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AUGAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGUGCGUUUUAAGCAUGCAAGUCGAACGGCAAGGAAGCGAAUUUUCGUUUCUCUAGAGUGGCGGACUGGUGAGUAACGCGUGGGUAAUCUGCCUUUGAGAUGGGGAUAGCCUCUAGAAAUAGGGGGUAAUACCGAAUACGCUCUUUUGGACGUAGUCUUUGAGAGGAAAGGGGCUGCGGCCUCGCUCAGAGAUGAGCCUGCGACCCAUUAGCUUGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCGUCGAUGGGUAUCCGACCUGAGAGGGUGACCGGACACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGCUAAGAAUAUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCGACACCGCGUGGAUGAGGAAGGUCGAAAGAUUGUAAAGUUCUUUUGCCGACGAAGAAUGAGGACGGGAGGGAAUGCCCGUUUGAUGACGGUAGUCGUGCGAAUAAGCCCCGGCUAAUUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAACACGUAAGGGGCGAGCGUUGUUCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGGGCAUGCAGGCGGACUGGUAAGCCUGGUGUGAAAUCCCCGAGCUCAACUUGGGAACUGCACUGGGUACUGCUGGUCUAGAAUCACGGAGGGGAAACCGGAAUUCCAAGUGUAGGGGUGGAAUCUGUAGAUAUUUGGAAGAACACCGGUGGCGAAGGCGGGUUUCUGGCCGAUGAUUGACGCUGAGGUGCGAAGGUGUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACACAGUAAACGAUGUACACUAGGUGUUGGGGCAUGAGUCUCGGCGCCGACGCGAACGCAUUAAGUGUACCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGAUACGCGAGGAACCUUACCCGGGUUUGACAUCAAGAGGAGCGCCGUAGAAAUGCGGUGGCGUAGCGAUACGCCUCUUGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUACUGCCAGUUGCCAGCAAGUGGUGUUGGGGACUCUGGCGGAACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUAUGUCCGGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUGCUACAGAGCGAUGCGAGGUUGUGAAGUGGAGCAAACCGCAAAAAGGCAAUCGUAGUCCGGAUUGAAGUCUGAAACUCGACUUCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCACAUCAGCAUGGUGCGGUGAAUGUGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUCCGAGUUGGAGAUACCCGAAGUCACUAGCCUAACCCGCAAGGGAGGGCGGUGCCGAAGGUAUGUUUGGUAAGGAGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((.((..(((((.(((..(((((...(((..((((((((((((..((.(((.((((...((.(((((((((((....))))))).))....)).)))))).))).))...(((.(((((.(((..(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))...(((((........))))).((((((((((........)))))))))).))))))))))))...(((.(((.((((((..((.(.((((((((.......)))))))).).))..))))))..(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).))).))))))))...((((....))))...)))))).))))))))).........((((....)))).....)))))...)))..(((........((((((.((...........(((((...(((((((((......((((((.(((..(((((((((.((....))))...)))))))..)))....................((((((((.((((........((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..))))....((((..(((((..(((((..((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....))))).((((..((((((..(((..((((.((((.(((......)))...((((((...((...((((.........))))...))))))))......))))..(((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))....(((...((((..((((....))))...))))..))).)))).)))..))))))...(((.(((.(((((.((......((((........))))..((((.....))))......((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).))).))).))))..(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))))..((((((((.((((((.....)))))).)))..)))))...((.(((((.....))))).))...)))).((((((.....))))))...))))))))))))))))))...)))).)))))...(((((((....((((((.(((..(((((((((.(((......((......))..........(((((....)))))...))).)))))))))..)))..)))))))))))))...)))))(((.(((.(((.(((....)))))).))).))).....)).)))))).((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).))..)...))).))))...))).........(((((((((....))))))))))))))))))))...) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((............................((((((((....))))))))........................................(((((((.(((((....((((((....))))))...............(((((((((((...)))))))))))..............))))))))))))...........(((((((......((((((((.......))))))))......))))))).((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...)))))).......................................((((.........................................)))).........(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).............)))))))).........................................((((......))))..................((((((((((((((((.....)))))))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((..........................................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))..................................(((((.........................................)))))...............................((((((((((....)))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.......((((((....)))))).......)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((.....))))))))))...................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................)))).).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))............... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((.......((((..(((((.((((((.((....(((...........((......(((((((....)))))))......))..................((((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((.....))))))))))..................))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((.........................................)))).).))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))).......... |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((...........)))..................((.......))..................((((((((....)))))))).....(((((((...((((......................................((((((....))))))(((((.((((((((((((............................((((((.((((((((((....))))).....(((((((.(((..((((((((.......)))))))))..)).))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..........))))).))))))........((((...(((((....))))).))))..........................((((((.........))))))..((((.........(((((((.(....).)))))))..........)))).........(((((......(((((((((.((....))))...)))))))))))))))))).)))))).)))))......................(((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))))..)))))))))....((.........(((((((..((((((((((.................)))))))))).....))))).............)).........))...................(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............)))))))..((((((((((..((((....))))...))))..................((((....)))).........................................)))))).......(((((((...(((((((....)))))))(((((....)))))))))))).............((((....))))(((((((....)))...(((......)))...))))........(((.(((((((((.((((((.....)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))((((((.....))))))..((((((.......))))))................(((((((..........................................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))........................))))..)))))))..........(((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))))).(((((((.(((...(.......).((((((((((....))))))))))..)))))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((.....((.(((..(((..((......(((((((....)))))))......)))))......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((((..((((...))))..)))))....(((((....))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))........(.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(.....(((((((........))))))).....)....)))).))))....(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((.(((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))..))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((....)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))((((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((.....(((........))).........(((((((......(((((((....((((((....)))))).(((((....))))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...))..).))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((.(((((....(.(((..((((..(((....))).)))).))).)...))))).))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).(((((..(((())))...))))).......................((((((((....)))))))).....(((((((..(((((.((...(((..((.......))................((((((....))))))(((((.((((((((((((((..((((...))))..)).....(...((((((.((((((((((....))))).....(((((((.(((..((((((((.......)))))))))..)).))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))....(....)))))).)))))).......)((((...(((((....))))).))))(((....)))................((((((.........))))))((((((...(.....(((((((.(....).))))))).....)....)))).))......(((((......(((((((((.((....))))...)))))))))))))))))).)))))).))))).................(...((((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))))..))))))))).)((((((((...(((((((((..((((((((((...((......))....)))))))))).....))))).............))))..))).)))))....(......).....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..))))...........(((....)))((((.((......)).))))(((...((((........)))).)))....)))))))......(((((((...(((((((....)))))))(((((....))))))))))))........)....((((....))))(((((((....)))((.(((......))))).))))........(((((((((((((.((((((.....)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))((((((.....)))))).(((((((.......)))))))....))).(.....((((((((.....(((.......(((((........))).))))).....))))))))..).(((...(((((((........)))))))......)))(..(((.....((((((((......).)))))))....))).)............)).))))).))))))).........((((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))))))(((((((.(((..((.......))((((((((((....))))))))))..)))))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(.(((((....))))).)...........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((((.(.....).)))))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......((..............)).......)....))).)).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....))))))...(........)..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(.......)..)).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.....((((((((....)))))))).....)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((..((((...))))..)))))...................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((.........((..................))..........))).)).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...(((((((....)))))))..(((....)))..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(........).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...[[[[[)))....]]]]].(((..[[[[...((((.......)))).....)))..]]]]..((((((((....))))))))(((....[[[[[[...(((.....))).)))....]]]]]]...(((.(((......((((((....))))))......)))..[[[[))).......]]]](((((((((......(((((.[[[))))).))))))))).....]]].(((((((.((((..(((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................(((((..(((((....))))).[[[.(((....)))))))).(((((.((((....))))......)))))...]]]...........(((((((.[[[....))))))).(((((....)))))..........]]]((((..[[[[[[[.....)))).......]]]]]]].....((((...))))........(((((((((.((((........(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..)))))))))....((((..(((((..(((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)))))(((((..((((((..(((..((((...........(((((.....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............))))))))))))...((((..((((....))))...))))......)))).)))..))))))...(((.(((.(((((...(((...((((........))))((((((.....))))))))).((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))...))))).))).))).))))).(((((((((....)))..((((......))))..))))))....))))).(((((((...((((((.....)))))).....))))))).....(((((.....)))))......)))).((((((.....))))))...))))))))))))).(((......[[[)))...]]].((((.....[[[[[[))))((((((...((((......))))......))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))]]]]]]....(((((((.........)))))))...(((((...[[[[[.....)))))..]]]]]...(((..((((...)))).(((((......((((.((((..(((....))).)))))))).....))))).......[[[[[[[)))...............(((((((((....)))))))))......]]]]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.(((((.((.((...)))).))))).)).(((.(((.......))))))..(((....))).(((((((((....))))))).))...(((((((..(((((.(((.((.((.((.((((((((((((..((.((.....((((((....)))))).((((.((((((((((((....((.((((((((((........)))))))))).))..(((((....)))))((((.(((((((.((...((((((((.......))))))))...)).))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))...........(((...(((((....))))).))).((((((((((((..........((.(((((((.........)))))))))............(((((((........))))))).))).)))).)))))........(((((......(((((((((.((....))))...))))))))))))))))).))))))).))))....((((.......))))....(((((((((.(((((((((....((((.(((.....)))))))...)))))))))..)))))))))....((.(((........))))).((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....)).))..)))))))))))).)).)))).........(((((.((((((..(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(((..((.(((((((..(((((((((((....))))))))))).......((((.....)))).((((((((((.((.((((((...((((...))))........((.(((((((((((((..((((...(((((.((.......(((........))).((((((.....))))))....((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).((((((((....)))).))))))))...))).)))))....))))))).))))))..)))))).(((((((((.((((((.....)))))).)))..))))))..((.(((((.....))))).)).)))))).((((((.....)))))).(((((((.......))))))).....))).)))).))..)))(((..((((((.(((..(((((((((.(((....((.......))(((((........)))))..........))).)))))))))..)))..)))))).))).)))))).)))))..(((.(((.(((....)))))).)))...))).))))).))))))).)))))....(((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).))))).(((((((.(((.............((((((((((....))))))))))..)))))))))).. |
|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..................(((((((.(..............((......))..((((((((....))))))))...((...(((((((((((((((.((((((.(((..((.((((......))))....((((((....)))))).((((.((((((((((((....((.((((((((((........)))))))))).))..(((((....)))))((((.(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))..........((((...(((((....))))).)))).(((((((((((..........((.(((((((.........)))))))))............(((((((........))))))).))).)))).)))).........(((((......(((((((((.((....))))...)))))))))))))))))).)))))).))))..(((((((.(((((....(((((((((((((.(((((((((....(.((((((.....)))))))...)))))))))..)))))))))...(((((((..((((.(((((..(((((((((((.(((.....))).)..)))))))))).....))))).((....))....))))..))).))))...(((......)))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).))))...((((..((((....))))...)))).........(((((.(((((((....)))(((.(((((.((.......(((........))).((((((.....))))))....((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).))))))).))))).(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((((.((((((.....)))))).)))..))))))..((.(((((.....))))).))...).)).((((((.....))))))...)))))))))))).))..))).)))))).))).(((((((((.((.(((........))).))..((((......)))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).))))))))..))))...)).(((.(((.(((.(((....)))))).))).))).).))))))).....((((.(((...(((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).)))))...))).))))................((((((((....)))))))).))))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.(((...(((..((((((.(((((((((........(((.........................................(((...(((..........((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((.....)))..........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...)))((((....)))).....)))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))...........((((...(((((....))))).))))))).))))))...(((......((((....)))).....)))......(((((.........................................)))))........(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))).)))((.....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))....)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((((((((((((((....)))))))))))...((....))..)).))))))))))..)...((((((((....)))).....................(((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........)))).........((((((..................(((((....))))).......................((((((......(((.((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))....)))).))........))))))....)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....))......)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........))))))).))))...))))).....((((.(((..((((((..((((......((((......................)))).....))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..(((.((((.((((((.((((((((((...(((.(((....(..((..(...((.((((....)))).))...)..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.......(((.....))).......)...((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....)))).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((....)((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...))))))).....)....(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((((.((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..((.(...)..))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))))..))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(((..(........).))).))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).. |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((.....)))...........((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).)))).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).. |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((.((((((....(.((((.((((((.((((((((((...(((.(((..(((..((..(...((.((((....)))).))...)..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((.....)))...........((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....)))).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....)((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((((.((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))))..))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....((((((..(((..(........).))).))))))...))))..))))))..))).))))...))..)))..((((((((((((....))))))))).....)))))).... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((.(((..(((((...(((..((((((((((((..((.(((.((((...((.((.((((((((....))))))))......)).)))))).))).))...(((.(((((.(((..(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))...(((((........))))).((((((((((........)))))))))).))))))))))))...((.((((.(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).))).))))))))...((((....))))...)))))).))))))))).........((((....)))).....)))))...))).((((........((((((.((......(((((....))))).....((((((...(((....)))..((((.....((((((((..(((.(((((....(((((((...)))).......((((((((.((((((........((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..))))....((((..(((((..(((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)))))(((((..((((((..(((..((((.....(((((..((((((...((((((...((...((((.........))))...))))))))......((.(((......(((((((((((....))))))))))).)))))..)))))).)))))....(((...((((..((((....))))...))))..))).)))).)))..))))))...(((.(((.(((((.((.......(((........))).((((((.....))))))....((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).))).))).))))).(((((((((....)))...(((......)))...))))))....))))).(((((((((.((((((.....)))))).))))..)))))..((.(((((.....))))).))...)))).((((((.....))))))...)))))))))))))).)))....))))).)))..))))))))....((((((.(((..(((((((((.(((......((......))..........(((((....)))))...))).)))))))))..)))..)))))).))))))))))....(((.(((.(((.(((....)))))).))).))).....)).)))))).((((.(((..((..((.(((((......((((.((((..(((....))).)))))))).....))))).))..))..))).))))...))))........(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..(((.((((........{{{{{{{..)))).)))......(((....))).(((((((((....)))))))).).((.(((((((((((((((((.((((((.(((.(((.((((......))))....((((((....))))))(((((.((((((((((((.......((((((((((........)))))))))).....(((((....)))))((((.(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))).......(((((((...(((((....))))).))))((((((((((((..........((.(((((((((....)).)))))))))............(((((((........))))))).))).)))).)))))....))).(((((......(((((((((.((....))))...)))))))))))))))))).)))))).)))))((((((((.(((((((.((((((((((((((.((((((((((...((.(((((.....)))))))..))))))))))..)))))))))..((((((((<<<<<..(((((..((((((((((..((((...))))....)))))))))).....)))))...................))).)))))..(((...[[[)))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...........]]].))))))).)))))..((((.(((((....)))))..)))).........(((((.(((.(((....)))(((.(((((.........((((.((...))))))((((((.....))))))....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))...))))).))).))).))))).(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....>>>>>.(((((((((.((((((.....)))))).)))..)))))).....(((((.....)))))...........((((((.....)))))))).)))))))))))))))).))).)))))).))).(((((((((....(((........))).....((((......)))).....)))))))))..(((((..(((((((.((...))))))))).....))))).))))))))..)))).)))).(((.(((.(((.(((....)))))).))).)))...}}}}}}}.....((((.(((...(((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).)))))...))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....)))))........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((.....)))..........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................)))).).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....))).... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....)))))........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).........((((((((.....)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................)))).).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))....)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((..(((.(((....))).)))...((....))..))))).)).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........))))))))))))...))))).....((((.(((..((((((..((((......((((..(((..((......)).))).)))).....))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))..... |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((..(((.((((((..((....))...)))))).)))...........(((((..((((((((....))))))))...((..(((((.((((((.(((.((((((......(..(((((.....((((.((.((((((....)))))).))..........(((((....((((...(((((((((......(((((....))))).))))))))).(((.(((.((((((..((.(.((((((((.......)))))))).).))..)))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))).(((((((.((((((((((...((.(((((((.........)))))))))............(((((((........)))))))..(((((..(((((((((..(((((((.......(((((((((.((....))))...))))))).(((..((.(((.(((((.(((((((((..((((..((((((....((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..))))....((((.........(((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))))).((....((((((..(((..((((.....(((((..((((((...((((((...((...((((.........))))...))))))))......((.(((......(((((((((((....))))))))))).)))))..)))))).)))))....(((...((((..((((....))))...))))..))).)))).)))..))))))....)).)))).))))))..)))).))))))))).).)))).)))))..))))))))))...((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))).......)))))))))..))))).))))).))))).)))))))......))))......)))))...))))..(((((((((.((((((.....)))))).)))..)))))).....(((((.....)))))..)))))..).((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..)))))).)))...(((((((....((((((.(((..(..((((((.(((......((......))..........(((((....)))))...))).))))))..)..)))..)))))))))))))...))))))((.(((.(((.(((....)))))).))).))......)))))..)).((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))..)...))).))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..((...(((.(((..(..(..................................................................................(.(..((..))..).).......)..)...(..(...((.........................(...)(......)....))..............(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))....)....)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).(((((((((...(.(...........................).....).)))).)))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((..(((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))((.....((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.(((..(...(((....)))...).............))..)))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((.....))..))..)))).)...))))..))))))..)...))))..)))))......))(((((((((....)))))))))))))))...))).)) |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..(((...((.(((..((((..................................))))...(.((.((((....((((((...((...(((((((...((.(...((((((....)))))).)....))...(....(...................)....)..((..........)).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).((..(((((...(.(...........................).....).)))).).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...(((..(((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))((.....((((((((((((.(((((((((........)))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((((((..(((..((....))..)))...(........))))))))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...(((...((.....)).)))..))).)...))))..))))))..)...))))..)))))......))(((((((((....)))))))))))))))...))).)) |
|
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..................(((((((.((........(((..(((....)))...(((((((....))))))).........(((((((((((((((.((((((.(((....................((.((((((....)))))).))...((((((.((((...........................((((((((((..((((((.......((..(((.((((((..((.(.((((((((.......)))))))).).))..)))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).))................((((....))))....))))))..))))............((((....))))...........((((((((.........(((((((........)))))))..........)))).))))...)))))).(((..(((((((((.((....))))...)))))))..))).))))..)))))).......(((((((..((((........((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..))))....((((..(((((..(((((..((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....)))))(((((..((((((..(((..((((............(........((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))...)....((((..((((....))))...))))......)))).)))..))))))...(((.(((.(((((.((...........................................((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).))).))).))))).(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....))))).(((((((((.((((((.....)))))).)))..))))))..(..(((((.....)))))..)...)))).((((((.....))))))...)))).))))))).....))).)))))).)))..((((((((.......................((((......)))).....))))))))...(((((..(((((((........))))))).....))))).))))))))..))))......))).(((.(((.(((....)))))).)))....)).))))))).....((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))..)...))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((..(((.((((((..((....))...)))))).)))...........(((((..((((((((....))))))))......((((((..(((((.(((.(((((((((..(((..(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))...(((((........))))).(((((((..(........)..))))))).))))))))))))...(((.(((.((((((..((...((((((((.......))))))))...))..)))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).)))...(((((....((((....))))..)))))..)).))))))).......((((((........((...(((((((.......)))))))....))....(((((..(..((((((((((....))))).))))).((((((((.........((((.((....))))))..((((((((((((..((((((..(((.(((...((((....((.(((((((..((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..)))).(((((.(((.......(((((..((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....))))).((....)).(((((((.((..((.((((((((((..(((((...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((...((..(((((((.((((..(((((....)))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))......))...)).)))))...)))))((((.....))))...))))).))..)).)))))))....))))))))....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))......))))))).))..)))).(((((..((....))..).))))))).))).))))))..)))..(((((.(((((((...((((((.....)))))).....)))))))..((.(((((.....)))))))..))).)).((((((.....))))))....))))))))))))))))).(((.((..(((...((((((((((..((((((.(((..(..((((((.(((......((......))..........(((((....)))))...))).))))))..)..)))..)))))).)))...))).))))...)))..)))))...)..))))).)))))).))).))))).))))))((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).))..)...))).))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
