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UAUAUGGAGGGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGGGAAACUCCCUUCGGGGAGGAGUACCCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGGUAACCUGCCCUCCGGAGGGGGAUAACCAGGGGAAACCCUGGCUAAUACCCCAUACGCUCCAUCAACGCAAGUUGGUGGAGGAAAGGGGCGUUUGCCCCGCCGGAGGAGGGGCCCGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGACGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGGUCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGGGAAACCCUGAUCCAGCGACGCCGCGUGCGGGACGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACCGCUGUGGCGGGGGAAGAAUAAGGUAGGGAGGAAAUGCCCUACCGAUGACGGUACCCCGCUAGAAAGCCCCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGGGCAAGCGUUACCCGGAUUUACUGGGCGUAAAGGGGGCGUAGGCGGCCUGGUGUGUCGGAUGUGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGGGCUGCAUCCGAAACUACCAGGCUUGGGGGCGGUAGAGGGAGACGGAACUGCCGGUGUAGGGGUGAAAUCCGUAGAUAUCGGCAGGAACGCCGGUGGGGAAGCCGGUCUCCUGGGCCGACCCCGACGCUGAGGCCCGAAAGCCAGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAACGAUGCCCACUAGGUGUGGGGGGGUAAUCCCUCCGUGCUGAAGCUAACGCGUUAAGUGGGCCGCCUGGGGAGUACGCCCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCGUGUGGUUUAAUUGGAUGCUAAGCCAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGGUGGUACCUCCCCGAAAGGGGUAGGGACCCAGUCCUUCGGGACUGGGAGCCGGCACAGGUGGUGCACGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUGCCCCUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAGGGGGACUGCCGGCGACGAGCCGGAGGAAGGAGGGGAUGACGUCAGGUACUCGUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGCGCUACAAUGGGCGGUACAAUGGGUUGCGACCCCGCGAGGGGGAGCCAAUCCCCAAAGCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCAGGCUGCAACCCGCCUGCGUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCACCCGAGUCGGGGGCUCCCGAAGACACCUACCCCAACCCGAAAGGGAGGGGGGGUGUCGAGGGAGAACCUGGCGAGGGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((...((((((.......(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...)))))..((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((...((((.((((..((.....(((((.....)))))...)).)))).))))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).....(((((((.(((.((((...(((((....))))).))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....))))).))))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((.(.(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((..(((.....)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))(.(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..).)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))).)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..)))).........(((((((((....))))))))))))))))))))....) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((..............................(((((....)))))......................................................................................................................................................................((((((((.......))))))))..................((((....))))...........(((((............)))))...........................................................)))))))................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...)))))))))((((((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))))))...............((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......(((((((.......((((....))))...........................))))))).........................................((((......))))..................(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))...........................(((((....................)))))..)))))))......)))))))).....(((((((.........................................)))))))........................................................................................))))))))............................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.......((((((....))))))........)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))...................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((......)).)))..)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((..(((((.((((((.(.....(((......(((..((......(((((((....))))))).......)))))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))..................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.........................................)))))))))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((......(((((((....(((((((....)))).))).......................)))))))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...)))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((......)).)))..)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))........... |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((...(((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((....(((((....))))).....))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((...(.....(((((((........))))))).....)....))))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((.(.(((.(((((((..((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..).)))))))...((((((((...((((((.....((((((((...(((......)))......)))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((.....)))))))))))...((....)).....)))))))))))))......(((((....)))))..............(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((.....(((((((....)))).)))..((((((((....))))))))..))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..(((((...((((((..((((..(((....))).)))).))))))..)))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))))))))...)))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..................(((.(((((.......)))))..)))..(((((.....(((((....))))).....))).))(.(.((((((((.......(((((((..(((..(((((((.((((...(.((((((....)))))).)(((.((((...(.((((((((((....)))))))))))...)))).)))..)))).))))))).))))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)...))))))).....((((.(((.....)))))))((((((....))).......)))((...............(((....)))((((((.(((((((((((((((((.(...((((((((((((.........(.((((((((...(.....(((((((.(....).))))))).....)....))))))))...))))))))....(((((((((.((....)))))...)))))))))))........(((((.....))))(((......((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))((((((.((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))(((((......)))))))))))..)))).))))))))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((((.((((....)))))))))))......(((()))).))))))))))((...((((.(((((....)))))..))))..))..........)).)))))))..))))))(.(((((((((((..((((.(....).))))))))....(((((((.(((..(((((((..(.(((((((....)))).))).)((((((((....)))))))).))))))).....((.(((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).))))).).)))...))))).))))).)))))))....))))))).)..(...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))...)(((((..(((((((.(....).))))))).....)))))...........))))))))))......((()))...........))...............)))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..).)..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.................(((((....)))))..............................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......))))))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.....((..................)).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....)))).)).......((........)).....))))))).(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((......)).)))..)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(....((((.(......).))..))...).)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((((((((....))))))))))...................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).....(((((...(.....((..................)).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((((...((.((((....))))..)).......((......))).....))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((..(((....))).)))..)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]..((((...(((.....(((((....))))).....)))..))))....((((........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))))))).((((((..((((((((.......))))))))[[[[[[..(((....))))))))).......]]]]]]....(((((.[[[........))))).((((....)))).]]].(((((((....(((((...(((((....))))).)))))...(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))[[[[........(((((((........)))))))..........)))))))......]]]](((.........)))....(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...((((((((((((..(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...))))))))((((((.((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))......((((......)))))))))))..)))).))))))))))...))))...((((((((.......((((.........))))....))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))..(((((......((((....(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........))))))))....(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((....((((((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((.....))))).......))))).)))))...)))...))))).)))...)))))))....))))))).))))...(((((((.....((((((...((((....))))....)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))......))))..)))))..)))))))))...((((.....[[[[..))))......]]]]....((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))..))).)))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((.................................................(((....(((((....))))).....))).......((((((((.......((((((([[[....(((((((.((.......((((((....))))))......<<)).....((((((((((....))))))))))....((>>........)).)))))))....))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))bb....)))..(((.((((....))))..BB)))....(((((.((.......))))))).((((....)))).......((........((((...(((((....))))).))))....((aa(({{((((......((((....)))).....)))).))aa))(((.........(((((((........)))))))..........)))))AA.....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....]]]...........(((((((......((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).))))))).(((((.((((...((((((.....((((((((((.(((......)))....)))))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))).))))...))))...((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((.....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...............((((((.}}.(((AA....(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).)))))))..((.((..(((((((..((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).)))))...)))...))))))))....))))))).....))))))........(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))....)))....(((((((..........)))))))...........))))))..........)))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..(((.........................................((...(.((((((((....)))))..))..)).))...................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(.((((((((((....)))))))))))....(((......))).))))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..(((((((((((.(.(....((((((....))))))...).)..(((((((((......((.((((((..........)))))).....))...)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))..(....).))))......................(((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))))....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((.....)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))............................(((((..((((...(...))))))))))....((((((..(...(((((((.(..(((((((....)))).))).......(((....))).....)))))))))...((((((.((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.(((((.(......).).))))..))))))...((.(((((.....))))).))))...))))))))))))).).)))))..........))))))..........(((.(((((..((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))).....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........))))))).................))))))))...........((((.(((..(((((((((((((...((((((..((((..(((....))).)).))))))))..)))))))))))))..))).)))).)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((((((((...(((((((.(((((.......)))))..))).))))((((....)))).(((((((((..(((.((.((((.((((.((.(((....(((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))))).)))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).(((((((........(((((...(((((....))))).)))))....((((((.((((......((((....)))).....))))))))))((((.........(((((((........)))))))..........))))))......(((.((((................)))).))).((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).))))))).(((((.((((...((((((((...(((((((((((.(((.....))).)..))))))))))...))(((((......)))))))))))..)))).))))).))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).))))(((((((...))))))).)))))..))).)).))))..(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........))))))))))).((((((((..(((((.((((...)))).)))))..))).....(((....))))))))....)))).)))))))))))))).((((((((((.((((((((....)))))))).((((((((.....)))).))))........(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....)))))))))).....((..(((((((((((.(((.(((....))).)))))))..)))))))..))...((((((((((.(.......))))).))))))..)))))))))......((.(((.....(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))..))).))...(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))).))).((((((((((..(((((.........(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))))))))..)).)).))))))..((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))...........((..........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(...((((((..(.(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....((..........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)(((((((((..........)))))))...))..)...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))...........((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(...((((((..(...((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....))))))....).)))).....((((((((((....))))))))))....((..........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))....)..((((((((((((....)))))))))(...)))))))..... |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((..(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((....(((..((..((((((..(((....)))((((....)))).))))))....(((((.(((.....))))))))........))..)))...(((((((.(((.((((....((((....))))..))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....)))))).)))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.((((((((....((((((((.....))))))))..)))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((.(((......)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))..(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))..)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..((((((((((..(((((((.(((((.......)))))..))).))))((((....))))((((((((((..(((.((.(((((((((....(((....(((((((..(((..(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))))).)))))))((((....(((..((((((((.(....))))))))))))......)))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).(((((.........((((((...(((((....))))).))))).).....(((.((((......((((....)))).....)))))))(((((((.........(((((((........)))))))..........))))))).....(((.(((((..............))))).))).((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))((((((.((((...((((((.....((((((((((..((((...))))....)))))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))))))))...))))...((((((((.......((((.........))))....))))))))...)))).))))).))).))))(((((((...))))))).)))))..)))....))))..(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........))))))))))).((((((((..(((((.((((...)))).)))))..))).....(((....))))))))...))))).)))))))))))))))((((((((((.((((((((....)))))))).((((((((.....)))).))))........(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....)))))))))).........((((((((((......(((....))).....)))..))))))).......((((((((((.((.....)))))).)))))).)))))))))).........(((.....(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))..)))......(((((((.(.....)))))))).....((((((.((.((.(.(((((((..........)))))))..)))))))).)))(((((((((((..(((((.........(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))))))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))..........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((.....((((((....)))).))........................)))).)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((.............)))..)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....))))).........)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((((((....)))))))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))))...))))...))))))))))).....(((..(((..(((....((((((((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....(((...(.....)...))).....(((((((.........((((.....((((((....)))).))........................))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((..(.......)..)))..)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))..)))........ |
|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((..(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((....(((..((..((((((..(((....)))((((....)))).))))))....(((((.(((.....))))))))........))..)))...(((((((.(((.((((...(((((....))))).)))).(..(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))..).........(((((((........)))))))......))).))))))).....))))).))))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((.(.(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((.(((......)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))..(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..).)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))..)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((................................................................................................................................................................(........................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))...).........)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(((....((...))..)))...))))(.((..(((....(.(...........................).....).)))...)).)..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((.(((((...((((((((.....)))))))).))))).)))....)))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((...))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(..((...(((.(((....)))..)))........................).)))).(((.((((....(((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).)))))...))).....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)).)...)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((.((...((..((......))..).).)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))..) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((.(...............................).)....)...(.((.((((....((((((...((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...((.(((((((....))))))).)))...(.(.......)..).)))))))..)).)))))).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(((....((...))..)))...))))(.((((((((..........(((.........)))................)))))))).)..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((...))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(..((....(((.............))).......................).)))).(((.((((....(((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).)))))...))).....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((.(....((.(...(((...((.....)).)))...))).)...))))..))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..((...(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((.(((((...((((.(((.....................(((....))).))).))))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).....(((((((.(((.((((....((((....))))..))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....)))))..)))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((.(.(((((((((((((.((((((((....((((((((.....))))))))..)))))))).)).))))))).(((((.((((...((((((.....((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))).)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).))))((.............))(.(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).)))))))...(.((.((((((((..((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)....))))).)))))...)))...))))))))....))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))).)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..)))))......))(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((..(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((....(((..((..((((((..(((....)))((((....)))).))))))....(((((.(((.....))))))))........))..)))...(((((((.(((.((((....((((....))))..))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....))))).))))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.((((((((....((((((((.....))))))))..)))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((..(((.....)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).))))(((((((...)))))))..(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))))).....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..).)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))..)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
