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CAAAAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGGCUCUUCGGAGCUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUGCCUACAGGACGGGGACAACAGUUGGAAACGACUGCUAAUACCCGAUGUGCCGAGAGGUGAAACAUUUAUGGCCUGUAGAUGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAGGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGCAAGCGACGGAGCAACGCCGCGUGGGGGAGGAAGGUUUUUGGACUGUAAACCCCUUUUCUCAGGGAAGAAGAAAGUGACGGUACCUGAGGAAUAAGCCUCGGCUAAUUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGAGAGGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGCCUGCAGGCGGUUAAUCAAGUCUGUUGUCAAAGCGUGGGGCUCAACCUCAUACAGGCAAUGGAAACUGAUUGACUAGAGUAUGGUAGGGGUAGCGGGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCUGGAAGAACACCAGCGGCGAAAGCGCGCUACUGGGCCAUAACUGACGCUCAUGGACGAAAGCUAGGGGAGCGAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGAACACUAGGUGUUGCGUGAAUCGACCCGCGCAGUGCCGUAGCCAACGCGUUAAGUGUUCCGCCUGGGGAGUACGCACGCAAGUUGGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUCCCCCGAAUCUCUUGGAAACGAGAGAGUGCCUUCGGGAGCGGGGAGACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCACGUUUUUAGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCUAGAGAAACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGUGGACGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUACAUCCUGGGCUACACACGUACUACAAUGCUCCGGACAGCGAGACGCGAAGCCGCGAGGUGAAGCAAAUCUCCCAAACCGGGGCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGCGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGGUCAGCAUACUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGUUGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCGUUCGCGGAGGGGGGCGCCGAAGGUAGGGCUGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGUGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((....)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(..((....))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(..(....)..)....))))))..)...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..(((((((((((........)))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.(((((((((((..(((((((((.(((((((((........((((....(((((....)))))..)))).((..((((.((((((((((.........(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............))))))).((.(((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......((((((..(((..(((((((.((((....))))......((((((....))))))...(.((((..((......))..((((((..((((......((((....)))).....))))........((..............((.(((((..(((((.(((....))).))))).(((((((.(((.(((((((.((((.((.(....).)).))))..))))))))))......((((....))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))....)).))))).))))).))....((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).))))))...)))).)..)))))))....(..(((((((((.(((..(((((.((.(((.....(((((((((.(((((((..((((...((....)).(((...(((((..(((((((........)))))))..)).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))....))).))))....))))))).((((....))))...........))))))))).(((((.(((...((((((.....))))))....(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))...))).))))).))).)).).))))..))))))))).)))..)))).))))))....))))).))...))))).....)))))))))..)).)))))))))((....))..)))))))))........((((..(((((((..(((.....))).))))))))))).)))))))))))....(((.(((.....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))...((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))...((((..((..((..(((.((((....(.(((..((((..(((....)))))))..))))....)))).)))..))..))..)))).))))))........(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((......(((((..(((((.......((((((.(((((((((.....((...((((....(((((....)))))..))))...))..))))).))))(((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).((((((....)))...))).......)))))))..)).)))))..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))))))))))))))))..(((((((((((....(((....(((((((...((((....)))).((((.((((((....))))))....(((((.(((((((((...((((.....(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....))))))))))))..))))..))))......((((((((...((((((((((..(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))....((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).((.......)).)))))))..)))))).)))....((((..(((...((((((...((...((((.........))))...))))))))))).....))))....)))))))((((((........))))))..(((....(((((((((...(((((((......)))))))..))))..))))).(((((...((...(((((((((((((....((((....((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))...(((....(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..)))...))))))....))))))...))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...(((((..((((((..(((.....((((((((...((((....))))....)).))))))..)))..))))))))))).))))..))))))..((....))..)))))))..))...)).)))))).))))))))..))))).((((..(((....))).)))).))))).........))))((((((.......)))))).....))..)))))..)))..))))))))))).....))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................(((((....))))).....................(((((((.......(((((((...............................................................))))))).....))))))).................................................(((((((.........)))))))....(((((............))))).........................................................)))))))..........................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..............................................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))..........................((((((............................))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................))))))).....................................................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((......(((((((((..(((....)))))))))))).....))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.(((((....))))).)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(..((....))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.((((((.......(((...........((.(((((....))))).))..................((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....))..............)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(..((....))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...................))))))))....(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...((((((((((((..(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((..((......)))))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................(((((((((((.........(((..((.........))..)))..((.(((((....))))).))..................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))(((((((....)))...))))......)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))......(((((......)))))................................((((.....((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))...........((((((((........................................))))))))...((((.....)(((....)))(((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..))))))))))....((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))..(..(....).).))))))..))))))......)))...........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...............((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))........................((((....)))).................((((........)))).((((.......))))........(((((((((((((....))))))).....))))))........(((((...........)))))....((((((.............(((......)))...))))))....................................................(((((.....))))).....((((((...(((.....)))..)))))).....)))))))))))................(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...........(((((((........))))))).......((((.((......(((((((.........))))))).....))))))....(((((..........................(((((((.((((....(.((((.((((..(((....))))))).)))).)...)))).)))))))...................))))).(((((((((....))))))))).............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(..((....))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(..........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........((((.....))))....(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).))).................((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((........((....))......))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((...(((((...((..((......))))....)))))....((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((((((((((((((........((((.(((.........))).)))).((.(((((....))))).))..................(((((((..((.(.(((((((.((((.....((((((....))))))......))))(((((((....)))...))))......))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((((())))))))....((((...((......))..))))....(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...(..........)....)))))))))...((....))((((((((.....((.((((........)......)))..))......)))))))).(((((((.....((((()))))(((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..))))))))))....((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).(((.(....))))))))))..))))))....)))))))...(((...(((((((...(...((((.........))))...)))))))))))............((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))...................((((.((((....))))..............(..((((........)))))(((((.....)))))......))(((((((((((((....))))))).....)))))).....(..(((((...........)))))..).(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..(((...........)))((((.(.....).).))).(((())))...((.(((((.....))))).))..(((((((..(((.....))).)))))))))...))))))))))))...........(...(((((((...(.((((.((...(((....)))...))...)))).)...)))))))...)((((...(((((((........)))))))))))..(((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).).(((((((......((((((((...........(((((((.((((....(.((((.((((..(((....))))))).)))).)...)))).))))))))))..)))))........)))))))(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............(((....)))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((.....(((....))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((......(....).......))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(.....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)(((((((....))))...)))......)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((.....(((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((......(....).......))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((.((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((((....((((((..(((((((((.....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(((.....))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))....).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...)))))))))).....((((.(((....[[[..))).))))....(((((....))))).]]](((..[[[[[......)))......]]]]].(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............))))))).....(((....((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..[[[[[[[...)))...]]]]]]]....(((((.......[[[..))))).((((....))))......]]]........((((.....[[[[.......))))....]]]]....(((.[[[[[[((((....)))).....)))..]]]]]].(((..............[[[[)))..(((((.(((....))).))))).]]]].....(((.[[[[[[.)))...........]]]]]].....(((..[[[[[)))..]]]]].(((..(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))....((((((...((((((.....((((((((((.(((......)))....))))))))))........(((.......)))))))))..)))))).))).(((((..........[[[[[[[)))))..((((.........))))....]]]]]]]......((((.....[[[....[[[[[[[.))))...]]]]]]].....]]](((((((((...(((((((.[[[[.)))))))..))))..)))))....((((.....))))]]]]...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]..((((.((........))(((((((((((((....))))))).....))))))........[[[[[.))))......]]]]]....(((((((((....)))..[[[[[[..........))))))..]]]]]]..(((((((.((((....[[[.....))))..))))))).....(((((.....)))))..]]].(((((...(((.....))).....((((..........))))..)))))..........(((((((...(((...)))....[[[[(((((.......))))).....)))))))....((((...(((((((........))))))))))).]]]]....(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((....[[[[[..))))......]]]]]....(((......(((((((.((((......(((..((((..(((....)))))))..))).....)))).)))))))....[[[[[[[...........)))(((((((((....)))))))))...]]]]]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((((((((((((((.(((((.(((((((((((...........((((.((.(((((....))))).))((((((((.(((.....))).))....)))))).......((((.....((((((....))))))......)))).((((((.(((.((((..(((((((.....)))))))...)))).)))((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))....))))))..)))).)))).)))))))..(((((.....((((....)))).....))))).((((((((...................))))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))...............(((((...))))).((((((..........)))))).......(((((((((((..((((((((.((((((........)))).))...)))))..))).((.((((((.((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((((.((((......)))).)))).......(((((((((((((((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))((....)).......((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..))))).............(((((((.((((.((((.....(((..((((.(((......)))))))..)))...(((((((...))))))).((.(((((((..(((((((....))))))).............))))).))...)).))))..)))).))))))).)))).))))))).))))))......)))))).))))))....))))))).(((((.((((..((......))))))..))))).......(((((.....)))))(((..(((((((..(((.....))).))))))))))..))))))))))))...............(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))..(((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))).))).(((((((((((..(((((.......(((((.......))))).....(((((((((((((.((.((((((........)).))))))))))).)))))))).)))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((((((((((((((.......((((((.(((....................(((((....))))).....................(((((((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).((.(((....)))....)).......))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...................bbb.....(([[..)).....)))..))))))...((((.....((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))....................................................................(((((.....]])))))...BBB((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...............(((((.....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....))..)))))..............(((((..........aaaaaa.)))))..((((.........)))).....AAAAAA..................(((((((((((........))))))))))).........................................................................((((....)))).................((((........))))(((((.......))))).............(((((((....)))))))...((....)).....................((((...((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((............(((............)))...............(((((.....))))).{{..{{{{{))..))))....))))..}}}}}}}...))))))))))))...............(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...........(((((((........))))))).......((((.((......(((((((.........))))))).....)))))).(((<<<<<.........)))..........((..(((((((.((((......((((.((((..(((....))))))).)))).....)))).)))))))..))...............>>>>>.(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((((....))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((....)).....((....)))))))))).))).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....)))..................((((...(..((....))).))))...(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...((.....)).......)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))...(((((((.......(((((((.(((((((....)))))))...((....)).)))))).)..................(((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).............((((((........)))))).....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((((...............................................((.(((((....))))).))...................((((((..(((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....((......))....((....)))))))))).))).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))....(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....))).................(((((...(..((....))).)))))............(((....((((((....))))))...))).((((((((((...(..........)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...................((((((((.(((((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))...))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....(((((.((((.((....))..((.(((((.((((((..((((...(...))))))))))................(((((((..(((((((....)))))))..(((....))).))))).)).).))))).)).)))).)))))..(((((.((....))...((((......))))..)))))......((...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)).......................))))))))))).....................(((((((....(((((.((..((((....))))..))...)))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...........((((((.........)))))).....................................((((.(((..((((((((((((((..((((((.((((..((......)))))).)))))).))))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))))))))))... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.(((((((((((.(((((.(((((((((((.......((..(((..((.(((((....))))).))....)))..))........(((((....(...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).((.(((....)))....)).......)))))))..)...)))))..(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).....((....))....)))).)))))))..(((((.....((((....)))).....))))).((((((((...................))))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))..............((((((...))))))((((((..........)))))).....(((((((((((((.(((((((((.((((((........)))).))...)))))....)))).((((((.((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((((.((((......)))).))))....((((((((((((((((((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))...............((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..))))).............(((((((.((((.((((..((.(((..((((.(((......)))))))..)))...(((((((...)))))))....(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))...)).))))..)))).))))))).)))).))))))).)))))).)))..))))))...))))....)))))))))((((.((((..((......))))))..))))........(((((.....))))).(...(((((((..(((.....))).))))))).)...)))))))))))................(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....))))))).....(((...(((((((........))))))))))..(((....)))(....(((((((.........)))))))....).........((((((.((((..(((((.......(((((.......))))).....((((((((((((.(((.((((((........))).)))))))))).)))))))).)))))..)).))..)))))).((((((((....)))))))).)))))))))))... |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(((((....))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....((((.((...(((....)))...)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(.(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(((((....))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((((((((..(((((((((.(((((((((........((((....(((((....)))))..)))).((..((((.((((((((((.........(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............))))))).((.(((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......((((((..(((..(((((((.((((....))))......(((......(((((((..((.((.(((....((((..(((((.....(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..))))).))))......))).)).))..((.(((((..(((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...))...))))).)).)))))))((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).((((((....)).)))).)))))))....(((((((((((.((((..((((..((.(((.....(((((((((.(((((((..((((...((....)).(((...(((((..(((((((........)))))))..)).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))....))).))))....))))))).((((....))))...........))))))))).(((((.(((...((((((.....))))))....(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))...))).))))).))).))...))))..))))))))).))))))))).))))))....))))).))...))))).....)))))))))..)).)))))))))((....))..)))))))))........((((..(((((((..(((.....))).))))))))))).)))))))))))....(((.(((.....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))........((((((.(((......((((((......))))))....))).))))))...(((((((.....((((((..((((((....)))...)))..))))))((((......))))..)))))))..((((..((((((((((((.(((.((((((........))).)))))))))).)))))))).))))..))))))........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.(..((((((((((((((((((((((((.(((((((((((...................(((((....)))))....(((((.............[[[[[[..)))))(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).<<<(((....)))....<<<......)))))))>>>..]]]]]]..(((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...)))))...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).......>>>.......)))).)))))))..(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((.(((.((....)))))....)))))))))).)))))).............((((((...))))))((((((..........)))))).....(((((((((((((.(((((((((.((((((........)))).))...)))))....)))).((((((.((((((((((.(((.(.....))))..)))))))))).....((((.((((......)))).))))....((((((((((((((((((((..(((((((..(((...(((((...)).))).)))..)))))))...............((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..))))).............(((((((.((((.((((.....(((..((((.((((...).)))))))..)))...(((((((...)))))))....(((((((..(((((((....))))))).............))))).))......))))..)))).))))))).)))).))))))).))))).))))..))))))...))))....)))))))))((((.((((............))))..))))........(((((.....)))))(((..(((((((..(((.....))).))))))))))..))))))))))))...............(((((((.....((((......(((....)))........)))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))(((({{{.))))....(((((((((....)).))))))).......}}}....(((((((((((..(((((.......(((((.......))))).....((((((((((((.(((.((((((........))).)))))))))).)))))))).)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))))))))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((......((....))..))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((....))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(..((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))))..)(((((((((((....))))...........((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))......((((((((((....))))))))))......))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((..(.(.(((..(((..((.(((((....))))).))...(..(.((((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..)))).)..)...)))...(((((..((((....))))......((((((....))))))..)))))))).).)...)))).)))))))..((((((((...(((....((((....(((((........(((.........(((((((...(((.(((((.(((....))).)))))....))).....(((((.....((((((......((((.((((((......(((((.....)))))(((...(((((((((..(((((((((...(..(((((.....)))))..).)))))))))...)))))))))..((((((..(((((((..((...((((((((((.(((......)))....)))))))))).....((((..(((......)))..)))).))....((..(((((.(((.(....))))...)))))..))........)))))))(((((((...((((....((((........(((((((((((((..(.((((((..((((((..(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))..............((.(((....)))))...))))))..))..)))).)..)))).)))))))))...((((((.....))))))..)))).(((((((((((((....))))))).....)))))).))))(((...(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))))...))))))....))).)))))))...))))))....))))))))).))))....((...(((....)))...))...))))))....((((((((..((((...(((((((........)))))))))))...((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).)))))))).....))))))))))))..(((((.......))))))))..(((((((((((((.((.((((((........)).))))))))))).)))))))))))))..))))..)))....((((((((((....)))))))))).....)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................((.(.(.(((((((....((.(((...(((..............)))....(.(..(.(....(.((.(...................................)...)).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)...)))...))........((((((.....((....))).)))))..)).......((((.(.(....((...))..).)...)))).(((..((((...(.(.....).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))).................((.....(((....(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...)).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((..............))))))))...............)))))))..(((...((((....((....)).....))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(...((...(.................)...............))..).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((....(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....)))..)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((......))...)))))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).........)).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................(((((((((...((....((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(.............)..((....)).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))))).))).............))........((((((.....((....))).))))).....))))(.((((.(.(....((...))..).)...))))...)((((((...(.(.....).....).))))))......(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........................((.....(.((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...)).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((..(((..........)))))))))...............)))))))..(((...((((....((....)).....))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.((...(...(((...(.(..(....)).)................))..)..).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((((((((((..(((...(......).)))...)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..))))...)))))...))))))))).)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((....(.((((..(.....(...(..))..)..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).............. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(...(((((..................................(((((........(.(((((....))))).).........(((((((...(((((((...(...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).((((((....)))...))).......)))))))..)..)))))))............((((((((.......))))))))..............(((((.............))))).........((((((.....(((((..((((....))))......((((((....))))))..)))))........(((((((.((((((......................................................................................................(.(((((.........................))))).)((((.....))))........((((((((..(((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))...)))))))).........................((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).....................(((((..((.(....)))....)))))..............(((((((...((......................((..(((((((........)))))))..))....(((((((((...((..((........))..))..))))..))))).........)).....))))))).........)))))).(((((((.......((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.((...(((((((.((((.(((((((((....)))(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....))))..)))).).))))))....))))....))))))).......)))))))....)))))))...........((...(((....)))...))..................)))))).................))))))).)))))..................(((((((.........)))))))..............................................((..(((.((((......(((..((((..(((....)))))))..))).....)))).)))..)).........................(((((((((....)))))))))))))).)))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((((((((..(((((((((.((((..(((........((((....(((((....)))))..)))).((..((((.((((((((((.........(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............))))))).((.(((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......((((((..(((..(((((((.((((....))))......(((......(((((((.....((.(((....((((..(((((.....(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..))))).))))......))).)).....((.(((((..(((((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))))))))...))...))))).)).)))))))((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).((((((....)).)))).)))))))....(..(((((((((.(((..((((..(..(((.....(((((((((.(((((((..((((...((....)).(((...(((((..(((((((........)))))))..)).)))(((((((((...((..(((......)))..))..))))..)))))....))).))))....))))))).((((....))))...........))))))))).(((((.(((...((((((.....))))))....(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))...))).))))).)))..)...))))..))))))))).)))..)))).))))))....))))).))...))))).....)))))))))..)).)))..))))((....))..)))))))))........((((..((..(((..(((.....))).)))..)))))).)))))))))))....(((((.(((...(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((....)))).)))(((((((.........)))))))...)))))......(((((((((((..(((((.......(((((.......))))).....(((((((((((((.((.((((((........)).))))))))))).)))))))).)))))..)).)).))))))).(((..(((....)))..))).)))))))))))... |
