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AAUUAAAGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUAGAACGCUGAGAACUGGUGCUUGCACCGGUUCAAGGAGUUGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAGGUAACCUACCUCAUAGCGGGGGAUAACUAUUGGAAACGAUAGCUAAUACCGCAUAAGAGAGACUAACGCAUGUUAGUAAUUUAAAAGGGGCAAUUGCUCCACUAUGAGAUGGACCUGCGUUGUAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAGGCUCACCAAGGCGACGAUACAUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCGGCAAUGGGGGCAACCCUGACCGAGCAACGCCGCGUGAGUGAAGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAGCUCUGUUGUUAGAGAAGAAUGAUGGUGGGAGUGGAAAAUCCACCAAGUGACGGUAACUAACCAGAAAGGGACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUCCCGAGCGUUGUCCGGAUUUAUUGGGCGUAAAGCGAGCGCAGGCGGUUUUUUAAGUCUGAAGUUAAAGGCAUUGGCUCAACCAAUGUACGCUUUGGAAACUGGAGAACUUGAGUGCAGAAGGGGAGAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUAUGGAGGAACACCGGUGGCGAAAGCGGCUCUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAGGCUCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAGGUGUUAGGCCCUUUCCGGGGCUUAGUGCCGGAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUCCCGAUGCCCGCUCUAGAGAUAGAGUUUUACUUCGGUACAUCGGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUAUUGUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAGCGAGACUGCCGGUAAUAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUGGUACAACGAGUCGCAAGCCGGUGACGGCAAGCUAAUCUCUUAAAGCCAAUCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCACGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGUCGGUGAGGUAACCUAUUAGGAGCCAGCCGCCUAAGGUGGGAUAGAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((..(((((((((....)))))))))..))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).<.(((((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....))))))..>)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((((......))))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...(((((((....))))))).(((....))).))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))............
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((.............((((....((..(((((((((....)))))))))..)).(((((..(((.((.....)).)))..)))))))))..((((((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((...((((((....))))))..)))....(((((....)))))..)))).....((.(((((...(((((((...((((((((.......))))))))..((((.........((((.((((((.(((.((((((((..(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((....((.(((..((((((.((((((((....))))..(((..(((((((((....))).....((((.....(((((....(((((....)))))........(((((((.........)))))))....)))))....)))).....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..))))))..))).....(..((((.....(((((...((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((.((((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))......)))).)))))))))..))..((((((.(((....(((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..)))))))))).))).))))))....)))))))).....(((..((..((((....))))..))....))).....)))..)))))).))))..(((((((........)))))))....)))).....)))))))..))))).)).)))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..))).))))....))))......((((((((((....)))))))))).)))))....)) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((...........................(((((((((....))))))))).........................((((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))...................((((((....))))))...................))))))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))..............................................))))))).................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...)))))))))....((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))................(((((((((..............((((((((..............................(((((((........((((((...((((((....))))))............))))))............................................................................(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..............((((....))))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............))))))))).................................................................................................................((((((((((....))))))))))............ |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((........((((((....))))))........)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))............. |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.((((((.((((((.(.....(((......(((...(.......(((((((....))))))).......).)))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))...................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..........................................)))))))))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..(((((((((....((((((((.....)))))))).))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))......((...(((((((........)))))))......))..))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))............. |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..((((.....)))).))))(((.(((((((((.................(((.((..(((((((((....)))))))))..)).))).................((((((((...(((.((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........(((((....)))))..)))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))...(((..(......).....)))........((((((((.....((((((..((((((...........))))))......(((....((((....))))..)))...............................................................(((((((.........))))))).((((.((((((((((.....(((.(((((..(((((((.(..((....)).)....))))).(......(((((((.(((((...............(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))......((....))..))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))................)))))..)))))))......)............((.((..((((((.((((((((....)))))........)))..)))))))).))...........)).)))))..((((((.((....)).(..(((......))).).))))))......)))...)))))))))).))))......................((.(((((.....))))).))........(((((.......)))))..............))))))..................((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))...............................))))))))))))...........(((((............))))).............((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..)))))).....((((((.............((((((((((....)))))))))).))))))..... |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........))..(((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).........((((((....)))))).........(((((....))))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((....(.....(((((((.........))))))).....).....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))))))).....(((.....((((((...(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((((....)))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))).......))))). |
|
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((...))))))))))(((.(((((((((......(......)...(((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))((..........))...((((((((...(((.((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........((((((()))))))..)))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...))))).......((((((((.((((((((((..((((((.(.......).))))))..(((((((((((((((....))))..(((((.......((....))..........))))).............))))))...)))))....(((((((.........)))))))(((((.((((((((((..((.(((((((((.(((((.((((((((....))(((.......((((.(...(((((((.((((((....((((......(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))((....((....))))))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....))))))).)(((...((((.(((((....)))))..))))..)))............))).((((.((......)).))))....))))))..)))))))...).)))).)))....((((.((..((((((.((((((((....)))))........)))..)))))))).)))))))))).))))))))))).((((((.((....))(((.(((......))))))))))))......))).)))))))))))).)))))............((....)).((.(((((.....))))).)).....((((((((.......)))))....))).......)))))))......)))........((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))............(((........))).....))))))))))))...........(((((..((....))..))))).........((..((((((..((((...((.((((..(((..(((...))).))).)))).))..))))..))))))..))(((((((..((.......))((((((((((....)))))))))).))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.................((((((....)))))).............................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.....(.....................).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((....((((((....))))))..(........).))))..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((....(((((((....)))))))....)).)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))...(.(((((...(.....((...................)).....)....))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..(((...(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))....(....)..)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......))).. |
|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((.((((...))................((((.......))))........((((.(((((((((((....))))))))))))).))..................((((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....)))))))))).....((..........))))))))))..)))))))))).......(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...)))).)...((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))...(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((......((((....((((.......))..))))....))...)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)).((((((.....))))))........(((.(.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).))....))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..)))))).((....))...((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....))))))..((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......).....................(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......(((((((...((((((....))))))..(((....)))))))).)).............(((.((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((...(((((((.((((..(((()..)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))...................))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...............(..((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((.....((......))......((..(((((((((....)))))))))..)).(((((..(((.((.....)).)))..)))))((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........(((((....)))))..))))))..)).........(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))...((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((....((((....))))..))).(....((((......((.....(((((((...((((....(((((....)))))....)))).((((((.........)))))).......(((.....))).....((.(((........))).))..((((((((((....((((..((((.((((..(((((.......)))))......(((((...((((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))...((((((((.(((((..(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((..(((((((.(....(((((.((...)).)))))))))))))....)))))))))).).)))).)))))))))..)))))..................)))))))))(....)))))(.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((.((((((((....)))))........)))..)))))).)).(((.((.(((((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).))....))))))))))))..))))))).......))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....)((.(..(((((((........)))))))......).)).((((........))))....)))))))))(((((.........(((((..((....))..))))).(((.((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..(((...))).))).)))).))..))))..))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))).)))))...... |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(...((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((..........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((...)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((...)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((..((((((..(...((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((..........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(.(((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))...))((((.(((((((((....)))))))))((...)).)))). |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((......((((...((((....((..(((((((((....)))))))))..))..))))....((((((((...((((((((..((...((((((((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((...((((((....))))))..)))....(((((....)))))..))))))..))))))))))...(((((((..((((((((.......)))))))).(((((......((((((.(((.....(((.((((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........((((((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..))))))))))..(((((....(((((....)))))....))))).))))..((((.....)))).......)))).....))).....))).)))))).....((((((((.(((((........((.((((((...((((.(((.......(((((((.....(((((...((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((.((((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).....((....))..))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...)))...)))))))))).))....)))))..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......)))))))......)))))))).....)))))..((((....)))).))))))).......(((((((((......)))))...))))...)))))))).))))......((.((((........)))).)).)))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..))).))))....))))......((((((((((....)))))))))).)))))...... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...(((((.(((((...))))))))))....(((((((((....(((......))).........(((((((((....))))))))).....(((((..(((...[[[[....)))..)))))(((.((((((((((...(((.((((((....)))))).)).).)))).........((((((....)))))).........(((((....)))))..)))))).)))........((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((...............(((...(((((....))))).)))........................(((((((..((((....(((((....)))))....))))(((((((.........)))))))......(((.....)))........(((........))).....((((((((((....((((..((((.((((.(((((((.....))))))).....(((((.(.((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((.(((((..(((...((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))...)))................)))))..)))))).))..)))))..)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((((((((.(....(((((.........))))))))))))).)).)))))))))).).)))).)))))))))..))))).................)))))))((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((.((((((((....)))))........)))..)))))).)).(((.((.(((((((...(((((((((((.........((.((((......)))))))))))).....((((((((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......))))).))))).......))))))))))))..)))))))......)))))))).....(((((((.....(((......((((....))))........))).....)))))))....{{{.{{{{{{{{{{))).]]]]}}}}}}}....}}}.}}}((((........))))....)))))))))(((((.((((....(((((............)))))((((.((.(((..((((((..((((......((((..(((..(((...))).))).)))).....))))..))))))..)))))))))...))))......((((((((((....)))))))))).)))))..)))) |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))...((....)).)))))..)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))....)))... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((((..(((....)))..)))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((((((....))))))...((....)).))))).....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(......)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))....)))))))). |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((......((((...((((....((..(((((((((....)))))))))..))..))))....((((((((...((((((((..((...((((((((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((...((((((....))))))..)))....(((((....)))))..))))))..))))))))))...(((((((..((((((((.......)))))))).(((((......((((((.(((.....(((.((((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........(..(((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..)))))))..)..(((((....(((((....)))))....))))).))))..((((.....)))).......)))).....))).....))).)))))).....((((((((.(((((........(..((((((...((((.(((.......(..((((.....(((((...((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((.((((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))...)))...))))))))))..)....)))))..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......)))))))......)))))))).....)))))..((((....)))).))))))).......(((((((((......)))))...))))...)))))))).))))......((.((((.(....).)))).)).)))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..))).))))....))))......((((((((((....)))))))))).)))))...... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................((((....((.(.(.(..(.(((((...(....((.....(.(...((.(.....(((..........)))....).))...(.((((...(...(.(.((.......(((....)).).....(...).)...).)..).......).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))).)...).....)...)...))....((((((....(((....))).).))))).....).....((((.(.((...(.....).)).)...))))(.....(((....(...(..........................)..).....)))....)...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))..).)..........).)((.....((((...(((((((((((.(.((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((.((.......)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(.............(((....))).......................).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((.......................))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))).)).....)))) |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((.((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((((.....(.......((((....)))).......)...))))...(.((.((((....((((((...((...(((...(..(((.(...((((((....)))))).)....)).).....(...(.((((....))).))..)......................)..)))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...))))(.(.(((((............................................))))).).)..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(.(....(....(((((....)))))........).........)..).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...(...((.....))...).)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))...))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((.........................(((((((((....))))))))).........................((((((((..((...((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........(((((....)))))..))))))..))))))))))............((((((((.......)))))))).........................................(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........(..((((...((....((((....))))..)).........(((....))).....))))..)...........(((((....)))))........(((((((.........)))))))...........................................................(..((((((........(((.......(..(((......(((((...((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((.(((((..(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))...))).......))))))..)...........(((((((.......((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).))..((.((.(((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....)))).))))).))....)))))))))))...))))))).......)))))))..........................((((....))))....................................................................(((........))).....)))))))))(((((..(((....(((((..((....))..)))))((((.((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..(((...))).))).)))).))..))))..))))))..)))))))))...))).......((((((((((....)))))))))).)))))...... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((......((((...((((....((..(((((((((....)))))))))..))..))))....((((((((...((((((((..((...((((((((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((...((((((....))))))..)))....(((((....)))))..))))))..))))))))))...(((((((..((((((((.......)))))))).(((((......((((((.(((.....(((.....(((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((....(..(((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..)))))))..)..(((((....(((((....)))))....)))))((((((.........))))))..))...))).....))).....))).)))))).....((((((((.(((((........(..((((((...((((.(((.......(..((((.....(((((...(((((((((..(..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...)..)))))...((((((((.((((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))...)))...))))))))))..)....)))))..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......)))))))......)))))))).....)))))..((((....)))).))))))).......(((((((((......)))))...))))...)))))))).))))......((..(((........)))..)).)))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))((((.((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..)))))))))...))))......((((((((((....)))))))))).)))))...... |
