCGGAUAAUAUUUUGAACCGCAUGGUUCAAAAGUGAAAGACGGUCUUGCUGUCACUUAUAGAUGGAUCCGCGCUGCAUUAGCUAGUUGGUAAGGUAACGGCUUACCAAGGCAACGAUGCAUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGGUCUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUAUUAGGGAAGAACAUAUGUGUAAGUAACUGUGCACAUCUUGACGGUACCUAAUCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUGGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGCGCGUAGGCGGUUUUUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCACGGCUCAACCGUGGAGGGUCAUUGGAAACUGGAAAACUUGAGUGCAGAAGAGGAAAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUUUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAUGUGCGAAAGCGUGGGGAUCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAAAUCUUGACAUCCUUUGACAACUCUAGAGAUAGAGCCUUCCCCUUCGGGGGACAAAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAAGCUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAAGUUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACAUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGAUUUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAAUACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUCAAGCAAAUCCCAUAAAGUUGUUCUCAGUUCGGAUUGUAGUCUGCAACUCGACUACAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGUAGAUCAGCAUGCUACGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCCAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((....((((((....))))))....)))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))......(((((((((....)))))))))......((((((...)))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.....((((((((......)))))))).....)....))))))..)...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..(((((((((((((....)))))))))))))...[[..))]].....]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....)))))))..((((....)))).))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((..(((..(((...))).))).))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.(((((((((((...))))))...(((((((.(((((.......)))))..))).))))..)))))..((((....)))).....(((((.((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((.((....((((((....))))))......((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....((((((((((..(((((....)))))..(((.....(((...((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).((((...((((((.....((((....))))(((((((...((.(((....))).))..((((....))))......))))))).....)))))).((.(((((((........)))))))..))......))))........)))...)))))))).))....)))).)))))..))..))))))))).))).)))))))).......(((((((...(((.(((((..(((((((((..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...)))))))))..((((((((..((((..(((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))...((((((.(((((....((((((..................((((.((((((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((.(((....)))))...)))))).((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).)).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))).......))))))))))))..))))))).......)))))))....)))))..)))..))))..((...(((....)))...))...))))))..(((.((((.(((((.....(((((((........)))))))...))))))))).))).....))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....((.....))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))...((((((((((....))))))))))......))))....) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((..............................((((((....)))))).............................(((((((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..................................................)))))))....))))))).((((((......((((((((.......))))))))......))))))..((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))................................................................................................(((((....................................)))))..................................................................((((((.....))))))................................................((((((((.....................)))))))).....................................................................((((.........)))).....................(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.................(((((....)))))..................................................................................................(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((........................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((........((((((....))))))........)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))).)....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((.((((((.((((((.(.....(((......(((..((.......(((((((....))))))).......)))))................(((((((..((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((((((((((....))))))))).)...................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))....(((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...........(...((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...............)...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((...))))))...........(((((.......))))).......((.((((...((((((....))))))...)))).))....((((((........................................((((((....))))))..(((.(((((((((.(((((((((....)))))))))...............((.(((((((((........((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))...((((((((((....)))).....................(..(((((((((((.(((((...........)))))......((((...(((((....))))).)))).......................))))..)))))))....)((((..((((((...(.....(((((((........))))))).....)....))))))))))......))))))...........))))).))))......)))))))))..))))))))))).)))..............((((...(((((((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..))))))))))...(((((((...((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...))................))))))..))))).))....)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..))))((((((............((((....))))..........(((((..((((........)))))))))................)))))).....(((((....)))))...(((((....)))))............(((((...(((((......((((((.............(((......)))...)))))).))))).....((((((.((((............))))..))))))...((.(((((.....))))).))........(((((.......))))).....................................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).((((......(((((((........)))))))....))))............(((((((.........)))))))........................))))))))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((.......((.....)).....)))).)...))))..))))))..))).))))(.............((((((((((....))))))))))..)............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((...((((((....))))))...)))).)))))......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((((((....)))))))))......((((.......)))).)))))))..)).))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..(((.......((((....))))......)))....((((((...(.....(((((((........))))))).....)....))))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..(((((((((((((....)))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.................(((((....)))))....((((....))))...........((.((((..((((((..((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))...))..).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((...((..(((...))).))..)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))..((((.(((((.......)))))..))).)((.((((...((((((....))))))...)))).))....((((((((.......................((((((((((.....((((((....)))))).((((.(((((((((.(((((((((....)))))))))...............((((((((((((.(.(....((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))...((((((((((....))))....(((..............(..(((((((((((((((((.(.......).))))))....(((((...(((((....))))).))))).......((....)).......))))..)))))))....)((((..((((((...(..((.(((((((........)))))))..)).)....))))))))))..))).))))))...........))))).))))..)..))))))))))).))))))))))).))))............(((((((.(((((((((((.(((((((((..(....((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...))......((....))..))))))..))))).)))...))).)))))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))().((....))....)))))))((((((..((((.(((((....)))))..))))((((((..((.((((...((((....))))..........(((((..((((........))))))))).........)))).))))))))(....(((((....)))))...(((((....)))))).......))))))......((((((.....(((((((((....)))((.(((......))))).))))))))))))....(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..((..(((((((.......)))))...))))..............................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).(((((.....(((((((........)))))))...)))))(((.((......(((((((.........))))))).....))))))).))))))))......)))))))).((((.(((..((((((..(((((...(.((((((..(..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..))).))))(..((.......))((((((((((....))))))))))..)............ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......((((((........)))).).)....)))))................(((((((..((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).)......(((((((((....))))))))).....................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...))))...(.(((((...(.......(................).......)....))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..((((((....))))))...((.......))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]..(((.....[[[[)))((((((....))))))...]]]].(((((.((((((((........((((.....)))).(((((((((((((...((((((....))))))(((((((((((((((.(((((((((....)))))))))....((((...))))..((((((((((........(((((((((.........((((((((.......))))))))((((........((((((((((....))))....(((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((...((((((.....((((....))))(((((((......(((....))).....((((....))))......))))))).....))))))....(((((((........)))))))..........))))........))).))))))......)))).)))).)))))......))))))))))...)))))))))...))))))(((((.......(((((..(((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...)))))))))....((((((........(((...((((((((...(((........)))....))))))))...))).(((..........)))......))))))......((((((.(((((....(((((((((......)))......((((....(((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((....))))))))..............))))).)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))).(((....))).....)))))).((((((((((((..((((........))))))))....(((((((........(((((....(((((....)))))...(((((....))))))))))....(((....((((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((............))))..))))))).(((.(((((.....))))).....))))))))))))).......))))))).)))...)))))))......))))))))....))))).......)))).......(((....)))........))))))..(((.((((.(((((.....(((((((........)))))))...))))))))).))).....))))).))))))...))))).....))))))))).))))))))).....)))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((.......(((...))).....)))))))..))))..))))))..))).))))..)))))....(((((((((((((....))))))))).....))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(....((.((((....)))).))....)..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))............((...........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......)))))))))....)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(....((.((((....)))).))....)..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((...........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((..((..(....((.((((....)))).))....)..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((...........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(....)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((.....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((.......((((((.....)))))).....))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((......))..))))).)).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......))........((((.((((....)))).))))......................)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)(((((((((((....))))...........((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((......))..)))))....(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))((...((((.(((((((...((..((......))))....)))))))......((((.....))))))))...))...)))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))......((((((((((....))))))))))......))))..... |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((...))))))...(((((((.(((((.......)))))..))).))))..)))))((((((....))))))...(((((.((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((.((....((((((....)))))).((((.((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....((((((((((..(((..(((((...((.(....)..))...)))))..((((..((((.((((.((..((((...(((.(((...)))))).((((....))))....))))..))..((((((.....((((....))))(((((((...((.(((....))).))..((((....))))......))))))).....)))))).((.(((((((........)))))))..)).))))))))..))))...)))...)))))))).))....)))).)))))..))..))))))))).))).)))))))).))))..(((((((...(((.(((((..(((((((((..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...)))))))))..((((((((..((((..(((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))...((((((.(((((....((((((..................((((.((.(((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((.(((....)))))...)))))).((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).)).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))).......))))))))))))..))))))).......)))))))....))))).))....))))..((...(((....)))...))...))))))..(((.((((.(((((.....(((((((........)))))))...))))))))).))).....))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....((.....))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))...((((((((((....))))))))))......))))..... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((....(............(..........)...)...))))...(.((.((((....((((((...((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).....(((....(.(.....).)....)))....(.............).)))))))..)).)))))).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...))))..((.(((((....(..................................).)))))....)).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((.((....(.(((....))).)...((((......)))))).)).)).(((.((((..(((((...(((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).))))....)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....(((....((...(......).))...))).)...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((......(((((.....)))))...(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......((((((....))))))...((((.(((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((((((...((((((....))))))......((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....................................................((((..((((...........((((..(((.....))).)))).((((....))))..............((((((.....((((....))))(((((((...(..(((....)))..)..((((....))))......))))))).....)))))).....((((((........))))))..........))))..))))........................)))).)))))..))..)))))))))).)).)))))))).........(((((...(((.(((((...((((((((..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...))))))))...((((((((..((((..(((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...))).(((.((....)).)))))))..)))))).))...((((((.(((((.....((((...................((((.((((((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......(((....))).....)))))).((((((((((....((((........))))..))....(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).))..((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)........))))))).......)))))))))))...)))))))......))))))))....)))))..)))..))))..((...(((....)))...))....))))...(((.((((.(((((((...(((((((........))))))))).))))))))).))).....))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....(((...)))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))....(((((((((....))))))))).......))))..... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.((.((((((...)))))).))(((((((.(((((.......)))))..))).))))...((..((((((....))))))...(((((.((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((((((...((((((....)))))).((((.((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....((((((((((..(((..(((((.......(((....)))..)))))..((((..((((.((((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))...((((((.....((((....))))(((((((......(((....))).....((((....))))......))))))).....)))))).((.(((((((........)))))))..)).))))))))..))))...)))...)))))))).))....)))).)))))..))..))))))))).))).)))))))).))))....(((((...(((.(((((..((((((..(..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...)..))))))..((((((((..((((..(((...((((((((...(((........)))....))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))...((((((.(((((..((...(((((................((((.((((((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((.(((....)))))...)))))).((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).)).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......)))))))))).......))))))))))))..))))))).......)))))))....)))))..)))..))))..((...(((....)))...))..)))))....((..((((.(((((.....(((((((........)))))))...)))))))))..)).))..))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....((.....))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))...((((((((((....)))))))))).....))..)))))) |
